也谈一下能教授背后学术八卦

蛋白结构的作用是告诉我们蛋白具体长什么样子，以及推测蛋白功能的物理机制。比如说这个蛋白是个通道，那么开关在哪里，机制是什么，我们能不能开发一些药物？ 这个领域最热门的20年可能刚刚过去了，回头看2010年的时候，真是一个结构一篇nature/science，疯狂程度犹如1990年的时候一个基因一篇文章。后来基因组计划出来后，回头看当年无数phd五六七八年就做一个基因，发一篇nature，都有点荒诞可笑。或许再过十年回头看2010年的结构文章也是如此。这就是科学进步吧。
alphafold出来后拍死了一堆科研方向，直接冲击的是做计算结构的那帮人。这是一个80年代开始，热门了大概20年的学科。想法就是利用物理模型直接计算出蛋白结构。但是这个计算量非常大，所以开发了很多近似的方案，但也是先要给一些经验性的猜测作为起始点（比如说同源片段，这个办法其实理念上就是alphafold的办法），模拟尺度也一般都是纳秒级。顺便说一句，大名鼎鼎的David E Shaw赚够钱后就自己回哥大捣鼓自己的科研了，就是做这个。当然，因为蛋白折叠也的确是一个物理化学问题，按理说不用实验而依赖计算和数据的办法是可以解决的。所以如今做结构的人也被迫要往下游移动了，去做更多功能/生化的方向。
膜蛋白最早是能教授的师父11公的绝活，而且2010s才开始流行电镜，能教授发家的时候还是结晶Xray。当年这种实验室肯定都有点自己秘而不宣的绝活比如说某个特定的去垢剂配方可以稳定蛋白一类的，所以能教授也能在北美做下去，但是11公还是毅然决定回国去盖血汗工厂了。看看最近十年他实验室发了nature/science的新闻宣传稿就能发现，他招的学生都不是清北复交浙中top的，最能出活的是普通985/211的。这种学生，能奋力考入清华读博士肯定都是非常能卷的，非常motivated的，科研都是三班倒地狱模式，电镜买回来24小时不停机，一将功成万骨枯。
2000s的时候，11公负责过很多年普林在中国大陆的招生，每个进入final的学生都会接到他的电话。他的formule就是只要GPA第一的，现在想想也是有原因因为大学GPA第一说明爱卷能拼啊。然后奇葩故事还包括他每个学生都要问对方什么星座。。。具体问这个原因至今不明

不是很懂这方面的. 这有点象考古学, 从金字塔里挖出一堆木乃伊, 你咋知道他们生前每天是怎么过的?

施一公的公司香港上市赚了十几亿，能有多少心思放在搞蛋白上。能教授回去和板上还有肘子猜的原因估计也没什么关联。

你不能用上帝视角，因为今天看上去过去的做法幼稚而否定了当初的价值，这个应该是从事基础研究的基本素养，不积跬步，无以至千里，不积小流，无以成江海。

你不能用上帝视角，因为今天看上去过去的做法幼稚而否定了当初的价值，这个应该是从事基础研究的基本素养，不积跬步，无以至千里，不积小流，无以成江海。
facet 发表于 2022-11-05 19:10

这不是我本意。但是以史为鉴，回头看一看更能感慨大家的选择和前瞻。比如说把你放回到95年读博士，你是去做刚开始兴起的genomics还是去做传统的基因定位？11公在清华搞了个血汗工厂，里面的那些博士，被他画饼压榨了青春，学了个屠龙之技如今发现还被alphafold淘汰了，如今恨不恨他？

这不是我本意。但是以史为鉴，回头看一看更能感慨大家的选择和前瞻。比如说把你放回到95年读博士，你是去做刚开始兴起的genomics还是去做传统的基因定位？11公在清华搞了个血汗工厂，里面的那些博士，被他画饼压榨了青春，学了个屠龙之技如今发现还被alphafold淘汰了，如今恨不恨他？
ab18 发表于 2022-11-05 19:14

马后炮

这不是我本意。但是以史为鉴，回头看一看更能感慨大家的选择和前瞻。比如说把你放回到95年读博士，你是去做刚开始兴起的genomics还是去做传统的基因定位？11公在清华搞了个血汗工厂，里面的那些博士，被他画饼压榨了青春，学了个屠龙之技如今发现还被alphafold淘汰了，如今恨不恨他？
ab18 发表于 2022-11-05 19:14

明白，我是说 Alphafold 包括 AlphaGo 的成功来自于强大的自适应的搜索空间消减，消减逻辑本身就融入了前人的研究成果，人工智能也不是空穴来风

2005以前是解一个结构发一篇cns，之后就没那么容易了，除非是一个蛋白家族里解出的头几个或者特别重要的蛋白才能发cns 国内解结构还喜欢发cell research，国内办的期刊，影响因子涨得飞快，去年20多，今年飙到46了

2005以前是解一个结构发一篇cns，之后就没那么容易了，除非是一个蛋白家族里解出的头几个或者特别重要的蛋白才能发cns 国内解结构还喜欢发cell research，国内办的期刊，影响因子涨得飞快，去年20多，今年飙到46了
NataliePortman 发表于 2022-11-05 19:20

一直到2010年附近的时候cns还是发了很多结构文章，甚至很多是封面故事。再往后我没有继续关注了。 有个原因正如你说的，因为结构文章的citation很多，会拉高IF

明白，我是说 Alphafold 包括 AlphaGo 的成功来自于强大的自适应的搜索空间消减，消减逻辑本身就融入了前人的研究成果，人工智能也不是空穴来风
facet 发表于 2022-11-05 19:20

是，也不是 alphafold很大程度上也受益于genomics其实，因为很大一部分信号来自于MSA。这个想法其实大家90年代就有了，但是真能有大规模的数据是genomics真正把测序白菜价了。不过的确我们也需要用实验解出来一些结构作为training cases才行所以是需要前人的奉献。

这不是我本意。但是以史为鉴，回头看一看更能感慨大家的选择和前瞻。比如说把你放回到95年读博士，你是去做刚开始兴起的genomics还是去做传统的基因定位？11公在清华搞了个血汗工厂，里面的那些博士，被他画饼压榨了青春，学了个屠龙之技如今发现还被alphafold淘汰了，如今恨不恨他？
ab18 发表于 2022-11-05 19:14

应该不太可能恨他，那个叫什么蕊还是什么雪的不是几年就发了5+篇cns一作拿了百万奖金吗，搞生物基础研究的，除了解结构还有哪个领域可以迅猛的速度在cns上灌水

应该不太可能恨他，那个叫什么蕊还是什么雪的不是几年就发了5+篇cns一作拿了百万奖金吗，搞生物基础研究的，除了解结构还有哪个领域可以迅猛的速度在cns上灌水
NataliePortman 发表于 2022-11-05 19:26

还是我写的，这就跟养盅一样，的确最后有人真卷成功了，可是后面万骨枯呢？ 里面那帮学生996都不如，你去看新闻稿，估计还是pr润色后的，都是一年365恨不得一天也不能休。 这种压榨程度，去互联网公司，也早百万了吧

还是我写的，这就跟养盅一样，的确最后有人真卷成功了，可是后面万骨枯呢？ 里面那帮学生996都不如，你去看新闻稿，估计还是pr润色后的，都是一年365恨不得一天也不能休。 这种压榨程度，去互联网公司，也早百万了吧
ab18 发表于 2022-11-05 19:28

那得看和谁比，他们有大佬罩着，只要解出一个结构发一篇顶刊够吃一辈子。虽然跟马公的薪水是没法比，但跟其他生物phd/pd比回报率还是高的

那得看和谁比，他们有大佬罩着，只要解出一个结构发一篇顶刊够吃一辈子。虽然跟马公的薪水是没法比，但跟其他生物phd/pd比回报率还是高的
NataliePortman 发表于 2022-11-05 19:32

你把cns想得太高了，结构这个领域大家都手握一把cns才能申请到教授。 一个cns吃一辈子，你以为这是皇上封侯吗？

Alphafold这也出来一段时间了，但我看生物下面各个小领域里最容易发CNS的还是结构。只不过说要再多做一些功能实验而已，所以解结构还是很有用的技能，国内现在985高校都在纷纷拿出上亿的钱买冷冻电镜。

你把cns想得太高了，结构这个领域大家都手握一把cns才能申请到教授。 一个cns吃一辈子，你以为这是皇上封侯吗？
ab18 发表于 2022-11-05 19:39

你以为做结构的人手一把cns？ 多得是发不了cns，手里一把sci adv, nature communication 之类20分以下的 不是每个实验室都有冷冻电镜，三班倒，一有重要蛋白发现就能抢着解结构发顶刊 11g手下出来的，又有顶刊在手的，想继续在国内走学术的路那还不是易事？

Alphafold这也出来一段时间了，但我看生物下面各个小领域里最容易发CNS的还是结构。只不过说要再多做一些功能实验而已，所以解结构还是很有用的技能，国内现在985高校都在纷纷拿出上亿的钱买冷冻电镜。
hoogenband 发表于 2022-11-05 19:44

AlphaFold2是去年才出来的，而且开放了源码，CASP比赛结果一出来里面从主办方到参赛者都speechless，全被震惊了，因为精度在超过半数的蛋白上已经能跟实验结果打平了 固然这个里面还有提高的空间，但是国内如今连字节跳动都亲自下场开始做alphafold的改进了。我觉得如今这个技术就跟2005年基因组刚出来的情况有点像，可以预测到5年后肯定是revolutionary的，这个时候还觉得自己能安稳“一篇cns吃一辈子”的，简直就是鸵鸟

乔丹，不就是天天把球扔到框里吗。 梅西，不就是天天把球踢到网里吗。 PUA颜老师，不就是天天口吐白沫吗。

11公太精明了

Alphafold的成就，代表了一批优秀的科研人员，她们的时间精力可以释放出来，在其他方向作出更重要的突破。 大概率上，在其他的新方向上，她们也比其他人做的更好。

所以施一公是信星座吗？haha interesting

文学城雅美之途写了一篇。那位老兄对能教授也是颇有微词。

还真是，当年我们系去普林的就是年级第一，当年就有传闻普林就去招年级第一

https://threadreaderapp.com/thread/1588764645367894016.html 若论能教授的学术八卦，又怎么能少了她和已经去世的阎润涛先生的那段公案呢？人家润涛先生也是文学城风云一时的网红，聪明绝顶的人物，也不知道能教授啥好意思diss别人碰瓷他。

所以施一公是信星座吗？haha interesting
鸢 发表于 2022-11-05 20:25

这个事情一度非常奇葩，而且当年是越洋电话，11公讲英语问星座，所以大家面试前都要背一下自己的星座用英语怎么说。一度也有各种传闻说到底偏好什么星座不过似乎无论怎么回答，反正就是只要gpa第一

说alphafold出来后拍死了做结构的都是胡扯八道。蛋白结构那么复杂，哪这么容易预测。buffer 不同，离子不同，pH不同蛋白结构就在那里不停的变化，又不是固定在那里一动不动。你就是预测了结构，也要做出来真是的结构来比较你预测的对不对。如何进一步优化。光凭预测的结构就是99%正确设计出来药物吃死人你给赔钱不？膜蛋白有几个预测成功的？俺做的一个膜蛋白几个软件都预测反了N端C端在细胞内还是外，纯粹扯蛋。

https://threadreaderapp.com/thread/1588764645367894016.html 若论能教授的学术八卦，又怎么能少了她和已经去世的阎润涛先生的那段公案呢？人家润涛先生也是文学城风云一时的网红，聪明绝顶的人物，也不知道能教授啥好意思diss别人碰瓷他。
mollyi 发表于 2022-11-05 22:19

如果不是她公开羞辱阎先生，润涛还给她留了很大面子的。其实在学术界看来，这是很严重的道德问题。
https://yanruntao.org/颜宁博士无法反驳的第五个事实/

说alphafold出来后拍死了做结构的都是胡扯八道。蛋白结构那么复杂，哪这么容易预测。buffer 不同，离子不同，pH不同蛋白结构就在那里不停的变化，又不是固定在那里一动不动。你就是预测了结构，也要做出来真是的结构来比较你预测的对不对。如何进一步优化。光凭预测的结构就是99%正确设计出来药物吃死人你给赔钱不？膜蛋白有几个预测成功的？俺做的一个膜蛋白几个软件都预测反了N端C端在细胞内还是外，纯粹扯蛋。
bigsnail 发表于 2022-11-05 22:34

蛋白不是固定不动才需要计算，结晶xray以及电镜那个结果更偏离真实状态 至于软件预测这个，建议试试新软件，2022了别拿着80年代的软件当SOTA用了

作者有权力和判断决定引用那篇文章，不引用哪篇文章。因为他最清楚自己得益于哪篇文章。 审稿人和编辑有资格告诉作者那篇文章该引用或者不该引用。甚至可以因为引用不恰当而拒稿。 读者可以有自己的观点，但无权逼着作者去引用哪篇或者不引用哪篇。因为读者没有当事人（作者）清楚究竟文章得益于哪些文献。 即使读者觉得应该引用，但最终决定权是在作者手中。作者才是项目完成人。 所以不引用并不见的作者有错。可能她真没从那篇文章中收益。又或者她觉得那篇文章有问题。又或者有其他原因。

为什么叫“能教授”呢？以前还以为颜宁和能教授是不同的两个人

作者有权力和判断决定引用那篇文章，不引用哪篇文章。因为他最清楚自己得益于哪篇文章。 审稿人和编辑有资格告诉作者那篇文章该引用或者不该引用。甚至可以因为引用不恰当而拒稿。 读者可以有自己的观点，但无权逼着作者去引用哪篇或者不引用哪篇。因为读者没有当事人（作者）清楚究竟文章得益于哪些文献。 即使读者觉得应该引用，但最终决定权是在作者手中。作者才是项目完成人。 所以不引用并不见的作者有错。可能她真没从那篇文章中收益。又或者她觉得那篇文章有问题。又或者有其他原因。
bigsnail 发表于 2022-11-05 22:51

得了吧，如果不引用，反而跑去吹嘘自己论文的原创性，那是企图窃取别人的credit，学术道德问题。就好比吴建雄到处去说杨振宁的假说是她想出来的一样，懂吗？

为什么叫“能教授”呢？以前还以为颜宁和能教授是不同的两个人
brookhaven 发表于 2022-11-05 22:54

因为丫的名字拼成 Nieng. 她非要说是她爹不懂拼音给她写错了，我看她就是不想让名字看起来像大陆人的。

为什么叫“能教授”呢？以前还以为颜宁和能教授是不同的两个人
brookhaven 发表于 2022-11-05 22:54

同问，为啥叫能教授

因为丫的名字拼成 Nieng. 她非要说是她爹不懂拼音给她写错了，我看她就是不想让名字看起来像大陆人的。
maobiao7 发表于 2022-11-05 22:58

有说法是她GRE考了两遍，第二遍故意改了一下名字来保证第一次分数不被一起送出去 后来到了美国还发文章也用nieng就是她自己故意

这不是我本意。但是以史为鉴，回头看一看更能感慨大家的选择和前瞻。比如说把你放回到95年读博士，你是去做刚开始兴起的genomics还是去做传统的基因定位？11公在清华搞了个血汗工厂，里面的那些博士，被他画饼压榨了青春，学了个屠龙之技如今发现还被alphafold淘汰了，如今恨不恨他？
ab18 发表于 2022-11-05 19:14

这有啥可恨的，自己选了这个方向跟谁都最后这个结果

回复 31楼mollyi的帖子
读者觉得该引用不引用的多了去了。有些杂志还限制你引用文章数量不能太多。我看同领域文章整天抱怨为啥这篇不引用我的，那篇不引用我的，明明我发的原创性高多了，时间也早多了，为啥作者引用别人的不引用我的。这根本不是啥大事。是每时每刻都在发生的事情。每天这样的案例成千上万。

她的闺蜜李一诺的老爸在帮颜宁报考托福是填错了，就这样沿用了。 具体看他们报道的文章（我和颜宁这些年…（上） - 知乎 (zhihu.com)）里的描述： 大二我们俩看4字班5字班的师兄师姐都在上专业课的时候看托看G，觉得如果专业课不学，生物岂不白念了。所以决定早考托考G，以把大三的宝贵时间用来全身心地学习专业课。大二的时候让我老爸帮我们俩报名考托福。老爸辛辛苦苦排队报名，但拼音不过关，填颜宁的名字的时候把Ning拼成了Nieng，而且没法改了。后来我们的宁同学就不得不一路用Nieng这个名字申请学校。 不过当时我就很有远见地说，以后你要出名了，这名字肯定好，因为叫Ning Yan的肯定一大堆，但Nieng Yan只有你一个！后来果真，Nieng Yan这个有特色的名字现在成了响当当的国际论文霸啦呵呵。要是哪天Nieng同学得了诺贝尔奖，一定得感谢一下我老爸的说！所以我们俩大二考了托，大三考了G。觉得大三大四可以对得起自己的专业了，至于有没有，那就另当别论了。

她的闺蜜李一诺的老爸在帮颜宁报考托福是填错了，就这样沿用了。 具体看他们报道的文章（我和颜宁这些年…（上） - 知乎 (zhihu.com)）里的描述： 大二我们俩看4字班5字班的师兄师姐都在上专业课的时候看托看G，觉得如果专业课不学，生物岂不白念了。所以决定早考托考G，以把大三的宝贵时间用来全身心地学习专业课。大二的时候让我老爸帮我们俩报名考托福。老爸辛辛苦苦排队报名，但拼音不过关，填颜宁的名字的时候把Ning拼成了Nieng，而且没法改了。后来我们的宁同学就不得不一路用Nieng这个名字申请学校。 不过当时我就很有远见地说，以后你要出名了，这名字肯定好，因为叫Ning Yan的肯定一大堆，但Nieng Yan只有你一个！后来果真，Nieng Yan这个有特色的名字现在成了响当当的国际论文霸啦呵呵。要是哪天Nieng同学得了诺贝尔奖，一定得感谢一下我老爸的说！所以我们俩大二考了托，大三考了G。觉得大三大四可以对得起自己的专业了，至于有没有，那就另当别论了。


bigsnail 发表于 2022-11-05 23:29

事后这事情怎么打扮都行呀，一诺自己是个更大的网红，而且是麦肯锡混过的人精 你觉得颜宁这种网红科学家，这种故事都是随便讲吗？肯定都是思考过怎么建立人设的。
更何况，她护照上，本科成绩单上肯定都是ning啊。没看出来怎么就因为非得用托福成绩单当作自己下半辈的名字了。更何况托福考试都是需要photo ID对名字对照片的，这故事实在编的太差。糊弄一下国内没出国留学过的差不多。

她的闺蜜李一诺的老爸在帮颜宁报考托福是填错了，就这样沿用了。 具体看他们报道的文章（我和颜宁这些年…（上） - 知乎 (zhihu.com)）里的描述： 大二我们俩看4字班5字班的师兄师姐都在上专业课的时候看托看G，觉得如果专业课不学，生物岂不白念了。所以决定早考托考G，以把大三的宝贵时间用来全身心地学习专业课。大二的时候让我老爸帮我们俩报名考托福。老爸辛辛苦苦排队报名，但拼音不过关，填颜宁的名字的时候把Ning拼成了Nieng，而且没法改了。后来我们的宁同学就不得不一路用Nieng这个名字申请学校。 不过当时我就很有远见地说，以后你要出名了，这名字肯定好，因为叫Ning Yan的肯定一大堆，但Nieng Yan只有你一个！后来果真，Nieng Yan这个有特色的名字现在成了响当当的国际论文霸啦呵呵。要是哪天Nieng同学得了诺贝尔奖，一定得感谢一下我老爸的说！所以我们俩大二考了托，大三考了G。觉得大三大四可以对得起自己的专业了，至于有没有，那就另当别论了。


bigsnail 发表于 2022-11-05 23:29

我宁愿相信是因为考两次的原因。

所以施一公是信星座吗？haha interesting
鸢 发表于 2022-11-05 20:25

估计就是为了迷惑别人，掩盖他的真实意图。

什么方言可以把ning拼成nieng？

什么方言可以把ning拼成nieng？
海棠花开 发表于 2022-11-05 23:35

她老爸最近关于她回国的理由说的滴水不漏，我打死也不相信他会把他女儿的拼音搞错了。相信的人才傻。

她的闺蜜李一诺的老爸在帮颜宁报考托福是填错了，就这样沿用了。 具体看他们报道的文章（我和颜宁这些年…（上） - 知乎 (zhihu.com)）里的描述： 大二我们俩看4字班5字班的师兄师姐都在上专业课的时候看托看G，觉得如果专业课不学，生物岂不白念了。所以决定早考托考G，以把大三的宝贵时间用来全身心地学习专业课。大二的时候让我老爸帮我们俩报名考托福。老爸辛辛苦苦排队报名，但拼音不过关，填颜宁的名字的时候把Ning拼成了Nieng，而且没法改了。后来我们的宁同学就不得不一路用Nieng这个名字申请学校。 不过当时我就很有远见地说，以后你要出名了，这名字肯定好，因为叫Ning Yan的肯定一大堆，但Nieng Yan只有你一个！后来果真，Nieng Yan这个有特色的名字现在成了响当当的国际论文霸啦呵呵。要是哪天Nieng同学得了诺贝尔奖，一定得感谢一下我老爸的说！所以我们俩大二考了托，大三考了G。觉得大三大四可以对得起自己的专业了，至于有没有，那就另当别论了。


bigsnail 发表于 2022-11-05 23:29

不都是先g后t的吗？

回复 42楼cafe1123的帖子
不是颜宁老爸拼错了，是颜宁闺蜜李一诺的老爸给颜宁和李一诺报名考试拼错了。颜宁老爸又不在北京，没办法给她报名托福GRE的。

回复 38楼ab18的帖子
你爱相信啥就相信啥。我这个版本是颜宁还有李一诺都出来作证过的，至少有人证。而且是十几年前颜宁还没怎么红的时候的说法。你那个为了考两次才改名的版本也拿个证据出来就好。

回复 43楼trayanh的帖子
正常人都是先G再T, 但有些人先T再G，俺老婆也是先T再G，比我考的好。

回复 28楼ab18的帖子
蛋白真实结构除了上帝没人知道。预测软件也是根据大量电镜结果数据来反向推理出来的。最后预测出来的结果还不是需要电镜来证实？

回复 38楼ab18的帖子
你爱相信啥就相信啥。我这个版本是颜宁还有李一诺都出来作证过的，至少有人证。而且是十几年前颜宁还没怎么红的时候的说法。你那个为了考两次才改名的版本也拿个证据出来就好。
bigsnail 发表于 2022-11-06 00:32

她俩多年好友，你要真上升到”作证“这个角度的话，我是不是也得质疑一下conflict of interest 本来这事就是答非所问的典型，别人问她为什么paper署名nieng她给你讲这么一个故事。谁关心她托福考试成绩单了？一个托福成绩单名字压过所有其他官方身份证明吗？她护照上名字怎么拼的，她legal名字到底是什么？而且托福考试到底查不查photo ID？

回复 28楼ab18的帖子
蛋白真实结构除了上帝没人知道。预测软件也是根据大量电镜结果数据来反向推理出来的。最后预测出来的结果还不是需要电镜来证实？
bigsnail 发表于 2022-11-06 00:37

MITbbs索男还是先补补课再来撕吧，alphafold用的signal远不止是电镜/xray。

回复 49楼ab18的帖子
预测永远是预测，没有办法替代研究。alphafold最多就是一个工具，就像搜索引擎一样，科学家需要搜索引擎去查找资料来辅助研究，但不能不去做研究。结构学家未来可能需要alphafold，但不能不下手去做结构研究。

乔丹，不就是天天把球扔到框里吗。 梅西，不就是天天把球踢到网里吗。 PUA颜老师，不就是天天口吐白沫吗。
玉骨遥 发表于 2022-11-05 20:01

总有loser要对施一公颜宁阴阳怪气各种诋毁，不知道ta自己对科研又有多少贡献 一边贬低人家已有的成果，一边幸灾乐祸幻想alphafold出来以后他们会无路可走 牛人都已经有新的赛道了，loser只能键盘上挥毫，又眼红，又不服气，又心怀阴暗

回复 49楼ab18的帖子
预测永远是预测，没有办法替代研究。alphafold最多就是一个工具，就像搜索引擎一样，科学家需要搜索引擎去查找资料来辅助研究，但不能不去做研究。结构学家未来可能需要alphafold，但不能不下手去做结构研究。
bigsnail 发表于 2022-11-06 01:24

笑了，电镜又何尝不是工具，结构生物学又何尝不是工具？怎么就研究了？说白了蛋白在你手上能结晶出来，还不是个工程学问题。怎么就谁比谁高端了？做药物的人去pdb上，搜索个蛋白，下载个蛋白结构不也是个“搜索引擎”？ alphafold起码还创新地提出一个新的手段。

能教授在华人上可真够🔥……

回复 1楼ab18的帖子
"然后奇葩故事还包括他每个学生都要问对方什么星座。。。具体问这个原因至今不明" 收集到12星座的聖鬥士了嗎?

作者有权力和判断决定引用那篇文章，不引用哪篇文章。因为他最清楚自己得益于哪篇文章。 审稿人和编辑有资格告诉作者那篇文章该引用或者不该引用。甚至可以因为引用不恰当而拒稿。 读者可以有自己的观点，但无权逼着作者去引用哪篇或者不引用哪篇。因为读者没有当事人（作者）清楚究竟文章得益于哪些文献。 即使读者觉得应该引用，但最终决定权是在作者手中。作者才是项目完成人。 所以不引用并不见的作者有错。可能她真没从那篇文章中收益。又或者她觉得那篇文章有问题。又或者有其他原因。
bigsnail 发表于 2022-11-05 22:51

你这是能教授本尊？

谁能说说 “能教授” 这个称谓是怎么来的？

笑了，电镜又何尝不是工具，结构生物学又何尝不是工具？怎么就研究了？说白了蛋白在你手上能结晶出来，还不是个工程学问题。怎么就谁比谁高端了？做药物的人去pdb上，搜索个蛋白，下载个蛋白结构不也是个“搜索引擎”？ alphafold起码还创新地提出一个新的手段。
ab18 发表于 2022-11-06 01:46

如果预测很准的话 电镜基本上就不再有科研意义了

这段都没人提了
https://mobile.twitter.com/DaveSun83066108/status/1588764645367894016

结构生物学现在还是很有用的 但是培养出的phd，我接触过的科研能力都有待商榷，感觉phd training就是筛筛筛

作者有权力和判断决定引用那篇文章，不引用哪篇文章。因为他最清楚自己得益于哪篇文章。 审稿人和编辑有资格告诉作者那篇文章该引用或者不该引用。甚至可以因为引用不恰当而拒稿。 读者可以有自己的观点，但无权逼着作者去引用哪篇或者不引用哪篇。因为读者没有当事人（作者）清楚究竟文章得益于哪些文献。 即使读者觉得应该引用，但最终决定权是在作者手中。作者才是项目完成人。 所以不引用并不见的作者有错。可能她真没从那篇文章中收益。又或者她觉得那篇文章有问题。又或者有其他原因。
bigsnail 发表于 2022-11-05 22:51

你说这话不心虚？

这段都没人提了
https://mobile.twitter.com/DaveSun83066108/status/1588764645367894016
流浪的小孩 发表于 2022-11-06 07:39

可惜现在都去世了，阎不搞结构但还是生物领域，不过哪个行业都拼后台，而且如果真相暴露，会显得很多人业务水平不到位，除非证明是错误的才会retract

结构生物学现在还是很有用的 但是培养出的phd，我接触过的科研能力都有待商榷，感觉phd training就是筛筛筛
Hermoniagringer 发表于 2022-11-06 07:48

搞结构生物学 应该从数学物理背景的学生去选 而不是生物背景的

有次路过一华人教授的生物实验室，有七八位博士生博士后访问学者。同城另一位华人生物教授的实验室也是一样。后来这俩千人跑回国没带这些人， 实验室的人也都散伙自某生路。 认识一老兄出来后与人和开生物制品公司， 遇上好时机混的不错。这类血汗实验室太多了。

不觉得现在看那些二十年前做基因测序的可笑。有这种想法的人真是傲慢又狭隘，哪个技术的突破不是站在前人一步一步打下的基础之上的呢。照这个逻辑，当代物理学家是不是都可以把牛顿嘲笑一番？

不觉得现在看那些二十年前做基因测序的可笑。有这种想法的人真是傲慢又狭隘，哪个技术的突破不是站在前人一步一步打下的基础之上的呢。照这个逻辑，当代物理学家是不是都可以把牛顿嘲笑一番？
如梦飞花 发表于 2022-11-06 07:59

现在还拿自己能做基因测序来吹 就可笑了

不觉得现在看那些二十年前做基因测序的可笑。有这种想法的人真是傲慢又狭隘，哪个技术的突破不是站在前人一步一步打下的基础之上的呢。照这个逻辑，当代物理学家是不是都可以把牛顿嘲笑一番？
如梦飞花 发表于 2022-11-06 07:59

但是如果现在还有物理博士要去研究牛顿当年的那些成果，估计博士毕不了业。研究历史应该没问题。

回复 66楼cafe1123的帖子
那是当然. 但是你能说看看牛顿当年觉得可笑？

回复 66楼cafe1123的帖子
那是当然. 但是你能说看看牛顿当年觉得可笑？
如梦飞花 发表于 2022-11-06 08:20

把她比作牛顿也太抬举了吧。估计也就是给牛顿制作望远镜的木匠。

回复 42楼cafe1123的帖子
不是颜宁老爸拼错了，是颜宁闺蜜李一诺的老爸给颜宁和李一诺报名考试拼错了。颜宁老爸又不在北京，没办法给她报名托福GRE的。
bigsnail 发表于 2022-11-06 00:29

为啥不能自己报名？我当年全是自己整的

搞结构生物学 应该从数学物理背景的学生去选 而不是生物背景的

shanggj 发表于 2022-11-06 07:55

你显然不懂结构生物学，也不知道美国各大学的这行当实验室是咋运作的

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只是打个比方而已，想说不要否定前人的工作。。。。没有把她比牛顿的意思。唉，交流真是障碍重重，好多人喜欢不负责任地把话硬塞在别人嘴里

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只是打个比方而已，想说不要否定前人的工作。。。。没有把她比牛顿的意思。唉，交流真是障碍重重，好多人喜欢不负责任地把话硬塞在别人嘴里
如梦飞花 发表于 2022-11-06 08:43

难道牛顿不是你提出来的？

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不是颜宁老爸拼错了，是颜宁闺蜜李一诺的老爸给颜宁和李一诺报名考试拼错了。颜宁老爸又不在北京，没办法给她报名托福GRE的。
bigsnail 发表于 2022-11-06 00:29

颜宁老爸在北京。
按网上的信息，如果是真的话，颜宁是从北京考上的清华，属于高考移民。
https://blog.wenxuecity.com/myblog/78495/202112/23197.html 1990年，颜宁便以全县第十名的成绩考进了重点中学章丘一中
https://m.mysmth.net/article/SchoolEstate/939484  1996年，颜宁从黄村一中（现大兴一中）考入清华大学生物科学与技术系

知识技术更新越来越快，本来过去学的东西搞得研究就会不停被淘汰更新，这不是很正常的。除了学考古和历史，理论数学和物理啥的，啥学科不都变得飞快。

事后这事情怎么打扮都行呀，一诺自己是个更大的网红，而且是麦肯锡混过的人精 你觉得颜宁这种网红科学家，这种故事都是随便讲吗？肯定都是思考过怎么建立人设的。
更何况，她护照上，本科成绩单上肯定都是ning啊。没看出来怎么就因为非得用托福成绩单当作自己下半辈的名字了。更何况托福考试都是需要photo ID对名字对照片的，这故事实在编的太差。糊弄一下国内没出国留学过的差不多。
ab18 发表于 2022-11-05 23:32

李一诺满嘴跑火车，我估计她两也是各自开创网红事业之后又联系上的。之前可没见这么整天秀闺蜜情。都是利益

颜宁老爸在北京。
按网上的信息，如果是真的话，颜宁是从北京考上的清华，属于高考移民。
https://blog.wenxuecity.com/myblog/78495/202112/23197.html 1990年，颜宁便以全县第十名的成绩考进了重点中学章丘一中
https://m.mysmth.net/article/SchoolEstate/939484  1996年，颜宁从黄村一中（现大兴一中）考入清华大学生物科学与技术系
echomom 发表于 2022-11-06 09:04

对，能教授是高考移民。 据说是她第一次GRE也没考好，因为成绩会累积，所以第二次考的时候，把yan ning改成yan nieng，这样成绩就不会累积了。所以现在大家都叫能老师

对，能教授是高考移民。 据说是她第一次GRE也没考好，因为成绩会累积，所以第二次考的时候，把yan ning改成yan nieng，这样成绩就不会累积了。所以现在大家都叫能老师
浮云淡淡 发表于 2022-11-06 09:25

正想问颜宁为什么被叫能教授呢？谢谢

你不能用上帝视角，因为今天看上去过去的做法幼稚而否定了当初的价值，这个应该是从事基础研究的基本素养，不积跬步，无以至千里，不积小流，无以成江海。
facet 发表于 2022-11-05 19:10

Well said !

这不就是吃了三个馅饼饱了，觉得前两个都白吃了的精神吗？没有实验科学家解决的晶体结构图像们做基础，alphafold怎么能推算新的蛋白架构。现在说有alphafold可以预测结构了，以前的工作都没有意义了，这不是笑话吗？任何一门科学都是站在巨人的肩膀上，靠从前的无数积累才能有所突破的。

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exactly！这么简单的道理，解释半天也听不懂。但凡有点脑子受过一点decent教育的人，都说不出这种话

李一诺满嘴跑火车，我估计她两也是各自开创网红事业之后又联系上的。之前可没见这么整天秀闺蜜情。都是利益
pevcmao 发表于 2022-11-06 09:14

颜宁我觉得是还好，那个李一诺写的东西真的是没眼看，文章里面充满的那种优越感简直溢出画面。

对，能教授是高考移民。 据说是她第一次GRE也没考好，因为成绩会累积，所以第二次考的时候，把yan ning改成yan nieng，这样成绩就不会累积了。所以现在大家都叫能老师
浮云淡淡 发表于 2022-11-06 09:25

哇 这个料还是第一次听说

蛋白结构的作用是告诉我们蛋白具体长什么样子，以及推测蛋白功能的物理机制。比如说这个蛋白是个通道，那么开关在哪里，机制是什么，我们能不能开发一些药物？ 这个领域最热门的20年可能刚刚过去了，回头看2010年的时候，真是一个结构一篇nature/science，疯狂程度犹如1990年的时候一个基因一篇文章。后来基因组计划出来后，回头看当年无数phd五六七八年就做一个基因，发一篇nature，都有点荒诞可笑。或许再过十年回头看2010年的结构文章也是如此。这就是科学进步吧。
alphafold出来后拍死了一堆科研方向，直接冲击的是做计算结构的那帮人。这是一个80年代开始，热门了大概20年的学科。想法就是利用物理模型直接计算出蛋白结构。但是这个计算量非常大，所以开发了很多近似的方案，但也是先要给一些经验性的猜测作为起始点（比如说同源片段，这个办法其实理念上就是alphafold的办法），模拟尺度也一般都是纳秒级。顺便说一句，大名鼎鼎的David E Shaw赚够钱后就自己回哥大捣鼓自己的科研了，就是做这个。当然，因为蛋白折叠也的确是一个物理化学问题，按理说不用实验而依赖计算和数据的办法是可以解决的。所以如今做结构的人也被迫要往下游移动了，去做更多功能/生化的方向。
膜蛋白最早是能教授的师父11公的绝活，而且2010s才开始流行电镜，能教授发家的时候还是结晶Xray。当年这种实验室肯定都有点自己秘而不宣的绝活比如说某个特定的去垢剂配方可以稳定蛋白一类的，所以能教授也能在北美做下去，但是11公还是毅然决定回国去盖血汗工厂了。看看最近十年他实验室发了nature/science的新闻宣传稿就能发现，他招的学生都不是清北复交浙中top的，最能出活的是普通985/211的。这种学生，能奋力考入清华读博士肯定都是非常能卷的，非常motivated的，科研都是三班倒地狱模式，电镜买回来24小时不停机，一将功成万骨枯。
2000s的时候，11公负责过很多年普林在中国大陆的招生，每个进入final的学生都会接到他的电话。他的formule就是只要GPA第一的，现在想想也是有原因因为大学GPA第一说明爱卷能拼啊。然后奇葩故事还包括他每个学生都要问对方什么星座。。。具体问这个原因至今不明

ab18 发表于 2022-11-05 19:01

讲11公招什么学生有点诛心了。国内TOP大学，博士生大多数都是外校进来的。本校好学生要么工作、要么出国读博去了。90年代就已经是这样。

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看来你懂这些。请问下你关于颜宁阎润涛的事怎么看 我外行 不懂

这不就是吃了三个馅饼饱了，觉得前两个都白吃了的精神吗？没有实验科学家解决的晶体结构图像们做基础，alphafold怎么能推算新的蛋白架构。现在说有alphafold可以预测结构了，以前的工作都没有意义了，这不是笑话吗？任何一门科学都是站在巨人的肩膀上，靠从前的无数积累才能有所突破的。
gigivivi 发表于 2022-11-06 09:40

说得好。
我虽然不喜欢结构，但看着拿 alphafold 踩前面的科研工作者们的说法也是觉得恶心。

有创造性的结果的人手指可数，绝大多数是在基础学科上发展，创新得出结论的。 问题是为什么颜宁能成功而别人不行，就如同考大学，为什么有进清北的，还有考不上的。轻易否定别人的成功幼稚而且很小气。有些人的言论醋味浓郁，智商也不在线上。

颜宁我觉得是还好，那个李一诺写的东西真的是没眼看，文章里面充满的那种优越感简直溢出画面。
xdsqc 发表于 2022-11-06 10:07

一诺也算上名人了，不过咖位比颜老师差太远了。 国内传有公司出50亿股权邀请颜老师参加。50亿我们几辈子都挣不到啊。太羡慕了。

对，能教授是高考移民。 据说是她第一次GRE也没考好，因为成绩会累积，所以第二次考的时候，把yan ning改成yan nieng，这样成绩就不会累积了。所以现在大家都叫能老师
浮云淡淡 发表于 2022-11-06 09:25

GRE 没有考好 考第二次 要么等五年 要么改名字 否则低分还是会寄到大学的

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只是打个比方而已，想说不要否定前人的工作。。。。没有把她比牛顿的意思。唉，交流真是障碍重重，好多人喜欢不负责任地把话硬塞在别人嘴里
如梦飞花 发表于 2022-11-06 08:43

什么叫否认“前人工作了”，碰巧我是曾经做过这行的人也是北美读的phd所以出来讲点八卦大家讨论讨论 您这等于啥信息也没给就直接扣个帽子“否定前人工作”，这不是等于啥也没说么。您这个帽子如此generic任何地方讨论教授地方都可以扣，照您的的说法，所有教授都不能批评了吗？ 而且我说的更多是因为新技术出现，他们这些教授所在领域受到了挑战，甚至有了存亡危机。这怎么又成了“否认前人工作”？？？

这不就是吃了三个馅饼饱了，觉得前两个都白吃了的精神吗？没有实验科学家解决的晶体结构图像们做基础，alphafold怎么能推算新的蛋白架构。现在说有alphafold可以预测结构了，以前的工作都没有意义了，这不是笑话吗？任何一门科学都是站在巨人的肩膀上，靠从前的无数积累才能有所突破的。
gigivivi 发表于 2022-11-06 09:40

碰巧我是曾经做过这行的人也是北美读的phd所以出来讲点八卦大家讨论讨论。 您这等于啥信息也没给就直接扣个帽子，这不是等于啥也没说么。您如果真是这行的话，那您给我讲讲alphafold到底怎么工作的？然后给我们分析一下如果这世界上没有了能教授11公，缺了他们解的那几个结构，alphafold是不是真散架了没法工作了？
而且我题目里哪里讲了前面饼白吃了？重点明明是以后没饼吃了，尤其是有新技术后靠着血汗工厂吃饼会消失。

说alphafold出来后拍死了做结构的都是胡扯八道。蛋白结构那么复杂，哪这么容易预测。buffer 不同，离子不同，pH不同蛋白结构就在那里不停的变化，又不是固定在那里一动不动。你就是预测了结构，也要做出来真是的结构来比较你预测的对不对。如何进一步优化。光凭预测的结构就是99%正确设计出来药物吃死人你给赔钱不？膜蛋白有几个预测成功的？俺做的一个膜蛋白几个软件都预测反了N端C端在细胞内还是外，纯粹扯蛋。
bigsnail 发表于 2022-11-05 22:34

美国NIH搞的全球 Human Genome Analysis project 原计划30到40年 后面计算机出现 结果十年基本上就解出来了 害得我们这些postdog 都成了千老 如果没有电脑解析 我们那个R01应该拿到没有问题

GRE 没有考好 考第二次 要么等五年 要么改名字 否则低分还是会寄到大学的
cibeijixiangruyi 发表于 2022-11-06 13:11

改名字这事还在其次，grad school录取后这事情就没人管了，以后发paper你署名啥随便你 很多中国人会用个英文名，甚至署名到paper上也很多的。
大家问的问题本来是她为什么所有地方都改了拼写，连发paper也要用nieng这个拼写，结果人家答非所问抛一个托福考试出来

碰巧我是曾经做过这行的人也是北美读的phd所以出来讲点八卦大家讨论讨论。 您这等于啥信息也没给就直接扣个帽子，这不是等于啥也没说么。您如果真是这行的话，那您给我讲讲alphafold到底怎么工作的？然后给我们分析一下如果这世界上没有了能教授11公，缺了他们解的那几个结构，alphafold是不是真散架了没法工作了？
而且我题目里哪里讲了前面饼白吃了？重点明明是以后没饼吃了，尤其是有新技术后靠着血汗工厂吃饼会消失。
ab18 发表于 2022-11-06 13:16

"然后给我们分析一下如果这世界上没有了能教授11公，缺了他们解的那几个结构，alphafold是不是真散架了没法工作了？" 这话说的，每一个已经解决的晶体结构都决定了alphafold最终预测的准确性。不好意思我也是生物出身现在做AI/ML的，so what? 你做过这行就有资格否定别人了？

赶紧给自个儿念三遍：不试图说服世界观不同的人，不试图说服世界观不同的人，不试图说服世界观不同的人。

改名字这事还在其次，grad school录取后这事情就没人管了，以后发paper你署名啥随便你 很多中国人会用个英文名，甚至署名到paper上也很多的。
大家问的问题本来是她为什么所有地方都改了拼写，连发paper也要用nieng这个拼写，结果人家答非所问抛一个托福考试出来
ab18 发表于 2022-11-06 13:19

大学奖学金名单和 PhD candidate的名字 都必须和 GRE记录一致 然后读博文章都得改呀 尽管华人有时候用一个英文名 但是legal name 是不能改的 博导负责 然后博后也得改 然后 申请funding都得改名呀 我国内发的文章 拼音写的方式不一样 都很麻烦 都得给老板解释 为什么这些文章是我的

"然后给我们分析一下如果这世界上没有了能教授11公，缺了他们解的那几个结构，alphafold是不是真散架了没法工作了？" 这话说的，每一个已经解决的晶体结构都决定了alphafold最终预测的准确性。不好意思我也是生物出身现在做AI/ML的，so what? 你做过这行就有资格否定别人了？

gigivivi 发表于 2022-11-06 13:26

这位jj, 我不是做生物的，也不会al/ml,只是周末来旁观八卦吵架的。 lz在反问能教授11公的贡献是不是对alphafold有关键性作用. 你回答每个解决的晶体结构都会影响准确性，这个在我外行看起来说明不了问题啊。 感觉只能影响准确性的话，一般来说都没有关键性作用。

要准确地这个问题只能靠实际验证，用世界上所有的晶体结构train 一个alphafold，再把所有施一公颜宁有贡献的晶体结构去掉train一个新的alphafold，让两者各自预测若干个晶体结构，然后比较分析出准确率到底降低了多少。然后怎么定义关键性? 这个问题本身毫无意义。

要准确地这个问题只能靠实际验证，用世界上所有的晶体结构train 一个alphafold，再把所有施一公颜宁有贡献的晶体结构去掉train一个新的alphafold，让两者各自预测若干个晶体结构，然后比较分析出准确率到底降低了多少。然后怎么定义关键性? 这个问题本身毫无意义。
gigivivi 发表于 2022-11-06 13:44

蛋白质有四级结构 构象功能关系 都很古老的科学 全球成千上万 甚至几十万的生物科学家’ 加上成千上万电脑科学家 一起努力 成就了 alphafold2 不要把某一个科学家的成绩无限放大 好像 缺了胡萝卜整不成酒一样！