2020年12月13日，MIT的Rudolf Jaenisch在预印本 bioRxiv 上在线了一项题为： SARS-CoV-2 RNA reverse-transcribed and integrated into the human genome 的研究 论文， 似乎提供了SARS-CoV-2可能通过逆转录并整合到人类基因组的证据，该论文尚 未通过同行评议。 研究人员首先分析了数据库中SARS-CoV-2感染细胞的RNA-seq数据，在包括肺、心脏、 大脑、胃组织来源的细胞和类器官，以及直接来源于COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本中，发现了宿主与病毒转录本嵌合的证据，且丰度与病毒RNA水平显著正相关。
本研究主要发现SARS-CoV-2感染或细胞因子诱导可以上调逆转录酶LINE-1的水平，这可能作为SARS-CoV-2逆转录并部分整合到宿主基因组的理论基础。
来源 | BioArtReports
COVID-19疫情暴发以来，已发现多项SARS-CoV-2脱落时间延长的案例，也有研究发现，在初次感染康复后几周到几个月，核酸检测会再次呈现阳性结果，由于严格的隔离措施以及无法分离到传染性病毒，表明很多案例可能为“复阳”而非“再感染”，但其机制至今仍未阐明清楚。
SARS-CoV-2作为正链 RNA 病毒，利用RNA依赖性RNA聚合酶 （RdRp） 复制其基因组RNA和转录其亚基因组RNA，而不排除这样一种可能性，即 SARS-CoV-2的RNA可以被逆转录
并整合到人类基因组中 ，整合后的转录因此造成了核酸检测“复阳”。
2020年12月13日，MIT的Rudolf Jaenisch在预印本 bioRxiv 上在线了一项题为： SARS-CoV-2 RNA reverse-transcribed and integrated into the human genome 的研究
论文， 似乎提供了SARS-CoV-2可能通过逆转录并整合到人类基因组的证据，该论文尚
未通过同行评议。
研究人员首先分析了数据库中SARS-CoV-2感染细胞的RNA-seq数据，在包括肺、心脏、
大脑、胃组织来源的细胞和类器官，以及直接来源于COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本中，发现了宿主与病毒转录本嵌合的证据，且丰度与病毒RNA水平显著正相关。
主要的嵌合处为SARS-CoV-2亚基因组丰度最高的N 蛋白RNA （N RNA） ，这些分析结果暗示SARS-CoV-2的RNA可能会逆转录并整合到宿主基因组中，因而出现了宿主和病毒嵌
合转录本。
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图1. SARS-CoV-2感染细胞的RNA-seq数据具有宿主和病毒嵌合转录本
接下来，研究人员又提供了实验证据，在SARS-CoV-2感染的过表达人LINE-1或HIV-1逆
转录酶（RT）的HEK293T细胞中，通过FISH （荧光原位杂交） 利用N RNA的PCR引物对
纯化的细胞基因组DNA进行检测，发现细胞过表达CMV启动子驱动的LINE-1，其N序列信
号强度比自然启动子或HIV-1 RT高8倍。靶向N RNA荧光标记核苷酸的单分子RNA-FISH也确认了这一结果，过表达逆LINE-1的细胞的细胞核荧光强度更高。
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图2. SARS-CoV-2 RNA逆转录和整合
研究人员在SARS-CoV-2感染的细胞RNA-seq数据中也发现了LINE-1元件的上调，与嵌合
转录本的丰度相关，同时利用LINE-1特异性引物确认了这一结果，SARS-CoV-2感染的
Calu3细胞中的LINE-1水平高3到4倍，在Calu3细胞基因组中也检测到了逆转录整合的N
序列。此外，研究人员还发现细胞因子诱导可以上调LINE-1的水平。
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图3. SARS-CoV-2感染和细胞因子诱导上调逆转录酶LINE-1
总而言之， 本研究主要发现SARS-CoV-2感染或细胞因子诱导可以上调逆转录酶LINE-1
的水平，这可能作为SARS-CoV-2逆转录并部分整合到宿主基因组的理论基础。