treatment outcome analysis

我想请教一个一直困扰的实验设计问题。
三种药物（A，B， C） 1000个老鼠（500个癌症老鼠， 500个健康老鼠） 20个基因的表达值
测试时间点： 用药第0天， 用药第10天， 用药第20天， 用药第30天。
通过这样的一个实验，我能提出哪些有意义的hypothesis。对应每种hypothesis，相应的统计学方法能有哪些？
因为factors太多了。我丈二和尚摸不着头脑。
古老的，比如：哪个基因differentially expressed in cancer。我们用500个癌症老鼠，500个健康老鼠，20个基因跑个microarray，就能分析出来。 现在又加入用药后天数，用药类别。 这个怎么统计学分析呢？能提出哪些hypothesis？