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新冠起源我的最新研究成果
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最新回复：2020年2月26日 7点21分 PT
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x
xiaxianyue
大约 4 年
楼主 (未名空间)
西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C
group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（RaTG13-like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
的毒株，我称为H0.它跟H3相似度在99.99%以上。
4. H0在人体内发生了二次变异，导致NS1蛋白aa102-106和141-143缺失，产生了H1的原型。H0和H1原型在人体内积累突变，产生了H3和H1。除去NS1蛋白的区别，H3和H1的碱
基区别只有2个nt（占基因组0.007%）的区别，从这里可以看出H0和H1/H3有多么接近。
h
hertzian
大约 4 年
2 楼
是不是可以考虑将你的研究成果投稿到Nature上试试运气？～
b
beijingren
大约 4 年
3 楼
结论是啥？
b
bigball
大约 4 年
4 楼
你研究方向错了
从头到尾就是人造的
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，
★ 发自iPhone App: ChinaWeb 1.1.5
k
keystone0504
大约 4 年
5 楼
these are all conclusions
【 在 beijingren (to thine own self be true) 的大作中提到: 】
: 结论是啥？
n
ne5234
大约 4 年
6 楼
“新冠起源我”的最新研究成果 ？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
b
beijingren
大约 4 年
7 楼
不是人造的？
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: these are all conclusions
k
keystone0504
大约 4 年
8 楼
not conclusive, but looks like it is not based on these conclusions.
【 在 beijingren (to thine own self be true) 的大作中提到: 】
: 不是人造的？
t
testingRobot
大约 4 年
9 楼
夏将军做生信的？
这种溯源相似性一般用什么measure啊
S
StMicheal
大约 4 年
10 楼
PRRA那个阶段发生的？
S
StMicheal
大约 4 年
11 楼
穿山甲未必是传人的最后宿主，带PRRA的才是。
h
hhcare
大约 4 年
12 楼
先给一个结论
如果没有结论
或不是大可能美国投毒
我不会看
k
keystone0504
大约 4 年
13 楼
有没有可能是传人后变异的
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 穿山甲未必是传人的最后宿主，带PRRA的才是。
S
StMicheal
大约 4 年
14 楼
RatG13和pangolin_Cov和新冠相似度都不够，差太远。真的跳人前的病毒和宿主都未知，要继续找。
S
StMicheal
大约 4 年
15 楼
这个成立需要很长时间人群内传播和很大的人群。
查武汉周边湖北省人群血清可以帮助回答这个问题。
我还是倾向带PRRA的病毒是在动物宿主体内就有的。
目前找到的蝙蝠和穿山甲病毒都是新冠远亲。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 有没有可能是传人后变异的
k
keystone0504
大约 4 年
16 楼
有没有可能另外一批山甲病毒带PLA
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 这个成立需要很长时间人群内传播和很大的人群。
: 查武汉周边湖北省人群血清可以帮助回答这个问题。
: 我还是倾向带PRRA的病毒是在动物宿主体内就有的。
: 目前找到的蝙蝠和穿山甲病毒都是新冠远亲。
S
StMicheal
大约 4 年
17 楼
那就不知道了。还有可能是别的动物。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 有没有可能另外一批山甲病毒带PLA
k
keystone0504
大约 4 年
18 楼
我记得爱波拉和艾滋病都是找了很长时间取了很多样品才确定
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 那就不知道了。还有可能是别的动物。
O
OofW
大约 4 年
19 楼
我就想知道伊朗发生的新冠疫情是怎么回事？
伊朗很早就切断了跟中国联系
伊朗的毒株来源这个很关键
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 这个成立需要很长时间人群内传播和很大的人群。
: 查武汉周边湖北省人群血清可以帮助回答这个问题。
: 我还是倾向带PRRA的病毒是在动物宿主体内就有的。
: 目前找到的蝙蝠和穿山甲病毒都是新冠远亲。
k
keystone0504
大约 4 年
20 楼
国内去伊朗旅游的很多，免签，把病毒放下一走根本没法查
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 我就想知道伊朗发生的新冠疫情是怎么回事？
: 伊朗很早就切断了跟中国联系
: 伊朗的毒株来源这个很关键
O
OofW
大约 4 年
21 楼
伊朗1月31日就已经跟中国断航
为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 国内去伊朗旅游的很多，免签，把病毒放下一走根本没法查
k
keystone0504
大约 4 年
22 楼
伊朗现在相当于一月初的武汉
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
x
xiaxianyue
大约 4 年
23 楼
s蛋白的插入相似度非常高。所以我说是RaTG13的亲戚跟pangolin-CoV重组。
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: RatG13和pangolin_Cov和新冠相似度都不够，差太远。真的跳人前的病毒和宿主都未知
: ，要继续找。
x
xiaxianyue
大约 4 年
24 楼
那是因为爆发很久后才开始取样。从这次样本的差异性看，离H0已经很近了。感兴趣的话你可以去GISAID看看其他病毒（ebola，dengue，measles，tb，etc）的传播和演化
史。特别是measles，很容易看出小规模爆发在演化树上长什么样。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 我记得爱波拉和艾滋病都是找了很长时间取了很多样品才确定
p
pia
大约 4 年
25 楼
穿山甲和蝙蝠可以请辩护律师吗？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
F
F250
大约 4 年
26 楼
H3 那个病人据说常年卧床，能感染他的人（动物？） 很少，其实应该能查出些东西来
x
xiaxianyue
大约 4 年
27 楼
很有可能是台湾传过去的，台湾有两个样品离H3亲缘极近，但都是一月底才在台北发病。
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
O
OofW
大约 4 年
28 楼
很有必要搞清楚伊朗的毒哪儿来的。目前的状况是有些病例跟中国没关系
WHO concerned about cases with no clear link
The WHO is concerned about the number of coronavirus cases with no clear
epidemiological link, its director general said on Saturday.
"Although the total number of cases outside China remains relatively small, we are concerned about the number of cases with no clear epidemiological
link, such as travel history to China or contact with a confirmed case,"
Tedros Adhanom Ghebreyesus said in a briefing.
http://www.aljazeera.com/news/2020/02/china-coronavirus-outbreak-latest-updates-200221211643953.html
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 伊朗现在相当于一月初的武汉
A
ACE2
大约 4 年
29 楼
存在一个Pangolin-xxx？
A
ACE2
大约 4 年
30 楼
PRRA是耗子？
C
Caravel
大约 4 年
31 楼
不是非常高，是完全一样，华农发现一个穿山甲S蛋白跟ncov只有一个氨基酸不一样
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: s蛋白的插入相似度非常高。所以我说是RaTG13的亲戚跟pangolin-CoV重组。
k
keystone0504
大约 4 年
32 楼
看来现在的问题是取样，找到样品有遗传序列你的诺奖就没跑了
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 那是因为爆发很久后才开始取样。从这次样本的差异性看，离H0已经很近了。感兴趣的
: 话你可以去GISAID看看其他病毒（ebola，dengue，measles，tb，etc）的传播和演化
: 史。特别是measles，很容易看出小规模爆发在演化树上长什么样。
O
OofW
大约 4 年
33 楼
艹，台湾人跑伊朗干嘛去了，也是朝圣？
还有台湾人啥时候跑伊朗的？
看看时间点，一月份全球的焦点都在伊朗。又是炸美国基地，又是误射客机
这台湾人真会凑热闹
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 很有可能是台湾传过去的，台湾有两个样品离H3亲缘极近，但都是一月底才在台北发病。
c
clearjks
大约 4 年
34 楼
完全就是扯淡，故意转移视线！如果是走私穿山甲的人，疫情不会只是武汉单点爆发！穿山甲是被栽赃的！
【在 xiaxianyue(下弦月)的大作中提到：】
：西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C ：group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
m
mynight02
大约 4 年
35 楼
我对于你完全罔顾流行病研究中最重要的一环—-传染途径，以结果为导向的天马行空
能力，哭笑不得。
目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。他感染的病毒也应该是记录在案的最古老病毒。
你能说说你的穿山甲如何绕过首发A，进行突变的吗？
你能解释这个足不出户的首发A是如何接触到穿山甲贩子的吗？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
W
WCNMLGB
大约 4 年
36 楼
伊朗的病例非常可疑，这个我早就说了
如果是中国人传进来的
那应该很容易找到那个中国人，和跟他接触的伊朗人，这些人应该先发病。但是现在没有任何报道。
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
x
xiaxianyue
大约 4 年
37 楼
就是我提到的RaTG13like-pangolin-CoV，或者H0
【 在 ACE2 (血管紧张素转化酶2) 的大作中提到: 】
: 存在一个Pangolin-xxx？
x
xiaxianyue
大约 4 年
38 楼
不能光看氨基酸。比对核酸可能有不少同义突变。我说H1和H3高度相似，是因为他们除了重组区域，只有2个碱基突变，占基因组的0.007%
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 不是非常高，是完全一样，华农发现一个穿山甲S蛋白跟ncov只有一个氨基酸不一样
x
xiaxianyue
大约 4 年
39 楼
这么点数据分析别说诺奖，CNS都没戏。我还不如想办法蹭个CNS。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 看来现在的问题是取样，找到样品有遗传序列你的诺奖就没跑了
b
bigball
大约 4 年
40 楼
属实 可以发nars
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 这么点数据分析别说诺奖，CNS都没戏。我还不如想办法蹭个CNS。
★ 发自iPhone App: ChinaWeb 1.1.5
x
xiaxianyue
大约 4 年
41 楼
事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
老病毒。
结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
【 在 mynight02 (一束星光) 的大作中提到: 】
: 我对于你完全罔顾流行病研究中最重要的一环—-传染途径，以结果为导向的天马行空
: 能力，哭笑不得。
: 目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 你能说说你的穿山甲如何绕过首发A，进行突变的吗？
: 你能解释这个足不出户的首发A是如何接触到穿山甲贩子的吗？
: RaTG13
b
bigball
大约 4 年
42 楼
你和星光文盲解释个啥
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
: 你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
★ 发自iPhone App: ChinaWeb 1.1.5
D
DAYAFTERTMR
大约 4 年
43 楼
赞女神霸气的标题，祝功成。
C
Caravel
大约 4 年
44 楼
12.1的有全基因序列么？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
: 你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
z
zmxmzX
大约 4 年
45 楼
断航没有用，过去一个就完蛋
z
zmxmzX
大约 4 年
46 楼
你先投个peer review 再说，实在是懒得评论了，你这要能中bmc bioinformatics也成
x
xiaxianyue
大约 4 年
47 楼
我去中国的新冠病毒毒库搜了一下，2019年12月只有一个基因组：Wuhan-Hu-1/2019 。这个基因组和我提出的H0非常接近。它跟WH04只差2个碱基突变。
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 12.1的有全基因序列么？
m
mynight02
大约 4 年
48 楼
不是我臆想，而是我记得他的病毒标记为H0，序列被定为最古老，你自己的分析也全是在B组，C组，那么A组是啥。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
: 你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
O
OofW
大约 4 年
49 楼
这图已经放了无数遍了。右键看大图
【 在 mynight02 (一束星光) 的大作中提到: 】
: 不是我臆想，而是我记得他的病毒标记为H0，序列被定为最古老，你自己的分析也全是
: 在B组，C组，那么A组是啥。
x
xiaxianyue
大约 4 年
50 楼
我把这三者放一起分析了一下，基本上肯定目前的H0是Wuhan-Hu-1/2019
H0跟H1的基因组完全一致，只是H1的NS1基因发生了两段序列的缺失。
H3缺失了H0基因组nt1-16，然后发生了两个位点的点突变。
剩下的就是基因组C端polyA长度的区别了，长度越长越古老。H0的PolyA最长，H3其次
，H1最短。
至于Wuhan-Hu-1/2019的患者信息，看nature文章：
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3_reference.pdf
患者男，41岁，12月20日发病。显然不是12月初的瘫痪老人。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 我去中国的新冠病毒毒库搜了一下，2019年12月只有一个基因组：Wuhan-Hu-1/2019 。
: 这个基因组和我提出的H0非常接近。它跟WH04只差2个碱基突变。
x
xiaxianyue
大约 4 年
51 楼
彻底的臆想。
【 在 mynight02 (一束星光) 的大作中提到: 】
: 不是我臆想，而是我记得他的病毒标记为H0，序列被定为最古老，你自己的分析也全是
: 在B组，C组，那么A组是啥。
x
xiaxianyue
大约 4 年
52 楼
H1和H3中间的那根线，代表NS1基因中8个氨基酸缺失
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 这图已经放了无数遍了。右键看大图
: http://www.mitbbs.com/article_img/Military/56001505_3_817.jpg
h
hhcare
大约 4 年
53 楼
到底研究了半天啥结论
比如我说西雅图儿童医院
谋杀
这是结论。
你这个的结论是啥
【 在 xiaxianyue(下弦月) 的大作中提到: 】
: H1和H3中间的那根线，代表NS1基因中8个氨基酸缺失
x
xiaxianyue
大约 4 年
54 楼
中国的基因组库目前有138个毒株信息，依然符合我目前的分析。我个人建议，把Wuhan-Hu-1/2019作为root，下面分两支，一支H1（NS1序列缺失15nt，polyA缺失），一支H3（N-ter 缺失15nt+2点突变，polyA缺失）
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 我把这三者放一起分析了一下，基本上肯定目前的H0是Wuhan-Hu-1/2019
: H0跟H1的基因组完全一致，只是H1的NS1基因发生了两段序列的缺失。
: H3缺失了H0基因组nt1-16，然后发生了两个位点的点突变。
: 剩下的就是基因组C端polyA长度的区别了，长度越长越古老。H0的PolyA最长，H3其次
: ，H1最短。
: 至于Wuhan-Hu-1/2019的患者信息，看nature文章：
: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3_reference.pdf
: 患者男，41岁，12月20日发病。显然不是12月初的瘫痪老人。
m
mynight02
大约 4 年
55 楼
这个判断最古老显然有问题。
你没找到中间宿主，都不知道原始序列，你怎么知道往哪个方向变异？？？
胡说八道真容易。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 我把这三者放一起分析了一下，基本上肯定目前的H0是Wuhan-Hu-1/2019
: H0跟H1的基因组完全一致，只是H1的NS1基因发生了两段序列的缺失。
: H3缺失了H0基因组nt1-16，然后发生了两个位点的点突变。
: 剩下的就是基因组C端polyA长度的区别了，长度越长越古老。H0的PolyA最长，H3其次
: ，H1最短。
: 至于Wuhan-Hu-1/2019的患者信息，看nature文章：
: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3_reference.pdf
: 患者男，41岁，12月20日发病。显然不是12月初的瘫痪老人。
m
mithjd
大约 4 年
56 楼
草，有几个人能从这一团乱毛中弄出一点头绪来
有生物千老，懂行的出来弄几句，看看这娘们是真有货，还是装B。
x
xiaxianyue
大约 4 年
57 楼
再从H0，H1和H3的关系评一评序列比对的算法问题。
两序列比对主要有三个参数：coverage，gap，mismatch。覆盖率越高说明两序列越相
似，算加分。两序列中会有短片段（大概20bp以内）缺失，在coverage的基础上减分。mismatch代表突变，也是减分。
H0与H1比对算出来得分大于H0与H3比对。说明对于H3的三个点突变扣分很多。但实际上虽然H1的碱基与H0完全对上，但其实缺了45个核酸。H3与H0比缺了31个核酸，另外有3
个不影响功能的突变，在生物学意义上更接近H0。
这种时候就应该微调算法。说明生物信息学到底还是门工具科学，脱离生物学意义，会出错。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 中国的基因组库目前有138个毒株信息，依然符合我目前的分析。我个人建议，把
Wuhan
: -Hu-1/2019作为root，下面分两支，一支H1（NS1序列缺失15nt，polyA缺失），一支H3
: （N-ter 缺失15nt+2点突变，polyA缺失）
n
no999
大约 4 年
58 楼
结论就是蝙蝠--》穿山甲--》武肺，和我党说的一样
C
Caravel
大约 4 年
59 楼
现在中国基因库似乎有219个了，改变植物园那个结论了么？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 再从H0，H1和H3的关系评一评序列比对的算法问题。
: 两序列比对主要有三个参数：coverage，gap，mismatch。覆盖率越高说明两序列越相
: 似，算加分。两序列中会有短片段（大概20bp以内）缺失，在coverage的基础上减分。
: mismatch代表突变，也是减分。
: H0与H1比对算出来得分大于H0与H3比对。说明对于H3的三个点突变扣分很多。但实际上
: 虽然H1的碱基与H0完全对上，但其实缺了45个核酸。H3与H0比缺了31个核酸，另外有
3
: 个不影响功能的突变，在生物学意义上更接近H0。
: 这种时候就应该微调算法。说明生物信息学到底还是门工具科学，脱离生物学意义，会
: 出错。
: Wuhan
: ...................
x
xiaxianyue
大约 4 年
60 楼
那篇文章只有H1和H3是准确的，其他结论问题很大。A，D，E group属于B的后代。“零号病人”绝非H38西雅图患者。
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 现在中国基因库似乎有219个了，改变植物园那个结论了么？
: 3
C
Caravel
大约 4 年
61 楼
我比较关心意大利序列，伊朗序列，和武汉序列有传承关系么？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 那篇文章只有H1和H3是准确的，其他结论问题很大。A，D，E group属于B的后代。“零
: 号病人”绝非H38西雅图患者。
x
xiaxianyue
大约 4 年
62 楼
意大利目前只有一个样品，采于1月底。属于H1的后代。伊朗什么时候全基因组测序分
享那就要看了。
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 我比较关心意大利序列，伊朗序列，和武汉序列有传承关系么？
x
xiaxianyue
大约 4 年
63 楼
上个图
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 我比较关心意大利序列，伊朗序列，和武汉序列有传承关系么？
b
beijingren4
大约 4 年
64 楼
玄月妹妹都是干货，否则那敢在军版找踩
【 在 mithjd () 的大作中提到: 】
: 草，有几个人能从这一团乱毛中弄出一点头绪来
: 有生物千老，懂行的出来弄几句，看看这娘们是真有货，还是装B。
f
fishton
大约 4 年
65 楼
玄月妹子年轻，漂亮，还懂得这么多，忽悠得军版众男一楞一楞的
b
beijingren4
大约 4 年
66 楼
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 上个图
S
SLE
大约 4 年
67 楼
蝙蝠是云南的。穿山甲是马来西亚的。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
n
nova999
大约 4 年
68 楼
先mark 一下。
：)
c
china888
大约 4 年
69 楼
化浓跟五毒所是一丘之貉
T
TopHuang
大约 4 年
70 楼
武汉11月，12月就应该有了。一月初总统开会讨论疫情，说明已经传播一段时间了。
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
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西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C
group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（RaTG13-like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
的毒株，我称为H0.它跟H3相似度在99.99%以上。
4. H0在人体内发生了二次变异，导致NS1蛋白aa102-106和141-143缺失，产生了H1的原型。H0和H1原型在人体内积累突变，产生了H3和H1。除去NS1蛋白的区别，H3和H1的碱
基区别只有2个nt（占基因组0.007%）的区别，从这里可以看出H0和H1/H3有多么接近。
是不是可以考虑将你的研究成果投稿到Nature上试试运气？～
结论是啥？
你研究方向错了
从头到尾就是人造的
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，
★ 发自iPhone App: ChinaWeb 1.1.5
these are all conclusions
【 在 beijingren (to thine own self be true) 的大作中提到: 】
: 结论是啥？
“新冠起源我”的最新研究成果 ？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
不是人造的？
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: these are all conclusions
not conclusive, but looks like it is not based on these conclusions.
【 在 beijingren (to thine own self be true) 的大作中提到: 】
: 不是人造的？
夏将军做生信的？
这种溯源相似性一般用什么measure啊
PRRA那个阶段发生的？
穿山甲未必是传人的最后宿主，带PRRA的才是。
先给一个结论
如果没有结论
或不是大可能美国投毒
我不会看
有没有可能是传人后变异的
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 穿山甲未必是传人的最后宿主，带PRRA的才是。
RatG13和pangolin_Cov和新冠相似度都不够，差太远。真的跳人前的病毒和宿主都未知，要继续找。
这个成立需要很长时间人群内传播和很大的人群。
查武汉周边湖北省人群血清可以帮助回答这个问题。
我还是倾向带PRRA的病毒是在动物宿主体内就有的。
目前找到的蝙蝠和穿山甲病毒都是新冠远亲。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 有没有可能是传人后变异的
有没有可能另外一批山甲病毒带PLA
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 这个成立需要很长时间人群内传播和很大的人群。
: 查武汉周边湖北省人群血清可以帮助回答这个问题。
: 我还是倾向带PRRA的病毒是在动物宿主体内就有的。
: 目前找到的蝙蝠和穿山甲病毒都是新冠远亲。
那就不知道了。还有可能是别的动物。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 有没有可能另外一批山甲病毒带PLA
我记得爱波拉和艾滋病都是找了很长时间取了很多样品才确定
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 那就不知道了。还有可能是别的动物。
我就想知道伊朗发生的新冠疫情是怎么回事？
伊朗很早就切断了跟中国联系
伊朗的毒株来源这个很关键
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: 这个成立需要很长时间人群内传播和很大的人群。
: 查武汉周边湖北省人群血清可以帮助回答这个问题。
: 我还是倾向带PRRA的病毒是在动物宿主体内就有的。
: 目前找到的蝙蝠和穿山甲病毒都是新冠远亲。
国内去伊朗旅游的很多，免签，把病毒放下一走根本没法查
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 我就想知道伊朗发生的新冠疫情是怎么回事？
: 伊朗很早就切断了跟中国联系
: 伊朗的毒株来源这个很关键
伊朗1月31日就已经跟中国断航
为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 国内去伊朗旅游的很多，免签，把病毒放下一走根本没法查
伊朗现在相当于一月初的武汉
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
s蛋白的插入相似度非常高。所以我说是RaTG13的亲戚跟pangolin-CoV重组。
【 在 StMicheal (archangel) 的大作中提到: 】
: RatG13和pangolin_Cov和新冠相似度都不够，差太远。真的跳人前的病毒和宿主都未知
: ，要继续找。
那是因为爆发很久后才开始取样。从这次样本的差异性看，离H0已经很近了。感兴趣的话你可以去GISAID看看其他病毒（ebola，dengue，measles，tb，etc）的传播和演化
史。特别是measles，很容易看出小规模爆发在演化树上长什么样。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 我记得爱波拉和艾滋病都是找了很长时间取了很多样品才确定
穿山甲和蝙蝠可以请辩护律师吗？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
H3 那个病人据说常年卧床，能感染他的人（动物？） 很少，其实应该能查出些东西来
很有可能是台湾传过去的，台湾有两个样品离H3亲缘极近，但都是一月底才在台北发病。
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
很有必要搞清楚伊朗的毒哪儿来的。目前的状况是有些病例跟中国没关系
WHO concerned about cases with no clear link
The WHO is concerned about the number of coronavirus cases with no clear
epidemiological link, its director general said on Saturday.
"Although the total number of cases outside China remains relatively small, we are concerned about the number of cases with no clear epidemiological
link, such as travel history to China or contact with a confirmed case,"
Tedros Adhanom Ghebreyesus said in a briefing.
http://www.aljazeera.com/news/2020/02/china-coronavirus-outbreak-latest-updates-200221211643953.html
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 伊朗现在相当于一月初的武汉
存在一个Pangolin-xxx？
PRRA是耗子？
不是非常高，是完全一样，华农发现一个穿山甲S蛋白跟ncov只有一个氨基酸不一样
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: s蛋白的插入相似度非常高。所以我说是RaTG13的亲戚跟pangolin-CoV重组。
看来现在的问题是取样，找到样品有遗传序列你的诺奖就没跑了
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 那是因为爆发很久后才开始取样。从这次样本的差异性看，离H0已经很近了。感兴趣的
: 话你可以去GISAID看看其他病毒（ebola，dengue，measles，tb，etc）的传播和演化
: 史。特别是measles，很容易看出小规模爆发在演化树上长什么样。
艹，台湾人跑伊朗干嘛去了，也是朝圣？
还有台湾人啥时候跑伊朗的？
看看时间点，一月份全球的焦点都在伊朗。又是炸美国基地，又是误射客机
这台湾人真会凑热闹
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 很有可能是台湾传过去的，台湾有两个样品离H3亲缘极近，但都是一月底才在台北发病。
完全就是扯淡，故意转移视线！如果是走私穿山甲的人，疫情不会只是武汉单点爆发！穿山甲是被栽赃的！
【在 xiaxianyue(下弦月)的大作中提到：】
：西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C ：group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
我对于你完全罔顾流行病研究中最重要的一环—-传染途径，以结果为导向的天马行空
能力，哭笑不得。
目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。他感染的病毒也应该是记录在案的最古老病毒。
你能说说你的穿山甲如何绕过首发A，进行突变的吗？
你能解释这个足不出户的首发A是如何接触到穿山甲贩子的吗？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
伊朗的病例非常可疑，这个我早就说了
如果是中国人传进来的
那应该很容易找到那个中国人，和跟他接触的伊朗人，这些人应该先发病。但是现在没有任何报道。
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？
就是我提到的RaTG13like-pangolin-CoV，或者H0
【 在 ACE2 (血管紧张素转化酶2) 的大作中提到: 】
: 存在一个Pangolin-xxx？
不能光看氨基酸。比对核酸可能有不少同义突变。我说H1和H3高度相似，是因为他们除了重组区域，只有2个碱基突变，占基因组的0.007%
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 不是非常高，是完全一样，华农发现一个穿山甲S蛋白跟ncov只有一个氨基酸不一样
这么点数据分析别说诺奖，CNS都没戏。我还不如想办法蹭个CNS。
【 在 keystone0504 (飞翔之父) 的大作中提到: 】
: 看来现在的问题是取样，找到样品有遗传序列你的诺奖就没跑了
属实 可以发nars
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 这么点数据分析别说诺奖，CNS都没戏。我还不如想办法蹭个CNS。
★ 发自iPhone App: ChinaWeb 1.1.5
事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
老病毒。
结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
【 在 mynight02 (一束星光) 的大作中提到: 】
: 我对于你完全罔顾流行病研究中最重要的一环—-传染途径，以结果为导向的天马行空
: 能力，哭笑不得。
: 目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 你能说说你的穿山甲如何绕过首发A，进行突变的吗？
: 你能解释这个足不出户的首发A是如何接触到穿山甲贩子的吗？
: RaTG13
你和星光文盲解释个啥
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
: 你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
★ 发自iPhone App: ChinaWeb 1.1.5
赞女神霸气的标题，祝功成。
12.1的有全基因序列么？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
: 你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
断航没有用，过去一个就完蛋
你先投个peer review 再说，实在是懒得评论了，你这要能中bmc bioinformatics也成
我去中国的新冠病毒毒库搜了一下，2019年12月只有一个基因组：Wuhan-Hu-1/2019 。这个基因组和我提出的H0非常接近。它跟WH04只差2个碱基突变。
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 12.1的有全基因序列么？
不是我臆想，而是我记得他的病毒标记为H0，序列被定为最古老，你自己的分析也全是在B组，C组，那么A组是啥。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 事实：目前记录的首发病人，是12/1的一个瘫痪老人。
: 你的臆想：他感染的病毒也应该是记录在案的最古
: 老病毒。
: 结论：你根本分不清事实与臆想，不用谈逻辑链。
这图已经放了无数遍了。右键看大图
【 在 mynight02 (一束星光) 的大作中提到: 】
: 不是我臆想，而是我记得他的病毒标记为H0，序列被定为最古老，你自己的分析也全是
: 在B组，C组，那么A组是啥。
我把这三者放一起分析了一下，基本上肯定目前的H0是Wuhan-Hu-1/2019
H0跟H1的基因组完全一致，只是H1的NS1基因发生了两段序列的缺失。
H3缺失了H0基因组nt1-16，然后发生了两个位点的点突变。
剩下的就是基因组C端polyA长度的区别了，长度越长越古老。H0的PolyA最长，H3其次
，H1最短。
至于Wuhan-Hu-1/2019的患者信息，看nature文章：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3_reference.pdf
患者男，41岁，12月20日发病。显然不是12月初的瘫痪老人。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 我去中国的新冠病毒毒库搜了一下，2019年12月只有一个基因组：Wuhan-Hu-1/2019 。
: 这个基因组和我提出的H0非常接近。它跟WH04只差2个碱基突变。
彻底的臆想。
【 在 mynight02 (一束星光) 的大作中提到: 】
: 不是我臆想，而是我记得他的病毒标记为H0，序列被定为最古老，你自己的分析也全是
: 在B组，C组，那么A组是啥。
H1和H3中间的那根线，代表NS1基因中8个氨基酸缺失
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 这图已经放了无数遍了。右键看大图
: http://www.mitbbs.com/article_img/Military/56001505_3_817.jpg
到底研究了半天啥结论
比如我说西雅图儿童医院
谋杀
这是结论。
你这个的结论是啥
【 在 xiaxianyue(下弦月) 的大作中提到: 】
: H1和H3中间的那根线，代表NS1基因中8个氨基酸缺失
中国的基因组库目前有138个毒株信息，依然符合我目前的分析。我个人建议，把Wuhan-Hu-1/2019作为root，下面分两支，一支H1（NS1序列缺失15nt，polyA缺失），一支H3（N-ter 缺失15nt+2点突变，polyA缺失）
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 我把这三者放一起分析了一下，基本上肯定目前的H0是Wuhan-Hu-1/2019
: H0跟H1的基因组完全一致，只是H1的NS1基因发生了两段序列的缺失。
: H3缺失了H0基因组nt1-16，然后发生了两个位点的点突变。
: 剩下的就是基因组C端polyA长度的区别了，长度越长越古老。H0的PolyA最长，H3其次
: ，H1最短。
: 至于Wuhan-Hu-1/2019的患者信息，看nature文章：
: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3_reference.pdf
: 患者男，41岁，12月20日发病。显然不是12月初的瘫痪老人。
这个判断最古老显然有问题。
你没找到中间宿主，都不知道原始序列，你怎么知道往哪个方向变异？？？
胡说八道真容易。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 我把这三者放一起分析了一下，基本上肯定目前的H0是Wuhan-Hu-1/2019
: H0跟H1的基因组完全一致，只是H1的NS1基因发生了两段序列的缺失。
: H3缺失了H0基因组nt1-16，然后发生了两个位点的点突变。
: 剩下的就是基因组C端polyA长度的区别了，长度越长越古老。H0的PolyA最长，H3其次
: ，H1最短。
: 至于Wuhan-Hu-1/2019的患者信息，看nature文章：
: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3_reference.pdf
: 患者男，41岁，12月20日发病。显然不是12月初的瘫痪老人。
草，有几个人能从这一团乱毛中弄出一点头绪来
有生物千老，懂行的出来弄几句，看看这娘们是真有货，还是装B。
再从H0，H1和H3的关系评一评序列比对的算法问题。
两序列比对主要有三个参数：coverage，gap，mismatch。覆盖率越高说明两序列越相
似，算加分。两序列中会有短片段（大概20bp以内）缺失，在coverage的基础上减分。mismatch代表突变，也是减分。
H0与H1比对算出来得分大于H0与H3比对。说明对于H3的三个点突变扣分很多。但实际上虽然H1的碱基与H0完全对上，但其实缺了45个核酸。H3与H0比缺了31个核酸，另外有3
个不影响功能的突变，在生物学意义上更接近H0。
这种时候就应该微调算法。说明生物信息学到底还是门工具科学，脱离生物学意义，会出错。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 中国的基因组库目前有138个毒株信息，依然符合我目前的分析。我个人建议，把
Wuhan
: -Hu-1/2019作为root，下面分两支，一支H1（NS1序列缺失15nt，polyA缺失），一支H3
: （N-ter 缺失15nt+2点突变，polyA缺失）
结论就是蝙蝠--》穿山甲--》武肺，和我党说的一样
现在中国基因库似乎有219个了，改变植物园那个结论了么？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 再从H0，H1和H3的关系评一评序列比对的算法问题。
: 两序列比对主要有三个参数：coverage，gap，mismatch。覆盖率越高说明两序列越相
: 似，算加分。两序列中会有短片段（大概20bp以内）缺失，在coverage的基础上减分。
: mismatch代表突变，也是减分。
: H0与H1比对算出来得分大于H0与H3比对。说明对于H3的三个点突变扣分很多。但实际上
: 虽然H1的碱基与H0完全对上，但其实缺了45个核酸。H3与H0比缺了31个核酸，另外有
3
: 个不影响功能的突变，在生物学意义上更接近H0。
: 这种时候就应该微调算法。说明生物信息学到底还是门工具科学，脱离生物学意义，会
: 出错。
: Wuhan
: ...................
那篇文章只有H1和H3是准确的，其他结论问题很大。A，D，E group属于B的后代。“零号病人”绝非H38西雅图患者。
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 现在中国基因库似乎有219个了，改变植物园那个结论了么？
: 3
我比较关心意大利序列，伊朗序列，和武汉序列有传承关系么？
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 那篇文章只有H1和H3是准确的，其他结论问题很大。A，D，E group属于B的后代。“零
: 号病人”绝非H38西雅图患者。
意大利目前只有一个样品，采于1月底。属于H1的后代。伊朗什么时候全基因组测序分
享那就要看了。
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 我比较关心意大利序列，伊朗序列，和武汉序列有传承关系么？
上个图
【 在 Caravel (克拉维尔) 的大作中提到: 】
: 我比较关心意大利序列，伊朗序列，和武汉序列有传承关系么？
玄月妹妹都是干货，否则那敢在军版找踩
【 在 mithjd () 的大作中提到: 】
: 草，有几个人能从这一团乱毛中弄出一点头绪来
: 有生物千老，懂行的出来弄几句，看看这娘们是真有货，还是装B。
玄月妹子年轻，漂亮，还懂得这么多，忽悠得军版众男一楞一楞的
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 上个图
蝙蝠是云南的。穿山甲是马来西亚的。
【 在 xiaxianyue (下弦月) 的大作中提到: 】
: 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C : group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
: 株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
: 1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（
RaTG13
: -like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
: 2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
: 体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
: 识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
: 播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
: 3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
: ...................
先mark 一下。
：)
化浓跟五毒所是一丘之貉
武汉11月，12月就应该有了。一月初总统开会讨论疫情，说明已经传播一段时间了。
【 在 OofW (OofW) 的大作中提到: 】
: 伊朗1月31日就已经跟中国断航
: 为什么先入为主就一定认定是中国传进的？