干货贴：covid变种层出不穷的原因（早就）已经找到了

转载自拍帮主的公众号
首先来看点有意思的，左边的两个图是常见流感病毒的变异树。而右边的图是covid的变异树


流感之所以会出现左边这种台阶状的变异树，是因为流感变异的渠道是这样的： 适应性最好的主流毒株，通过抗原漂变机制，变异出下一代主流毒株。
按照经典的viral phylodynamics理论，但凡有选择压力的演化树，天生就应该是一副梯子造型
这种梯子形状的树有啥妙处？其妙处就在于，抗原漂变的方向，在一定程度上是可以预测的，并且可以连猜带蒙提前准备好疫苗。
而没有受到选择压力的树，则应该长得跟前面的新冠演化树差不多
那么问题来了，为什么covid在疫苗和防疫的围堵之下，表现得好像没有选择压力一样呢？

其实Covid的演化树是非常独特的
从2020年底直到现在，每一款拿到专属希腊字母称号的大佬毒株， 以及其他每一款有威胁但是没有拿到希腊字母的小咖变异株（比如C.1.2或者B.1.630这类），它们全部都是在各自的直接祖先过气6个月到16个月之后，突然冒头的，毫无预兆； 这些VOC/VUI或者小强，全都没有经过Bedford老师（以及Hanson的王老师）心心念念的“抗原漂变”（antigenic drift），而是采用一种“偶发快速突变”（episodic accelerated mutation），或者又叫“跃迁演化”（saltation）的模式，迅速突变出全身上下的阴间变异，然后一面世就大杀四方、一桶浆糊； 而那些不走“偶发快速突变”模式，反而老老实实搞抗原漂变的分支，哪怕手气绝佳，逐渐累积出10%甚至20%的相对增长优势（比如AY.4.2这种的），也难逃背景板的宿命，被层出不绝的阴间变异株拍死在沙滩上； 所有这些发生“偶发快速突变”的阴间变异株，它们的练功房都大概率是免疫缺陷病例（小概率是动物宿主）。只要上一波大流行时种下了恶因，6个月到16个月之后，就必然会结出下一波暴走毒株恶果； 只凭打疫苗，没法打断这种“今日果昨日因”模式的恶性循环。
大佬们其实早在21年上半年，就已经总结出这个规律；只不过出于重重政治原因，这些精辟的结论不要说影响公共政策了。就连学术圈里也没有人敢讨论

RNA病毒持续感染通常发生于免疫缺陷（的宿主身上）， 这种持续感染本身也许并不会（对宿主）造成严重后果， 但病毒在有缺陷的免疫应答选择压力下持续复制越久，就越容易养出免疫逃逸专精的变异株。

……需要强调正是持续感染导致了变异株的出现， 但奇怪的是，我每次跟别人提到这一茬，大伙儿都茫然地看着我…
那么下一个问题又来了：
如果新冠病毒的变异株有时候是由持续感染（的宿主）养出来的，为啥流感研究搞了几十年，从来没观察到流感持续感染催生暴走变异株的情况呢？
为啥新冠病毒如此与众不同？
这时候就是区分学术圈伪大佬和真大佬的时候了：（请注意本条推文的日期：2021年6月）

如果我们把新冠病毒当做其他导致普通感冒的hCoV一样对待的话，就没法预测我们正在目睹的那些阴间变异株。
导致这些阴间变异株出现的关键因素是长期感染（宿主）体内可供感染的种类广泛的细胞，而这正是新冠病毒与众不同的特征。
如果引用最新论文的话，上面的结论其实说的是：


我们在大多数患者体内都发现了病毒种群呈动态多样化的证据， 这表明有缺陷的免疫系统能够在患者体内特定组织/器官选出不同的免疫逃逸型变异株。 缺陷的免疫系统能够在患者体内特定组织/器官选出不同的免疫逃逸型变异株。 缺陷的免疫系统能够在患者体内特定组织/器官选出不同的免疫逃逸型变异株。

现在你们知道新冠病毒为啥与众不同了吧？ 现在你们知道为啥老是出现今日果昨日因这种恶性循环了吧？
因为新冠病毒在HIV患者体内养蛊， 不是每个人养一只蛊， 而是体内每一个器官、每一坨组织、每一种细胞，都可以供养各不相同的蛊。
流感没法走通的养蛊机制，新冠病毒却利用得风生水起。 这就是新冠病毒与众不同之处。 这就是为什么足以让流感病毒卷死的半桶水防疫，covid却连“选择压力”都感觉不到

而大佬们意识到这一点的时间，不会晚于2021年1月


心得：
本来人类vs流感好比打拳击，你一招我一招的对套路，每年只打一个season，时间过了就暂停
结果新冠病毒上来就是无限制格斗，而且没有暂停时间，不接受认输投降

这在当时也只是众多理论中的一个吧，很难说谁就有那个先眼，就知道这个一定是唯一说的通的理论。
回头看似乎很清晰，当时也就是一众猜测中的一个，对不对其实也就是个概率问题
就算是现在，这个觉得铁定对的理论，过几年也有可能完全不对。
不要抱着一个理论说这是唯一合理的，科学本来就是在各种假说和证伪的过程中发展的

谢谢楼主科普，不是很懂，但是记号一下