基因pathway的箭头是如何得出来的

m
miked
楼主 (北美华人网)
请问如果想要得出 Gene A -> Gene B -> Gene C
图中的每一个箭头,都需要如何实验,才能推导出来。
换句话说,现存的pathway数据库(比如KEGG)中的,这些基因间的因果关系,是不是99%都无法考证的,或者没有实验重复的?
或者,大胆的说,其实都是错误的。
m
mindstorm
miked 发表于 2024-10-03 11:13
请问如果想要得出 Gene A -> Gene B -> Gene C
图中的每一个箭头,都需要如何实验,才能推导出来。
换句话说,现存的pathway数据库(比如KEGG)中的,这些基因间的因果关系,是不是99%都无法考证的,或者没有实验重复的?
或者,大胆的说,其实都是错误的。

我还以为是说人种演化,没想到。。。
l
laohua001
回复 1楼 miked 的帖子
是模型算出来的
Y
YTD1Smore
这不单是生物学问题,是基本逻辑的问题,hierarchy的建立,不是靠大胆推测的。两个事物A,B,是否有关系,是否是上下游关系,都有逻辑基础的。改变A,B有变化吗?改变B,A有变化吗?这是建立关系的起点。
m
miked
YTD1Smore 发表于 2024-10-03 12:19
这不单是生物学问题,是基本逻辑的问题,hierarchy的建立,不是靠大胆推测的。两个事物A,B,是否有关系,是否是上下游关系,都有逻辑基础的。改变A,B有变化吗?改变B,A有变化吗?这是建立关系的起点。

请问
1) A改变,B也改变;B改变,A也改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系? 2) A改变,B也改变;B改变,A不改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系? 3) A改变,B不改变;B改变,A也改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系? 4) A改变,B不改变;B改变,A不改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系?
我有种预感,以上四种,都是无法证明A与B有没有因果关系。 你同意吗?
a
autum
每个箭头有weight的,还有虚线实线,是实验得出来的还是literature search出来的,statistic 算出来的 各种分类啊。
E
Ella2020
我十几年前做过细胞分子生物学实验,人为在细胞里调高A基因的表达,再去PCR, RT PCR,western blot验证B基因是不是变化。再重复试验看看能不能重复得出来
f
freetalk98
miked 发表于 2024-10-03 13:04
请问
1) A改变,B也改变;B改变,A也改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系? 2) A改变,B也改变;B改变,A不改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系? 3) A改变,B不改变;B改变,A也改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系? 4) A改变,B不改变;B改变,A不改变。这能说明A导致B,还是B导致A?还是A, B没有因果关系?
我有种预感,以上四种,都是无法证明A与B有没有因果关系。 你同意吗?

问题有点莫名其妙。 A->B的含义就是A改变后B会变,和因果没有关系。4楼已经给了简明解释,入门可以从Bayes inference学起。
m
miked
freetalk98 发表于 2024-10-03 15:42
问题有点莫名其妙。 A->B的含义就是A改变后B会变,和因果没有关系。4楼已经给了简明解释,入门可以从Bayes inference学起。

我举个例子来说说,如果A改变,B也改变。A,B可能不存在 A->B 的关系。
一个人喝咖啡(A) 他心脏病B
当A喝咖啡量增大,我们观测到他心脏病B,变恶化了。 但是,A并不导致B。 也就是无法 A -> B


m
miked
Ella2020 发表于 2024-10-03 15:14
我十几年前做过细胞分子生物学实验,人为在细胞里调高A基因的表达,再去PCR, RT PCR,western blot验证B基因是不是变化。再重复试验看看能不能重复得出来

向您请教个比较tough的问题。
如何排除当A基因表达被调高后, 基因C的表达被改变了(gene A -> gene C)
而基因C又改变了基因B. (gene C -> gene B)
但是基因A不直接调控基因B (也就是不存在 geneA -> gene B)

a
awesomeiris
这些多年前就有实验验证过了。找本生化书把reference都看看。