回复 4楼 Prionlike 的帖子 孩子去医院查过敏，好动，注意力不集中，医生诊断为迟发性过敏的神经系统和心肌系统的表现。其他都表现正常。 cenozoic 发表于 2024-07-04 22:17
CTSD 的纯合子变异， C to T的变异，看不清后面的变异到底是什么…… 帮你查了下， 鉴于GCC 的codon 不是G，又是在外显子的开头，那很大可能这里是剪切了。 这个C>T是否影响剪切，剪切后翻译是什么样，得针对做CTSD cDNA的测序了。不难，叫他们找个实验室做一个。这也就是为什么报告没有给出变异后结果的预测了。 Prionlike 发表于 2024-07-04 20:55
该医院报告的核酸突变969C>T是不会改变Pre-pro-Cathepsin D的323Gly氨基酸序列的。 Gly氨基酸对应4个codon，其DNA碱基序列分别是： GGT GGC GGA GGG 969/3=323 DNA模板突变在codon碱基第3位，造成剪切好的mRNA第323个codon由GGC变成GGU，结果依然是翻译成正确的Gly。分子生物学中这叫silent mutation（沉默突变）。 但是是否这个纯合子突变因为是沉默突变携带者就一切正常了呢？暂时无法下定论。正如您所说，在pre-mRNA->mature mRNA剪切过程中，这个突变是否会影响剪切效率（注意只是效率，而不是部位）？ 值得安慰的是，即使这个突变对小孩有影响，影响也是很小的。原因是：这个突变完全不改变前原Cathepsin D氨基酸序列，更不会改变成熟Cathepsin D氨基酸序列。即使这个突变造成RNA剪切效率下降，也只会让成熟mRNA拷贝数减少一点，只要核糖体和tRNA再努力工作一点，完全可以让溶酶体拥有足够的这种蛋白酶。 https://clinvarminer.genetics.utah.edu/submissions-by-variant/NM_001909.5%28CTSD%29%3Ac.969C%3ET%20%28p.Gly323%3D%29 xiaxie8 发表于 2024-07-04 23:13
回复 1楼 cenozoic 的帖子 CTSD NM_001909.4 cds 2141 bp 939 GGC 刚刚被更新为 CTSD NM_001909.5 cds 2055 bp 939 GTG coding valine 如果突变为C>T GTT 仍然coding valine GU+AUGC 四个编码都是 Valine 属于正常变动 所以这个exon7 939nt 的变异 不是发病的原因 需要进一步复查 morgan888 发表于 2024-07-04 23:19
morgan888 发表于 2024-07-04 23:19回复 1楼 cenozoic 的帖子 CTSD NM_001909.4 cds 2141 bp 939 GGC 刚刚被更新为 CTSD NM_001909.5 cds 2055 bp 939 GTG coding valine 如果突变为C>T GTT 仍然coding valine GU+AUGC 四个编码都是 Valine 属于正常变动 所以这个exon7 939nt 的变异 不是发病的原因 需要进一步复查
Prionlike 发表于 2024-07-04 23:21 我开始也是这么想的，但你查gDNA以后，就会发现 无论 CTC的E，还是GCC的G，都是对不上 codon的。再考虑在外显子开头，所以这里最可能的解释是 剪切位点。 这是比较罕见的例子。至于剪切之后对 cDNA有没有影响，这里是预测不了的。
xiaxie8 发表于 2024-07-04 23:25 您查的是剪切前的DNA序列。 所以闹了一个大笑话。 真相是： 323 Gly (GCC) -> 323 Gly (GCT)。 本虾是上海生化所分子生物学专业毕业。
您查的是剪切前的DNA序列。 所以闹了一个大笑话。 真相是： 323 Gly (GGC) -> 323 Gly (GGT)。 本虾是上海生化所分子生物学专业毕业。 xiaxie8 发表于 2024-07-04 23:25
Prionlike 发表于 2024-07-04 23:29 GCC 是 Alanine
xiaxie8 发表于 2024-07-04 23:28 同意您说的。 因为这一个点突变，是否能够生成正常量的成熟pre-pro-Cathepsin mRNA是一个未知问题。 但是因为这个点突变是silent mutation，最终生成的蛋白质序列是正确的。 所以对患者影响远不如其余已经报告的CTSD病例那么严重。
查了clinvar了吗，即使是synonymous mutation, 还有可能是eQTL影响附近基因表达调控的，这个ctsd在神经系统表达比较高，很有可能这个变异影响了表达babybaby 发表于 2024-07-04 23:56
xiaxie8 发表于 2024-07-05 00:02 我在8楼贴的就是clinvar。 未见异常。 全世界都没有报告这个特定点突变与疾病关联，所以楼主有点过于担忧了。
我在8楼贴的就是clinvar。 未见异常。 全世界都没有报告这个特定点突变与疾病关联，所以楼主有点过于担忧了。 xiaxie8 发表于 2024-07-05 00:02
Prionlike 发表于 2024-07-05 00:14 你贴的 ClinVar 结论也是 uncertain。而且这个突变第一次被提交也是在 Neuronal ceroid lipofuscinosis 患者的测序结果里。 虽然最后对这个突变的评估是 uncertain。 实话实说，现在有能力财力给疑似患者做 WGS 的国家就那么几个…… 也还是托华大基因的福把这玩意做成了白菜价。
你看10楼我贴出的 Ch11 1775227 两端的gDNA数据，会发现和cDNA对不上号啊，即使是更新后的CTSD NM_001909.5 。而且这个 323G是个很保守得位点，也不是V。说同义突变有点勉强。我还是坚持患者应该做 cDNA得鉴定。 Prionlike 发表于 2024-07-04 23:53
Prionlike 发表于 2024-07-04 21:19 是不是已经有病症去做的全基因组测序。如果是已经有 癫痫，大脑发育，视力等神经系统症状，那就只能说节哀。 CTSD是极其关键的基因， 323G 后面 还有影响结构。 CTSD的失去功能会导致溶酶体疾病，进行性的脑神经细胞死亡。至于发展多快，发展到什么样子，个体情况不同无法预测。当前阶段，除了针对性基因治疗，都只能暂缓。 衷心希望孩子的 C>T变异不影响 CTSD的功能。Bless。
请你查NM_001909.5 complete cds 你都看不懂这些英文术语 本人现在就是某美国大学分子生物学Adjunct Professor 春季学期刚刚给学生教了 Bio 315 Molecular Biology morgan888 发表于 2024-07-04 23:30
xiaxie8 发表于 2024-07-05 01:21 我的英语要比版上99.9%人都强。一进大学就是英语3级，然后英语4级和6级和研究生英语都是接近满分。 您看来是懂bioinfo的，但您老眼昏花，把969误看成939，然后您没有注意到NM_001909.5 complete cds的ATG开始于69，有68个位置的offset，所以医院报告的969 C>T 对应于Genebank的1037 C>T。
根据现在的af，他这个大概十亿人才出一个的纯合变异snp，致病的可能性不小。否则他们不会全家人都做wgs的 babybaby 发表于 2024-07-05 01:31
xiaxie8 发表于 2024-07-05 01:05 仔细研究了CTSD NM_001909.5 cds 2055 bp。 因为这个剪切好的pre-pro-Cathepsin D mRNA的起始codon AUG开始于69nt，有68个位置的offset，所以医院报告的969nt C>T实际上是Genebank cDNA序列的1037nt C>T。 1035-1037 nt: 正常人 GGC （Glycine) 患者 GGU (Glycine) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001909?report=GenBank 给楼主一个好消息：我刚用RNA splicing软件算了一下，这个点突变在Exon 7末端，Exon7结尾是1040nt，只差一个氨基酸位置。因为RNA splicing主要依靠intron中特殊序列，在真核生物中虽然exon也可以包含外显子剪切增强序列（ESEs），但那只是锦上添花。结论是：这个点突变最糟糕也只是会减少成熟pre-pro-Cathepsin D mRNA产量，临床影响微乎其微。 1 aactgcggcg tcatcccggc tataagcgca cggcctcggc gaccctctcc gacccggccg 61 ccgccgccat gcagccctcc agccttctgc cgctcgccct ctgcctgctg gctgcacccg 121 cctccgcgct cgtcaggatc ccgctgcaca agttcacgtc catccgccgg accatgtcgg 181 aggttggggg ctctgtggag gacctgattg ccaaaggccc cgtctcaaag tactcccagg 241 cggtgccagc cgtgaccgag gggcccattc ccgaggtgct caagaactac atggacgccc 301 agtactacgg ggagattggc atcgggacgc ccccccagtg cttcacagtc gtcttcgaca 361 cgggctcctc caacctgtgg gtcccctcca tccactgcaa actgctggac atcgcttgct 421 ggatccacca caagtacaac agcgacaagt ccagcaccta cgtgaagaat ggtacctcgt 481 ttgacatcca ctatggctcg ggcagcctct ccgggtacct gagccaggac actgtgtcgg 541 tgccctgcca gtcagcgtcg tcagcctctg ccctgggcgg tgtcaaagtg gagaggcagg 601 tctttgggga ggccaccaag cagccaggca tcaccttcat cgcagccaag ttcgatggca 661 tcctgggcat ggcctacccc cgcatctccg tcaacaacgt gctgcccgtc ttcgacaacc 721 tgatgcagca gaagctggtg gaccagaaca tcttctcctt ctacctgagc agggacccag 781 atgcgcagcc tgggggtgag ctgatgctgg gtggcacaga ctccaagtat tacaagggtt 841 ctctgtccta cctgaatgtc acccgcaagg cctactggca ggtccacctg gaccaggtgg 901 aggtggccag cgggctgacc ctgtgcaagg agggctgtga ggccattgtg gacacaggca 961 cttccctcat ggtgggcccg gtggatgagg tgcgcgagct gcagaaggcc atcggggccg 1021 tgccgctgat tcagggcgag tacatgatcc cctgtgagaa ggtgtccacc ctgcccgcga
问题是genomic DNA的序列不是GGC Prionlike 发表于 2024-07-05 01:39
xiaxie8 发表于 2024-07-05 01:41 楼主文中的中国医院直接和美国贝勒医学院合作，用的是whole exome sequencing。
Prionlike 发表于 2024-07-05 01:47 何以见得
gokgs 发表于 2024-07-04 20:29 感觉基因检测都是日子过的太舒坦了， 想找点忧担。
Prionlike 发表于 2024-07-04 22:41 这情况要警惕了……因为CTSD缺陷也会导致限制型心肌病。 让你亲戚找测序公司/生物实验室取皮肤细胞，做个 CTSD 的cDNA测序。
谁没事去检测基因， 肯定是出现罕见病症状了，医生建议去查的。 Texcat 发表于 2024-07-05 01:55
xiaxie8 发表于 2024-07-05 02:00 我将近30年前做过从mRNA反转录成cDNA，然后测序。当时工作量太大。 可能今天转录组测序依然比WGS和WES昂贵很多。
我将近30年前做过从mRNA反转录成cDNA，然后测序。当时工作量太大。 可能今天转录组测序依然比WGS和WES昂贵很多。 xiaxie8 发表于 2024-07-05 02:00
Prionlike 发表于 2024-07-05 23:22 就一个针对 CTSD得 cDNA的 逆转录+PCR+普通测序，能花多少钱，在美国撑死了 3个工作日+ 上百刀。即使算上养细胞的钱，也是几百刀就打住了。 他这种情况，国内找个医院的实验室，能验证确实是 CTSD的问题，最少也能发一篇 case report。 如果splicing 真有问题，现象能稍微做明白一点， Human genetics 也能试一试。有愿意发文章的医生，对这个还是应该感兴趣的。他应该去联系试一试。
怎么可能。RNAseq现在白菜到几十刀做一个了，wgs还是几百上千。数据量都不是一个量级的。现在都做单细胞空间转录组了 babybaby 发表于 2024-07-05 13:30
衷心希望孩子的 C>T变异不影响 CTSD的功能。Bless。
当CTSD基因发生突变时，组织蛋白酶D的功能可能会受到影响，导致溶酶体功能失调。这种失调可以引发一系列遗传疾病，最著名的是神经轴突营养不良（neuronal ceroid lipofuscinoses, NCL），这是一种神经退行性疾病。NCL是一组遗传性疾病，通常表现为神经系统逐渐退化，导致智力和运动功能的丧失、癫痫、视力丧失和早期死亡。
神经轴突营养不良的主要特征包括： 1. **智力退化**：儿童在早期阶段可能表现为正常发育，但随着病情进展，会出现智力和认知能力的显著下降。 2. **运动功能退化**：患儿会逐渐失去运动协调能力，最终可能无法行走或进行基本的日常活动。 3. **癫痫**：癫痫发作是NCL的常见症状之一，通常在疾病的早期阶段就会出现。 4. **视力丧失**：视力退化甚至失明是NCL的另一常见症状，通常在疾病的中晚期出现。
除了神经轴突营养不良，CTSD基因的突变还可能与其他神经退行性疾病有关。这些疾病的共同特征是神经细胞的功能逐渐丧失，导致大脑和其他神经系统部分的退化。
对于有CTSD基因突变的孩子，具体的临床表现和严重程度取决于突变的类型和方式（如是否为纯合子或复合杂合子突变）。建议进行详细的基因分析和遗传咨询，以便了解孩子的具体情况，并制定相应的医疗和护理计划。遗传学专家可以提供个性化的建议和指导，帮助家长更好地应对这一挑战。
孩子去医院查过敏，好动，注意力不集中，医生诊断为迟发性过敏的神经系统和心肌系统的表现。其他都表现正常。
这情况要警惕了……因为CTSD缺陷也会导致限制型心肌病。
让你亲戚找测序公司/生物实验室取皮肤细胞，做个 CTSD 的cDNA测序。
该医院报告的核酸突变969C>T是不会改变Pre-pro-Cathepsin D的323Gly氨基酸序列的。
Gly氨基酸对应4个codon，其DNA碱基序列分别是：
GGT GGC GGA GGG
969/3=323
DNA模板突变在codon碱基第3位，造成剪切好的mRNA第323个codon由GGC变成GGU，结果依然是翻译成正确的Gly。分子生物学中这叫silent mutation（沉默突变）。
但是是否这个纯合子突变因为是沉默突变携带者就一切正常了呢？暂时无法下定论。正如您所说，在pre-mRNA->mature mRNA剪切过程中，这个突变是否会影响剪切效率（注意只是效率，而不是部位）？
值得安慰的是，即使这个突变对小孩有影响，影响也是很小的。原因是：这个突变完全不改变前原Cathepsin D氨基酸序列，更不会改变成熟Cathepsin D氨基酸序列。即使这个突变造成RNA剪切效率下降，也只会让成熟mRNA拷贝数减少一点，只要核糖体和tRNA再努力工作一点，完全可以让溶酶体拥有足够的这种蛋白酶。
https://clinvarminer.genetics.utah.edu/submissions-by-variant/NM_001909.5%28CTSD%29%3Ac.969C%3ET%20%28p.Gly323%3D%29
CTSD NM_001909.4 cds 2141 bp 939 GGC 刚刚被更新为 CTSD NM_001909.5 cds 2055 bp 939 GTG coding valine 如果突变为C>T GTT 仍然coding valine GU+AUGC 四个编码都是 Valine 属于正常变动
所以这个exon7 939nt 的变异 不是发病的原因 需要进一步复查
我开始也是这么想的，但你查gDNA以后，就会发现 无论 CTC的E，还是GCC的G，都是对不上 codon的。再考虑在外显子开头，所以这里最可能的解释是 剪切位点。 这是比较罕见的例子。至于剪切之后对 cDNA有没有影响，这里是预测不了的。
您查的是剪切前的cDNA序列。
所以闹了一个大笑话。
真相是：
323 Gly (GGC) -> 323 Gly (GGT)。
本虾是上海生化所分子生物学专业毕业。
看我在10楼的回复。
同意您说的。
因为这一个点突变，是否能够生成正常量的成熟pre-pro-Cathepsin mRNA是一个未知问题。
但是因为这个点突变是silent mutation，最终生成的蛋白质序列是正确的。
所以对患者影响远不如其余已经报告的CTSD病例那么严重。
GCC 是 Alanine
请你查NM_001909.5 complete cds 你都看不懂这些英文术语 本人现在就是某美国大学分子生物学Adjunct Professor 春季学期刚刚给学生教了 Bio 315 Molecular Biology
多谢指正！
我已改正我的笔误。
不，当前已知数据不支持任何对于氨基酸序列的判断。
你看10楼我贴出的 Ch11 1775227 两端的gDNA数据，会发现和cDNA对不上号啊，即使是更新后的CTSD NM_001909.5 。而且这个 323G是个很保守得位点，也不是V。说同义突变有点勉强。我还是坚持患者应该做 cDNA得鉴定。
我在8楼贴的就是clinvar。
未见异常。
全世界都没有报告这个特定点突变与疾病关联，所以楼主有点过于担忧了。
Allele frequency太低了，临床可能表现也不明显
你贴的 ClinVar 结论也是 uncertain。而且这个突变第一次被提交也是在 Neuronal ceroid lipofuscinosis 患者的测序结果里。 虽然最后对这个突变的评估是 uncertain。
实话实说，现在有能力财力给疑似患者做 WGS 的国家就那么几个…… 也还是托华大基因的福把这玩意做成了白菜价。
可能是致病的snp，但是af太低没有大规模测序结果确认。uncertain并不是不致病。
仔细研究了CTSD NM_001909.5 cds 2055 bp。
因为这个剪切好的pre-pro-Cathepsin D mRNA的起始codon AUG开始于69nt，有68个位置的offset，所以医院报告的969nt C>T实际上是Genebank cDNA序列的1037nt C>T。
1035-1037 nt: 正常人 GGC （Glycine) 患者 GGU (Glycine)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001909?report=GenBank
给楼主一个好消息：我刚用RNA splicing软件算了一下，这个点突变在Exon 7末端，Exon7结尾是1040nt，只差一个氨基酸位置。因为RNA splicing主要依靠intron中特殊序列，在真核生物中虽然exon也可以包含外显子剪切增强序列（ESEs），但那只是锦上添花。结论是：这个点突变最糟糕也只是会减少成熟pre-pro-Cathepsin D mRNA产量，临床影响微乎其微。
1 aactgcggcg tcatcccggc tataagcgca cggcctcggc gaccctctcc gacccggccg 61 ccgccgccat gcagccctcc agccttctgc cgctcgccct ctgcctgctg gctgcacccg 121 cctccgcgct cgtcaggatc ccgctgcaca agttcacgtc catccgccgg accatgtcgg 181 aggttggggg ctctgtggag gacctgattg ccaaaggccc cgtctcaaag tactcccagg 241 cggtgccagc cgtgaccgag gggcccattc ccgaggtgct caagaactac atggacgccc 301 agtactacgg ggagattggc atcgggacgc ccccccagtg cttcacagtc gtcttcgaca 361 cgggctcctc caacctgtgg gtcccctcca tccactgcaa actgctggac atcgcttgct 421 ggatccacca caagtacaac agcgacaagt ccagcaccta cgtgaagaat ggtacctcgt 481 ttgacatcca ctatggctcg ggcagcctct ccgggtacct gagccaggac actgtgtcgg 541 tgccctgcca gtcagcgtcg tcagcctctg ccctgggcgg tgtcaaagtg gagaggcagg 601 tctttgggga ggccaccaag cagccaggca tcaccttcat cgcagccaag ttcgatggca 661 tcctgggcat ggcctacccc cgcatctccg tcaacaacgt gctgcccgtc ttcgacaacc 721 tgatgcagca gaagctggtg gaccagaaca tcttctcctt ctacctgagc agggacccag 781 atgcgcagcc tgggggtgag ctgatgctgg gtggcacaga ctccaagtat tacaagggtt 841 ctctgtccta cctgaatgtc acccgcaagg cctactggca ggtccacctg gaccaggtgg 901 aggtggccag cgggctgacc ctgtgcaagg agggctgtga ggccattgtg gacacaggca 961 cttccctcat ggtgggcccg gtggatgagg tgcgcgagct gcagaaggcc atcggggccg 1021 tgccgctgat tcagggcgag tacatgatcc cctgtgagaa ggtgtccacc ctgcccgcga
是的 全基因检测国内只给有病的人做。其实已经没必要来问了，找专业的吧
我的英语要比版上99.9%人都强。一进大学就是英语3级，然后英语4级和6级和研究生英语都是接近满分。
您看来是懂bioinfo的，但您老眼昏花，把969误看成939，然后您没有注意到NM_001909.5 complete cds的ATG开始于69，有68个位置的offset，所以医院报告的969 C>T 对应于Genbank的1037 C>T。
根据现在的af，他这个大概十亿人才出一个的纯合变异snp，致病的可能性不小。否则他们不会全家人都做wgs的
频率低不等于病情重。
当然，因为患儿只做了外显子测序，没有内含子序列，我刚才计算只是基于exonic splicing enhancers，但生物体太复杂，我也无法预测什么。
只能说，根据我的计算：该儿童溶酶体CTSD蛋白序列正常，糖基化正常，但数量很可能比正常偏低。建议：1）在不加重肝肾负担的前提下，饮食多补充各种必须氨基酸；2）在身体吃得消的情况下，尽量多运动。
问题是genomic DNA的序列不是GGC
楼主文中的中国医院直接和美国贝勒医学院合作，用的是whole exome sequencing。
何以见得
测的依然是genome DNA样本，但是只用microarray测与疾病相关基因。
优点：快速，便宜。
它的报告格式是只报外显子，不报内含子。
谁没事去检测基因， 肯定是出现罕见病症状了，医生建议去查的。
我将近30年前做过从mRNA反转录成cDNA，然后测序。当时工作量太大。
可能今天转录组测序依然比WGS和WES昂贵很多。
CTSD Exon 7 genomic DNA sequence: 倒数第6至倒数第4的正常nt正是GGC:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NG_008655.1?report=genbank&from=14855&to=14999
我30年前，1994年就在中科院上海分院用光盘查Genbank了。对各种格式我非常熟悉。
1 ggtggaggtg gccagcgggc tgaccctgtg caaggagggc tgtgaggcca ttgtggacac 61 aggcacttcc ctcatggtgg gcccggtgga tgaggtgcgc gagctgcaga aggccatcgg 121 ggccgtgccg ctgattcagg gcgag
国内机构超级有原则，不是有病了给钱也不给做，全基因检测，这是业界共同的原则，应该就是怕人没事瞎琢磨。医生医院公司机构全都一致。好人想做还做不成呢
学习了
怎么可能。RNAseq现在白菜到几十刀做一个了，wgs还是几百上千。数据量都不是一个量级的。现在都做单细胞空间转录组了
就一个针对 CTSD得 cDNA的 逆转录+PCR+普通测序，能花多少钱，在美国撑死了 3个工作日+ 上百刀。即使算上养细胞的钱，也是几百刀就打住了。
他这种情况，国内找个医院的实验室，能验证确实是 CTSD的问题，最少也能发一篇 case report。 如果splicing 真有问题，现象能稍微做明白一点， Human genetics 也能试一试。有愿意发文章的医生，对这个还是应该感兴趣的。他应该去联系试一试。
非常同意。
非常同意您，我知识严重老化。
刚查了一下，如今价格：
WGS > RNAseq > WES