我记得一开始看到过评论的，好像有人说这个grant只有五年支持的，刚好今年到期。R01也是今年到期。确实是这样，我们这边这种named professor 也很多，各种各样的named professor, 他们还是要辛苦得申请grant。她是以为别人不懂呢，结果下面有人戳穿她了 又怕别人知道，所以赶紧关闭了。
我记得一开始看到过评论的，好像有人说这个grant只有五年支持的，刚好今年到期。R01也是今年到期。确实是这样，我们这边这种named professor 也很多，各种各样的named professor, 他们还是要辛苦得申请grant。她是以为别人不懂呢，结果下面有人戳穿她了 又怕别人知道，所以赶紧关闭了。 xiaoxuer 发表于 2022-11-13 11:33
于是在深圳“忙到现在”的颜宁，终于给出回应： Alphafold仍停留在我们5年前水平，与AI团队合作迄今预测无一正确。
还罗列出了各种目前AI在结构生物学还无能为力的方面。 不少网友表示：不懂这行，但听到颜老师这么说，就放心了。
“Alphafold仍停留在我们5年前水平”
颜宁离美归国创办深圳医学科学院，是在11月1日官宣的，一时备受关注，圈内圈外不少人都表达了夸赞和期待。 但一些质疑声也随之而来。
个中话题，涉及其私人经历，人事变动，甚至论文引用规范……最为引人关注的，还是——这位科学家之所以回国，因其研究方向已被AI取代。 对此，颜宁的回应可以概括为三个方面。
其一，自己没被AI取代，还远着呢；其二，AlphaFold专注于折叠，但对结构生物学领域，有三大理解问题，AI无能为力；其三，作为科研工作者，当然乐于拥抱技术进步。
但一年过去，AlphaFold依旧停留在5年前（这里仅针对Nav/Cav）。
为证明这点，她还摆出自己2021年8月及今年11月的两次「AlphaFold局限性」主题报告PPT封面，称自己除日期外，内容一字也无需改。
一言以蔽之，AlphaFold属于蛋白质预测模型，专注于折叠，但对结构生物学来说，在折叠之外，有三大理解问题，AI无能为力。 理解蛋白质的动态变化 理解与其他生物大分子或者调节小分子的相互作用 理解在细胞原位里的状态。
目前上述领域缺乏足够数据对AI进行训练，因此模型无法对其提供正确预测。
一个典型的例子，就是去年他们团队发表了Cav2.2结构的成果。这是一种神经组织N型电压门控钙离子通道，与人体痛觉传导有关。解析其结构有助于了解通道调控机理，也为相关止痛药设计研发提供思路。
因为发表晚了一步，没有放到数据库给到AlphaFold训练。于是经由它预测出来的结构，就与实验结果严重不符。
AlphaFold以及AI究竟能否取代计算生物学？颜宁此次发声无疑是给下明确的回答。事实上，自Alphafold诞生之日起，这种争议就一直存在。
AlphaFold能做什么
蛋白质结构预测，这是大家对于AlphaFold第一印象。一年时间它能从成功预测人类92.5%蛋白质，到全球已知所有的蛋白质结构都能预测。
如此速度和精确度，不免让人担心它会替代一批生物学家，正如当年AlphaGo一样。首当其冲就是结构生物学家，其研究涉及生物大分子的三级结构（包括构架和形态），如何获得他们的结构以及结构如何影响功能。
于是网络上就有相关问题的讨论：像施一公颜宁、David Baker这些致力于该领域的科学家会不会深受打击，甚至因此失业？
更严格意义上来讲，只是其中一种工具之一。
以往常用的实验手段包括，质谱法、X射线晶体学、冷冻电镜等，他们解析出来的分辨率高、错误率低。尤其是冷冻电镜的发明，直接让解析结果上升到了新高度。但碍于成本高昂，依赖设备，于是就有科学家另辟蹊径，来做结构预测。
据颜宁早前采访时表示，蛋白质结构预测与实验结构生物学融合度越来越高。在冷冻电镜时代，用软件预测结构模型，再根据实验数据调整，就已经是常规操作。 其实也就是当下热议的干湿实验闭环——计算生物在科研领域的典型价值。
结构只是开始，生物学功能、机理才是终点。而且光结构解析这一项，也需要多个手段联合协作。 最典型如施一公团队的RNA剪接体机理研究。他们曾在Science封面连发两篇背靠背文章。
团队首先通过冷冻电镜解析了酵母剪接体近原子分辨率的三维结构。接着就是在这个结构基础上进行质谱等手段去详细分析，最终揭示了剪接体对前体信使RNA执行剪接的基本工作机理。 放在当时在学界属于首次，为与剪接体相关疾病的发病机理奠定了基础。 如果将结构当做分析机理的手段，那么AlphaFold更是生物学发现的起点。
除了蛋白质结构，事实上在结构生物学领域还有更多的问题还没有解决，比如动力学问题，蛋白质折叠的中间态等，依然是现有实验手段无法揭示的。
网友：多喝凉茶不要上火
此番回应之下，一方面解释了关于「研究方向被AI取代」的质疑，另一方面也从中理解了此次颜宁回国的价值和意义。 有网友表示： 综上预测软件基于大数据的数学和概率 ，同样的电镜等设备上的软件也是基于测算物理的光的数据自动绘制出来的 。 回忆一下初中物理和大学数学的知识，分析一下二者不同和相同，你就能判断颜宁这件事是怎么回事以及她做的事情的意义。
🔥 最新回帖
科学研究是占山头？我以为是愚公移山呢，有人快速把石头搬开，大家一起往。争抢同一块石头搬当然在某些行业是事实，但也不用为了这种现象摇旗呐喊把它正常化吧。可以闷声发大财。不过实际上挣到钱的新药大概不需要这么使劲站台给年轻人洗脑来追求争分夺秒“赢”。
他可以去演孙悟空。
笑死了
这是我通篇爬楼，读完最大的感受
还真是这么回事，她这么一说，反而坐实了这回事。
🛋️ 沙发板凳
那能怎么办？总不能自己打脸吧
我也没看明白这句的逻辑。。
但事实就是，她不干科研，转轨了。
是
Re,就是网红，真的科研搞得好，会在美国5年只拿一个RO1?难道同行评审专家也嫉妒她？
可能真是逼不得已，毕竟是树立的典型，要在其位谋其政的
她在普林斯顿时也有几次热门话题，都跟科研毫无关系
全球结构生物学家 上万人 超过60多年 总共解析了 20万蛋白的四级结构 2021年 alphafold2 出来后 一年多就解析了 超过2亿蛋白质的四级结构 现在已经不需要人工解析了
你怕不是对翘楚有什么误解？她什么时候都不是顶尖的一流科学家，只不过从她导师施一公那儿学到一些解蛋白结构的技术活而已，目前做的工作都没有超出这个范围。
他俩从没在国际上获过任何有分量的大奖，这和性别和回不回国没有任何关系。
某些喜欢搞性别对立的别哪儿都夹带私货吗？
这么说太苛刻了， RO1 现在是越靠近疾病越好拿，越基础越难拿。
可能没结婚无聊经常刷网吧。
她这已经是医美过了吧。以前在华人看过她一张年轻时的证件照，五官有硬伤，面相很不好。
说的事实而已，在美国哪个名实验室会没钱？她在美国没有宣传的那么有名，粉丝不承认罢了。
她做行政太可怕了
小心眼，爱出风头，没有经验。。。
我对翘楚没有误解，我只知道人家是清华本科毕业，然后又是普林斯顿博士毕业 被清华聘为教授和博导 被普林聘为终身教授 在顶尖科研刊物science nature以及她专业顶尖刊物发表过10多篇文章。
做为华人女性，请问这样的履历不是翘楚是什么？别说女性了，就是华人男性都算上，有几个有做到她这样的成就？？？ 我提一句她是女性就是搞性别对立，你是国内新生代红卫兵吧，给人扣帽子的能力你倒是翘楚。
我觉得她需要管理一下她的情绪和语言能力。有时候换一种表达可以达到同样的意思。 可能是因为她在她的圈子里总是混在别人之上，所以有点唯我独尊，舍我其谁的那种心性。
说实话男的做行政就没有一个这样的吗？好不容易有一个女性科学家，都拿着放大镜看她是吧
健康的性爱对于男女都非常重要，不然容易心理扭曲
人家没结婚不代表没男朋友呀。层主真是好刻薄。
能教授的组暂时没有能力做别的 你以为做结构的转做功能和机理那么容易么？
其实她最佳的办法是和做功能机理的组合做，一起申请经费。但是现在看来她显然没有或者无法做大
不了解这个人，但看她网上的互动，至少情商需要很大提高，并不适合做管理工作。
能教授是个很牛逼的人，做的很好，男的做到这么好的也少。但是也有不少资历尚没有她那么闪闪发光的华人教授们拿到的经费比她多，后续发展前景比她好。 感觉她在学校的合作能力上差一些
你这有点中国人所谓的“有脾气的人有本事，有本事的人有脾气”的论调。
说你夹带私货是引用你这一句：
“大家为啥对女性这么苛刻？？？ 如果她是一位男性海归，还会有这么多人讨论这么多人质疑吗？”
她导师施一公一样的情况，被骂的还不够多吗？饶毅被骂得不够多吗？
不知道你什么文化程度，一个科学家的研究水平和贡献是通过职称和文章评价的？她有宣传的那样牛逼为啥一个大奖都没得在美国都拿不到经费？全职回国的谢晓亮王晓东比她牛逼多了，有她这么作么？
你们这种没能力评价人家的就别瞎凑热闹装圣母，动不动就对女性苛刻，除了这点私货还能玩出点啥花样？这种话看得真是令人作呕。
她没有男朋友，而且对有婚姻有对象的人都非常敌视
对的。我看到还以为看错了，五年不是一下就赶上来了？教授太实诚了，不是应该夸张一点说落后二十年什么的吗，哈哈
论研究水平，郇真、庄小威绝对比她牛多了，智力水平就不是一个层次。
首先，结构生物学这种劳动密集型研究就很被人瞧不起，基本是靠烧钱买冷冻电镜+便宜劳动力堆起来的，施一公靠这发了四五十篇CNS觉得没啥意思，现在精力也转移到其他地方。
国内一些二三流的学校为了排名和宣传缘故，也纷纷砸重金引进冷冻电镜平台，很快就发了CNS文章，足以证明施一公颜宁这些之前高高在上在CNS随意灌水的结构生物学家并没有太多真正的技术含量。
颜宁好像从来没意识到自己引以为傲的东西是如此平凡，她常常挂在嘴边的就是抢在其他实验室之前几天发表某项研究。她似乎从来没发觉学术界少了她的工作可以完全不受影响——只不过是晚几天发表而已。
跟男女无关，男的这样也是差领导
那个朱一龙就是太年轻了，要是跟能老师差不多大倒是可以给能老师撮合撮合
对，我第一次看到她说抢在别人前几天发表了某某论文的时候感觉就是她的工作至少idea是一点都不新的。
据说当年林巧稚也是这样，她喜欢一个男同学而未得，一辈子没结婚
协和年限长，有些学生就谈朋友结婚了啥的，林对这些学生很敌视，呵呵
笑话。科研不好能成为院士？难道同行们眼瞎？ 燕雀安知鸿鹄志
Alpha Go下围棋的故事谁还记得？当年三月在欧洲赢了一个名不见经传的棋手，当时说达到了人类100年前的能力，9月就打遍天下无敌手了。
大家的苛刻是针对她的工作，跟男女没关系。你看看施一公受到的质疑，只多不少。
我来说说真相吧。 这里这么多人冷嘲热讽颜宁回国， 不外乎是刺激到了他们美国什么都比中国好的幻觉而已。
成为院士必须科研好，这不否认。 可是，她那个头衔是院士吗？
美国怎么会什么都比中国好？施一公，饶毅不傻。
谢晓亮、王晓东早几年都全职回国了，他两水平和国际影响力比施颜强多了。
你见过有谁骂他们吗？
问题是，之前施和颜的结构都是冷冻电镜解的吗？拿最新技术打脸前人的技术算什么？心理太扭曲了吧。你不能拿着NGS说Sanger sequencing 算什么。请问哪个实验室说自己可以不用Sanger sequencing? 生物领域基本就是靠着年轻时候的贡献，等你当PI了，那就是给你博士和博后贡献的报酬。很少有生物大牛是平淡无奇到五十岁，突然整出一个牛逼的技术？那都是要写进武侠小说的。最多见的都是生产力在博后达到高峰，然后就越来越挫了。自己都不动手了，还能搞出什么？什么计算机这种东西对于生物来说，还是太幼稚了。生物的本质不在计算。整个宇宙也不是按照数学和计算运行的。计算机之于生物，相当于蓝藻之于人类大脑，还得几百万年吧。
你说的蓝藻已经在号称最复杂的棋类游戏降维打击人类大脑了。
他们不知道而已
这个基本逻辑有问题。 都当上主席了，难道200斤都挑不动？难道其他人都是傻子？
要把cause & effect 分清
沽名钓誉，玩小圈子，在学术圈难道还少么？寰宇同乐
这个基本逻辑有问题。 都当上主席了，难道200斤都挑不动？难道其他人都是傻子？
要把cause & effect 分清
沽名钓誉，玩小圈子，在学术圈难道还少么？寰宇同乐
你说的对。 同样的道理，只要一个r01也不能说明科研不行
这真是和事佬的说法啊，大家辩学术就辩学术，不能辩不过就转移话题从其他方面搞攻击啊。
对牛弹琴。如果宇宙不是按照计算运行的，你将永远无法预测结果。至少生物实验是使用真的东西在做，比如研究细菌的就用细菌，研究细胞的就用细胞。而且细菌是如何碰到细胞，每一次实验都有二者物理接触，而每次接触的位置也不固定。就好比你每次走路去超市不可能每一步都踩在上一次去超市的一样的位置。至少实验科学是在物理层面真实的模拟，而计算机只能抽象再抽象。所以我说就一个简简单单的生物实验的复杂程度的远远超过计算机的算力。这个复杂程度的差距从智商上来说不亚于大脑和蓝藻，这么说理解了吗？不是说计算机的智商相当于蓝藻。
施一公目前最有名的代表性工作都是冷冻电镜解出来的，他之前的那些成果和后来的冷冻电镜解的Spliceosome比无足轻重。冷冻电镜刚出来时巨贵，没几个研究机构舍得花这么多钱搞，他利用清华花巨资一下就购买好几台冷冻电镜，利用清华廉价劳动力三班连轴倒，无人能比。
颜宁不用说了，她独立做的绝大部分成果都是冷冻电镜搞出来的。
受他们这番鼓吹，现在国内二三流高校都买冷冻电镜灌水结构生物学，南方科大买的比清华和西湖大学还多。然而，自从10年前冷冻电镜出来之后，之前每三年都获一次诺贝尔奖的结构生物学成果，一次都没再获奖了，因为整个行业知道这个技术含量并不高，和之前基因组测序一样，虽然照样发CNS，但没人真正觉得是高水平工作。
所以说这俩是国内生命科学研究的毒瘤都不为过。
没有给Tenure的 term appointment，即便是普林斯顿的，也不太值钱。
我惊讶于她不能自洽的逻辑。这哪是科学家逻辑严谨的样子。难怪自己姓名拼错了就错了。
同行当然不瞎，颜5年科研高峰期只拿一个RO1,可能时间都花在跟燕雀辩论上了，呵呵😄
王晓东，谢晓亮，庄小威，张峰，华人生物大牛多的是，水平和在业界的地位比施一公颜宁高几个数量级，人家都在踏踏实实做科研，没见像他们师徒俩一样像娱乐明星一样到处现眼。
你说的那些什么怎么细菌碰细胞每次位置都不一样，所以天天需要物理上做实验，就像牛顿之前的人都在“真的”观测天体运行，点灯熬油，花了几百年，总结出一些经验规律。牛顿一出现，一天时间就都算清楚了，而且分毫不差。你说的所谓真的做实验就是这么被降维打击的，这么说你清楚了吗？
最讽刺的就是诺贝尓奖直接给了冷冻电镜，相当于直接给施一公颜宁吹的牛打脸
科学家什么样的都有。有努力的，有智商高的，有骗人的，有碰运气的，有靠逻辑的，有抱大腿的，自然也有想出名的。所有的这些特性，是不是计算机模拟不出来啊，收敛归纳不了，哈哈哈哈
那是不知道这些学者回国了 ，知道也骂
能教授到普林斯顿时可没人骂，本版吹得像朵花，自从知道她回国就开始攻击
同理也适用于谷爱凌
所以现在他俩不敢发一篇CNS文章就吹“诺贝尔级”成果了，因为都知道基本没可能。尤其现在学生也不那么容易受虚假宣传蛊惑研究结构生物学了。
回国找教职的朋友会发现，和其他研究领域比，做结构生物学的CNS文章并不值钱，至少要发好几篇才能和别人的一篇比。
他俩不是只有华人骂，国内只要稍微懂行的骂得也很多，知乎上关于颜宁回国的话题，基本上一边倒的骂。
有次饭局上小朋友吵到她聊天，她还发长文来着。
可是作为生物学的外行，我跟了很久颜宁施一公的八卦，感受真的就是发明冷冻电镜的人好牛。。 就像发明计算机的人一样。。 有没有谁给扫盲一下冷冻电镜啊。。
能教授的男朋友不是肖战吗？后来能教授闹分手在网上骂的挺热闹的。
同行评议最花时间，而数影响因子和被引用数是最简单的评价成果的方法。
颜宁做的东西可替代性强，就是别人也能做，差别就是有没有钱，或时间快慢而已。 类似的还有大米测序，熊猫测序，竹子测序，这些都能发CNS。 像佩雷尔曼做的几何化猜想的工作就是可替代性不强。
确实，她的专业外行不好评价，但她说大白话时候的逻辑和教养真是不敢恭维，below average
她说AI在功能研究上不行，给人的感觉就是她行 。实际上她自己的研究也有一样的缺陷，冷冻电镜搞的也是静态结构。她在故意混淆视听……
。。。这什么乱七八糟的？
你这么关注颜宁不知道她是朱一龙的铁杆粉丝？从18年就粉上了， 她微博粉丝有很多也是朱一龙粉丝。 颜宁也是院士实名追星第一人。
这没什么讽刺的啊，最近几年诺贝尔化学奖基本上约等于生物技术奖。
再之前颜老师粉的是靳东，直到诺贝尔数学奖的诞生….
说实话，如果不是她的热度，我不但不知道她，也不知道施一公，科学家一般都是在自己行业里出名；就好像我觉得香农很出名，但我朋友基本没人知道这个人。众人都不懂她的行业，可不就剩了八卦吗，这不跟娱乐圈一样的道理吗
哈哈哈
这个说到点子上了，从结构到功能的预测，无论是科学家还是计算机，这么多年都是不行的。 从Alphafold的成功来看，将来计算机解决这个问题的可能要大得多。这需要有基于实验的，广泛而且有意义的数据，我觉得可以成立一个Non-profit把这么多年各大研究机构，公司基于实验的结构理解融合下。那就太有意义了。
哈哈哈哈
这种需要回应吗？