miked 发表于 2024-10-03 11:13 请问如果想要得出 Gene A -> Gene B -> Gene C 图中的每一个箭头，都需要如何实验，才能推导出来。 换句话说，现存的pathway数据库（比如KEGG）中的，这些基因间的因果关系，是不是99%都无法考证的，或者没有实验重复的？ 或者，大胆的说，其实都是错误的。
YTD1Smore 发表于 2024-10-03 12:19 这不单是生物学问题，是基本逻辑的问题，hierarchy的建立，不是靠大胆推测的。两个事物A，B，是否有关系，是否是上下游关系，都有逻辑基础的。改变A，B有变化吗？改变B，A有变化吗？这是建立关系的起点。
miked 发表于 2024-10-03 13:04 请问 1） A改变，B也改变；B改变，A也改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？ 2） A改变，B也改变；B改变，A不改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？ 3） A改变，B不改变；B改变，A也改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？ 4） A改变，B不改变；B改变，A不改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？ 我有种预感，以上四种，都是无法证明A与B有没有因果关系。 你同意吗？
freetalk98 发表于 2024-10-03 15:42 问题有点莫名其妙。 A->B的含义就是A改变后B会变，和因果没有关系。4楼已经给了简明解释，入门可以从Bayes inference学起。
Ella2020 发表于 2024-10-03 15:14我十几年前做过细胞分子生物学实验，人为在细胞里调高A基因的表达，再去PCR, RT PCR，western blot验证B基因是不是变化。再重复试验看看能不能重复得出来
图中的每一个箭头，都需要如何实验，才能推导出来。
换句话说，现存的pathway数据库（比如KEGG）中的，这些基因间的因果关系，是不是99%都无法考证的，或者没有实验重复的？
或者，大胆的说，其实都是错误的。
我还以为是说人种演化，没想到。。。
是模型算出来的
请问
1） A改变，B也改变；B改变，A也改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？ 2） A改变，B也改变；B改变，A不改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？ 3） A改变，B不改变；B改变，A也改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？ 4） A改变，B不改变；B改变，A不改变。这能说明A导致B，还是B导致A？还是A， B没有因果关系？
我有种预感，以上四种，都是无法证明A与B有没有因果关系。 你同意吗？
问题有点莫名其妙。 A->B的含义就是A改变后B会变，和因果没有关系。4楼已经给了简明解释，入门可以从Bayes inference学起。
我举个例子来说说，如果A改变，B也改变。A，B可能不存在 A->B 的关系。
一个人喝咖啡（A） 他心脏病B
当A喝咖啡量增大，我们观测到他心脏病B，变恶化了。 但是，A并不导致B。 也就是无法 A -> B
向您请教个比较tough的问题。
如何排除当A基因表达被调高后， 基因C的表达被改变了（gene A -> gene C）
而基因C又改变了基因B. (gene C -> gene B)
但是基因A不直接调控基因B （也就是不存在 geneA -> gene B）