国内专家：新型罐装病毒与SARS和MERS病毒有很大的遗传距离。。。

【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: alexsung (Keep your feet on the ground.), 信区: Military
标 题: 新型罐装病毒与SARS和MERS病毒有很大的遗传距离。。。
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 21 13:36:33 2020, 美东)

中国科学院上海巴斯德研究所郝沛，通过对武汉新型冠状病毒基因组与2002年“非典”SARS冠状病毒、“中东呼吸综合征”MERS冠状病毒进行了全基因组比对，发现平均分别有~70%和~40%的序列相似性。其中不同冠状病毒与宿主细胞作用的关键spike基因（编
码S-蛋白），有更大的差异性。

SARS病毒的 S-蛋白和MERS病毒S-蛋白分别通过与人的ACE2蛋白或DPP4蛋白互作结合来
感染人的呼吸道上皮细胞。作者首先比较了武汉冠状病毒与SARS和MERS病毒S-蛋白的宿主受体互作区（RBD区），发现在RBD区域中，武汉冠状病毒与SARS病毒比较相似，但与MERS病毒差异很大，所以排除了S-蛋白与DPP4互作感染人的可能。但是，武汉冠状病毒S-蛋白与人ACE2互作也存在很大困难-已经证明的SARS病毒S-蛋白与ACE2互作的5个关键氨基酸，在武汉冠状病毒中有4个发生了改变。

为了分析清楚这个问题，文章作者利用分子结构模拟的计算方法，对武汉冠状病毒S-蛋白和人ACE2蛋白进行了结构对接研究，获得了令人惊讶的结果。虽然武汉冠状病毒S-蛋白中与ACE2蛋白结合的5个关键氨基酸有4个发生了变化，但变化后的氨基酸，却整体性上非常完美的维持了SARS病毒S-蛋白与ACE2蛋白互作的原结构构象。尽管武汉新型冠状病毒的新结构与ACE2蛋白互作能力，由于丢失的少数氢键有所下降（相比SARS病毒S-蛋白与ACE2的作用有下降），但仍然达到很强的结合自由能（-50.6 kcal/mol）。这一结果说明武汉冠状病毒是通过S-蛋白与人ACE2互作的分子机制，来感染人的呼吸道上皮细胞。

这个标题相当有误导性 新sars基本就是老sars稍微改了改 尤其是spike我看过 完全就是近亲

千老想标新立异？

【 在 Huangchong (净坛使者) 的大作中提到: 】
: 发信人: alexsung (Keep your feet on the ground.), 信区: Military
: 标 题: 新型罐装病毒与SARS和MERS病毒有很大的遗传距离。。。
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 21 13:36:33 2020, 美东)
: 中国科学院上海巴斯德研究所郝沛，通过对武汉新型冠状病毒基因组与2002年“非典”
: SARS冠状病毒、“中东呼吸综合征”MERS冠状病毒进行了全基因组比对，发现平均分别
: 有~70%和~40%的序列相似性。其中不同冠状病毒与宿主细胞作用的关键spike基因（编
: 码S-蛋白），有更大的差异性。
: SARS病毒的 S-蛋白和MERS病毒S-蛋白分别通过与人的ACE2蛋白或DPP4蛋白互作结合来
: 感染人的呼吸道上皮细胞。作者首先比较了武汉冠状病毒与SARS和MERS病毒S-蛋白的宿
: 主受体互作区（RBD区），发现在RBD区域中，武汉冠状病毒与SARS病毒比较相似，但与
: ...................

我设计的pcr就是对s蛋白的

我又看了一眼 这个新sars跟老SARS没有什么本质区别 完全就是轻微修改版

【 在 Huangchong (净坛使者) 的大作中提到: 】
: 这个标题相当有误导性 新sars基本就是老sars稍微改了改 尤其是spike我看过 完全
: 就是近亲
: 千老想标新立异？

在哪里看了一眼？
当年的SARS后来是不是也发生变异了？

【 在 Huangchong (净坛使者) 的大作中提到: 】
: 我又看了一眼 这个新sars跟老SARS没有什么本质区别 完全就是轻微修改版

亲缘关系与某蝙蝠源罐装病毒比跟萨斯稍近

在计算机里看了一眼新sars的spike蛋白结构预测

首先 因为新序列跟老sars序列高度相似 结构预测本身就很可靠

在这样的基础上 跟老sars spike和ace2的聚合体结构比较 新sars的氨基酸变化是典型的同型置换 在结合受体的部分没有产生任何能改变受体结合特性的突变 spike蛋
白的其他部分 也是跟老SARS 高度一致 完全就是典型的小变体

【 在 SLE (嗯，就这样定了。) 的大作中提到: 】
: 在哪里看了一眼？
: 当年的SARS后来是不是也发生变异了？

还是你细致 我看了眼全基因组比较 就下结论了
没看蛋白

【 在 Huangchong(净坛使者) 的大作中提到: 】

: 在计算机里看了一眼新sars的spike蛋白结构预测

: 首先 因为新序列跟老sars序列高度相似 结构预测本身就很可靠

: 其次 跟老sars spike和ace2的聚合体结构比较 新sars的氨基酸变化是典型的同型置

: 换 在结合受体的部分没有产生任何能改变受体结合特性的突变 spike蛋白的
其他部

: 分 也是跟老SARS 高度一致 完全就是典型的小变体

序列相似性只有70%，还能做到同型置换？

他这个70%相似是全基因组RNA对比 我不知他用的哪个序列 姑且假设他用词严谨 确实是相似 不是一致

首先有些不编码蛋白的地方根本没什么选择压力 在RNA病毒里这些部分随便变 差一
块 多一块 是很正常的 其次 蛋白编码序列有简并性 核酸序列可能有变化 但是蛋白质序列并不改变

然后 我自己拿武汉病毒mn908947在ncbi搜 立刻可以找到基因组序列89%【一致】的蝙蝠sars病毒 （mg772933，2018年3月的，显然是蝙蝠里发现的SARS亲戚） 这个序列跟武汉序列30k的全序列比 只有大概1.5k在blast里没有比对上 我也懒得仔细研究了

这个序列之下就是许多直接标注成sars毒株的 大概80%左右的序列一致 不光是相似性而已 例如ay395003 2004年提交的

所以新病毒和SARS亲缘性光从基因组序列看就是是相当明显的 我搜索的结果和他文章的结果不同 我的结论是新病毒和sars毒株大概有80%的序列一致性 相当高了

至于spike蛋白序列（qhd43416）比较 可以肯定地说不是70%相似 而是76%完全一样 变化的大部分都是不重要的地方 在受体结合部分 都是同类的氨基酸互相换 是非
常常见的同一个病毒蛋白的自然变迁 从结构看不至于影响到对ace2的结合 可能就是亲和度有些变化而已

所以说这个病毒 就是典型的SARS近亲

【 在 PLA (想当大公司的经理) 的大作中提到: 】
: 序列相似性只有70%，还能做到同型置换？

这种计算都是扯鸡巴蛋 从来很少能跟实验结果对上

———

-50.6 kcal/mol新病毒spike
protein和ACE2受体结合affinity

Bear
StMicheal (archangel)
1 160.* 1/21/20, 5:18:0 PM (16'7")

可能会那么紧么？

谁搞biophysics算一下。

几小时的工作发个paper 还净是错 误导人
http://www.mitbbs.com/article/Military/55611837_0.html

【 在 Huangchong (净坛使者) 的大作中提到: 】
: 这种计算都是扯鸡巴蛋 从来很少能跟实验结果对上
: ———
: -50.6 kcal/mol新病毒spike
: protein和ACE2受体结合affinity
: Bear
: StMicheal (archangel)
: 1 160.* 1/21/20, 5:18:0 PM (16'7")
:
: 可能会那么紧么？
: 谁搞biophysics算一下。

姐以一个外行人士的看法，尖锐地指出：

其实不是病毒变异了，而是以前人类寿命很短，还没来得及活到肺纤维化或者无力抗拒病毒的年龄，就早早死在一些很基础的小毛病上，清朝很多皇亲国戚幼儿就夭折了，都是医学不够发达，活不到后来感染其他病毒的时候。

这些病毒一直存在，现在人类活得够长了，才有能力捕捉到或者才刚刚活到能够被感染的时间点。

医学才有机会发现这些病毒在人体上体现出来了。

现在活不过80岁的都算夭折，按照军版的理论，LOL

你不要拿听来的说癌症的套路往病毒上套

【 在 yuedui () 的大作中提到: 】
: 姐以一个外行人士的看法，尖锐地指出：
: 其实不是病毒变异了，而是以前人类寿命很短，还没来得及活到肺纤维化或者无力抗拒
: 病毒的年龄，就早早死在一些很基础的小毛病上，清朝很多皇亲国戚幼儿就夭折了，都
: 是医学不够发达，活不到后来感染其他病毒的时候。
: 这些病毒一直存在，现在人类活得够长了，才有能力捕捉到或者才刚刚活到能够被感染
: 的时间点。
: 医学才有机会发现这些病毒在人体上体现出来了。
: 现在活不过80岁的都算夭折，按照军版的理论，LOL

【 在 Huangchong (净坛使者) 的大作中提到: 】
: 你不要拿听来的说癌症的套路往病毒上套

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这梅毒可不是癌症。姐绝对不信肺炎相关的病毒现在今年才开始有的。是你没机会发现而已，或者以前的环境不允许有这个机会而已。更主要的是历史上有一段时间的记录因为历届的革命和战争无法保存下来了，而且当时也没网络，所以信息资料不足。但如果你觉得这是现在才变异出来的新品种，姐无法苟同，估计以前有过类似的，是交通不发达，信息不发达，文字不发达，没能被认知而已。

16世纪以前，中国尚无梅毒的记载，1498年，梅毒出现于印度。大约于1505年，梅毒由印度传入广东岭南一带，当时称“广东疮”、“杨梅疮”[58]，此后梅毒向内陆传播。明代陈司成著《霉疮秘录》被认为是中国第一部论述梅毒最详尽的专著，明代李时珍著《本草纲目》详细记载了梅毒流行情况。

最近一百年，世界没少打仗，一战二战，都没少轰炸和焚烧，加上中国还有一个文革，破四旧，很多早期资料都没能力完善保护下来了。

姐坚持认为姐的看法（比如记录不完整或者没机会传播出来和传递下去）有合理的依据。

妈蛋 平行的帖子啰里啰嗦没法看

严格地说，这里根本没有一个是专业人士。大家都是扯淡，在科学面前，各个都是乞丐。

乞丐和乞丐就别打了。

【 在 microfish (<。 ≦="" 的大作中提到:="" 】="">: 妈蛋 平行的帖子啰里啰嗦没法看

基本上就是胡说八道

【 在 microfish (

你可别小瞧，姐全凭着一本正经的胡说八道坐上美帝大厂和我大中华的高层管理的。

你们这种把技术都能扣到分子这么细节的层面，挖到这么深度的，无论在哪里，中国也罢，美国也罢，基本都聚焦在实验室里做底层民工。放哪都是民工的命，这是你们自己定位的。

你看川普说话会讲经济学里的微观经济和会提到哪些计算模型么？会搞模型的都在给人打工，好不好？

【 在 fhnan (腹黑男) 的大作中提到: 】
: 基本上就是胡说八道
:

还是我老英明
一早就全都加入屏蔽名单了

【 在 fhnan (腹黑男) 的大作中提到: 】
: 基本上就是胡说八道
:

尼玛你待在一个四流烂校里（如果不是你在那，姐连听都没听过这所学校），也就是网上蒙着脸吧，现实里你哪有机会参加这种专业研讨会，邀请函都发不到你手里。

你们都应该感谢互联网，没有网络，虚荣心都无处释放。 LOL

【 在 dakedo (大蝌蚪) 的大作中提到: 】
: 还是我老英明
: 一早就全都加入屏蔽名单了

有一条回复看不到，
我老研判，
是不是月光大妈又人肉我老失败了？
哈哈

诗人你们应该向我学习
屏蔽大妈，
一了百了

【 在 dakedo (大蝌蚪) 的大作中提到: 】
: 还是我老英明
: 一早就全都加入屏蔽名单了

咋可能失败，你住Quincy，华人聚焦的地方。前几天还有人提到过，是麻省的收入中等偏下的华人群体住的地方。

诗人不会像你那样绝情的，他需要衣食父母，你有老婆供养，你们来自不同的阶层，你是中产，他是无产。

【 在 dakedo (大蝌蚪) 的大作中提到: 】
: 有一条回复看不到，
: 我老研判，
: 是不是月光大妈又人肉我老失败了？
: 哈哈
: 诗人你们应该向我学习
: 屏蔽大妈，
: 一了百了

菌斑舔将们和狗也有很大的遗传距离，但是不妨碍大家叫舔将为五毛狗

【 在 Huangchong (净坛使者) 的大作中提到: 】
: 发信人: alexsung (Keep your feet on the ground.), 信区: Military
: 标 题: 新型罐装病毒与SARS和MERS病毒有很大的遗传距离。。。
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 21 13:36:33 2020, 美东)
: 中国科学院上海巴斯德研究所郝沛，通过对武汉新型冠状病毒基因组与2002年“非典”
: SARS冠状病毒、“中东呼吸综合征”MERS冠状病毒进行了全基因组比对，发现平均分别
: 有~70%和~40%的序列相似性。其中不同冠状病毒与宿主细胞作用的关键spike基因（编
: 码S-蛋白），有更大的差异性。
: SARS病毒的 S-蛋白和MERS病毒S-蛋白分别通过与人的ACE2蛋白或DPP4蛋白互作结合来
: 感染人的呼吸道上皮细胞。作者首先比较了武汉冠状病毒与SARS和MERS病毒S-蛋白的宿
: 主受体互作区（RBD区），发现在RBD区域中，武汉冠状病毒与SARS病毒比较相似，但与
: ...................