后面这几个跟第一例有接触史？全没的话，无法确定是他传染的。 mindstorm 发表于 3/5/2020 3:56:39 AM
说明第一个病例根本没有隔离好？社区传染了？我记得楼主发的关于病毒序列的帖子， 是专业人士吧。 mylittle9 发表于 3/5/2020 4:11:20 AM
飞机上或者别的活动范围，中间有个人接触了但是没发（超级传播？） Theash 发表于 3/5/2020 4:29:54 AM
我猜测在西雅图某个地方，有个人跟这个美国第一例患者产生了接触，然后就被他传染了。但这个被传染的人可能并不是他的密切接触者，所以一直没被留意到。他/她可能有了一些症状，以为是感冒也没在意，然后可能就自愈了，但在患病过程中其实已经把病毒传给了别人，导致最后西雅图大爆发。 happlen 发表于 3/5/2020 4:49:19 AM
回复1楼happlen的帖子有可能是第一例在飞机上或者其他活动中传播出去的？ ---发自Huaren 官方 iOS APP youlyq 发表于 3/5/2020 3:53:06 AM
回复1楼happlen的帖子这个研究有后续吗？ ---发自Huaren 官方 iOS APP flyerr 发表于 3/5/2020 5:22:02 PM
这是哪个数据库？ cupidfl 发表于 3/5/2020 2:07:28 PM
唯一不在这一支的编号WA3-UW1，应该是那位去过韩国，在USPS工作的女士。其他5个样本都在同一支，而且其中四个最近上传的互相之间离得非常近，有的在King County有的在Snohomish 。美国第一例回武汉相亲的大厂员工也跟他们在一支，只是离得远一些。这是不是提示，西雅图目前流行的病毒，来源非常单一，基本上是从一个人或同一批人身上传开的？如果相亲哥跟后面的人呆在同一支不是碰巧，那就是他传染了后面这一批。不过当然也可能只是凑巧，毕竟总共就那么几支很容易撞，那样的话就应该还有一个超级传播者。 happlen 发表于 3/5/2020 3:43:43 AM
就是根据这个推测这一簇至少传了六个星期估计600人啊，目前测出来的还远远不够，看Trevor的blog有写的 erniuth 发表于 3/5/2020 9:45:47 PM
他们的组为什么在早期没有发现有两支不同的分支呢？（silverblade说的那个）是因为中国没有发布第二支的数据吗？ CleverBeaver 发表于 3/5/2020 9:48:15 PM
小白想问一下为什么芝加哥作为全美第二例输入性的和第一例人传人的，目前有5例的，只上传了一个毒株呢？是不是因为医疗或者科研能力不如华盛顿州啊？ Honey_W 发表于 3/5/2020 10:22:36 PM
飞机上的可能不太大，否则别的地方应该也有非常接近他们这支的。应该是飞机之后，local了，机场或者无意识的社区接触。 chicot 发表于 3/5/2020 10:20:50 PM
早就发现了，两支的形态形成已经一个多月了，数据库里连命名都是A和B，一眼看上去就是两支。只是默认大家都知道，没想着往这个方向写paper。而且虽然形态上是两支，但差别并没有那么大，同一支之间的差异可能还大于某些两支之间的差异。所以没有充分数据，笼统得说A支什么特性B支什么特性，没太大意义。 happlen 发表于 3/5/2020 10:19:09 PM
WA3 不是USPS的，是wanachee的。 在central Washington. meimei12 发表于 3/5/2020 11:27:40 PM
飞机上其实很难传染。通风好。当然，上飞机厕所不洗手的例外。 niuheliang 发表于 3/5/2020 5:25:25 PM
一人相亲，害死一州人，罪过。 pydude 发表于 3/5/2020 10:13:00 PM
一个s变异，usps从韩国输入，属于轻症可自愈的，大多数被感染的都自己抗过去了，都没怎么检测。一个L变异，武汉相亲输入，属于可能会重症的，大多数被检测出来。所以韩国的s变异死亡率不高，但是武汉，伊朗，意大利的L变异很危险。 Mimi4 发表于 3/8/2020 12:15:00 AM
不是说伊朗和意大利得和武汉的差别比较大吗？ mylittle9 发表于 3/8/2020 3:33:55 AM
WA3 不是USPS的，是wanachee的。 在central Washington. meimei12 发表于 3/5/2020 11:27:40 PM <img src="[url=http://forums.huaren.us/images/common/back.gif"/>]http://forums.huaren.us/images/common/back.gif"/>[/url]
一个s变异，usps从韩国输入，属于轻症可自愈的，大多数被感染的都自己抗过去了，都没怎么检测。一个L变异，武汉相亲输入，属于可能会重症的，大多数被检测出来。所以韩国的s变异死亡率不高，但是武汉，伊朗，意大利的L变异很危险。 Mimi4 发表于 3/8/2020 12:15:00 AM <img src="[url=http://forums.huaren.us/images/common/back.gif"/>]http://forums.huaren.us/images/common/back.gif"/>[/url]
伊朗没上传数据库。意大利（深黄色）上传的不是很积极，但拉上临近的瑞士（浅黄色），可以看出很明显的分成了一大支（A2a）和一小支（A1a），都呆在A区，和西雅图（B1）不在一起。<img imageid="5038708" src="/attachment.aspx?attachmentid=5038708" onmouseover="attachimginfo(this,'attach_5038708', 1); attachimg(this,'mouseover')" onclick="zoom(this);" onmouseout="attachimginfo(this,'attach_5038708',0,event)">一个德国（绿色）1月底处于意大利瑞士A2a的上游，所以意大利的病毒是从德国传过去的也说不定。<img imageid="5038709" src="/attachment.aspx?attachmentid=5038709" onmouseover="attachimginfo(this,'attach_5038709', 1); attachimg(this,'mouseover')" onclick="zoom(this);" onmouseout="attachimginfo(this,'attach_5038709',0,event)">武汉（紫色）和中国（蓝色）的样本四处开花，谈不上属于哪一支，和谁一样不一样<img imageid="5038710" src="/attachment.aspx?attachmentid=5038710" onmouseover="attachimginfo(this,'attach_5038710', 1); attachimg(this,'mouseover')" onclick="zoom(this);" onmouseout="attachimginfo(this,'attach_5038710',0,event)"> happlen 发表于 3/8/2020 5:23:47 AM <a href="/showtopic.aspx?topicid=2514483&postid=83050216#83050216" target="_blank"><img src="https://img10.huaren.us/0x0,q50/upload/static/back.gif"></a><img src="http://forums.huaren.us/images/common/back.gif"/>[/url]
求问：有湾区的样本分析么。。。 满当当 发表于 3/8/2020 3:41:50 AM
LZ为什么不改呢？这个WA3-UW1到底是哪里传来的？ mindstorm 发表于 3/8/2020 5:27:55 AM
回复 61楼happlen的帖子第二个图，下面多的一批是S型？ mindstorm 发表于 3/8/2020 5:41:17 AM
从这个序列看，德国意大利的病毒来自于中国？？ mindstorm 发表于 3/8/2020 5:37:48 AM
SOURCE? 我希望你确定是这样。我记得武汉是SL都有，韩国是S。没有人说WA的是哪个类型，不过看一下是不是亮氨酸就能确认了。主要懒得去比对。。。 mindstorm 发表于 3/8/2020 5:31:03 AM
按基因分歧程度
唯一不在这一支的编号WA3-UW1，所在支是A1a，在图上看处于左下。根据资料库中提供的患者信息，这是一位58岁的女士。推测应该是那位去过韩国，在USPS工作的女士（一亩三分地统计的No.66患者)。她和其他患者的病毒基因南辕北辙，说明互相之间没有相互传染关系。
其他样本都在同一支（B1），图上看处于右边。美国第一例回武汉相亲的大厂员工就是在这一支，他在图上就是离中心比较近的那个红点。
这是不是提示，西雅图目前流行的病毒，来源非常单一，基本上是从一个人或同一批人身上传开的？
如果相亲哥跟后面的人呆在同一支不是碰巧，那就是他传染了后面这一批，现在在西雅图遍地开花的这些病毒，可以算是相亲哥身上病毒的子孙后代。
不过也有一定的可能性是碰巧，毕竟总共就那么几支很容易撞。那样的话，就说明是一个携带着和相亲哥身上病毒同支（B1）病毒的人，传染了后面这一群。
需要注意的是，B1这一支病毒基因差异已经不小了，侧面说明西雅图的传染人数数字可观。
没听说有接触，感觉也不像有接触的样子，本来也没说确定是他传的，但是无意中他传给谁谁又传给别人也是有可能的
反正后面这些人身上的病毒看起来是高度相关的，感觉像是某个人带来的病毒在西雅图开支散叶的结果
不是，但也是科研狗，专业跨点但也能看得懂的那种
我猜测在西雅图某个地方，有个人跟这个美国第一例患者产生了接触，然后就被他传染了。但这个被传染的人可能并不是他的密切接触者，所以一直没被留意到。他/她可能有了一些症状，以为是感冒也没在意，然后可能就自愈了，但在患病过程中其实已经把病毒传给了别人，导致最后西雅图大爆发。
我也这么觉得
飞机上其实很难传染。通风好。当然，上飞机厕所不洗手的例外。
今天数据库里新增了两个华盛顿州的数据，依旧和之前的一样呆在同一支（数据库里被称为B1），华州样品总数达9例。我觉得这其实是个好消息，说明华盛顿州的病人传染途径是清晰的，没有四面开花。
网站是https://nextstrain.org/ncov?l=unrooted，用的数据库是GISAID。有在各个机构读书或就职的可以注册一下，或许能看到更多信息，我反正是没注册。
第二例出來以後就有個教授和第一例進行了比較，結論就是從第一例傳下來的，連續傳了6周，感染人數上千。看來那人的説法是對的。
他们的组为什么在早期没有发现有两支不同的分支呢？（silverblade说的那个）是因为中国没有发布第二支的数据吗？
从他推上互关爬出来的这边的理解，倾向于data bias，因为是纯信息学的，还需要进一步证明 分析的序列就是公开的这些，文献里引用的时候只有109个
早就发现了，两支的形态形成已经一个多月了，数据库里连命名都是A和B，一眼看上去就是两支。只是默认大家都知道，没想着往这个方向写paper。
而且虽然形态上是两支，但差别并没有那么大，同一支之间的差异可能还大于某些两支之间的差异。所以没有充分数据，笼统得说A支什么特性B支什么特性，没太大意义。
飞机上的可能不太大，否则别的地方应该也有非常接近他们这支的。应该是飞机之后，local了，机场或者无意识的社区接触。
大部分地区都上传的不是很积极，因为基因测序对诊断治疗没有太大意义，不是很有必要进行，测不测传不传全看医师学者的科研心有多强。
美国已经是最积极上传数据库的国家了，上传比例非常高。
University of Washington Virology Lab的人就很有科研分享精神，一直在积极上传，所以华盛顿州上传样本挺多的。
我觉得最有可能是感染了医疗系统的某个人，因为最后没有爆发在华人社区和IT社区，而是爆发在养老院，被传染者很可能与养老院护工有直接或隔代的社交接触。
🙏
是注册之后能看到的详细信息显示的吗
但是可能第一例摸过的小桌板飞机扶手后来被人摸了？
不是说伊朗和意大利得和武汉的差别比较大吗？
我也在想这个问题，是不是过几天死亡人数就激增了
伊朗没上传数据库。
意大利（深黄色）上传的不是很积极，但拉上临近的瑞士（浅黄色），可以看出很明显的分成了一大支（A2a）和一小支（A1a），都呆在A区，和西雅图（B1）不在一起。
一个德国（绿色）1月底处于意大利瑞士A2a的上游，所以意大利的病毒是从德国传过去的也说不定。
武汉（紫色）和中国（蓝色）的样本四处开花，谈不上属于哪一支，和谁一样不一样
LZ为什么不改呢？这个WA3-UW1到底是哪里传来的？
SOURCE? 我希望你确定是这样。
我记得武汉是SL都有，韩国是S。没有人说WA的是哪个类型，不过看一下是不是亮氨酸就能确认了。主要懒得去比对。。。
看来变异相当快。在意大利变异成了针对白人的病毒了。太牛了，真的是万毒之王。。。。
北加和南加很难区分，都是按照加州（橙色）来算。以上传资料库的样本来看，表现为四处开花，是比较典型的输入型的特点。
左上那一支聚集在一起彼此相似度非常高的四个样品，都是湾区Solano County的案例。由于基因相似度极高，所以我暂时认为Solano County这块儿并没有大规模传染，属于小股聚集型爆发。
时间
基因差异
WA3-UW1属于一个58岁女性，Originating Lab是Harborview Medical Center。我根据一亩三分地上病患信息，No.66患者是King County 50来岁的女性，USPS员工，去过韩国，依据年龄性别判断她可能是WA3-UW1。如果能在什么地方明确看到说这其实是另一个人，我会改回来的。
不过目前资料库里西雅图其他病例都不在WA3-UW1这一支，所以她是谁应该不太重要。
多的是L，对应于资料库里的A。少的是S，对应于资料库里的B。
顺便说一下，我完全不认同先有S再有L的说法，我觉得是先有L再有S。S的整体采样时间比L晚的多，已知最早的S采样于1月5日的武汉，而已知最早的L采样于12月24日的武汉。S整体数量比L少，也符合后分化的数量少这个逻辑。
不然还能来自于哪里呢
韩国是LS都有，多点开花。WA是几乎所有人都呆在S，包括相亲，只有一个孤零零的L。