Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data Submit Time: 2020-02-21 Author: Yu, Wen-Bin 1,2 ; Tang, Guang-Da 3,4 ; Zhang, Li 5 ; Corlett, Richard T. 1.2 ; Institute: 1.Center for Integrative Conservation, Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 2.Center of Conservation Biology, Core Botanical Gardens, Chinese Academy of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 3.Henry Fok College of Biology and Agriculture, Shaoguan University, Shaoguan 512005, China; 4.College of Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China; 5.Chinese Institute for Brain Research, Beijing 102206, China; Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic datar Brain Research, Beijing 102206, China;
【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: beijingren5 (吃喝), 信区: Military
标 题: 靠，真真让军版猜对了，“零号”病人不是武汉海鲜市场的
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 22 06:36:37 2020, 美东)
美国患者五个骨灰级别的来源都有，还有超级传播者病毒，武汉没有祖先级别的患者。
重磅科研成果：新冠病毒是外来传入的
华南海鲜市场的新型冠状病毒是外来传入的 相关研究结果已提交到中国科学院科技论
文预发布平台http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033，可供疾控防疫相关部门参考，并接受专家学者的交流和讨论。 中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组（图1），包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。 美国包括了五个来源，非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。
http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using
the whole genomic data
Submit Time: 2020-02-21
Author: Yu, Wen-Bin 1,2 ; Tang, Guang-Da 3,4 ; Zhang, Li 5 ; Corlett,
Richard T. 1.2 ;
Institute: 1.Center for Integrative Conservation, Xishuangbanna Tropical
Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 2.Center of Conservation Biology, Core Botanical Gardens, Chinese Academy
of Sciences, Mengla, Yunnan 666303, China; 3.Henry Fok College of Biology
and Agriculture, Shaoguan University, Shaoguan 512005, China; 4.College of
Forestry and Landscape Architecture, South China Agricultural University,
Guangzhou 510642, China; 5.Chinese Institute for Brain Research, Beijing
102206, China;
Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using
the whole genomic datar Brain Research, Beijing 102206, China;
研究人员将58种单倍型分成了五组（图1），采用标准是3个中心（古老超级传播者）单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单。
美国患者五个骨灰级别的来源都有，还有超级传播者病毒，武汉没有祖先级别的患者
靠，弦月的解释我看懂了。
发信人: xiaxianyue (下弦月), 信区: Military
标 题: Re: 简单科普一下华农最新五种病毒株的研究结果吧
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 21 18:30:07 2020, 美东)
如果只有两株只能判断亲缘关系，分不清谁是爸爸谁是儿子。但是数据多了就跟人的遗传家谱一样可以追踪到几代。这个数据的结论是H3/B组为爸爸，在湖北广泛扩散的H1/C组是儿子。
自从新冠爆发以来，全世界各地cdc都在从确诊患者里提取病毒，做全基因组测序，这
些测序结果被放到一个共享database里，方便科研工作者分析病毒各亚株起源进化。新冠是RNA病毒，在宿主体内可以快速突变，所以全世界确诊患者体内的病毒不是一模一
样的。
图A里每一个点代表一个病毒亚型基因组，颜色对照legend看地理位置，数字代表这种
亚型在几个病人样品里被测出。点与点的连接反应了一个病毒如何积累突变成为另一个亚型。做数据处理的人应该都知道如何比对数据库进行cluster。cluster的结果就形成了五个组，除了C组，其他组都用背景颜色划分出来了。这个图可以看病毒如何进化并
扩散到全世界。
怎么看，港灿报复大陆，把香港病毒带入武汉的可能性越来越大了。当初军版就有贴说要报复大陆，可很快就被删帖，看来水很深呀，哈哈
香港？哈！整一个甩锅侠！要不要把台湾、西藏一起赖上？不到二十年闹两次瘟疫，不好好检讨究竟哪里出问题，却借机泛政治化，吃人血馒头，真特么够无耻的。
【 在 beijingren5 (吃喝) 的大作中提到: 】
: 怎么看，港灿报复大陆，把香港病毒带入武汉的可能性越来越大了。当初军版就有贴说
: 要报复大陆，可很快就被删帖，看来水很深呀，哈哈
人口密集的地方容易出这种传染病，欧洲，美洲亚洲没有区别。
一律禁止吃野生动物也未必对，古有火鸡，现有中华鲟都证明了保护野生动物的一条路是消费野生动物。
毫无任何实质意见，只有谩骂和泛政治化的只有番薯。
【 在 ai1901 (笑看众生) 的大作中提到: 】
: 香港？哈！整一个甩锅侠！要不要把台湾、西藏一起赖上？不到二十年闹两次瘟疫，不
: 好好检讨究竟哪里出问题，却借机泛政治化，吃人血馒头，真特么够无耻的。
颠倒是非黑白，倒打一耙的猪八戒，这种无赖最好少搭理。
【 在 fishingarden (Edward Blum门下老王) 的大作中提到: 】
: 人口密集的地方容易出这种传染病，欧洲，美洲亚洲没有区别。
: 一律禁止吃野生动物也未必对，古有火鸡，现有中华鲟都证明了保护野生动物的一条路
: 是消费野生动物。
: 毫无任何实质意见，只有谩骂和泛政治化的只有番薯。
唉，想和你有建设性的讨论几乎不可能。。。。
【 在 ai1901 (笑看众生) 的大作中提到: 】
: 颠倒是非黑白，倒打一耙的猪八戒，这种无赖最好少搭理。
在这个版面
你才是那个一直在颠倒黑白，倒打一耙的猪八戒加无赖
【 在 ai1901 (笑看众生) 的大作中提到: 】
: 颠倒是非黑白，倒打一耙的猪八戒，这种无赖最好少搭理。
“进化”的时间点 还不太清楚，但总趋势是 “毒性”变弱。。
【 在 beijingren5 (吃喝) 的大作中提到: 】
: 发信人: beijingren5 (吃喝), 信区: Military
: 标 题: 靠，真真让军版猜对了，“零号”病人不是武汉海鲜市场的
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 22 06:36:37 2020, 美东)
: 美国患者五个骨灰级别的来源都有，还有超级传播者病毒，武汉没有祖先级别的患者。
: 重磅科研成果：新冠病毒是外来传入的
: 华南海鲜市场的新型冠状病毒是外来传入的 相关研究结果已提交到中国科学院科技论
: 文预发布平台http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033，可供疾控防疫相关部门参考，并接受专家学者的交流和讨论。 中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组（图1），包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场�: 男滦凸谧床《臼谴悠渌胤酱虢矗谑谐≈蟹⑸焖俅ヂ拥绞谐≈猓煌保掷┥⒌牟±辽倮醋杂�3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。 美国包括了五个来源，非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。
: http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
: Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using : ...................
那你知道这次很多港灿在泛政治化吗？
另外吃人血馒头这词你用得不对。
【在 ai1901(笑看众生)的大作中提到：】
：香港？哈！整一个甩锅侠！要不要把台湾、西藏一起赖上？不到二十年闹两次瘟疫，不好好检讨究竟哪里出问题，却借机泛政治化，吃人血馒头，真特么够无耻的。
：
你们一打岔，我都不知道该咋逗北京人了。
咦，伪左叉互咬，好看。
【 在 ai1901 (笑看众生) 的大作中提到: 】
: 香港？哈！整一个甩锅侠！要不要把台湾、西藏一起赖上？不到二十年闹两次瘟疫，不
: 好好检讨究竟哪里出问题，却借机泛政治化，吃人血馒头，真特么够无耻的。
为什么是西双版纳植物园来参加病毒研究
【 在 beijingren5 (吃喝) 的大作中提到: 】
: 发信人: beijingren5 (吃喝), 信区: Military
: 标 题: 靠，真真让军版猜对了，“零号”病人不是武汉海鲜市场的
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 22 06:36:37 2020, 美东)
: 美国患者五个骨灰级别的来源都有，还有超级传播者病毒，武汉没有祖先级别的患者。
: 重磅科研成果：新冠病毒是外来传入的
: 华南海鲜市场的新型冠状病毒是外来传入的 相关研究结果已提交到中国科学院科技论
: 文预发布平台http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033，可供疾控防疫相关部门参考，并接受专家学者的交流和讨论。 中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组（图1），包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场: 男滦凸谧床《臼谴悠渌地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。 美国包括了五个来源，非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。
: http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00033
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