呵呵，才死两千多人？那好，很多人不是不相信中国的数据吗，不是都说至少得加个0吗？那加了个0之后，各国重视了吗？trump说 it’s just a flu 的时候，你觉得他对中国官方的数据是选择相信呢，还是相信呢？如果他也是在质疑数据的情况下依然选择这么说，他难道会不知道这将面临多大的风险？他手下的情报机构和科学顾问都是吃干饭的是吗？ 死的人少，那还是中国的错咯？那真抱歉，因为死的太少，让你们掉以轻心了，中国应该为此负责，明白明白
呵呵，才死两千多人？那好，很多人不是不相信中国的数据吗，不是都说至少得加个0吗？那加了个0之后，各国重视了吗？trump说 it’s just a flu 的时候，你觉得他对中国官方的数据是选择相信呢，还是相信呢？如果他也是在质疑数据的情况下依然选择这么说，他难道会不知道这将面临多大的风险？他手下的情报机构和科学顾问都是吃干饭的是吗？ 死的人少，那还是中国的错咯？那真抱歉，因为死的太少，让你们掉以轻心了，中国应该为此负责，明白明白
（COVID-19系统发育树矩形图，截止到3月24）
上图是全部1111个数据系统发育分支矩形图。横轴是采样时间顺序。可以分成三个时间阶段：
在2020-01-06号之前的数据都是武汉数据（紫色部分），最早的一个武汉病例采集日期2019-12-24日。这也是疫情的第一阶段，即武汉传播阶段。
从2020-01-07到大约2020-02-20号左右，是中国疫情暴发和控制阶段，主要波及到东南亚和韩日等国家。这是疫情的第二发展阶段。在这一阶段中，除了韩国因为出了邪教幺蛾子曾发生大面积集体性感染之外，新加坡、越南、泰国、香港、台湾、日本等地区都相对控制得比较好。这一段时间的样本也主要来自于这些地区。
大约从2020-02-21之后，伊朗和欧美国家的疫情开始迅速大规模暴发，这是疫情的第三阶段。这一段时间的数据库数据主要来自这些地区，同时来自中国的样本（蓝色部分）也继续在增加。图中红色部分是表示美国的样本，而绿色、黄色、橙色等是欧洲的样本。虽然伊朗疫情很严重，但来自于伊朗上传的数据仍然没有。但从伊朗输入到其他的国家的病例有不少。下图是网站显示的新冠疫情全球扩散图。有三大传播中心。分别是中国、伊朗和欧洲。紫色线是表示从中国（武汉）向外的输出传播。深蓝色线表示从伊朗向外的输出传播（注意缺少伊朗样本，这是根据截获从伊朗输出样本而分析的）。黄、绿、橙色线表示从欧洲向外的输出传播。美国向外输出的样本很少，基本上都是向美国输入。如果新冠病毒早就在美国传播，应该会看到相反的输出结果。
（COVID-19全球扩散传播图，截止到3月24日）需要继续重点说明的是，几乎每个国家都有很多不同的输入源。从国际人口流动的逻辑上看，也应该如此。美国一个华盛顿州98%的病例都跟“零号病人”相关，所以，如果一开始州政府或者联邦政府及时采取措施，华盛顿的养老院悲剧很可能可以避免。美国大规模的扩散也大几率的减少。比如从按时间顺序的辐射雷达图来看，荷兰的样本几乎在每个分支里都有出现，这也是因为最近两周荷兰上传了大量数据。这显示了新冠疫情极为复杂的国际感染和传播路径。
（COVID-19系统发育树辐射雷达图，按时间顺序，截止到3月24日）欧洲的主暴发簇比较显眼。由于欧盟一体化，国家之间可以自由通行，这个主暴发簇在欧洲地区传播最为广泛。必须要说明的是，欧洲地区并不仅是这一支，而是有非常多的不同输入来源支系，只不过由于超级毒王的传播，这一支发展得最为壮大。从这个欧洲主暴发簇向外传播地区主要是南北美洲和非洲，以及大洋洲。显然由于这个暴发簇的传播贡献，新冠疫情终于点亮全球。基本结论是：全世界的爆发与中国武汉的扩散有很大的关系，特别是从扩散的时间和DNA相关性分析看来，基本可以确定，中国没有及时封城很可能造成全世界扩散的主要原因。
（欧洲主暴发簇系统分支矩形图，截止到3月24号）
（欧洲主爆发簇全球传播路径图，截止到3月24号）需要进一步说明的是，从欧洲主暴发簇传进了美国多个州，包括纽约州、威斯肯星州、加利福尼亚州、华盛顿州和犹他州等。其中传进华盛顿州的这一支仅次于与武汉或福建病例有关联的华盛顿州暴发主簇。从分支图上看，从欧洲主暴发簇传进美国主要是由法国人和荷兰人完成的。虽然特朗普第一时间从中国撤侨断航，较大程度上阻断了疫情传播，他却忘记关闭欧洲大门，病毒利用欧洲人暗度陈仓，大面积在美国各个州播种。
（从欧洲主暴发簇传进美国，上为系统发育分支图，下为传播路径图，截止到3月24日）有的人对欧洲主暴发簇很感兴趣，甚至妄加揣测，说中国的疫情是由欧洲传入的（制造阴谋论推陈出新）。实际上这是不符合基因溯源原理的。最近上海方面实验室上传了三个新样本是在这个簇上。从这个主簇的根部看，其中上海SH0014样本，加上新上传的一个芬兰和荷兰样本，以及原来德国巴伐利亚样本，构成了这个簇的最早几个样本。上海SH0014样本、德国巴伐利亚样本和芬兰一例样本，都是只有2步突变，基因序列完全相同。荷兰样本有3步突变。以后突变暴发的欧洲主簇都是以这个2步突变的基因序列为祖先。上海和德国样本又是1月28号同天采集。如果说是欧洲人或德国人把病毒传播给了这个上海人，但这时都已经到2020年1月底了，武汉疫情都已经扩散一两个月了！这个上海人难道是乘坐时光穿梭机回去传播的？所以这个逻辑错误与中科院西双版纳热带植物所郁文彬所犯错误是一样的，就是不考虑时间先后关系。
（欧洲主暴发簇突变矩形图，注意根部位置）
（欧洲主暴发簇突变雷达图，注意根部位置）
（欧洲主暴发簇根部三例）最近还有个意大利医生火了，他在被问到“意大利为何在疫情暴发后表现得措手不及”时，说“在意大利北部地区，在中国疫情暴发之前，这种病毒或许已在传播中”。DeepTech还去采访了他，结果这个医生说他要表达的意思是“病毒在被发现前可能已经在传播”，而对于更早期的肺炎病例，“我没有这方面的科学证据。”“目前从科学角度看，我们可以判断新冠病毒首先在武汉被发现。”他说，“在中国公开之前，它可能已经在武汉传播了一段时间，从遗传学角度可以准确地证实这一点。通过《新英格兰杂志》的论文（DOI: 10.1056/NEJMc2001468）可以发现，该病毒是通过一位与中国人有过接触的德国人到达意大利的。”总而言之，在他看来，根据《自然 · 医学》杂志上发表的基因研究，这种病毒是从中国传到意大利的。有的人不懂基因溯源原理，在微博上说欧美国家的病例其突变步数比中国更多，需要演变的时间更长，所以病毒是在欧美国家先出现的。大凡是谣言和错误的东西，更能迎合人心，也更容易“被理解”，也都比事实和科学理论传播快得多。在解释这个问题之前，我先科普下病毒学家是怎么利用病毒突变来溯源的，系统发育树是怎么画出来的。病毒溯源原理与分子人类学溯源原理是一样的，突变是在DNA复制过程中因为发生错误而产生，只不过病毒复制很快，人需要生孩子才能把突变传下去，但病毒几分钟就不知道要复制多少个，所以我们可以在很短时间内看到病毒发生了快速突变。如下图示意，表示新冠病毒的基因序列，上面有B、M、A、C、E、F、N基因位点。第一条表示原始病毒，没有发生突变。第二条X1表示在A点发生了突变。X1的子孙X2和X3又发生了突变，X2在B点，X3在C点，后代会保留祖先突变，即X2和X3都保留有A突变。这是突变了两步。X2的子孙X4在E点发生突变，X6在F点发生突变；X3的子孙X5在M点发生突变，X7在N点发生突变。如下图。
实际上，基因学家拿到如上面的数据，他需要有一个逆推过程。首先他注意到这7个样例在A位都有发生突变，且X1只有这一个突变，很显然X1是所有7个样本的祖先。其次他注意到X2、X4、X6这三个样本在B点都有相同突变，且X2没有X4和X6的第三个突变，所以可以判断X2是X4和X6的祖先。同样逻辑，可以判断X3是X5和X7的祖先。这样他就可以画出如下的系统发育树图。
以上是理想情况，在实际过程中，很可能会发生巧合突变、回复突变等很多情况，增加了分析错误可能性和不可靠性。由于2019新冠病毒基因只有29000bp左右，即两个不同人携带的病毒同时在A点发生相同突变的概率是1/29000，也就是说一步突变的巧合概率还是相当高的。即虽然都有相同的突变，但很可能有不一样的祖先。所以我们可以看到开头一幕，欧洲主簇与原来S组位置互换了。但如果继续二代、三代到N代突变。那么后续分支巧合的概率就是1/29000n次方，这就非常小了。但在其根部一步突变地方，仍然存在不可靠性。即越到后面的子孙，越不可能认错祖先；但越在前面，长得一样的祖先就越多，就可能会认错。但是上面推理是在有0号参照情况下，如果没有0号，在有多个分支情况下，又怎么知道谁才是根呢？ 除了引进外源（蝙蝠新冠基因组）作为参照，实际上，样本时间也提供了一个很好的参照系。下面两图都是COVID-19无根树，上面一张图是按照突变枝长画的，下面一张图是按照样本采样时间画的。一般来说，时间在前面的是祖先。武汉最早样本比欧洲样本早了约3个月。所以很容易判断突变方向。而后续新增加的突变，又夯实前面的判断。
（COVID-19按突变无根树，截止到3月24日）
（COVID-19按时间无根树，截止到3月24日）确定了根部，确定了突变方向，我们再看所谓欧美样本突变大多比中国样本多的问题。首先这是因为中国的大部分样本都是集中于第一和第二阶段，而欧美样本集中在第三阶段，即时间上要晚一两个多月，自然突变数要多一些。其次，欧美样本突变上游祖先都是武汉或中国样本的突变。即不管下游有再多的突变，也改变不了上游突变。这就是祖先记忆。如下图，西雅图主簇暴发是在6步突变，其前面4步突变也是中国（武汉）样本所具有的，不可能后来样本把突变传给时间更前面的，只可能是继承下来。欧洲主簇暴发是在3步突变，在4、5、6、7突变时都有大量样例。而新提交的广东和上海样本也有到10步突变了。
（COVID-19 系统发育树，横轴是突变数）第三个原因，数据异常问题。最近几天，有个别新传的数据突变数很大，可能属于异常情况，后来很快被系统修正。还有如上图荷兰独立支，三月份的数据却大多只有1-4步突变，这似乎也是不符合突变速率，就是说突变又太慢了！。后来从朋友处获得消息，这个新冠病毒真的很诡异，它的突变速率还可能存在休眠期。而有些异常突变，是否属于突变加速呢？
需要再说明的是：
这个基因溯源，根据已有基因组数据，揭示新冠病毒最早的根是在武汉。这个数据库是全球科学家共享数据库，其数据量最大，也最公正客观。尊重科学，尊重事实，是一个优秀的态度。
那么有没有比武汉更早新冠病毒基因组样本？至少现在数据库中没有，未来能不能找到，这是未知数。比如在那个意大利伦巴第能不能找到比武汉更早的新冠病毒样本？所谓美国流感、电子烟肺炎病例中能不能找到比武汉更早的新冠病毒样本？虽然不排除任何可能性，但目前看来，可能性非常非常的小！！！
🔥 最新回帖
美国隐瞒数据了吗？每天上涨那么多人全世界都看得到。要不要隔离纽约人，禁止纽约人入境，是其他各国政府说了算。美国至少给了他们正确清楚的数据。至于纽约人在美国境内乱跑不乱跑，那是人家的自由。现在各州都要求纽约来的人自我隔离14天。但大家可没追打谩骂纽约人。
🛋️ 沙发板凳
那你说说两个月前你觉着除了中国，哪个国家哪个城应该封啊？就好比一个病人得了病你不赶紧让病人隔离，吃药。你到建议全部没得病的吃药，去医院以防万一吗？你这逻辑真不知道你怎么赚的钱。不会又是State capital 吧
大多数国家都是根据who的报告做决策的，但很显然who已经被中共收买了，或者说被假数据欺骗了。
不是不严格，而是不及时，
意大利的零号就是武汉来的夫妻
好好的一个意大利被这2个逃跑的华中师范大学教授夫妻害惨了
是啊 李文亮都 封掉了 绝对世界第一！！！
可不是，纽约现在都几万了，怎么还不赶紧封城？
不光是美国，往意大利也甩呢。
还往陨石上甩
赞这句
re，国内铁了心要泼脏水给美国，你再发科学依据有什么用。为啥那么多人踩我
先封嘴，挡不住疫情才封城。
NextStrain的基因序列研究的结果认为，只有大概1，2个人的病毒来自于武汉。病毒在各地的泛滥主要是由于社区传染。就是因为没有很好的trace和早期隔离造成的！
SeattleFluStudy，就是ＷA宣布本州社区传染开始的科研机构，用的也是nextStrain的结果，宣布wa社区传染早的开始。
SeattleFluStudy也retweet过nextStrain得结果,明确表明自己同意这个分析结果。
贴一个NextStrain的分析。感兴趣的自己去看吧。这个才是权威分析。
他们的分析很明显的表明各国流行的病毒分几个大的cluster.欧洲和亚洲的不在一个大的cluster里。伊朗的属于另外一个cluster。这个也许是变异造成的。但是解释了为什么病毒到了意大利和伊朗忽然厉害了很多。
美国有亚洲cluster里的，也有欧洲cluster里的。就是光WA州里现在已知得序列，也是分属两个大的cluster。有亚洲来的，也有欧洲来的。
https://mobile.twitter.com/nextstrain/status/1242295026731769856
当时美国封航线的时候中国不是还跳得老高吗？说什么美国带了一个坏头什么的。我不知道欧洲是什么时候停航的。但明显停晚了。
基本上是中国传出去的病人传染了欧洲，然后欧洲再来传美国。
等大家回过头的时候，什么都晚了。
控制住的代价是全国医护，这是几个国家总和，你咋不说早控制，免得啥大大的都不敢去前线，送那么多医护去顶。
你这是说中国还是美国。不明白说的话大家不好回复啊
我搜过新闻，1月31日意大利就暂停中国包括大陆港澳台到意大利的航班了，跟美国基本是差不多时间的，
意大利是欧盟第一个跟中国断航的。
关键是武汉封城的时候，政府拿到的内部数据和疫情相关资料，是否与公开数据一致
还有武汉的人真是跑得快，跟政府不作为也有关系。民间就自己跑，有一点做得不好的是既然跑出去了，就尽量呆在居住地安稳几天。不要再到处逛街了，已经知道是从传染病地区跑出来的，去意大利的老夫妻还到处逛。
病毒起源于那里，地球人都知道，也就华战狼赵战狼不知道
谁小人谁知道，你应该很清楚哦
去意大利的老夫妻是带着任务的；她是马列教授，当然知道要做什么。
是的是的 顶着你这样的锅盖反复重复两个月 什么都不作为 甩锅飞过整个太平洋 美国现在疫情泛滥的问题就解决了嘛？
封城前跑出来400万？大概估计我记得是少一半跑出来了。中国隔离确实做得好，跑出来那么多，除了湖北，临近省都控制的很好。
无毛没脸，打了没事，继续造谣带节奏
如果早点警告早点提防，我觉得这些跑出来的武汉人也会自动隔离而不会到处乱跑。
我赞成。但是中国不应该反过来说是别的国家传给中国的。
但是会大大延缓爆发速度
很好的文章很好的图，不过，你那个COVID-19无根树按突变数
的图，正中心的那个红点是Cananda/BC_40860/2020。该病例有伊朗暴露史，该项记录上传于2020-3-3，但是在2020-3-24日就已经被删除了（可能是不符合病毒起源于武汉的结论，所以被美方“干预”掉了），但是仍然可以在3月24日以前的历史数据库中查到，比如用3月23日的历史数据库就可以生成你的这幅图：
https://nextstrain.org/ncov/2020-03-23?l=unrooted&m=div
看看我前面贴的nextstrain得分析吧，各地爆发是因为社区传染。
和武汉输入没关系。
楼主的分析不知道是哪里来的。结论和nextstrain的完全相反。
因为你特么现在才死两千人啊。 基于你特么发出来的消息，封城确实很夸张啊。
谁特么知道你一天发500个骨灰盒要发那么久！
pandemic是以传播范围为标准的吧？ 也是个鸡生蛋蛋生鸡的问题，如果各个欧美大国都不测，没有数据怎么证明传播范围？ 1月有个武汉女游客吃了退烧药去法国，被人肉，中方还敦促她去就医了。欧洲对无症状当时就是不够重视。
BBC 中國駐法國大使館表示，他們收到了有關這名女子情況的舉報，對此「非常重視」。使館已聯繫到該女子，並要求其盡快撥打法國緊急救護電話。
中國大使館周四（1月23日）在一份新的聲明中說，這名女子的體溫處於監控之中，沒有發燒或咳嗽症狀。 聲明稱，法國方面告知，她目前不需要「進一步檢查」。
有亚洲来的也有欧洲来的很正常。欧洲来的最早起源于哪里？有没有完全独立于亚洲的substrain? 亚洲中国的病毒序列上传于哪里？有没有地域性偏向？
呵呵，才死两千多人？那好，很多人不是不相信中国的数据吗，不是都说至少得加个0吗？那加了个0之后，各国重视了吗？trump说 it’s just a flu 的时候，你觉得他对中国官方的数据是选择相信呢，还是相信呢？如果他也是在质疑数据的情况下依然选择这么说，他难道会不知道这将面临多大的风险？他手下的情报机构和科学顾问都是吃干饭的是吗？
死的人少，那还是中国的错咯？那真抱歉，因为死的太少，让你们掉以轻心了，中国应该为此负责，明白明白
公正说一下，虽然大家都心知肚明ccp的数据有水分。但是谁心理都没底到底是多少，说乘以10也是网友的猜测。你知道具体多少人吗？这就是一个迷。川铺又不是ccp肚子里的蛔虫。并且当时川铺保守起见也把中美航班停了。以为就可以高枕无忧了，哪知道。。。
病毒在欧洲突然蔓延开，美国才慌了，也就几天时间，也就一发不可收拾了。
对。 川普宣布断航还被中国臭骂了一通
测体温对这个没用 因为有潜伏期和无症状感染者和降体温药和酒精降体温的方法
这是“兵策儒剑”的文章，他是我大学住一个宿舍的同学，3月24号在朋友圈里发的，标题是“1111例全球新冠基因组谱系图新变化”，转载应该注明吧！
说武汉封城没人权不是封城本身，而是突然封城了，但其他保证人民生活的社会条件没有跟上造成的人道主义灾难各种人间惨剧被指责。
武汉是先封嘴，导致疫情扩散才封城。现在大家说骂最多的是tg隐瞒和奴才们甩锅丶带风向。
哪骂了， 川普不是表扬习 封城干的好嘛
中肯
这两个人去意大利带着任务的