we propose two scenarios that can plausibly explain the origin of SARS-CoV-2: (i) natural selection in an animal host before zoonotic transfer; and (ii) natural selection in humans following zoonotic transfer. We also discuss whether selection during passage could have given rise to SARS-CoV-2.
病毒从蝙蝠到人需要进化20年
这篇论文的作者回顾了新冠病毒前期的溯源工作指出，目前与新冠病毒基因序列比对最为接近的是在云南蝙蝠身上发现的冠状病毒，距离武汉1500多公里。“由此得出的简单推论是，我们对蝙蝠病毒的采样对某些地理位置有强烈的偏见。这需要在今后的研究中加以纠正。”研究作者表示。
作者特别强调，即便上述云南蝙蝠身上的冠状病毒与新冠病毒的序列相似性达到96% -
97%，但这可能代表了20多年的进化序列。文章推断：“不能排除的是，在2019年12月
首次发现该病毒之前，该病毒在人群中的‘隐性’传播期间获得了一些关键突变。”
病毒要在人类中有很强的适应性进化，必须要获得关键的RBD（受体结合区）点位的突
变,以及新冠病毒特有的Furin蛋白酶切位点的插入突变。作者推测，病毒在短时间内迅速暴发前，可能已经在人群中经过一段时间的传播，很好地适应了人类宿主。
研究作者认为，在前期的“隐性”传播期间，当病毒最初传到人身上时，可能由于无症状感染者（只有轻微的呼吸道症状但没有肺炎）未能被发现，或者一些小范围局部暴发的感染未被上报到标准系统上。而在持续的人传人过程中，病毒逐步演化出了上述蛋白酶切割位点等关键突变，从而变得完全适应于人类。
为了验证上述推测是否正确，研究者认为，回溯追踪2019年12月之前呼吸道症状患者的样本，有助于揭开病毒是如何“隐性”传播的谜团，但也提出了这一工作的难度。作者表示：“对呼吸道感染的回顾性血清学或宏基因组学研究将有助于确定这种情况是否正确，尽管这样的早期病例可能永远不会被发现。”
论文中指出的另一个备受关注的问题是，新冠病毒是否是重组病毒。病毒的重组事件会加速疫情的大规模暴发，因此不可小视。
然而试图确定重组事件的确切模式和基因组起源是困难的。“特别是因为许多重组区域可能很小，而且随着我们对更多与新冠相关的病毒取样，小的突变可能已经发生了。”作者表示。为了解决这些问题，作者认为，有必要再次对动物种群中的病毒多样性进行更广泛的采样，但这同样是困难的。
“不幸的是，华南海鲜市场上明显缺乏直接的动物样本，这可能意味着很难，甚至不可能准确地识别出这个地方的任何动物宿主。”作者表示。
作者同时呼吁，考虑到野生动物中病毒的巨大多样性及其正在发生的进化，尽可能地限制我们接触动物病原体可能是降低未来暴发风险的最简单和最经济有效的方法。
病毒突变率低可能是假象
随着COVID-19的流行，更多的病毒基因组被测序。作者提示，尽管目前新冠的突变率看起来较低，但这可能是被病毒在宿主体内的高复制率掩盖了。病毒的变异能力是否会对病毒的传播性和毒性产生作用仍不清楚，因此在目前大范围传播的情况下，有必要持续关注引起表型变化的病毒突变。
作者表示，武汉最早的病毒样本包含了较少的遗传多样性，这些病毒样本都拥有一样的近代共同祖先，这可能会阻碍详细的病毒进化的系统发育和系统地理推断。尽管如此，作者仍然认为，武汉公共卫生部门在发现第一批肺炎病例方面做了出色的工作。
研究者认为，虽然积累遗传多样性意味着现在有可能检测到不同的新冠病毒序列的系统发育簇，但仅通过基因组比较很难确定该病毒在全球人群中传播时是否固定了重要的表型突变，任何这样的说法都需要仔细的实验验证。
另一方面，考虑到RNA病毒的高突变率，研究者认为，更多的突变将出现在病毒基因组
中。“这将帮助我们跟踪新冠病毒的传播。然而，随着疫情的蔓延，我们的序列样本量相对于病例总数可能会非常小，以至于很难检测出单个的传播链。因此，在试图推断确切的传播事件时，必须始终保持谨慎。“作者表示。
张永振和霍尔莫斯教授早在1月初就在开放式病毒学网站向全世界公布了第一个新型冠
状病毒完整基因组序列，这株病毒来自武汉在12月底收治的一位不明肺炎患者。目前公开发布的新冠病毒基因组序列已经有200个左右，来自世界多个地区的患者。
文章作者还指出，随着全球新冠病毒迅速蔓延，应避免参考确诊病例数，因为轻症或无症状的感染常常被排除在计数之外，真实的病例数很可能比报告的要大得多。
此外，虽然没有大规模的血清学调查，这些不确定性可能无法解决，但从目前的数据来看，新冠疾病的病死率可能高于季节性流感，但低于SARS和MERS病毒。
A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30328-7
就等着台湾主动出来承认了
这文章只是综述。论文中没有本论文自己做的研究数据。研究数据全部是别的论文做的。
所以俺不接受这篇文章的结论。因为无法证伪。
美弟不能主动认，只能小弟替罪
【 在 dragonfly (小蜻蜓-一品御前带刀老中医) 的大作中提到: 】
: 就等着台湾主动出来承认了
湖北7万个病例，只上传22个序列
上海近500个病例，上传138个序列。
武汉要隐藏什么信息？
【 在 robertfrost (robertfrost) 的大作中提到: 】
: 这文章只是综述。论文中没有本论文自己做的研究数据。研究数据全部是别的论文做的。
: 所以俺不接受这篇文章的结论。因为无法证伪。
基本重复nature 文章的推论，但更倾向第二个 就是先来动物传人，然后再在人上
cooking 到现在，
武汉病毒所上百号人无一感染，包括行政等等，运气太好，另外石研究院解释了 那四
个嵌入氨基酸实际上在她病毒库里的其它冠状病毒上就有，说明也是天然的，
所以石研究员拥有 一支和 新冠 96%相近的 毒柱，和带有那四个氨基酸的 毒柱，不知这支毒柱的S 蛋白和 新冠的S蛋白是否比 穿山甲的 哪个更接近新冠，
基于石研究员自己发表过 蝙蝠附近居民带有抗血清，可以合理推论，武汉病毒所无一
感染，有被动天然免疫的可能！
最早这么下结论的是安德森的一篇文章，其实论证很不充分。
【 在 cellcycle (vacoule) 的大作中提到: 】
: 基本重复nature 文章的推论，但更倾向第二个 就是先来动物传人，然后再在人上
: cooking 到现在，
: 武汉病毒所上百号人无一感染，包括行政等等，运气太好，另外石研究院解释了 那四
: 个嵌入氨基酸实际上在她病毒库里的其它冠状病毒上就有，说明也是天然的，
: 所以石研究员拥有 一支和 新冠 96%相近的 毒柱，和带有那四个氨基酸的 毒柱，不知
: 这支毒柱的S 蛋白和 新冠的S蛋白是否比 穿山甲的 哪个更接近新冠，
: 基于石研究员自己发表过 蝙蝠附近居民带有抗血清，可以合理推论，武汉病毒所无一
: 感染，有被动天然免疫的可能！
不能排除的是，在2019年12月
首次发现该病毒之前，该病毒在人群中的‘隐性’传播期间获得了一些关键突变
隐性传播20年？还正好隐形传播到武汉市中心爆发？
lol
怎么不说
1，五毒所去云南抓蝙蝠
2，五毒所研究新冠，并且和美国2015年发表的论文表明他们制造了一个新冠状病毒
3，这五年来五毒所的新冠病毒研究没发表，是不是制造了新的不清楚
4，新冠传染人利用的是ace2，而五毒所一直在用ace2小鼠做验证试验
5，五毒所在武汉，新冠在武汉市中心爆发
感觉这结论其实在变相说明五毒所制造
制造谈不上，尤其有意的，但无意间的可能性还是有的， 下面转个猜想，提出处也许
被删，
######
武汉肺炎冠状病毒来源的猜想：人无意间探索活动导致病毒加速“进化”
首先，我有一定生物知识背景，基于现在的这个病毒的生物信息，基本可以排除是人工制造的病毒，因此更不可能有意泄漏，甚至定点投毒之说，都造不出来，哪来的这些！
那么剩下的科学解释就是：病毒自然“进化”的结果，尤其RNA病毒的变异率颇高；最
近几起，如SARS，MERS，禽/猪流感 和历史上的类似疫情记录，RNA 病毒从动物夸界感染人类并治病的现象是有一定的科学根据。
武汉肺炎病毒爆发后，在这个领域研究领先的石研究员从她们在探索SARS中间宿主时收集的大量病毒基因库里，很快就找到和此病毒整体接近96%的同源蝙蝠病毒。基于石团
队对SARS 和蝙蝠病毒的渊源研究（那支也是 ～96%同源率），加上她们曾和美国团队
合作发表过，获得一定的分子模式证据，就是：一只96%接近度的蝙蝠病毒可能通过很
小的改变成 类SARS 病毒，并获得感染人类的分子性能。
所以，假设这只与新武汉病毒相近96%的蝙蝠病毒是新冠病毒自然“进化”的起始病毒
不算太过分。石团队从 2003 SARS 大爆发后就倾力研究可能的中间宿主，为此，她们
团队不辞辛苦，跋山涉水到人迹罕见的 云南山洞里最终采集到和SARS 极其相近的蝙蝠冠状病毒，同时也采集了大量其它病毒，其中就有很多蝙蝠冠状病毒，包括一支和新冠接近96%同源的。
以下多基于猜测：石团队把这些病毒从人迹罕见的地方带回武汉病毒所研究，她们可能就一直在致力于可能的中间宿主和相应病毒“进化“的研究，在没有建立P4这种高规格的生物实验室条件下（P4大概是15年才建立的），生物废料/垃圾/动物组织的处理等等 不排除有泄露在环境中的可能，并极有可能被地下鼠群获得；基于鼠群的繁殖能力，
某个病毒在鼠群里快速自然的“进化”也是可能的，最终大概接近10年左右时间，在华南海鲜市场爆发，为什么是哪里，估计因哪里的环境，地下有大量的鼠群生存。
所以基本结论是：人类的探索活动无意间把可能需要 50～100 年的病毒自然“进化”
过程缩短到10年左右，一般病毒这种进化是由于人类集聚区不断扩大并侵蚀动物集聚区而导致的自然结果。
大概有几点可以非直接佐证这个猜想：
1， 武汉病毒所所有人员至今未有感染的报道，包括普通行政人员；基于此，病毒所排除公众舆论是自己直接泄漏，我完全同意，因为本来就没有意制造病毒和泄漏，她们自己是无辜的；但生活在疫区中心，无一人感染还有点低概率，要不就是非常幸运，要不就是长期生活在病毒所环境，有某种天然免疫；
2，华南海鲜市场只占最初开始感染者一半左右，有一半的感染者没有这个直接联系，
佐证病毒已在武汉周遭潜伏一段时间，因为地下鼠群的广泛分布。
3，石团队还曾在云南采集蝙蝠病毒山洞附近的个别居民身体上检测到类冠状病毒抗血
清，佐证有环境自然免疫的可能性。
当然，直接证据是从武汉地下鼠群里分离到新冠病毒，这个工作估计不会进行。香港一流行病家曾预测很可能是地下鼠群的病毒生物源，无论是否调研鼠群，疫情过后，在武汉灭鼠还是要推进的，不排除有其它类似 冠状病毒的存在，也不排除 人感染了鼠，再在鼠群“进化”，回头在感染人。
最后加一句：此猜想并没有指责石团队，对于她们应是完全无意的。
【 在 rihei (嘿嘿) 的大作中提到: 】
: 不能排除的是，在2019年12月
: 首次发现该病毒之前，该病毒在人群中的‘隐性’传播期间获得了一些关键突变
: 隐性传播20年？还正好隐形传播到武汉市中心爆发？
: lol
: 怎么不说
: 1，五毒所去云南抓蝙蝠
: 2，五毒所研究新冠，并且和美国2015年发表的论文表明他们制造了一个新冠状病毒
: 3，这五年来五毒所的新冠病毒研究没发表，是不是制造了新的不清楚
: 4，新冠传染人利用的是ace2，而五毒所一直在用ace2小鼠做验证试验
: 5，五毒所在武汉，新冠在武汉市中心爆发
: ...................
还有，
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刚发表的 nature paper， 给出两种新冠自然进化来源的可能性，1，在动物宿主自然
进化，然后 zoonotic transfer； 2，先 zoonotic transfer，再在人类自然进化而治病。
可能性1 基本就和这个猜想相近；可能性2 也部分包含在这个猜想里的证据链里，就是： 至今武汉病毒所所有工作人员无一感染，要么是隐瞒，要么就是太运气了，要么就
是这个猜想里提到的科学可能性，天然被免疫！
https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9
we propose two scenarios that can plausibly explain the origin of SARS-CoV-2: (i) natural selection in an animal host before zoonotic transfer; and (ii) natural selection in humans following zoonotic transfer. We also discuss
whether selection during passage could have given rise to SARS-CoV-2.
【 在 cellcycle (vacoule) 的大作中提到: 】
: 制造谈不上，尤其有意的，但无意间的可能性还是有的， 下面转个猜想，提出处也许
: 被删，
: ######
: 武汉肺炎冠状病毒来源的猜想：人无意间探索活动导致病毒加速“进化”
: 首先，我有一定生物知识背景，基于现在的这个病毒的生物信息，基本可以排除是人工
: 制造的病毒，因此更不可能有意泄漏，甚至定点投毒之说，都造不出来，哪来的这些！
: 那么剩下的科学解释就是：病毒自然“进化”的结果，尤其RNA病毒的变异率颇高；最
: 近几起，如SARS，MERS，禽/猪流感 和历史上的类似疫情记录，RNA 病毒从动物夸界感
: 染人类并治病的现象是有一定的科学根据。
: 武汉肺炎病毒爆发后，在这个领域研究领先的石研究员从她们在探索SARS中间宿主时收
: ...................
还有：
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原文其实没讲这部分，只要分析了为什么新冠这高的感染率的可能分子机制；同时对比已知的动物冠状病毒和 SARS1，SARS2（就是这个新冠） S 蛋白的 功能区。
对了，关于 PRRA 区，石正丽说了，她们的病毒库里有 带 PRRA的 蝙蝠病毒！！
如下：
新型冠状病毒已被证实为与SARS冠状病毒同源的“姐妹病毒”。南都记者了解到，此前有研究指出，新型冠状病毒和SARS病毒相比，在基因序列PRRA的位点存在差异，疑似有“人为插入”的痕迹，引发了网友对“新冠病毒是人造”的猜测。
在直播课堂中，石正丽明确澄清，新型冠状病毒绝对非人造。她解释，已有研究表明，在蝙蝠提取的冠状病毒中发现了与新型冠状病毒一致的PRRA位点。“这就证明这个位点不是人为插入的，是在蝙蝠种群里面就有的”。”
【 在 cellcycle (vacoule) 的大作中提到: 】
: 还有，
: #########
: 刚发表的 nature paper， 给出两种新冠自然进化来源的可能性，1，在动物宿主自然
: 进化，然后 zoonotic transfer； 2，先 zoonotic transfer，再在人类自然进化而治
: 病。
: 可能性1 基本就和这个猜想相近；可能性2 也部分包含在这个猜想里的证据链里，就是
: ： 至今武汉病毒所所有工作人员无一感染，要么是隐瞒，要么就是太运气了，要么就
: 是这个猜想里提到的科学可能性，天然被免疫！
: https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9
: we propose two scenarios that can plausibly explain the origin of SARS-CoV-2
: ...................
中共现在拼命在这个病毒起源上洗地加搅浑水，基本能坐实这个病毒就是武汉病毒研究所泄漏出来的，也很可能是人工合成的。
如果没有基因编辑或者人工诱导变异，那么最自然的解释就是：
SARSII病毒和武毒所病毒在10到20年内共祖。
它们很可能是来自于同一个山洞的蝙蝠。