剑桥团队研究发现，目前新冠病毒从基因角度分析有三类，原始病毒（A）广泛存在于美国和澳大利亚，武汉只有少量，中国和亚洲流行的是其变种(B) ，而其进一步的变种（C) 先流行于新加坡，再传至意大利，现流行于整个欧洲。B类病毒的传染性弱于C类 链接: https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins?from=timeline&isappinstalled=0 Study charts the “incipient supernova” of COVID-19 through genetic mutations as it spread from China and Asia to Australia, Europe and North America. Researchers say their methods could be used to help identify undocumented infection sources. Phylogenetic network analysis has the potential to help identify undocumented COVID-19 infection sources Peter Forster Researchers from Cambridge, UK, and Germany have reconstructed the early “evolutionary paths” of COVID-19 in humans – as infection spread from Wuhan out to Europe and North America – using genetic network techniques. By analysing the first 160 complete virus genomes to be sequenced from human patients, the scientists have mapped some of the original spread of the new coronavirus through its mutations, which creates different viral lineages. “There are too many rapid mutations to neatly trace a COVID-19 family tree. We used a mathematical network algorithm to visualise all the plausible trees simultaneously,” said geneticist Dr Peter Forster, lead author from the University of Cambridge. “These techniques are mostly known for mapping the movements of prehistoric human populations through DNA. We think this is one of the first times they have been used to trace the infection routes of a coronavirus like COVID-19.” The team used data from virus genomes sampled from across the world between 24 December 2019 and 4 March 2020. The research revealed three distinct “variants” of COVID-19, consisting of clusters of closely related lineages, which they label ‘A’, ‘B’ and ‘C’. Forster and colleagues found that the closest type of COVID-19 to the one discovered in bats – type ‘A’, the “original human virus genome” – was present in Wuhan, but surprisingly was not the city’s predominant virus type. Mutated versions of ‘A’ were seen in Americans reported to have lived in Wuhan, and a large number of A-type viruses were found in patients from the US and Australia. Wuhan’s major virus type, ‘B’, was prevalent in patients from across East Asia. However, the variant didn’t travel much beyond the region without further mutations – implying a "founder event" in Wuhan, or “resistance” against this type of COVID-19 outside East Asia, say researchers. The ‘C’ variant is the major European type, found in early patients from France, Italy, Sweden and England. It is absent from the study’s Chinese mainland sample, but seen in Singapore, Hong Kong and South Korea. The new analysis also suggests that one of the earliest introductions of the virus into Italy came via the first documented German infection on January 27, and that another early Italian infection route was related to a “Singapore cluster”. Importantly, the researchers say that their genetic networking techniques accurately traced established infection routes: the mutations and viral lineages joined the dots between known cases. As such, the scientists argue that these “phylogenetic” methods could be applied to the very latest coronavirus genome sequencing to help predict future global hot spots of disease transmission and surge. “Phylogenetic network analysis has the potential to help identify undocumented COVID-19 infection sources, which can then be quarantined to contain further spread of the disease worldwide,” said Forster, a fellow of the McDonald Institute of Archaeological Research at Cambridge, as well as the University’s Institute of Continuing Education. The findings are published today in the journal Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). The software used in the study, as well as classifications for over 1,000 coronavirus genomes and counting, is available free at www.fluxus-technology.com. Variant ‘A’, most closely related to the virus found in both bats and pangolins, is described as “the root of the outbreak” by researchers. Type ‘B’ is derived from ‘A’, separated by two mutations, then ‘C’ is in turn a “daughter” of ‘B’. Researchers say the localisation of the ‘B’ variant to East Asia could result from a “founder effect”: a genetic bottleneck that occurs when, in the case of a virus, a new type is established from a small, isolated group of infections. Forster argues that there is another explanation worth considering. “The Wuhan B-type virus could be immunologically or environmentally adapted to a large section of the East Asian population. It may need to mutate to overcome resistance outside East Asia. We seem to see a slower mutation rate in East Asia than elsewhere, in this initial phase.” He added: “The viral network we have detailed is a snapshot of the early stages of an epidemic, before the evolutionary paths of COVID-19 become obscured by vast numbers of mutations. It’s like catching an incipient supernova in the act.” Since today’s PNAS study was conducted, the research team has extended its analysis to 1,001 viral genomes. While yet to be peer-reviewed, Forster says the latest work suggests that the first infection and spread among humans of COVID-19 occurred between mid-September and early December. The phylogenetic network methods used by researchers – allowing the visualisation of hundreds of evolutionary trees simultaneously in one simple graph – were pioneered in New Zealand in 1979, then developed by German mathematicians in the 1990s. These techniques came to the attention of archaeologist Professor Colin Renfrew, a co-author of the new PNAS study, in 1998. Renfrew went on to establish one of the first archaeogenetics research groups in the world at the University of Cambridge.
Variant ‘A’, most closely related to the virus found in both bats and pangolins, is described as “the root of the outbreak” by researchers 最相似，也没写云南蝙蝠好吗？难道只有云南才有蝙蝠吗？
楼主贴的是新闻而不是论文原文。新闻里确实提到你说的type ‘A’, the “original human virus genome” – was present in Wuhan, but surprisingly was not the city’s predominant virus type.但是论文没有提到这个。不过这篇论文数据拿的太少了而且我们之前已经发过类似的文章了。只能说很水
引用 @水镜之月 发表的: Variant ‘A’, most closely related to the virus found in both bats and pangolins, is described as “the root of the outbreak” by researchers 最相似，也没写云南蝙蝠好吗？难道只有云南才有蝙蝠吗？
🔥 最新回帖
打不打仗主要看这个国家有没有重启地球的能力，如果有，就不会发生大规模战争，如果没有，那就很可能发生了
不会再犯低级错误？再犯的话你赔偿损失不？
那你别张口就来啊 给个理由 美苏不可调和那么多年 没见真动手了
外资企业占比这么大，搞内循环恐怕经济顶不住。
那你就错了
🛋️ 沙发板凳
我觉得这个研究挺科学的，剑桥在学界的知名度不用说，敢发表这样的成果肯定很谨慎
因为是蓄意的行为。而非，自然输入。
没看到变种吗？病毒变异有什么好奇怪的？
说的是起源就是在武汉
然后在东亚变异慢 出了东亚变异加快
有往病毒是我们发明的生物武器上引的意思
楼主看不明白就别乱加标题误导
还有 现在这个问题已经成了政治问题了
就算证据确凿 中国也不会认 美国也肯定不会认
没意义的
最坏的结果 就是欧美连锁对付我们
我们关起门来搞最低限度的内循环
欧美爆发金融危机 我们停止使用美元
然后欧美崩得比我们惨
就是这么个剧本
小金毛差点就被大金毛坑死了，是真的快死了的那种😂
美国又不是人人得病 或许刚好一个毒王来武汉了 这也是合理的解释了
最“合理”的推测是，病毒起源于美国或澳大利亚，武汉军运会期间被带到武汉小规模传播，随后变异成b亚型并大爆发。接着病毒被带到欧洲，变异成c亚型后好像更厉害了……但是c型不存在于中国大陆。
最奇怪的是，美国的电子烟肺炎怎么消失了？怕不是他们自己心里清楚吧……
遇到毒王了，武汉有有P4 实验室！
或者这些美国病是疫情中心的人。一堆人集体过来，又遇到毒王
武汉的疫情所以集中现形。意大利疫情也出现得很早。以前就没想过什么新冠
武汉只不过是检测得早。和当初西班牙流感一样，不是始于西班牙，但是就西班牙媒体报道了！然后背锅100年
1.分析基因的来源？原始病毒A是在美国爆发后取样的吗？
2.为什么武汉先爆发？美国反而这么久后才爆发？
按照文章的描述来看，a型的致病性和传染力又不高，所以在美国是混在流感里传的。而亚洲人对a型抵抗力又比较强，所以一线城市少数感染者夜可能就直接自愈了。
在武汉，病毒进化成了b型。治病型和传染力上了一个台阶，对亚洲人适应性又更好，所以大规模爆发。
现在欧洲那边又进化出c型。c型又传回美国。美国估计重症的好多都是c型的。
ABC三种亚型到底是什么关系搞懂了吗？
明明是A-B-C逐渐演化的过程，什么是源头？难道不是A才是源头吗？
最初的从蝙蝠等野生动物相关的A型在武汉传染到少部分人身上，然后在武汉以及东亚地区演化成B型，大规模感染，最后欧洲感染的类型是由B演化而成的C
而A的源头文章哪句话写了是在美国？我看到明明是present in wuhan啊。至于美国的A型，不是写清楚了在武汉有过居留史吗？？？
难道是那个美国人在美国通过野生动物感染了病毒带到武汉吗？
那为什么从我国云南地区蝙蝠（RaTG13）提取中的病毒和最初的A型相似度高达96%？蝙蝠是从美国飞来的？？？
用翻译软件给大家翻译了一下：简单总结，病毒有ABC三个型，A在美国澳大利亚，B由A变异，武汉的主要是B，C主要在欧洲，也是变异来的
附译文：研究绘制了COVID-19从中国和亚洲传播到澳大利亚、欧洲和北美的“早期超新星”的遗传突变图。研究人员说，他们的方法可以用来帮助识别无证件的感染源。
系统发育网络分析有助于识别未记录的COVID-19感染源
皮特-佛斯特来自英国剑桥和德国的研究人员利用基因网络技术重建了COVID-19在人类体内的早期“进化路径”——随着感染从武汉扩散到欧洲和北美。
通过分析首批160个完整的人类患者病毒基因组，科学家们绘制出了新冠状病毒通过变异传播的一些原始图谱，这些变异产生了不同的病毒谱系。
“有太多的快速突变，无法清晰地追踪COVID-19家族树。剑桥大学的遗传学家彼得·福斯特博士说：“我们使用了一种数学网络算法来同时可视化所有可能的树。”。
“这些技术主要是通过DNA绘制史前人类种群的活动图。我们认为这是第一次使用它们来追踪像COVID-19这样的冠状病毒的感染途径。”
研究小组使用了从2019年12月24日至2020年3月4日期间从世界各地取样的病毒基因组数据。这项研究揭示了COVID-19的三个不同的“变体”，由密切相关的谱系组成，他们将其标记为“A”、“B”和“C”。
福斯特和他的同事们发现，与蝙蝠中发现的COVID-19最接近的一种类型——“A”型，即“原始人类病毒基因组”存在于武汉，但令人惊讶的是，它并不是武汉市的主要病毒类型。
据报道，在居住在武汉的美国人中发现了“A”的变异版本，在美国和澳大利亚的患者中发现了大量的A型病毒。
武汉的主要病毒类型“B”在东亚各地的患者中普遍存在。然而，研究人员说，这种变异在没有进一步突变的情况下并没有在该地区传播太多，这意味着武汉发生了“创始事件”，或者东亚以外地区对这种COVID-19的“抵抗”。
“C”变异是主要的欧洲类型，在法国、意大利、瑞典和英国的早期患者中发现。该研究在中国大陆的样本中不存在，但在新加坡、香港和韩国都有。
新的分析还表明，最早将该病毒引入意大利的病毒之一是在1月27日通过第一次有记录的德国感染，而意大利早期的另一种感染途径与“新加坡群”有关。
重要的是，研究人员说，他们的基因网络技术准确地追踪了既定的感染途径：突变和病毒谱系在已知病例之间连接在一起。
因此，科学家们认为，这些“系统发育”方法可以应用于最新的冠状病毒基因组测序，以帮助预测未来全球疾病传播和激增的热点。
剑桥大学麦克唐纳考古研究所（McDonald Institute of Archemical Research）以及该大学继续教育研究所（University of Continuous Education）的研究员福斯特说：“系统发育网络分析有可能有助于识别未登记的COVID-19感染源，然后将其隔离，以遏制该疾病在全球的进一步传播。”。
研究结果发表在今天的《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。研究中使用的软件，以及超过1000个冠状病毒基因组和计数的分类，可在www.fluxus-technology.com上免费获得。
变异体“A”，与蝙蝠和穿山甲中发现的病毒最为密切相关，被研究人员称为“爆发的根源”。类型“B”是从“A”派生的，由两个突变分开，然后“C”又是“B”的“女儿”。
研究人员说，B变种在东亚的定位可能是“奠基人效应”的结果：在病毒的情况下，一种新型病毒是从一小部分孤立的感染群中产生的，这是一种遗传瓶颈。
福斯特认为还有另一个解释值得考虑。“武汉B型病毒可以在免疫或环境上适应东亚大部分人群。它可能需要变异以克服东亚以外的阻力。在这个初始阶段，我们似乎看到东亚地区的突变率比其他地区要慢。”
他补充道：“我们详细描述的病毒网络是一种流行病早期阶段的快照，在COVID-19的进化路径被大量突变所掩盖之前。这就像是在行动中捕捉到一颗初生的超新星。”
自从今天的PNAS研究开始以来，研究小组已经将分析扩展到了1001个病毒基因组。福斯特说，虽然尚待同行评审，但最新的研究表明，COVID-19在人类中的首次感染和传播发生在9月中旬至12月初。
研究人员使用的系统发育网络方法（允许在一个简单的图表中同时可视化数百棵进化树）于1979年在新西兰率先提出，然后在1990年代由德国数学家发展起来。
这些技术引起了考古学家Colin Renfrew教授的注意，他是1998年新PNAS研究的合著者。伦弗鲁接着在剑桥大学建立了世界上最早的考古遗传学研究小组之一。
发在了美国科学院院刊上。什么样的算论文。
他就是故意的，连发两个帖子都直接大标题“起源于美国”
我不知道层主蠢呢还是坏呢？文章看懂了吗？
你自己标红的句子都只看一半？难道不是转折之后的观点才是想要表达的观点？
之前那篇文章好像还没发表，只是挂在预发表的网站上，但是这篇已经刊登了，还是影响因子10期刊，很强了
A型抗体对BC有抵抗力么？还是会引发ADE效应？
不要忘了前段时间的美国流感
所以美国现在年轻人死的多。中国感染的a型人数少，得a就得b又ade基本不存在。
也不是说造谣吧，只是说研究方法有问题
这次的也谨慎怀疑，粗看了一下就160个病例，后面扩展到1000个，说实话。。。样本太小了。除非说这160个里面，有些是去年12月在美国死的现在挖尸出来的。不然100万人啊，有1000个病例能体现出什么呢。。。
对的，原文明显是假定病毒来源于亚洲的蝙蝠和穿山甲。。这楼主标题就是在带节奏
后面不是还有一句吗，a型在武汉发现，但a型并不是武汉发现的主要类型啊
A型抗体对BC没有作用，所以美国的ADE更多
如果这种研究成立，那就是a型可能在传播性和死亡率重症率跟流感一样，传到武汉的时候变异了，变严重了。当然这种肯定是无头公案了
我都怀疑楼主是装忠跳反的，发这贴吸引那些不懂英文只会无脑跟贴的人回帖一下认同文章内容的话，没准转头就发到推上说“中国人也认同病毒来自武汉”了。。 我求求步行街那些不懂英文的大哥们，你们花点时间用用脑子看看机器翻译，这篇剑桥的东西是说病毒来自武汉的！
别tm看了标题就留言好吗？
病毒A病例来自中国人和在中国居住的美国人，但是常见在美国； 病毒B是病毒A的后代，常见在中国； 中国科学家发现云南的蝙蝠和病毒A高度相似。
用下脑子想想，这是在说病毒来自美国吗？绕个圈子在暗示病毒来自中国啊！ [ 此帖被o来火箭吧o在2020-04-10 22:35修改 ]
那是，因为符合国人的口味，日本的那个不也很“科学”么？最后被点名造谣
是人家文章作者说造谣
这个是原始数据。文章的结论其实还是指向最开始的病毒来自武汉（最原始的A型在云南的蝙蝠中发现，同时提供A型的是在武汉居住的美国人）但国内爆发的是这个病毒的变异B型（武汉的数据是12-24号开始提供，那会已经是2-3代传播了）这个最早被感染的在武汉居住的美国人，恰恰把0号病人指向武汉。好多人不仔细看原文也是醉了。
武汉这个锅不知要背多少年
一看你就没读过英文论文，也没有用英语做过学术交流。
我教授挂在嘴边的一句话就是but, however这种词后面的才是重点，前面的都是恭维和给面子。
比如别人做了一个汇报，你有疑议，用英语怎么说？你要说对面的汇报做的很好，but有一点小问题。
懂了么？
你自己画红线的句子，but后面的你读一读
太强了，PANS上的论文都不叫论文了，搞学术还是得看步行街👍
因为论文的结论就是把溯源指向武汉。好多人不仔细读原文。数据是12/24-3月，那会武汉已经是2-3代传播了，这个在武汉居住的美国人，可能是更早被感染的，也就是指向0号病人在武汉的更早时期。另外，A型的基因也在云南的蝙蝠和国内的穿山甲身上发现。其实路径指向已经很明显了。这是原始数据。
样本是12-24号以后的，那会武汉已经是2-3代传播了。
but（A型）不是武汉的主要类型，武汉包括东亚的主要类型是由A演化而来的B型，在前面不是提到过了吗？请问有什么问题？
武汉包括东亚的大规模感染的类型是由A演化而来的B型啊，在前面不是提了吗？
就是，真怕丢人丢到国外。文章很明显指向溯源是武汉。。。
上次那个，搞得这次我都不敢评论了
先等个两天
对啊，but后面的话才是重点啊。在武汉很少有A型，主要是B型。但是在美国和澳大利亚有大量的A型。
你觉得这个文章想表达什么？你看不出来么？这个文章在推特上已经被美国人喷惨了，他们都在骂这个论文。
but A型不是武汉的主要类型
武汉包括东亚的主要类型是在前面提过由A演化而来的B型啊，我难道没有说吗？？？
而文章当中又说了而亚洲人对A型抵抗力比较强，或者发生了founder event。随后在武汉，病毒进化成了B型。治病型和传染力上了一个台阶，对亚洲人适应性又更好，所以大规模爆发
这篇文章通篇就没有一点点源头在🇺🇸的意思，反而我觉得可以结合从云南蝙蝠分离的毒株看出源头在🇨🇳甚至是武汉
我看了一下原文，样本很有限，研究方法也是用的他们自己的算法，不算是很有说服力吧。最主要的还是证据不足，我估计现在不论中美都不会吧原始数据公布出来
这是原始数据。溯源路径很明显。为了避免被你说没读过英文论文，我先告诉你我发了3位数的sci。
“觉得”
病毒进化了，美国人原来的第一代病毒传染力一般，到了中国进化成了二代病毒，传染性加强，欧洲是第三代病毒，传染力更强。美国现在估计病毒是三代同堂了。
要知道武汉可是九省通衢之地啊，细思极恐
机翻一下摘要
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来自英国剑桥和德国的研究人员利用基因网络技术重建了COVID-19在人类体内的早期“进化路径”——随着感染从武汉扩散到欧洲和北美。
通过分析首批160个完整的人类患者病毒基因组，科学家们绘制出了新冠状病毒通过变异传播的一些原始图谱，这些变异产生了不同的病毒谱系。
“有太多的快速突变，无法清晰地追踪COVID-19家族树。剑桥大学的遗传学家彼得·福斯特博士说：“我们使用了一种数学网络算法来同时可视化所有可能的树。”。
“这些技术主要是通过DNA绘制史前人类种群的活动图。我们认为这是第一次使用它们来追踪像COVID-19这样的冠状病毒的感染途径。”
研究小组使用了从2019年12月24日至2020年3月4日期间从世界各地取样的病毒基因组数据。这项研究揭示了COVID-19的三个不同的“变体”，由密切相关的血统组成，他们将其标记为“A”、“B”和“C”。
论文粗读一般只要看abstract和conclusion两部分
反正纽约肯定ABC全了
现在问题是2019年如意大利、美国 武汉的样本
起源其实已经差不多出来，很多结果都是政治在影响着。而且这个是news吗不是paper
三位数？哈哈哈哈你咋不说你100米跑了7秒？三位数影响因子都是噪音级别的么？
我知道的论文发了3位数级别的教授，我不认为他们年龄和爱好上会有时间回复虎扑。我本科老板300多篇论文，他快70岁了，我博士老板100多篇论文。
还是说你们组发的所有论文都挂你名字了？
还是说你把会议论文都算进去了？
你敢贴你名字让我搜搜不？
关于文章当中为什么亚洲主要不是a型，我想说的已经很清楚了，founder event和亚洲人的抵抗力
其次整篇文章的基础就是认为A型是从云南蝙蝠中分离出来的病毒，你告诉我说文章认为病毒来源于🇺🇸？？？
如果美国人在美国通过野生动物感染带来武汉，为什么从云南蝙蝠分离出来的病毒相似度96%？？？
🦇也是从🇺🇸飞来的？？？
不做指向性讨论，“毒王”+“刚好”+“武汉”这个概率太低了，或者就阴谋下那就是故意放一个毒王过来？
国家拿着3万亿的外汇储备，停止用美元？自己烧自己3万亿不用？
三位数？敢问宁是哪个大学的教授？
所以我说了 我们会受伤 美国会没命
通俗的英语大白话。。。那没别的了
立场决定态度 老屁股了
因为美国没有做本地蝙蝠病毒的研究啊
云南蝙蝠和新冠相似度96%，怎么知道美国不会有98%呢？但是没人研究就没辙。
根本不能排除A型是美国来的可能。
我们这些年之所以能对内不停印钞票全是基于这3万亿的基础上的，没了这3万亿首先死的就是我们，本来钱就在我们手上，我们不用能对美国有多大影响呢。
Variant ‘A’, most closely related to the virus found in both bats and pangolins, is described as “the root of the outbreak” by researchers
最相似，也没写云南蝙蝠好吗？难道只有云南才有蝙蝠吗？
岂止985一条街，这是看见大佬了，h-index多少了
看我帖子，中科院发的不信外国的倒是新的飞起
你没有理解最低内循环是什么意思
照你这么说，有a型患者的国家全部不能排除？？？全部蝙蝠测一遍？？？
那请你解释一下为什么最初在武汉爆发呢？？？
謝謝分享，頂了
武汉千古奇冤满微博当时腥风血雨，天天都是爆！
??啥意思，钓鱼来的啊
数据库里数据都有几千个，他们就选了160个。感觉水确实是水。另外高赞那几个乱带节奏真心当没人会去翻原文。
我看了，但是人家没说结论吧？只说武汉有A然后美国澳洲也有大量的A。
文章中说了啊，他认为B更适应东亚人的免疫和环境，所以武汉主要是B。而C更适合欧洲人，所以欧洲是C。
楼主贴的是新闻而不是论文原文。新闻里确实提到你说的type ‘A’, the “original human virus genome” – was present in Wuhan, but surprisingly was not the city’s predominant virus type.但是论文没有提到这个。不过这篇论文数据拿的太少了而且我们之前已经发过类似的文章了。只能说很水
你再看看这个
想看到四世同堂，让自由的人民享受到天伦之乐
3万亿外汇，两万亿债务，算上外资撤退换汇，剩下的不过五六千亿，没几个钱了
确实，无依据yy要不得