gooog 发表于 2025-01-29 12:37 假设你想测量血液样本的一个蛋白质的表达。用质谱（mass spectrometry）。 假设血液样本绝对不变。 1年前，购买公司的kit1来测。 1年后，公司的同样的kit，kit2，但是工艺变了，所以再来测。值就变了。 请问大家遇到过这个问题吗？这个问题叫什么？ 请问公司能提供一个ratio吗？ 比如新工艺的kit2，测量值为1.05，然后乘上ratio后就变成相当于kit1 的1了。 为什么公司不能提供这么一个ratio？ 大家用什么好方法处理这个问题？
laohua001 发表于 2025-01-29 12:39 方法没有充分Valiate， 缺少robustness 测试。
生如夏花 发表于 2025-01-29 12:40 难道没有refrence standard？
你也遇到过。这个问题的正式名称叫什么？ 就是同一个血液样本，你第二年买公司的同一个试剂，但是出来的值却比第一年试剂测出来的值有变化。 理论上，两个应该相等。 但是公司在生产加工时不断更新新工艺。 gooog 发表于 2025-01-29 12:42
gooog 发表于 2025-01-29 12:42 你也遇到过。这个问题的正式名称叫什么？ 就是同一个血液样本，你第二年买公司的同一个试剂，但是出来的值却比第一年试剂测出来的值有变化。 理论上，两个应该相等。 但是公司在生产加工时不断更新新工艺。
laohua001 发表于 2025-01-29 12:49 不清楚你说的什么kit。 比如我做蛋白质绝对定量， trypsin 是key reagent。 需要做robustness测试， 至少6个不同来源/厂家， 每个来源6个批次。 做validation。 如果robustness不好的的话，需要改进蛋白裂解条件，比如pH， 裂解时间， trypsin用量。。。。。 再有，你隔了一年再次测定相同血样，我觉得蛋白稳定性是个问题，而不是kit的问题（需要QC验证）。实际上血液里的蛋白降解/聚合是很快的。 我一般在一个月之内完成 incurred sample reanalysis。
sioc 发表于 2025-01-29 13:00 就是同一个样品 同时测两次 出来的值都不会相等 更何况放了一年的血液样本
gooog 发表于 2025-01-29 13:01 就是Meso Scale Discovery technology （MSD)公司买的kit。 来测蛋白质的。 你用不同公司的同一类产品。我还没这么做。 我做的，类似于你用公司的同一个产品，但是分不同年买来。所以产品存在更新换代的问题。 这个问题叫什么？ 我如果用6个不同公司的同一类产品，基本就会得到6个值，而且差异还不小。
假设你想测量血液样本的一个蛋白质的表达。用质谱（mass spectrometry）。 Meso Scale Discovery technology （MSD)公司买的kit。 假设血液样本绝对不变。 1年前，购买公司的kit1来测。 1年后，公司的同样的kit，kit2，但是工艺变了，所以再来测。值就变了。 请问大家遇到过这个问题吗？这个问题叫什么？ 请问公司能提供一个ratio吗？ 比如新工艺的kit2，测量值为1.05，然后乘上ratio后就变成相当于kit1 的1了。 为什么公司不能提供这么一个ratio？ 大家用什么好方法处理这个问题？ gooog 发表于 2025-01-29 12:37
gooog 发表于 2025-01-29 13:02 我已经假设了血液样本完全一模一样。 我只讨论其他因素的影响。
假设血液样本绝对不变。
1年前，购买公司的kit1来测。 1年后，公司的同样的kit，kit2，但是工艺变了，所以再来测。值就变了。
请问大家遇到过这个问题吗？这个问题叫什么？
请问公司能提供一个ratio吗？ 比如新工艺的kit2，测量值为1.05，然后乘上ratio后就变成相当于kit1 的1了。 为什么公司不能提供这么一个ratio？
大家用什么好方法处理这个问题？
方法没有充分Valiate， 缺少robustness 测试。
你也遇到过。这个问题的正式名称叫什么？
就是同一个血液样本，你第二年买公司的同一个试剂，但是出来的值却比第一年试剂测出来的值有变化。 理论上，两个应该相等。 但是公司在生产加工时不断更新新工艺。
什么叫reference standard？
不清楚你说的什么kit。
比如我做蛋白质绝对定量， trypsin 是key reagent。 需要做robustness测试， 至少6个不同来源/厂家， 每个来源6个批次。 做validation。 如果robustness不好的的话，需要改进蛋白裂解条件，比如pH， 裂解时间， trypsin用量。。。。。
再有，你隔了一年再次测定相同血样，我觉得蛋白稳定性是个问题，而不是kit的问题（需要QC验证）。实际上血液里的蛋白降解/聚合是很快的。 我一般在一个月之内完成 incurred sample reanalysis。
就是同一个样品 同时测两次 出来的值都不会相等 更何况放了一年的血液样本
就是Meso Scale Discovery technology （MSD)公司买的kit。 来测蛋白质的。
你用不同公司的同一类产品。我还没这么做。 我做的，类似于你用公司的同一个产品，但是分不同年买来。所以产品存在更新换代的问题。
这个问题叫什么？
我如果用6个不同公司的同一类产品，基本就会得到6个值，而且差异还不小。
我已经假设了血液样本完全一模一样。
我只讨论其他因素的影响。
batch-to-batch variation
我如果用6个不同公司的同一类产品，基本就会得到6个值，而且差异还不小。 这个是你的方法有问题，需要重新开发方法。
一年的样品，稳定性绝对是个问题，你做 long term stability 了吗？你有什么证据说放了一年的样品和以前是一样的？
你们kit 2 买来，不和 Kit 1 用完全相同样本做一个robust 验证的吗？鲁棒不棒，后面的事情就都不棒了啊。
还有，血液样本里abundant protein在冻融时是个很大的问题，你要不做abundant protein depletion, 测出来结果总是变化不小。
你的假设本身就不成立，生物学是一门实验科学，反直觉的结果多的去了。
你这假设就不成立啊
如果纯讨论误差 除了试剂盒的误差 你一系列操作引入的误差 仪器本身也还有仪器误差…