[变异毒株]B.1.1.529……大的真的来了

yweili
楼主 (北美华人网)
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B.1.1.529突变位点简单分析
首先,大家比较关心的问题,现在有初步答案了。 NICD(南非国家传染病研究所)给B.1.1.529搞了个简单版的突变位点分析。
——请品鉴(可能需要点开大图): ↑ 真的非常简单……一点定量的干货都没有, 但粗略定性的话,按照NICD的说法, 这货全身上下的突变,可能会带来以下功能增益:
刺突蛋白RBD结构域和NTD结构域茫茫多的突变:免疫逃逸、抵抗中和抗体(单抗类药物死翘翘); 刺突蛋白H655Y+N679K+P681H组合:弗林蛋白酶切割位点的三重突变,增强细胞侵入→增强传染性(后面我们会看到,NICD的这部分分析完全没抓住重点……); 非结构蛋白NSP6的105/107缺失突变:与Alpha/Beta/Gamma/Lambda相似,可能会提高干扰素抑制功能→增强免疫逃逸能力,同时(体内)增强传染性; 核衣壳蛋白R203K+G204R突变:与Alpha、Gamma、Lambda类似→增强感染能力。

B.1.1.529火速入围WHO VUM名单
然后呢,后知后觉的WHO, 这次居然一反常态地跟上节奏了…… B.1.1.529昨天(2021年11月24日)下午5点半才完成命名流程, 结果当天晚上就入围了WHO VUM名单(variant under monitoring,监控中的变异株)。
——请品鉴: 哦对了,顺便一提啊, 排在B.1.1.529上面的B.1.640, 也是刚刚命名就被WHO VUM名单相中了…… 这货是另外一种在Delta一桶浆糊之后发源于非洲的新一代变异株, 并且造型也颇为阴间(虽然比起B.1.1.529差了八条街), 咱之前还略微提过一嘴(请见这里)。
所以情况就是这么一种情况…… 连WHO这种万年老乌龟都手速加快了, 事情可能真的大条了~

B.1.1.529专属希腊字母称号已预定
2021年11月25日晚8点, 南非NICD(国家传染病研究所)和WHO显然发现, WUM名单已经装不下这尊瘟神了…… 预定明天给B.1.1.529安排专属希腊字母封号。
大的真的来了……
——请睁大眼睛品鉴: 南非卫生部国家实验室(NHSL)内线搞来的视频会议截图, 所以不是特别清楚,凑合看看吧。 这个是南非变异毒株流行率, 纵轴是测序实锤的变异株占比,横轴是日期, 从左到右的变异株分别是: 灰色的屁民毒株; 绿色的Beta; 黑灰色的Alpha; 砖红色的Delta; 黄色的C.1.2, 以及…… 蓝色的B.1.1.529
20天时间内原地飞升,流行率突破75%可还行?
哦对了,顺便提一嘴啊, 南非的Delta就跟纸糊的一样,全线溃败, C.1.2居然硬硬的还在……? 所以南非的怪物,说不定不止一个,而是两个

B.1.1.529感染者数量激增,南非大半江山已沦陷
当然了,上面的内部流出版曲线图,难免有采样偏差, 毕竟豪登省那边正在彻查这玩意儿呢, 顺着感染链做测序的话, 想必采样率会比一般情况高不少。
但就算这样吧,豪登省现如今已经全省沦陷,到处都是这玩意儿, 其他省也情况非常不妙(独家内线消息) 所以这货至少能够顶着Delta的存在强势传播, 这点应该算是实锤了~
——各省具体情况……请屏住呼吸品鉴啊: ↑ 南非各省可能的B.1.1.529流行率变化曲线。 其中豪登省已然霸榜; 自由邦、姆普马兰加、西北省和夸祖鲁正在直线飞升,逼近五成; 开普三省则暂时处于筑基阶段~
南非已经完了……

(对了,上面的图,咱顺便解释一嘴。 不是用的全基因组测序结果, 而是用的当初英国测Alpha时的老套路, 靠赛默飞某款PCR试剂盒,同时测刺突蛋白、N蛋白和ORF1ab。 然后赛默飞的刺突蛋白引物,故意针对的是69/70位点, 而Alpha正好有69/70缺失突变, 所以用赛默飞这款试剂盒测下来的结果就是刚好刺突蛋白drop-out……
很凑巧,NHSL发现B.1.1.529刚好也有刺突蛋白69/70缺失突变, 并且反正现如今Alpha在南非也几乎绝迹了, 所以他们回头清查了各省最近几个月使用赛默飞这款PCR试剂盒的检测结果, 上图就是所有刺突蛋白drop-out的比例…… 因此严格来说,上图不能算是100%实锤, 毕竟谁也不能保证里面有没有混入Alpha~ 或者Delta有没有一夜之间产生了69/70缺失突变。 但总的来说,根据当初英国佬的实践吧, 这玩意儿准确率还是挺高的。)

顺便说说已经用全基因组测序实锤的那一小撮病例吧。 前天Peacock老师刚刚提交新毒株申请时, 这货的演化树是下面这种造型~
——请品鉴:
到了今天,这货的演化树变成了…… ……
——这样:
↑ 其中每一个红点,都是一个有详细记录的病例, 而这些病例出现的场景,包括了: 家庭传播 院感(门诊病例) 院感(住院病例) 院感(医护人员) 学校传播 以及茫茫多搞不懂感染链的社区传播
——比如住院治疗肾病的:
——社区抽检揪出来的:
——还有门诊医护人员:
太揪心了~

——或者咱换个角度来品鉴: ↑ 之前咱已经提到过,南非最近出现了莫名其妙的突然反弹。 为啥说莫名其妙呢? 因为首先,虽然他们接种率不高, 但9月份才刚刚爆完一波大的, 按说不会这么早就重新进入爆发期才对(比如参照印度)
然后,这波爆发是个别省份主导的, 其他地方几乎没参与~
——请品鉴: ↑ 主要是豪登省和北开普省~ 而靠着两个省的新增人数,就把反弹曲线拉得近乎笔直……
——请睁大眼睛品鉴: 这波反弹到底得有多猛?
——答案揭晓: ↑ 豪登省的Rt(有效再生数)高达2.2。
有效再生数2.2
这尼玛什么概念??? 就这么说吧,但凡是被Delta日过一轮的地方, 由于感染者产生了足量的中和抗体和记忆B细胞 所以哪怕疫苗接种率极低,哪怕丝毫没有管控措施 在二次爆发时,有效再生数也很难超过1.5。 比如以接种率跟南非差不多的保加利亚和乌克兰为例, 在上个月保加利亚和乌克兰疫情快速引爆的阶段, 这俩地方的有效再生数是……
——请品鉴: ↑ 不到1.5
所以情况就是这么个情况。 豪登省这远超1.5的有效再生数只有一种可能性——
这次快速反弹的毒株,一定不可能是Delta。
至于说这个突破天际的有效再生数, 是不是说明了B.1.1.529的传染性远胜Delta呢? 还不一定。 还有一种更加让人焦虑的可能性~
——请品鉴: 翻译成人话:
这货基本上可以算是SARS-CoV-3了。

它跟Delta根本就没有中和抗体交叉免疫力,那还说啥直接竞争?
这货就是一种全新的病毒……

所以咱预告了小半年的血清分型, 看来真的实锤了。

B.1.1.529传染性/免疫逃逸能力锋芒初现
南非那边的流调工作毕竟比较糙,看不出啥细节。 但别急,咱北半球还有另外一个B.1.1.529感染群呢。 也就是昨天我们提到过一嘴的香港输入病例。 今天传出消息, 这货在隔离酒店,漏了……
隔离酒店漏了……
——请品鉴: 简单来说, 这两位隔离期间入住的五星级香港富豪机场酒店, 咱刚好住过不止一次。 这地方的楼道长这样~
——请品鉴: 这样条件的隔离酒店, 因为开门时戴的口罩有呼气阀,
就把对面的给传染了???
而且还没完呢, ——请继续品鉴: ↑ 这两位都在5-6月份期间完全接种BNT疫苗, 靠着开门关门那一丢丢空气传播的病毒颗粒就造成了感染,
并且Ct值一个18,一个19……
还双双送院了


B.1.1.529≈大号感冒(误)
最后,贩卖个焦虑吧。 各位还记不记得,最开始咱说NICD的突变位点分析, 弗林蛋白酶切割位点部分没说到重点…… 现在咱来看看,重点到底是啥吧~
——请品鉴:
——或者咱划好重点再来品鉴:
所以之前不少人猜对了, 新冠病毒正在朝着普通感冒的方向演化。 但是又跟他们想象的不大一样…… 不是毒力变低, 而是……
正在一步步演化出OC43的招牌式弗林蛋白酶切割位点
aiche
艾滋病都死不了,流感病毒更不怕了
foreverf
看了一遍没看到感染后重病率和死亡率。 既然是科普,可以少点观点性或和营销式的句子。 文风降低了数据的可信性,小编以前似乎是给保健品写广告的。。
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crystal007
重症率不知道咋样,为啥南非总这么厉害产生变种
南开阿飞
完全不怕....
YourGirl
啰里八嗦
阳光下的蓝莓树
没看懂到底想说啥,除了故意制造恐慌。
bigjohn123456
大家抓紧时间在感恩节圣诞节期间好好放浪形骸吧! 希望接下来两年不要又关家里憋着
Acad
美国人都觉得疫情已经结束了呀!
Brandypurple
这是啥文风,品这个品那个鬼扯一推说不到重点,到底想说什么就清清楚楚说明白。
c
crystal007
期指是大跌了
普罗旺斯的淡紫
回复 3楼foreverf的帖子
这位可不是什么小编,在知乎很有名。小浣熊也看他的文章。他的文章就是这么个风格。和他说的内容严不严肃无关。
t
tinmouse85
什么玩意儿?字都看得懂,就不明白楼主到底想说啥。
N
NataliePortman
这文章写的啥玩意,要科普就规规矩矩的科普,写得跟垃圾营销号似的,半天没说明白一件事 用人话来解释,covid病毒都自带furin cleavage site,需要在高尔基体内被furin 酶切割了才能被激活。这个识别序列里的氨基酸越偏碱性,越容易被furin识别和切割。alpha和delta分别把无极性的Proline突变成了碱性的Histine和Arginine,所以入侵能力和传染性都加强。而这个新出现的突变,又在P682H突变的基础上增加了N679K突变,又多了一个碱性氨基酸Lysine,所以传染性又进一步增强了。 后面他说的新病毒朝oc43的方向演变,只是他个人观点,无证据无逻辑。朝oc43演化又怎么样也没说,不知道想表达什么。
g
gzhsyw
回复 3楼foreverf的帖子
这位可不是什么小编,在知乎很有名。小浣熊也看他的文章。他的文章就是这么个风格。和他说的内容严不严肃无关。
普罗旺斯的淡紫 发表于 2021-11-25 23:01

有名?翻翻他回答他都预测多少次世界末日 半年前吹灭活疫苗被打脸不服气,然后反打脸,说智利流行的是大毒王变体,咋咋牛逼,,不是疫苗的锅https://www.zhihu.com/question/450877435/answer/1796653787
baby1010
既然都传到全世界,说明南非本地已经有很多病例,那当地的重症旅死亡率为什么没有公布呢?
littledotdot
既然都传到全世界,说明南非本地已经有很多病例,那当地的重症旅死亡率为什么没有公布呢?
baby1010 发表于 2021-11-26 14:23

没人关心?
Shirleyhe42
病毒本來就是會進化成越來越容易傳播。但基本原則都是當越容易傳播,那重症和死亡率是會減低。這個基本是反比的。所以不說重症率和死亡率,就等於沒說。🙄
如果可以如果
回复 18楼Shirleyhe42的帖子
就是呢,我就等看重症和死亡,结果没有数据
lovegreentealatte
只记住仨字儿:请品鉴 会好好说人类语言吗