Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data Submit Time: 2020-02-21 Author: Yu, Wen-Bin 1,2 ; Tang, Guang-Da 3,4 ; Zhang, Li 5 ; Corlett, Richard T. 1.2 ; Institute: 1.Center for Integrative Conservation, Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 2.Center of Conservation Biology, Core Botanical Gardens, Chinese Academy of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 3.Henry Fok College of Biology and Agriculture, Shaoguan University, Shaoguan 512005, China; 4.College of Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China; 5.Chinese Institute for Brain Research, Beijing 102206, China; Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic datar Brain Research, Beijing 102206, China;
Abstract: In 2019, a new coronavirus (2019-nCoV) infecting Humans has emerged in Wuhan, China. Its genome has been sequenced and the genomic information promptly released. Despite a high similarity with the genome sequence of SARS-CoV and SARS-like CoVs, we identified a peculiar furin-like cleavage site in the Spike protein of the 2019-nCoV, lacking in the other SARS-like CoVs. In this article, we discuss the possible functional consequences of this cleavage site in the viral cycle, pathogenicity and its potential implication in the development of antivirals. Quotes from the article: “A new study published in the peer-reviewed journal Antiviral Research (Vol. 16, April 2020) is entitled, “The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade.” “As the science authors of the paper explain in the full text, “This furin-like cleavage site… may provide a gain-of-function to the 2019-nCoV for efficient spreading in the human population.” “Further, the science paper finds that there is no known viral ancestry to the CoVid-19 coronavirus, meaning it did not evolve from nature. It was engineered, and the science paper authors also state that the virus contains elements from MERS, stating, “Before the emergence of the 2019-nCoV, this important feature was not observed in the lineage b of betacoronaviruses.” “The new feature engineered into the Wuhan coronavirus has, “the potential to cleave specifically viral envelope glycoproteins, thereby enhancing viral fusion with host cell membranes,” conclude study authors. This feature results in, “higher pathogenicity, pronounced neural symptoms and neurotropism in infected chickens,” according to the paper. That means, essentially, it kills more easily and causes nervous system damage while infecting nerve cells. Note that many of the human victims in China appear to suffer seizures and a total, almost instantaneous nervous system shutdown, literally collapsing in seconds.” “Finally, study authors explain that people who have already been exposed to other viral infections may have enhanced immunity against the coronavirus.” 【 在 F250 (帝城春欲暮，能饮一杯无) 的大作中提到: 】 : 美国上传第一例就是那个神药的码工 : 是测了全基因组，不是用什么试剂盒子 : 网上数据库都有编号 : : 你就说武汉的病毒可能是由广东或者美国输入的可能性也没有吧 :
Targeting the Security Council at the Wuhan military games
Since circumcised penises tend to be less vulnerable to urinary tract and testis infection, a legitimate question arises whether COVID-19 was designed to target non-Muslims at the CISM International Military Games at Wuhan in late October, involving 100 nations, with the notable exception of Japan and the UK, which have refused to join. A male-targeted biological agent is ideal for spreading an undetectable infectious agent, which would then blossom after the sports event into outbreaks at military bases across China, the United States, Russia and France, four of the Big Five permanent members of the Security Council. The result would have been worldwide havoc as rivalries between lesser nations spawn dozens of regional wars, enabling the reemergence of Imperial Japan and the Royalist UK as dominant world powers with military forces healthy and intact.
美国患者五个骨灰级别的来源都有，还有超级传播者病毒，武汉没有祖先级别的患者。
重磅科研成果：新冠病毒是外来传入的
华南海鲜市场的新型冠状病毒是外来传入的 相关研究结果已提交到中国科学院科技论
文预发布平台http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033，可供疾控防疫相关部门参考，并接受专家学者的交流和讨论。 中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组（图1），包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。 美国包括了五个来源，非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。
http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using
the whole genomic data
Submit Time: 2020-02-21
Author: Yu, Wen-Bin 1,2 ; Tang, Guang-Da 3,4 ; Zhang, Li 5 ; Corlett,
Richard T. 1.2 ;
Institute: 1.Center for Integrative Conservation, Xishuangbanna Tropical
Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 2.Center of Conservation Biology, Core Botanical Gardens, Chinese Academy
of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 3.Henry Fok College of Biology
and Agriculture, Shaoguan University, Shaoguan 512005, China; 4.College of
Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University,
Guangzhou 510642, China; 5.Chinese Institute for Brain Research, Beijing
102206, China;
Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using
the whole genomic datar Brain Research, Beijing 102206, China;
研究人员将58种单倍型分成了五组（图1），采用标准是3个中心（古老超级传播者）单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单。
美国患者五个骨灰级别的来源都有，还有超级传播者病毒，武汉没有祖先级别的患者
靠，弦月的解释我看懂了。
发信人: xiaxianyue (下弦月), 信区: Military
标 题: Re: 简单科普一下华农最新五种病毒株的研究结果吧
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 21 18:30:07 2020, 美东)
如果只有两株只能判断亲缘关系，分不清谁是爸爸谁是儿子。但是数据多了就跟人的遗传家谱一样可以追踪到几代。这个数据的结论是H3/B组为爸爸，在湖北广泛扩散的H1/C组是儿子。
自从新冠爆发以来，全世界各地cdc都在从确诊患者里提取病毒，做全基因组测序，这
些测序结果被放到一个共享database里，方便科研工作者分析病毒各亚株起源进化。新冠是RNA病毒，在宿主体内可以快速突变，所以全世界确诊患者体内的病毒不是一模一
样的。
图A里每一个点代表一个病毒亚型基因组，颜色对照legend看地理位置，数字代表这种
亚型在几个病人样品里被测出。点与点的连接反应了一个病毒如何积累突变成为另一个亚型。做数据处理的人应该都知道如何比对数据库进行cluster。cluster的结果就形成了五个组，除了C组，其他组都用背景颜色划分出来了。这个图可以看病毒如何进化并
扩散到全世界。
怎么看，港灿报复大陆，把香港病毒带入武汉的可能性越来越大了。当初军版就有贴说要报复大陆，可很快就被删帖，看来水很深呀，哈哈
真得好好查一查，太诡异了
病毒变异路径只能提出一个疑问：
为什么在美国发现了祖先级别的病毒，而在武汉只有几代后的病毒？
【 在 sanzin (sanzin) 的大作中提到: 】
: 真得好好查一查，太诡异了
病毒可以在别的地方生产，完了在带到爆发地点。这是科学研究，不是埋怨谁，源头零号很重要。
包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来
【 在 clearjks (clearjks) 的大作中提到: 】
: 不合理啊，按照图上说明，为什么武汉是爆发点而不是其他地方？
: ：美国患者五个骨灰级别的来源都有，还有超级传播者病毒，武汉没有祖先级别的患者。
: ：
很简单啊，武汉病毒所嫌疑最大啊！我是说，如果是武汉以外传来的，那么那个地方就会比武汉有更早更猛烈的大爆发，所以病毒源头必在武汉，但不是海鲜市场。
这个结论的前提是，病毒不是被故意投毒的。
【在 beijingren5(吃喝)的大作中提到：】
：这是科学研究，不是埋怨谁，源头零号很重要。
：
从疫情时间顺序上看，也不能排除新冠肺炎起源于美国。。。
10月1号美国流感开始爆发，至2月15日为止全美共约2千9百万至4千1百万人患流感，1
万6千至4万1千人死于流感（CDC数据）。所有患者都没进行新冠病毒检测。
10月18日-10月27日世界军运会在武汉举行，美国369人去了武汉。
12月1日武汉首例新冠肺炎确诊。
【 在 clearjks (clearjks) 的大作中提到: 】
: 很简单啊，武汉病毒所嫌疑最大啊！我是说，如果是武汉以外传来的，那么那个地方就
: 会比武汉有更早更猛烈的大爆发，所以病毒源头必在武汉，但不是海鲜市场。
: ：这是科学研究，不是埋怨谁，源头零号很重要。
: ：
这个问题问得好。
看来美国投毒大有可能！
要看路径，那就要同时必须排除中国研究室引进没引进过这类病毒。
【 在 whyisthis (王千源——好想娶你做老婆@[email protected]) 的大作中提到: 】
: 这个问题问得好。
: 看来美国投毒大有可能！
不是有研究说白人只有华人基因的1/5致病率吗，也许在美国当流感，到东亚就大爆发
了，在美国最近生流感的华人可以现身说说
我家除我以外这次全得流感，你觉得如果是武汉肺炎，我全家还能活着吗？
【在 beijingren5(吃喝)的大作中提到：】
：从疫情时间顺序上看，也不能排除新冠肺炎起源于美国。。。
：
你这只是猜测，要看科学数据。
叫武汉肺炎，可骨灰级病毒不是武汉的
【 在 clearjks (clearjks) 的大作中提到: 】
: 我家除我以外这次全得流感，你觉得如果是武汉肺炎，我全家还能活着吗？
: ：从疫情时间顺序上看，也不能排除新冠肺炎起源于美国。。。
: ：
不是有研究说白人只有华人基因的1/5致病率吗，也许在美国当流感，到东亚就大爆发
了，在美国最近生流感的华人可以现身说说
这也是一种解释之一
【 在 sanzin (sanzin) 的大作中提到: 】
: 不是有研究说白人只有华人基因的1/5致病率吗，也许在美国当流感，到东亚就大爆发
: 了，在美国最近生流感的华人可以现身说说
算了吧，你这也算科学依据，连最简单是事实过滤都过不了！投毒的可能性很小，除非投毒者想报复社会！说美国作为一个国家来投毒，基本不可能！
【在 beijingren5(吃喝)的大作中提到：】
：你这只是猜测，要看科学数据。
：
你跟我争没用，自己dowload文章看看比什么都强
http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
【 在 clearjks (clearjks) 的大作中提到: 】
: 算了吧，你这也算科学依据，连最简单是事实过滤都过不了！投毒的可能性很小，除非
: 投毒者想报复社会！说美国作为一个国家来投毒，基本不可能！
: ：你这只是猜测，要看科学数据。
: ：
所谓武汉没有这些类型，是武汉的机构没上传基因组
第一例是上海上传的，但某个网文说武汉也测了
后面是日本，泰国，米国上传的几例，开始都是武汉过去的。 中国特别武汉的机构一
直不上传基因组
【 在 sanzin (sanzin) 的大作中提到: 】
: 不是有研究说白人只有华人基因的1/5致病率吗，也许在美国当流感，到东亚就大爆发
: 了，在美国最近生流感的华人可以现身说说
你就说武汉的病毒可能是由广东或者美国输入的可能性有没有吧
【 在 F250 (帝城春欲暮，能饮一杯无) 的大作中提到: 】
: 所谓武汉没有这些类型，是武汉的机构没上传基因组
: 第一例是上海上传的，但某个网文说武汉也测了
: 后面是日本，泰国，米国上传的几例，开始都是武汉过去的。 中国特别武汉的机构一
: 直不上传基因组
美国上传第一例就是那个神药的码工
是测了全基因组，不是用什么试剂盒子
网上数据库都有编号
【 在 beijingren5(吃喝) 的大作中提到: 】
: 你就说武汉的病毒可能是由广东或者美国输入的可能性也没有吧
Abstract:
In 2019, a new coronavirus (2019-nCoV) infecting Humans has emerged in Wuhan, China. Its genome has been sequenced and the genomic information promptly released. Despite a high similarity with the genome sequence of SARS-CoV and SARS-like CoVs, we identified a peculiar furin-like cleavage site in the
Spike protein of the 2019-nCoV, lacking in the other SARS-like CoVs. In this article, we discuss the possible functional consequences of this cleavage
site in the viral cycle, pathogenicity and its potential implication in the development of antivirals.
Quotes from the article:
“A new study published in the peer-reviewed journal Antiviral Research (Vol. 16, April 2020) is entitled, “The spike glycoprotein of the new
coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of
the same clade.”
“As the science authors of the paper explain in the full text, “This furin-like cleavage site… may provide a gain-of-function to the 2019-nCoV for
efficient spreading in the human population.”
“Further, the science paper finds that there is no known viral ancestry to the CoVid-19 coronavirus, meaning it did not evolve from nature. It was
engineered, and the science paper authors also state that the virus contains elements from MERS, stating, “Before the emergence of the 2019-nCoV, this important feature was not observed in the lineage b of betacoronaviruses.”
“The new feature engineered into the Wuhan coronavirus has, “the potential to cleave specifically viral envelope glycoproteins, thereby enhancing
viral fusion with host cell membranes,” conclude study authors.
This feature results in, “higher pathogenicity, pronounced neural symptoms and neurotropism in infected chickens,” according to the paper. That means, essentially, it kills more easily and causes nervous system damage while
infecting nerve cells. Note that many of the human victims in China appear
to suffer seizures and a total, almost instantaneous nervous system shutdown, literally collapsing in seconds.”
“Finally, study authors explain that people who have already been exposed
to other viral infections may have enhanced immunity against the coronavirus.”
【 在 F250 (帝城春欲暮，能饮一杯无) 的大作中提到: 】
: 美国上传第一例就是那个神药的码工
: 是测了全基因组，不是用什么试剂盒子
: 网上数据库都有编号
:
: 你就说武汉的病毒可能是由广东或者美国输入的可能性也没有吧
:
赶快让国际调查组到武汉调查投毒点，揭开美帝投毒的罪恶行径，公之于世。
这不是说了吗？！病毒不是来自自然界，而是人工干预产生的！
【在 beijingren5(吃喝)的大作中提到：】
：https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0166354220300528
：
对，赶紧的，报告联合国。美国敢投毒的话，连老将都看不下去了！
【在 goodby()的大作中提到：】
：赶快让国际调查组到武汉调查投毒点，揭开美帝投毒的罪恶行径，公之于世。
Targeting the Security Council at the Wuhan military games
Since circumcised penises tend to be less vulnerable to urinary tract and
testis infection, a legitimate question arises whether COVID-19 was designed to target non-Muslims at the CISM International Military Games at Wuhan in late October, involving 100 nations, with the notable exception of Japan and the UK, which have refused to join. A male-targeted biological agent is
ideal for spreading an undetectable infectious agent, which would then
blossom after the sports event into outbreaks at military bases across China, the United States, Russia and France, four of the Big Five permanent
members of the Security Council. The result would have been worldwide havoc as rivalries between lesser nations spawn dozens of regional wars, enabling the reemergence of Imperial Japan and the Royalist UK as dominant world
powers with military forces healthy and intact.
【 在 beijingren5 (吃喝) 的大作中提到: 】
: 从疫情时间顺序上看，也不能排除新冠肺炎起源于美国。。。
: 10月1号美国流感开始爆发，至2月15日为止全美共约2千9百万至4千1百万人患流感，
1
: 万6千至4万1千人死于流感（CDC数据）。所有患者都没进行新冠病毒检测。
: 10月18日-10月27日世界军运会在武汉举行，美国369人去了武汉。
: 12月1日武汉首例新冠肺炎确诊。