如果不是生物专业出身的话看下面的图,纵轴是escape的潜力。这个omicron变种身上有4个逃逸能力非常强的突变,还有4个逃逸能力中等的突变,现在已知这些突变能够影响到中和能力最强的全部三类抗体。目前还没有体外中和的数据,但是可以肯定这个omicron变种对疫苗的有效率和单抗药物都会带来很严重的影响。 那么,疫苗是不是就彻底没用了呢?我认为不是。从突变位置来看,可以肯定疫苗诱导的体液免疫会受到影响,只是个严重程度的问题,Jesse Bloom在twitter里面认为这个变种要完全逃脱疫苗诱导的体液免疫是仍然很困难的。体液免疫之外还有识别能力更强的细胞免疫,这个omicron变种仍旧很难逃脱T细胞的识别。细胞免疫肯定是不能防止传染的,但是只要T细胞能够很快识别病毒开始”训练“B细胞和杀死被感染的细胞,发展到重症的可能性就会大幅降低。最后,打过三针疫苗的人或者自然感染后再打疫苗的人抗体亲和力很高,这种高亲和力的抗体可以在一定程度上抵消突变带来的影响。一个佐证是在下面这篇文章里面,人们把最厉害的20个突变全部做到spike protein上面,然后发现这样的病毒可以几乎完全逃脱自然感染或者接种疫苗后的血清,但是仍然逃不过自然感染后再接种疫苗的人的血清。 https://www.nature.com/articles/s41586-021-04005-0 我觉得我们最需要关注的其实是这个毒株的传染能力,之前免疫逃逸很厉害的毒株其实是有过好几个的,比如beta毒株,mu毒株,还有A.30什么的,但是在传染性超强的delta面前,这些毒株纷纷都灭绝了。现在流行的delta厉害的地方在传染性,逃逸能力还算是manageable的,一个两年前武汉毒株做的疫苗第三针一打马上就能恢复90%+的有效率。从目前非常有限的信息来看,这些突变和ACE2受体的结合能力似乎没有非常显著的增强,但是传染能力到底怎么样,主要还是要看现实世界的流行病学调查,在这之前,各国现在最应该做的是第一时间切断和南非及其邻国之间的所有国际旅行。 —————————————————— 11月26日更新。今天欧洲各国纷纷严格限制来自南非的航班。美国这边的反应是什么呢?Fauci说we must study data before deciding travel ban。。。 又让我想起了去年二月CDC天天念叨的"the risk is very very low“。看看RBD上面有多少突变就知道,在最坏的情况下,这个变种完全可以让过去一年半以来的pandemic重新走一遍,哪有时间让你去study data?! https://www.bloomberg.com/news/articles/2021-11-26/u-s-needs-data-on-variant-before-limiting-flights-fauci-says
The first patient was found to have worn a reusable mask featuring exhaust valves on multiple occasions when collecting meals and disposing of rubbish. The masks’ valves only filter air on the way in, but do not filter the air being exhaled by the wearer, prompting Hong Kong’s leading microbiologist, Dr Yuen Kwok-yung, to label them “selfish”. Read more at https://www.scmp.com/news/hong-kong/health-environment/article/3157410/coronavirus-quarantine-hotel-guest-linked-cross 波士顿逃回国的也是这种口罩吧 只保护自己 不保护他人
这里有一点关于演化的讨论 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 Many of these S mutations aren''t exactly common and quite a few are extremely rare. Aside from S371L which is unsurprisingly new since it is a 2nt mutation, all of N856K, Q954H, N969K, L981F have been seen fewer than 100 times. Q493K and Y505H were seen in the New York wastewater samples but are uncommon in humans (<200 samples). Lots more are rare enough that one wouldn''t suspect they were advantageous. It''s extremely unlikely that so many inconsequential mutations would accumulate in the spike rather than being more evenly spread through the genome, so the logical conclusion is that most of them are not inconsequential - even those ones from 856 to 981. Compare this with B.1.640 for example, where even the more odd-looking polymorphisms like N394S had been seen at least several hundred times before. (F490R was new but again that''s a 2nt mutation.) I''m not saying this is spillback from an animal reservoir after a year of adaptations in that species, but if that were to happen, this is the sort of thing it might look like. Edit: scratch that, the insertion is clearly human genome-derived. Unless that bit is shared with other mammals...? 值得思考 为啥这么多变异聚集在spike而不是散布在整个病毒的genome
One of the patient (EPI_ISL_6647962) is 0 year old baby girl, meaning it''s a household transmission. Three of the sequences from South Africa have additional location information. Two of them are from Ekurhuleni (EPI_ISL_6647959 and EPI_ISL_6647956), and the other from Johannesburg Metro (EPI_ISL_6647957). These two places are ~70KM away from each other. OR Tambo airport is in the Ekurhuleni region. The case detected in Hong Kong only stayed in South Africa for ~20 days. He tested positive while being asymptomatic at the 2nd PCR test 3 days after returning to Hong Kong from South Africa, which means it''s likely that he got infected just before boarding the returning flight - and OR Tambo airport is in Ekurhuleni. 想起来西雅图还是圣荷西早期有个case也是火车停了一下武汉站而已…
真巧,福奇也刚说,改变定义,三针才算fully vaccinated已经是“on the table". Top infectious diseases expert Anthony Fauci said changing the definition of what qualifies a person as fully vaccinated to include a booster shot is “on the table.” https://thehill.com/policy/healthcare/582962-fauci-says-changing-definition-of-fully-vaccinated-to-include-boosters-is 法国总统也说了,一月15号,不打第三针的,健康证要失效了。 Covid-19: as of January 15, the health pass will no longer be valid without the booster dose https://amp.lefigaro.fr/sciences/covid-19-a-compter-du-15-janvier-le-passe-sanitaire-ne-sera-plus-valide-sans-la-dose-de-rappel-20211125
South African scientists have detected 30 mutations to the spike protein, the part of the virus that binds to cells in the body, which could have implications for vaccine efficacy and transmissibility.
我会在这个帖子里面不断更新关于omicron变种的研究进展。这个有可能有更强毒力和传染性的新变种是全人类的巨大威胁,不管你是支持还是反对疫苗,恳请大家理智讨论,想撕的到别的地方去撕,想讨论政治/阴谋论的去别处讨论,恕不奉陪。
先上一张图,数数看这个omicron变种有多少突变,有多少发生在RBD和NTD上面。RBD是病毒和ACE2受体结合的地方,NTD有大量中和抗体的结合位点,这两个地方的突变一般都很不好。另外值得注意的是omicron变种有两个在furin酶切位点上的突变,其中有一个已经知道明显增强了delta的毒力,另外一个的效应还不清楚。所以基本上可以肯定这个毒株的毒力会大于去年的出现变种之前的wild type。RBM上面有这么多密密麻麻的突变,让我甚至都有一些怀疑这个变种是不是出现了结合其他受体的能力,如果是的话在传染性和毒力方面不确定性会更多,更加危险。
这个变种突然间引起大家关注是因为它在南非Gauteng省迅速占据了主导地位,把不可一世的delta给挤走了,看下面的图。当然南非这个地方测序很少,发现这个omicron变种以后才集中开始在这个地方测序,所以这个图有一定测序方面的bias。另外南非的delta wave刚刚过去,大批人前几个月感染了delta,现在疫情正在低谷,新变种如果有一定逃逸能力的话很容易在数量上占优势。所以不能乱下结论说omicron变种是不是真的相对于delta有着这么大的进化优势。
这个突变对疫苗的影响有多大呢?如果你是火坑专业出身的话,推荐自己去读一下Jesse Bloom的这个twitter thread https://twitter.com/jbloom_lab/status/1464005708257513474
如果不是生物专业出身的话看下面的图,纵轴是escape的潜力。这个omicron变种身上有4个逃逸能力非常强的突变,还有4个逃逸能力中等的突变,现在已知这些突变能够影响到中和能力最强的全部三类抗体。目前还没有体外中和的数据,但是可以肯定这个omicron变种对疫苗的有效率和单抗药物都会带来很严重的影响。
那么,疫苗是不是就彻底没用了呢?我认为不是。从突变位置来看,可以肯定疫苗诱导的体液免疫会受到影响,只是个严重程度的问题,Jesse Bloom在twitter里面认为这个变种要完全逃脱疫苗诱导的体液免疫是仍然很困难的。体液免疫之外还有识别能力更强的细胞免疫,这个omicron变种仍旧很难逃脱T细胞的识别。细胞免疫肯定是不能防止传染的,但是只要T细胞能够很快识别病毒开始”训练“B细胞和杀死被感染的细胞,发展到重症的可能性就会大幅降低。最后,打过三针疫苗的人或者自然感染后再打疫苗的人抗体亲和力很高,这种高亲和力的抗体可以在一定程度上抵消突变带来的影响。一个佐证是在下面这篇文章里面,人们把最厉害的20个突变全部做到spike protein上面,然后发现这样的病毒可以几乎完全逃脱自然感染或者接种疫苗后的血清,但是仍然逃不过自然感染后再接种疫苗的人的血清。
https://www.nature.com/articles/s41586-021-04005-0
我觉得我们最需要关注的其实是这个毒株的传染能力,之前免疫逃逸很厉害的毒株其实是有过好几个的,比如beta毒株,mu毒株,还有A.30什么的,但是在传染性超强的delta面前,这些毒株纷纷都灭绝了。现在流行的delta厉害的地方在传染性,逃逸能力还算是manageable的,一个两年前武汉毒株做的疫苗第三针一打马上就能恢复90%+的有效率。从目前非常有限的信息来看,这些突变和ACE2受体的结合能力似乎没有非常显著的增强,但是传染能力到底怎么样,主要还是要看现实世界的流行病学调查,在这之前,各国现在最应该做的是第一时间切断和南非及其邻国之间的所有国际旅行。
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11月26日更新。今天欧洲各国纷纷严格限制来自南非的航班。美国这边的反应是什么呢?Fauci说we must study data before deciding travel ban。。。 又让我想起了去年二月CDC天天念叨的"the risk is very very low“。看看RBD上面有多少突变就知道,在最坏的情况下,这个变种完全可以让过去一年半以来的pandemic重新走一遍,哪有时间让你去study data?!
https://www.bloomberg.com/news/articles/2021-11-26/u-s-needs-data-on-variant-before-limiting-flights-fauci-says
11月26日第二次更新。比利时发现一例nu变种,患者为年轻女性,去埃及旅游后11天发病。这说明在疫苗覆盖率极低,测序极少的非洲大陆,omicron变种的蔓延程度可能已经很广了。目前还不知道这么长的潜伏期是特例还是omicron变种的普遍特点。更长的潜伏期对contact tracing是坏事,但是对疫苗是好事,只要分泌的抗体中和能力多少看得过去,靠免疫记忆就来得及避免出现有症状感染。(澄清一下,我提到比利时的这个case主要是说omicron可能已经在非洲广泛传播,和疫苗没关系。)
https://assets.uzleuven.be/files/2021-11/genomic_surveillance_update_211126.pdf
11月26日第三次更新,美国终于采取行动对包括南非在内的八国采取travel ban,下周一生效。这种有漏洞的travel ban确实很难把病毒完全挡住,但是如果疫苗需要重做booster的话,把疫情爆发拖延哪怕一天都能够拯救成千上万条生命。Merck和Pfizer的口服药物基本上不受spike protein突变的影响,但是从生产到推广也是需要时间的。现在和去年2月的travel ban很不一样,就是在和新变种抢时间,只要能把omicron在美国的爆发多拖上几个月,危害就会小很多
https://www.nytimes.com/live/2021/11/26/world/covid-vaccine-boosters-variant#new-covid-variant-omicron-travel-restrictions
🔥 最新回帖
都在下降,但是vaxx的线一直都比unvaxx少啊,医疗改进和疫苗又不冲突
唉,那你是不知道副作用到底有多大!我今天看了一个pfizer发出来的它自己家数据库收集的副作用cases(12/01/2020-02/28/2021这三个月),还是有些信息量的,看完以后心里拔凉,不知道要不要发出来大家一起拔凉!
稍微总结一下,仅仅疫苗开始打的前三个月,上报了42000+副作用案例,其中女性占大多数(三万),serious和non-serious的大概对半分,死亡1223人,报告里没提月经问题。心脏问题有提,心跳过速人数最多,和版上看到的信息一致。
前三个月不知道打了多少人,很多人应该也还没打第二针,就1223人死亡!这报告里的应该还只是冰山一角。
https://mobile.twitter.com/ignorantchimp/status/1465992238689923081?s=21As
https://phmpt.org/wp-content/uploads/2021/11/5.3.6-postmarketing-experience.pdf
你那个很多图上,疫苗组和非疫苗组死亡率和感染率都在同时下降,这能说明疫苗很有效果吗?你昨天说医疗进步了还有可能。
疫苗有副作用大家都知道,但是现在还在掰疫苗没用的,也没谁了。何必再跟他浪费时间呢。
🛋️ 沙发板凳
香港那个就是这个,南非过来的
香港的就是这个变种
要不让他俩多处处,看能不能pua病毒自杀一下。
我可以告诉你个一手信息:我现在香港隔离酒店,就是香港2例B1.1.529 case的酒店。第一个病例是从南非来的,11号入住,14号发现,他感染了斜对门的加拿大回来的住客,仅仅是平时拿饭或者外卖东西的时候打开门。监控发现他有时候不带口罩打开门。对门被感染的住客10号就入住了,20号发现。两人overlap就是11-14.对门住客应该是带口罩打开门的。病毒序列几乎一样。不过,隔离酒店走廊的通风不好,空气几乎静止,也许这个也是重要传染因素。两人在机场检测都是阴性,才能入住酒店。
这个传染能力也是很厉害的。
卧槽。。。。居然见到当事人之一
这哪算当事人,顶多是前排近距离吃瓜群众而已
lz不是第一段就说得很明白吗
南非 这个 地方 艾滋病人 很多,免疫力 有缺陷。病毒在 病人身体里 和 免疫系统 长期拉锯战。很容易进化出 各种 变种病毒。
新疫苗估计已经在线上
那我们其他地方再做啥不也是白搭?
为什么有些新闻说全球才发现10例,但上面的图说已经在南非Gauteng省占据主导地位了?
Read more at https://www.scmp.com/news/hong-kong/health-environment/article/3157410/coronavirus-quarantine-hotel-guest-linked-cross
波士顿逃回国的也是这种口罩吧 只保护自己 不保护他人
这个酒店有700个隔离房间。内部WhatsApp group已经讨论好几天了
从alpha开始就说是这个原因 为啥都没对这种情况来做点啥从而制止新变种的出现
双方戴着口罩开了一下门就传染了?
嗯 今早已见美媒体报道evade immunity的新strain出现
这种delta就有类似的情况了。新西兰隔离酒店有间隔15秒开门被传染的例子。
病毒基因序列一样
strain相似度
第一个带毒者戴着one way filter的口罩开门拿饭 之后第二个戴了不知啥口罩开门拿饭就传到了
现在hk隔离不准戴one way filter的口罩了
那种带普通医疗口罩四处漏风的那不是也不行了?这两人是同时开门出来拿饭还是一先一后啊?然后这个变种在潜伏期还测不出阳性?
我现在带两个口罩开门了,n95+医疗口罩
不管有用没用,砖家肯定请大家先打为敬。另外,不用南非养蛊,美国爱滋也灰常多尤其lgbtq们。
这回不能跟delta一样靠boost大力出奇迹了吧
估计传起来只能靠pfizer那个口服药了
这是香港,非常严格隔离,CCTV监控,不能走出房间。21天隔离6次核算检测。
https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343
Many of these S mutations aren''t exactly common and quite a few are extremely rare. Aside from S371L which is unsurprisingly new since it is a 2nt mutation, all of N856K, Q954H, N969K, L981F have been seen fewer than 100 times. Q493K and Y505H were seen in the New York wastewater samples but are uncommon in humans (<200 samples). Lots more are rare enough that one wouldn''t suspect they were advantageous. It''s extremely unlikely that so many inconsequential mutations would accumulate in the spike rather than being more evenly spread through the genome, so the logical conclusion is that most of them are not inconsequential - even those ones from 856 to 981.
Compare this with B.1.640 for example, where even the more odd-looking polymorphisms like N394S had been seen at least several hundred times before. (F490R was new but again that''s a 2nt mutation.) I''m not saying this is spillback from an animal reservoir after a year of adaptations in that species, but if that were to happen, this is the sort of thing it might look like.
Edit: scratch that, the insertion is clearly human genome-derived. Unless that bit is shared with other mammals...?
值得思考 为啥这么多变异聚集在spike而不是散布在整个病毒的genome
给南非很多辉瑞疫苗
是的,美国这么多确诊,艾滋也不少,没听说美国有啥变种
OR Tambo airport is in the Ekurhuleni region.
The case detected in Hong Kong only stayed in South Africa for ~20 days. He tested positive while being asymptomatic at the 2nd PCR test 3 days after returning to Hong Kong from South Africa, which means it''s likely that he got infected just before boarding the returning flight - and OR Tambo airport is in Ekurhuleni.
想起来西雅图还是圣荷西早期有个case也是火车停了一下武汉站而已…
我们测的相对少一些吧 要全序测贵一点
Top infectious diseases expert Anthony Fauci said changing the definition of what qualifies a person as fully vaccinated to include a booster shot is “on the table.” https://thehill.com/policy/healthcare/582962-fauci-says-changing-definition-of-fully-vaccinated-to-include-boosters-is
法国总统也说了,一月15号,不打第三针的,健康证要失效了。 Covid-19: as of January 15, the health pass will no longer be valid without the booster dose https://amp.lefigaro.fr/sciences/covid-19-a-compter-du-15-janvier-le-passe-sanitaire-ne-sera-plus-valide-sans-la-dose-de-rappel-20211125
最坏的情况下,这个nu毒株传遍全球也是需要时间的,在这之前最大的威胁还是delta。booster打过以后对delta的保护能力又恢复到了90%+。我反对无差别的强制第三针,你自己的身体条件决定了你需要付出多大的努力来避免全部的有症状感染。
Wuhan strain booster对nu多有用我觉得一两个月内就会有实验结果吧,我的educated guess是和前两针对delta差不多,能减少感染概率但不能完全阻断传播链。另外原始毒株做的booster抗变种主要靠的是体细胞超突变筛选出能分泌高亲和力的抗体的B细胞,在一定程度上抵消变种的影响,但是年龄越大这个B细胞自己”进化“的能力越差。B细胞要靠T细胞来筛选,T细胞需要在胸腺里面成熟,而胸腺从20多岁就开始衰退了。说句不是很好听的话,生育年龄之后更强的免疫力就不再有很明显的进化优势了。。。
没用的。疫苗 还是要靠 刺激 人的 免疫系统 来达到 免疫的 效果。如果 病人的 免疫系统 有问题,打再多的疫苗 也 没有用。病人 死不了也康复不了,病毒 把 免疫缺陷的 病人 当 活体培养皿了。
这都奔12月了 药有啥信儿没?
这个怎么听都不太靠谱啊,走道这么远,而且时间这么短,如果这个人在飞机上传染的可能性更强啊。会不会是2人在飞机上就潜伏期,然后就感染上了?
南非那个地方成年人里面20%左右有艾滋病,疫苗对艾滋病人的作用一般都不太好,CD4+ T细胞都快耗竭了怎么产生免疫力
看来新闻里没有华人讲的清楚啊
bloom lab的最新实验显示 四组antigenic epitope classes里面三组都发生了显著的变化
以前的antibody还有用的可能很小 只有第四组变化小一点 但第四组正好是不太有用的那组
我自己好不容易有个hybrid immunity 又白搭了看来
两个人不是同一个航班。相隔几天入住的。
这跟以前擦肩而过就被感染异曲同工啊。如果传染那么厉害怎么就只传染了一个人了呢?临近房间的打过交道的不会只有一个人吧。
South African scientists have detected 30 mutations to the spike protein, the part of the virus that binds to cells in the body, which could have implications for vaccine efficacy and transmissibility.
不是说新变种疫苗逃逸吗,打同样的booster有多大作用呢?
不明白加强针为什么不针对新变种改变疫苗序列?记得当初宣传mRna疫苗的时候,优点之一就是改变序列很容易。 一有新的病毒变种,疫苗可以很快做出相应改变啥的。
测六次核酸是真的, 什么CCTV 监控, 不能走出房间, 呵呵,只能说真能编啊。香港现在根本没有隔离, 只是核酸检测。
p.s. 家人这个月初刚回香港。
对delta主要是因为原始毒株做的第三针就能把有效率恢复到90%+。就算你针对delta重做一个,一两万人的trial里面98%和95%的差别在统计上也不显著,意义有限。
如果这个nu真的能在全球传开的话,疫苗肯定需要重新做了
你才是编呢。你家人从哪里回香港的?香港隔离分国家的。南非美国是21天,加拿大是14天。大陆不需要隔离。需要隔离的,没有预定好隔离酒店都不能上飞机。你自己看看香港的入境规定: https://www.coronavirus.gov.hk/sim/index.html
可能是"antigenic selection"。如果这个hypothesis是真的,就是打了疫苗的人群drive了这个varaint。
但是这genome的mutations在tree里面特别deep,像是艾滋病人传播的pattern,但是解释不了这么精确的"antigenic selection"。
他们是怎么结合在一起的呢???所以结论是。。。lol
如果传开,就意味着又要重新打疫苗。。。。。敲敲木头。。。。。
隔离酒店有监控的
这个难道不是适用于整个非洲大陆?正好可以看看这个变种在非洲的表现
你是从大陆回的吧,说的是从海外回。
是非常非常严格的
幸亏不是同层啊,否则拉去集中营隔离了。
我觉得这个新变种在香港炒作起来是有人在阻碍香港和内地的通关。每次在通关关键时刻总有幺蛾子出来。这次香港是箭在弦上势在必得,估计不容易被破坏。
请问辉瑞的那款口服抗病毒药,对于这个新变种有用吗?
一是疫苗的序列改变没那么容易,生产线跟不上,或者疫苗的编辑赶不上变异的速度,只能等变异传染到一定人数,才统计现有疫苗管多大用,等有效性降到百分之六十以下了,医疗又被击破的时候,再改疫苗,也是经济利益的关系。 二是新疫苗还要再来一次trial的话,等耗时几个月,病毒又变异了。 牛变异从南非开始,万幸不是疫苗促成的变异。起码打了疫苗的人不是变异培养基。
是的,国际援助南非全民疫苗,封锁南非国门。没找到解药之前,只能这样了
中央空调呢?有的是几个房间share一个的。那怎么办
同层也只是左右3个房间,总共12个房间要集中营隔离。一层有150个房间。
的确不知道会不会影响通关。
手工精选量身打造?
这个结论下的太早。没什么不能是从高疫苗地区传到了南非,再在爱之病人脸出到新高传播品种。
难啊,以前 Ebola 爆发的时候好像才禁航过,但是当时欧洲还有航空公司有直飞。然后欧洲和美国不可能停航。
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