RNAseq reference 的annotation version不同，最后的gene expre

比较了一个gene, CD19,
RNAseq， STAR mapping， rsem 做gene reads counts

current version: https://uswest.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=
core;g=ENSG00000177455;r=16:28931968-28939340;t=ENST00000324662

older version: https://mar2016.archive.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000177455;r=16:28931985-28939340;t=ENST00000611258

发现correlation 只有0.988

有的sample是3000 左右 tpm， 有的只有2500 左右tpm

你明知道version不一样，为啥不用一样的？
correlation 0.988还不够高么？不知道你的“只有”是哪里来的
【 在 NobleBen (be nice, be patient!!!!) 的大作中提到: 】
: 比较了一个gene, CD19,
: RNAseq， STAR mapping， rsem 做gene reads counts
: current version: https://uswest.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=
: core;g=ENSG00000177455;r=16:28931968-28939340;t=ENST00000324662
: older version: https://mar2016.archive.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/
Summary
: ?db=core;g=ENSG00000177455;r=16:28931985-28939340;t=ENST00000611258
: 发现correlation 只有0.988
: 有的sample是3000 左右 tpm， 有的只有2500 左右tpm

Thanks,

以前别人的结果是v24，
最近自己更新了，发现结果差别很大

在一个sample里面：
older version: 1500.0 TPM
new version: 1800.TPM

差别比较大。

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 你明知道version不一样，为啥不用一样的？
: correlation 0.988还不够高么？不知道你的“只有”是哪里来的
: Summary

影响不大，因为你对比的是不同sample,这些samples用同一个annotation. 1500变1800对所有samples影响是一样的
【 在 NobleBen (be nice, be patient!!!!) 的大作中提到: 】
: Thanks,
: 以前别人的结果是v24，
: 最近自己更新了，发现结果差别很大
: 在一个sample里面：
: older version: 1500.0 TPM
: new version: 1800.TPM
: 差别比较大。