CDC的检测盒是怎么回事,为什么慢和其他lab检测能力的一些情况问答

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swing
如果准确率还不如其他国家的 这脸也丢的太大了
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isabel

我就是那个说1月就可测的ID,我也私信了歪歌,晚些会回来更新CDC是一群怎样的猪头
control material在CDC那里当然是确诊病人的样本,第一例在西雅图,我们就在西雅图,我会回来更新。

但是control material必须一定是病人样本吗?必须一定是美国病人的样本吗?整个基因组的序列1月都公开了,这个huaren网上有多少学生物相关的mm,大家说说基因组都有了,PCR一段出来当positive control,确定每次assay都work了,有CDC的那群猪们说的那么难吗?这个15年前我还是中学生的时候就能做到了,让CDC那些朝九晚五准点下班吃屎的承认分子技术不难这件事确实太不容易了。

你要说病理取样有困难,我姑且相信,但是这并不是第一例,现在取样方面中国已经share了很多经验了,这也不是美国确诊慢的问题所在。

大家看看楼主原帖,这不就是CDC无能,非要用三个,第三个不work,最后solution就是只用两个吗?注意是期间hold了三周,最后的solution还是只用两个。做生物的同学说说,你手里一堆positive和negative control,需要trouble shoot一个PCR,这事是take一下午还是take三周?

每天都 发表于 2/28/2020 1:04:00 PM


做生物的同学需要trouble shoot一个PCR take三周, 100%要被老板fire了


一个组需要trouble shoot 3周这个组早解散了。。。 而且最后还没有trouble shoot出来,只好废了那个n3
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yxhuang08
mark!!
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isabel

我个人不了解情况,只是代华人女ID发布下。

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歪哥,最近看huaren网上对新冠测试有很多误解,想跟你借个马甲做个科普,你看我是老huaren ID了,实在受不了一些id瞎说。。。。
最好你帮我发,我的中英文都特别烂。。。多谢多谢!

Cdc的kit是怎么回事?

Cdc设计的检测盒是针对这次新病毒的N gene的reverse transcript real time PCR,为了确保特异性和敏感性,一共三个反应针对同一个gene,另外还设计了一个反应作为internal control, 分子诊断虽然灵敏,但是也受很多因素影响,internal control是为了保证没有假阴性。

cdc怎么这么慢?

上上周cdc发给各个state lab了kit,各个lab在validate的时候发现其中一个反应有问题,可能产生false positive,所以cdc就叫停了,直到昨天,2/27号,cdc才figure out,让state lab proceed verification。

其他lab能测么?

不一定能,FDA在2/4号才issue CDC emergency use authorization (EUS), 只有cdc和cdc 认可的实验室才能test (主要是state public health lab),那些说1月就能测的不一定是真的,到现在,在美国境内都没有available的control material,除了CDC, 没有control material 谈测试都是耍流氓。 现在ASM 和IDSA都在争取那些有capacity的实验室能有测试, ASM代表美国clinical micro lab的Melisa Miller今天接受了CNN采访,不好说接下来会怎么样。

谢谢!

pwwp 发表于 2/28/2020 12:01:49 PM <a href="/showtopic.aspx?topicid=2511980&postid=82940101#82940101" target="_blank"><img src="https://img10.huaren.us/0x0,q50/upload/static/back.gif"></a><img src="http://forums.huaren.us/images/common/back.gif"/>[/url]


到现在CDC还在很努力的骗人啊!把心思用到测试上,用到工作上不好吗?

问题部分我标红了:1.三个反应跟一个反应的时间没有太多区别,三台机子一起作就行了,一天RUN三次反应一点问题没有
2. 这是为自已的失误辩解。
3。 正常人,没有人不知道CONTROL 就是正常人组织,只要没有染病的,理论上都行。再说,如果你是指的阳性CONTROL, 你给些CONTROL不就行,这东西怎么这么金贵???你要一万个CONTOL吗?还是美国没有健康人可以采样?

三个反应应该是在同一个管子里的,用不同波长的荧光,不用跑3次。就是废时间,对操作人员技术要求也比较高,而且需要专门设备,一般小诊所做不了。 我就等测试的试纸出来了,真要好用随时都可以测,小诊所也可以。
庚子

我就是那个说1月就可测的ID,我也私信了歪歌,晚些会回来更新CDC是一群怎样的猪头
control material在CDC那里当然是确诊病人的样本,第一例在西雅图,我们就在西雅图,我会回来更新。

但是control material必须一定是病人样本吗?必须一定是美国病人的样本吗?整个基因组的序列1月都公开了,这个huaren网上有多少学生物相关的mm,大家说说基因组都有了,PCR一段出来当positive control,确定每次assay都work了,有CDC的那群猪们说的那么难吗?这个15年前我还是中学生的时候就能做到了,让CDC那些朝九晚五准点下班吃屎的承认分子技术不难这件事确实太不容易了。

你要说病理取样有困难,我姑且相信,但是这并不是第一例,现在取样方面中国已经share了很多经验了,这也不是美国确诊慢的问题所在。

大家看看楼主原帖,这不就是CDC无能,非要用三个,第三个不work,最后solution就是只用两个吗?注意是期间hold了三周,最后的solution还是只用两个。做生物的同学说说,你手里一堆positive和negative control,需要trouble shoot一个PCR,这事是take一下午还是take三周?

每天都 发表于 2/28/2020 1:04:00 PM

CDC很官僚的,程序正义大于结果的典型。就算你实验室有这个能力,你没有certificate或者authorization那就不能测。那么获得这个certificate要多久?那就不是一两个月的事情了。就算你们lab能很快完成1000 samples/day,也只能看着他们悠哉悠哉的做10 samples/day。 当然不只是CDC这样,基本美国所有的官僚机构都是这样。所以我觉得需要私人lab来参与。否则不可能ramp up diagnosis capacity。
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lnghng
回复 102楼isabel的帖子 Real-time PCR那个机器不能同时记录三种荧光,而且它那个Real-time PCR试剂也是现成的产品,不会有多种荧光的. 应该是不同的多孔板中不同的孔用不同的primers. 说穿了CDC就是用现成PCR primer design software设计了一组引物来做PCR反应,然后PCR试了一下,挑了三对最好的引物去批量合成. 又提供control materials, 写了一个protocols.
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pippylu
有没有方式recall CDC?trump应该可以解雇他们。
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isabel
回复 102楼isabel的帖子

Real-time PCR那个机器不能同时记录三种荧光,而且它那个Real-time PCR试剂也是现成的产品,不会有多种荧光的. 应该是不同的多孔板中不同的孔用不同的primers. 说穿了CDC就是用现成PCR primer design software设计了一组引物来做PCR反应,然后PCR试了一下,挑了三对最好的引物去批量合成. 又提供control materials, 写了一个protocols.
lnghng 发表于 2/28/2020 4:02:30 PM

如果是SYBR-green那强势只能看一个荧光。如果是Taqman那是可以多个反应在同一管进行,每个probe探测的基因不一样。这样对引物的设计要求比较高,但是一管完成,内参也在里面的话,比较consistent.
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chengcheng
有没有方式recall CDC?trump应该可以解雇他们。
pippylu 发表于 2/28/2020 4:06:56 PM


如果有闲工夫可以去白宫网站建立一个让CDC负责人下课的petition。
马又甲
我就想知道我們普通民眾能有什麼辦法把CDC這種大碩鼠殺掉??
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abccoffee
别的不说检测速度真的太慢 这病要拼速度
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shoppingisfun

如果是SYBR-green那强势只能看一个荧光。如果是Taqman那是可以多个反应在同一管进行,每个probe探测的基因不一样。这样对引物的设计要求比较高,但是一管完成,内参也在里面的话,比较consistent.

isabel 发表于 2/28/2020 4:30:48 PM

对的CDC用probe的。
要三条probe都对的上,的确要求比较高啊,
还要probe的地方没突变。
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habibi

我就是那个说1月就可测的ID,我也私信了歪歌,晚些会回来更新CDC是一群怎样的猪头
control material在CDC那里当然是确诊病人的样本,第一例在西雅图,我们就在西雅图,我会回来更新。

但是control material必须一定是病人样本吗?必须一定是美国病人的样本吗?整个基因组的序列1月都公开了,这个huaren网上有多少学生物相关的mm,大家说说基因组都有了,PCR一段出来当positive control,确定每次assay都work了,有CDC的那群猪们说的那么难吗?这个15年前我还是中学生的时候就能做到了,让CDC那些朝九晚五准点下班吃屎的承认分子技术不难这件事确实太不容易了。

你要说病理取样有困难,我姑且相信,但是这并不是第一例,现在取样方面中国已经share了很多经验了,这也不是美国确诊慢的问题所在。

大家看看楼主原帖,这不就是CDC无能,非要用三个,第三个不work,最后solution就是只用两个吗?注意是期间hold了三周,最后的solution还是只用两个。做生物的同学说说,你手里一堆positive和negative control,需要trouble shoot一个PCR,这事是take一下午还是take三周?

每天都 发表于 2/28/2020 1:04:00 PM

说的太对了,而且这么个real time,如果one step的快的1个小时慢的2小时就跑完了,才开始准备到完成总共也不会超过5个小时,不过如果要换primer可能多花两天时间,不过有2对应该也可以了吧。反正几个小时的事情他们花了100倍时间。
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habibi
所以其他国家的检测都不reliable? 都有很高的false positive or false negative? 美国的生物医学技术是全世界最发达的,如果已经尽力了才做到这样,那其他国家的快速检测就不用信了,那些数字也就不可信了。
minijing 发表于 2/28/2020 12:15:05 PM

就这个检测的技术,不发达的有仪器试剂就能做,跟发达与否完全没啥相关性,聪明点儿细心点儿的高中生都能做,结果也一目了然,这个中国人多,做起来更快更熟练,没准比老美做的还好。
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habibi

这些人纯粹是NZND,嫌事情闹得不够大。pence上任还不到两天,就在那里搞政治show。如果pence真的做的不好,支持换人。现在搞这个,就跟老川刚宣誓完,就想着如何弹劾一个德行。

扶苏 发表于 2/28/2020 1:33:02 PM

美国倒是自由,随便说,导致各种搅屎棍也多。。。
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habibi

我觉得是cdc不想出false positive。3个礼拜用来搞politics和开会了。
Caffeine 发表于 2/28/2020 1:55:34 PM

其实可以多加一个,4选3,就没问题了,不行5个。。。
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habibi

三个反应应该是在同一个管子里的,用不同波长的荧光,不用跑3次。就是废时间,对操作人员技术要求也比较高,而且需要专门设备,一般小诊所做不了。
我就等测试的试纸出来了,真要好用随时都可以测,小诊所也可以。

isabel 发表于 2/28/2020 2:49:34 PM

试纸是用什么原理的?就是相同荧光也可以做,样品少就好,不行上384的。。。。
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erniuth
三个反应应该是在同一个管子里的,用不同波长的荧光,不用跑3次。就是废时间,对操作人员技术要求也比较高,而且需要专门设备,一般小诊所做不了。我就等测试的试纸出来了,真要好用随时都可以测,小诊所也可以。
isabel 发表于 2/28/2020 2:49:34 PM

试纸等上市两三年都不一定够,最多自己lab私底下用用,下一轮流行病能赶上就不错了

说的太对了,而且这么个real time,如果one step的快的1个小时慢的2小时就跑完了,才开始准备到完成总共也不会超过5个小时,不过如果要换primer可能多花两天时间,不过有2对应该也可以了吧。反正几个小时的事情他们花了100倍时间。

habibi 发表于 2/28/2020 5:38:11 PM


整三周,之前travel ban 争取的时间全白搭了。
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bull1
既然是国内都改用ct做诊断的依据,美国为啥不用ct做依据呢?谁来科普一下?
ecnanif 发表于 2/28/2020 12:29:01 PM

CT是查肺部病变,武汉因为已经是大爆发,所以有肺部病变,基本就是了。而美国还没有大爆发,肺部有病变的绝大多数是其他病引起的。所以在美国没啥用,
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bluepearl


整三周,之前travel ban 争取的时间全白搭了。

曲 发表于 2/28/2020 5:55:53 PM


所以说这些CDC的人真心坏,嘴上说美国这边community spread早晚会有,要民众有准备,实际上在测试的事上百般拖延。
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bluepearl
其实就是故意放任病毒传播,鬼才信他们没有hidden agenda。
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namamae
韩国/中国凭啥都能一天测一万?
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mylittle9


如果有闲工夫可以去白宫网站建立一个让CDC负责人下课的petition。

chengcheng 发表于 2/28/2020 4:43:23 PM

这个petition曾经有用过吗?
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chengcheng

这个petition曾经有用过吗?
mylittle9 发表于 2/28/2020 6:29:39 PM


聊胜于无吧。求个心理安慰。
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habibi
韩国/中国凭啥都能一天测一万?
namamae 发表于 2/28/2020 6:14:26 PM

几十个实验室同时开工也不是不可能,不过韩国能测1万吗?
对就是啊。说了那么多好像还是没说到点子上。 还有,这些都撇开是在暗指其他国家测的那么快都是假数据不准的意思吗?
同问,撇开中国,为什么日本,韩国,还有意大利结果出得都比cdc快?这个control过程要好几天吗? syb1999 发表于 2/28/2020 12:12:00
别光解释为什么慢,能不能解释下为什么除了米国的cdc要这么慢,人家国家都快多了而且也没错的离谱??
就你难,人家测那么多那么快是怎么回事?!能解释这个吗?解释这个先!
C
Cumberbitch

我就是那个说1月就可测的ID,我也私信了歪歌,晚些会回来更新CDC是一群怎样的猪头
control material在CDC那里当然是确诊病人的样本,第一例在西雅图,我们就在西雅图,我会回来更新。

但是control material必须一定是病人样本吗?必须一定是美国病人的样本吗?整个基因组的序列1月都公开了,这个huaren网上有多少学生物相关的mm,大家说说基因组都有了,PCR一段出来当positive control,确定每次assay都work了,有CDC的那群猪们说的那么难吗?这个15年前我还是中学生的时候就能做到了,让CDC那些朝九晚五准点下班吃屎的承认分子技术不难这件事确实太不容易了。

你要说病理取样有困难,我姑且相信,但是这并不是第一例,现在取样方面中国已经share了很多经验了,这也不是美国确诊慢的问题所在。

大家看看楼主原帖,这不就是CDC无能,非要用三个,第三个不work,最后solution就是只用两个吗?注意是期间hold了三周,最后的solution还是只用两个。做生物的同学说说,你手里一堆positive和negative control,需要trouble shoot一个PCR,这事是take一下午还是take三周?

每天都 发表于 2/28/2020 1:04:00 PM

你比 pwwp 主楼那个所谓什么 source 强多了
对于我不做这一行的,讲的很明白有逻辑,主楼那个就是说了一堆没任何信息量,就是各种推卸责任
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ss9999

我就是那个说1月就可测的ID,我也私信了歪歌,晚些会回来更新CDC是一群头
control material在CDC那里当然是确诊病人的样本,第一例在西雅图,我们就在西雅图,我会回来更新。

但是control material必须一定是病人样本吗?必须一定是美国病人的样本吗?整个基因组的序列1月都公开了,这个huaren网上有多少学生物相关的mm,大家说说基因组都有了,PCR一段出来当positive control,确定每次assay都work了,有CDC的那群猪们说的那么难吗?这个15年前我还是中学生的时候就能做到了,让CDC那些朝九晚五准点下班吃屎的承认分子技术不难这件事确实太不容易了。

你要说病理取样有困难,我姑且相信,但是这并不是第一例,现在取样方面中国已经share了很多经验了,这也不是美国确诊慢的问题所在。

大家看看楼主原帖,这不就是CDC无能,非要用三个,第三个不work,最后solution就是只用两个吗?注意是期间hold了三周,最后的solution还是只用两个。做生物的同学说说,你手里一堆positive和negative control,需要trouble shoot一个PCR,这事是take一下午还是take三周?

每天都 发表于 2/28/2020 1:04:00 PM


说明CDC能力差,动作慢,还不肯放手给其他实验室做。拿编程来说,就是别人一天可以写完的东西,CDC要磨磨唧唧写一个月,写出来了还有bug,还要再花3周改bug,关键是他写的部分是最关键的部分。大家还都得等着他写完才能做下一步!都火烧眉毛了,然后CDC宁愿让大家等,都不让比他专业水平高很多的其他人参与,一点都不把人命关天当一回事!这个部门真的可以解散了。美国卫生部部长需要下台!CDC就地解散,试剂盒什么的给私立公司做就好了!除了拖后腿,我没有看出CDC的任何用处!
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cristal2011
CDC傲慢又官僚这不是大家的共识吗,还用说? 赞各位专业人士的科普。 楼主美眉有时间的话亲自来回答一些问题吧,希望能说服大家,相信CDC这么做有必需的缘由。 不然,那真是要大家都自求多福了。
小湘湘
假阴性是害别人,假阳性是害自己,核算检测确实有很大问题。
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ss9999
所以这女id的意思是,其他国家的都不可靠,只有cdc可靠?那就没疫情了,武汉测的肯定也不准呀,全世界人民大联欢吧,虚惊一场。洗地洗成这个水平,可见cdc里面工作的都是生物医药界的垃圾
babyflynn 发表于 2/28/2020 1:03:49 PM

CDC里面工作按现在状况来说应该是一些能力非常差的人!的确可以被称为生物医药界的垃圾。
梅干茶泡饭
真是打脸 人家奥地利因斯布鲁克一个省级城市一天测试一宾馆的滑雪游客都测完了!
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namamae
几十个实验室同时开工也不是不可能,不过韩国能测1万吗?
habibi 发表于 2/28/2020 6:35:44 PM


"More than 10,000 people a day are being tested around the clock"
https://abcnews.go.com/International/massive-coronavirus-testing-program-south-korea-underscores-nimble/story?id=69226222
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ostrakon
学(过)生物的人都看出点不对头了。 一月份我说是用PCR检测,优化需要一定时间,被个愤青ID骂得狗血淋头,说我只懂PCR,还有别的手段检测。现在他可以把这话拿去骂CDC了。 NPR刚播了CDC的头儿说,把n3去掉,也有一样的accuracy。且不说他们怎么确定accuracy的。那之前设计的不就是个有问题的kit嘛。 昨天我在院友群里贴这个,还有师姐问,怎么三对引物都target同一个基因。我也很想知道,这么设计引物是怎么想的? 还有对照,不能直接合成一段吗?
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DingXi
CDC傲慢又官僚这不是大家的共识吗,还用说?
赞各位专业人士的科普。
楼主美眉有时间的话亲自来回答一些问题吧,希望能说服大家,相信CDC这么做有必需的缘由。
不然,那真是要大家都自求多福了。
cristal2011 发表于 2/28/2020 7:25:15 PM


都是AA上来的货色?
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Aprilsunshine
你说的这么复杂, cdc的人不一定能看懂啊!
学(过)生物的人都看出点不对头了。 一月份我说是用PCR检测,优化需要一定时间,被个愤青ID骂得狗血淋头,说我只懂PCR,还有别的手段检测。现在他可以把这话拿去骂CDC了。 NPR刚播了CDC的头儿说,把n3去掉,也有一样的accuracy。且不说他们怎么确定accuracy的。那之前设计的不就是个有问题的kit嘛。 昨天我在院友群里贴这个,还有师姐问,怎么三对引物都target同一个基因。我也很想知道,这么设计引物是怎么想的? 还有对照,不能直接合成一段吗? ostrakon 发表于 2/28/2020 9:17:00 PM
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littleid
说明CDC能力差,动作慢,还不肯放手给其他实验室做。拿编程来说,就是别人一天可以写完的东西,CDC要磨磨唧唧写一个月,写出来了还有bug,还要再花3周改bug,关键是他写的部分是最关键的部分。大家都得等着他写完才能做下一步!然后CDC宁愿让大家等,都还不让别人参与,一点都不把人命关天当一回事!这个部门真的可以解散了。美国卫生部部长需要下台!CDC的头需要下台!

ss9999 发表于 2/28/2020 7:03:52 PM

看来确实有砍funding的空间,并且空间很大。
我们仨
白洗了反而暴露了。看台湾新闻说自费测一次1500台币,才50美金,实在不行cdc买点吧……
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blanch23
三对引物是为了防止假阳性啊,这有什么难理解的。 当然有别的手段检测了,国内不都出抗体检测试剂盒了。
学(过)生物的人都看出点不对头了。 一月份我说是用PCR检测,优化需要一定时间,被个愤青ID骂得狗血淋头,说我只懂PCR,还有别的手段检测。现在他可以把这话拿去骂CDC了。 NPR刚播了CDC的头儿说,把n3去掉,也有一样的accuracy。且不说他们怎么确定accuracy的。那之前设计的不就是个有问题的kit嘛。 昨天我在院友群里贴这个,还有师姐问,怎么三对引物都target同一个基因。我也很想知道,这么设计引物是怎么想的? 还有对照,不能直接合成一段吗? ostrakon 发表于 2/28/2020 9:17:00 PM
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2sigma
你比 pwwp 主楼那个所谓什么 source 强多了
对于我不做这一行的,讲的很明白有逻辑,主楼那个就是说了一堆没任何信息量,就是各种推卸责任

Cumberbitch 发表于 2/28/2020 6:56:42 PM [/url]


顶锅盖插句不pc的话, CDC招的老中女员工都这么不靠谱,支吾半天毫无信息含量也没逻辑, 其他族裔的员工素质可想而知了。 学生物的同学们, 想找份活少稳定福利好的政府工作的话,知道往哪里投简历了吧。
红审判官
你们的CDC真是有够垃圾的,复查一下里面塞了多少毫无专业能力的垃圾人吧
天天喊人家啥厚啥厚的,人家啥厚都比这里测的快几千倍都不止了,解释清楚这个差距再扯别的!
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flipping
所以其他国家的检测都不reliable? 都有很高的false positive or false negative? 美国的生物医学技术是全世界最发达的,如果已经尽力了才做到这样,那其他国家的快速检测就不用信了,那些数字也就不可信了。
minijing 发表于 2/28/2020 12:15:05 PM

目前看确实各国质量都不怎么样。日本的看着无症状阳性率很高,但还是有漏的。不知道为啥不能发动全美国研究机构公司来帮忙。
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flipping

我也是做这一行的,我支持前面那个每天都的ID的说法。RT-PCR是非常常规的分子生物学技术,技术难度也不高。不过,这样仓促上马的试剂盒,有些可能会有灵敏度不够高的问题。就是发病初期,病人体内病毒浓度还不够高,会有假阴性的结果。所以国内一般都要连着测几天,都是阴性还要结合CT才能确诊为阴性。前面我说过,日本和美国CDC的结果correlate得相当好。真谈不上CDC更严谨更精益求精。

另外,阳性control不需要非得病人的样品。有了病毒序列,PCR,甚至直接人工合成病毒的某段片断,都是非常容易的。

ca563 发表于 2/28/2020 1:42:35 PM

14里11个相符,这就算很好了吗? 怎么觉得临床检测会很不够
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ostrakon
三对引物是为了防止假阳性啊,这有什么难理解的。 当然有别的手段检测了,国内不都出抗体检测试剂盒了。
学(过)生物的人都看出点不对头了。 一月份我说是用PCR检测,优化需要一定时间,被个愤青ID骂得狗血淋头,说我只懂PCR,还有别的手段检测。现在他可以把这话拿去骂CDC了。 NPR刚播了CDC的头儿说,把n3去掉,也有一样的accuracy。且不说他们怎么确定accuracy的。那之前设计的不就是个有问题的kit嘛。 昨天我在院友群里贴这个,还有师姐问,怎么三对引物都target同一个基因。我也很想知道,这么设计引物是怎么想的? 还有对照,不能直接合成一段吗? ostrakon 发表于 2/28/2020 9:17:00 PM


blanch23 发表于 2/28/2020 10:20:19 PM
说实话,还是不是很好理解。我没有查文献,这个n gene在这个新冠里非常specific吗? 我昨天查的是,只有n1, n2是specific target这个基因的,n3是detect coronavirus的。CDC把n3去掉了也不影响。中国的引物不是都是同一个基因上的。其它paper里面也有target其它基因的。 我知道检测手段有多种啊,但是CDC也只认他们的核酸检测。
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ca563

14里11个相符,这就算很好了吗? 怎么觉得临床检测会很不够

flipping 发表于 2/28/2020 11:04:16 PM

是13个里有11个相符。而且,CDC后来又陆续测出来33个阳性,所以大几率是他们第一次测时,病人刚被感染不久,体内病毒浓度还比较低。CDC的试剂盒不及日本灵敏,所以开始没测出来。后面病毒复制到高浓度了,就CDC也能测出来了
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muyangnv
不明白为什么三对引物都target一个基因,是要三个全部positive 就算positive 还是只要其中一个positive 就行。
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hangel4
我看了版上的讨论,忍不住出来说两句。我是专门做RT-PCR 的,做了成千上万。我看了看CDC的protocol, N1, N2,N3的probe,都是FAM作为荧光,所以不可能在一个管子里run, 必须在不同的well里run. Taqman可以有很多不同dye选择,FAM,JOE, HEX 等都可以选用。在一个well里只要dye不同,每个扩增片段带不同的dye, 可以同时run. 我估计N3的问题是primer probe 设计不好,所以amplification 不consistent. 通常这种问题看一下扩增曲线就能判断。同意前面一个ID说的有internal 基因 control 的会好一些. 另外,以我的经验,CT value 35的时候,出来的data质量很差,不可靠。Ct =27, 28 还算可靠。为了保证好的CT value, sample 的提取非常关键。 总之,做一个好的qRT-PCR 不容易,每一步都必须做好。 ps, 前些时候看见CDC招工,正好一个朋友在找工作。我一看那个工资,没好意思forward这个招工信息给朋友。那么低的工资,要不是没办法,谁去啊!
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Narnia
发这么个东西还要匿名?

是13个里有11个相符。而且,CDC后来又陆续测出来33个阳性,所以大几率是他们第一次测时,病人刚被感染不久,体内病毒浓度还比较低。CDC的试剂盒不及日本灵敏,所以开始没测出来。后面病毒复制到高浓度了,就CDC也能测出来了

ca563 发表于 2/28/2020 11:16:54 PM


啥?宇宙第一不如🇯🇵,怎么可能,我们大大不是说我🚪有the best的人做the best work马?我不信我不信🤨……
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amberhoho
真垃圾啊! 所以大家每天辛辛苦苦地活着,为大包裹million小黑屋拼得你死我活,负责我们生死大事的却是波音那样的软件和CDC这样的饭桶?!Okay fine。。。。
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wawalouie


CDC大概是想制作出一个全球最完美的试剂盒,测出来百分之百准确,不用依赖临床医生,不用看CT,不用问症状,以证明他们是世界最棒棒

patx2449 发表于 2/28/2020 1:49:43 PM

如果不是我老板确实还在我们lab, 我几乎以为领导这个project 的director 是我老板
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plainlake
我看了版上的讨论,忍不住出来说两句。我是专门做RT-PCR 的,做了成千上万。我看了看CDC的protocol, N1, N2,N3的probe,都是FAM作为荧光,所以不可能在一个管子里run, 必须在不同的well里run. Taqman可以有很多不同dye选择,FAM,JOE, HEX 等都可以选用。在一个well里只要dye不同,每个扩增片段带不同的dye, 可以同时run. 我估计N3的问题是primer probe 设计不好,所以amplification 不consistent. 通常这种问题看一下扩增曲线就能判断。同意前面一个ID说的有internal 基因 control 的会好一些. 另外,以我的经验,CT value 35的时候,出来的data质量很差,不可靠。Ct =27, 28 还算可靠。为了保证好的CT value, sample 的提取非常关键。 总之,做一个好的qRT-PCR 不容易,每一步都必须做好。

ps, 前些时候看见CDC招工,正好一个朋友在找工作。我一看那个工资,没好意思forward这个招工信息给朋友。那么低的工资,要不是没办法,谁去啊!
hangel4 发表于 2/28/2020 11:30:55 PM


嘛呀!好专业!

请MM免费指导一下CDC吧,这时候别计较啥工资了,效率要紧!
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isabel

三个反应应该是在同一个管子里的,用不同波长的荧光,不用跑3次。就是废时间,对操作人员技术要求也比较高,而且需要专门设备,一般小诊所做不了。
我就等测试的试纸出来了,真要好用随时都可以测,小诊所也可以。

isabel 发表于 2/28/2020 2:49:34 PM

试纸是用什么原理的?就是相同荧光也可以做,样品少就好,不行上384的。。。。

试纸是用cas13, 能够以RNA为模版切别的RNA.如果样品里有病毒,reporter会被切掉,信号会出现在不同的位置。最后使用起来和验孕试纸差不多。 新冠病毒试纸已经有lab/公司在开发了,不清楚到哪个阶段,但是开发者是大牛,所以我希望不久就可以用上吧!
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wawalouie


我看了一下HIV 和HCV的RT-PCR检测试剂盒,
现在检测的下限是HIV 30拷贝/毫升血液,HCV是大约60 拷贝/ml血液。
现在新冠病毒的试剂盒没有检测下限,只有35个循环数。
还只是96孔板,一个样跑四孔,一块板子只能测20个样品。
这个就有点粗躁和低效了。
也许的确cdc想要搞一个完美的试剂盒吧。。。
也可能是的确社区有corona virus的流行,他们只想鉴定出这一株来?

shoppingisfun 发表于 2/28/2020 2:43:36 PM

估計还要duplicate testing, 加上standard curve 8个孔, NTC, negative, Low positive, and higher positive control, 又去掉4孔。那不是只測10个样本?
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isabel
三个反应应该是在同一个管子里的,用不同波长的荧光,不用跑3次。就是废时间,对操作人员技术要求也比较高,而且需要专门设备,一般小诊所做不了。我就等测试的试纸出来了,真要好用随时都可以测,小诊所也可以。
isabel 发表于 2/28/2020 2:49:34 PM

试纸等上市两三年都不一定够,最多自己lab私底下用用,下一轮流行病能赶上就不错了

参加过大牛的seminar, 大牛说,试纸validate需要时间,欢迎有病人样品的医院和她们合作,所以我觉得不会用太长时间。
瞎检测出一堆假阴假阳有什么用?我怀疑武汉的无症状携带者好多是假阳,如果因为假阳和真阳一起隔离变成真阳了不是悲剧吗?可怕的是这些悲剧可能还不少但是真相永远不知道了。。

sssccc 发表于 2/28/2020 12:45:53 PM

这个是肯定的
从中国传来的消息是试剂盒正确率才40%左右
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isabel
回复 149楼hangel4的帖子
要是这样cdc也太土,而且为什么不放权给别的公司做啊。
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isabel
回复 156楼wawalouie的帖子
顶锅盖说,他们可以用384孔的。。。
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wawalouie
另外我想知道他们用那个机器run, 还有用什么方法extract RNA
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shoppingisfun
我看了版上的讨论,忍不住出来说两句。我是专门做RT-PCR 的,做了成千上万。我看了看CDC的protocol, N1, N2,N3的probe,都是FAM作为荧光,所以不可能在一个管子里run, 必须在不同的well里run. Taqman可以有很多不同dye选择,FAM,JOE, HEX 等都可以选用。在一个well里只要dye不同,每个扩增片段带不同的dye, 可以同时run. 我估计N3的问题是primer probe 设计不好,所以amplification 不consistent. 通常这种问题看一下扩增曲线就能判断。同意前面一个ID说的有internal 基因 control 的会好一些. 另外,以我的经验,CT value 35的时候,出来的data质量很差,不可靠。Ct =27, 28 还算可靠。为了保证好的CT value, sample 的提取非常关键。 总之,做一个好的qRT-PCR 不容易,每一步都必须做好。

ps, 前些时候看见CDC招工,正好一个朋友在找工作。我一看那个工资,没好意思forward这个招工信息给朋友。那么低的工资,要不是没办法,谁去啊!
hangel4 发表于 2/28/2020 11:30:55 PM

你的这些问题,普通医院lab 不能能handle的。首先三个probe三个颜色,能检测这个的仪器就贵很多,还得clinical certification。
还有普通美国lab tech那种水平的,要他们根据结果推测是RNA没提好还是实验操作还是试剂有问题,简直要了他们命了。
D
Duckpear
留爪学习
k
kikie
我就好奇这么多华人妹子在这不满,难道美国妹子都是良民?别跟我说美国妹子没学过生物,这点常识都不懂。
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ca563

试纸是用cas13, 能够以RNA为模版切别的RNA.如果样品里有病毒,reporter会被切掉,信号会出现在不同的位置。最后使用起来和验孕试纸差不多。
新冠病毒试纸已经有lab/公司在开发了,不清楚到哪个阶段,但是开发者是大牛,所以我希望不久就可以用上吧!

isabel 发表于 2/28/2020 11:55:03 PM

默默的说我真有这个project的第一手信息,可惜有NDA,一个字都不能说🤐️
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flipping

默默的说我真有这个project的第一手信息,可惜有NDA,一个字都不能说🤐️

ca563 发表于 2/29/2020 6:06:30 AM

是张峰在做吗
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henshuhen
真垃圾啊! 所以大家每天辛辛苦苦地活着,为大包裹million小黑屋拼得你死我活,负责我们生死大事的却是波音那样的软件和CDC这样的饭桶?!Okay fine。。。。
amberhoho 发表于 2/28/2020 11:43:43 PM

那让波音和CDC都拿大包裹吧 那绝对对你生命负责了
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henshuhen

从中国传来的消息是试剂盒正确率才40%左右

富 发表于 2/29/2020 12:09:19 AM

所以确诊病人里面有60%是假阳性?
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balaja
idt 不是就卖 control plasmids,还卖kit,虽说不知道性能如何。但是确实卖了好几个星期了
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la_bonne_soup


CDC大概是想制作出一个全球最完美的试剂盒,测出来百分之百准确,不用依赖临床医生,不用看CT,不用问症状,以证明他们是世界最棒棒

patx2449 发表于 2/28/2020 1:49:43 PM

觉得他们就是故意拖,等疫情爆发了,既可以拿大funding,又可以把眼中钉川普拉下台,不是说那个负责人是Rosenstein的姐姐吗。
我就好奇这么多华人妹子在这不满,难道美国妹子都是良民?别跟我说美国妹子没学过生物,这点常识都不懂。
kikie 发表于 2/29/2020 4:20:04 AM


因为这个网站是华人网站,没有美国人来,twitter下面一堆问的。

参加过大牛的seminar, 大牛说,试纸validate需要时间,欢迎有病人样品的医院和她们合作,所以我觉得不会用太长时间。

isabel 发表于 2/29/2020 12:00:11 AM

作业做不出问问人家不行吗?人家一周前就做完了啊。
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isabel
回复 167楼flipping的帖子
张锋和几个做传染病的大牛合作。。。
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isabel
回复 169楼henshuhen的帖子
主要是假阴性问题吧,就是病人已经被感染,但是病毒量比较少,测不出来
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ArrestedDevelopment

50%也不错啊,多做几次好了,两次或三次阳才确认不行吗?韩国一周测了几十还是十几万了,感觉只要想测不会有问题啊。

syb1999 发表于 2/28/2020 2:10:00 PM

等全面爆发了。试剂盒紧缺就傻眼了
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swing
自己没能力 也不让其他人开发 为什么?
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isabel
回复 166楼ca563的帖子
MM,现在FDA, CDC把试剂盒的开发下放了,是不是这个试剂盒能很快出来了?
每天都
NYT把CDC怎么hold up Seattle Flu Study测COVID-19写出来了: https://www.nytimes.com/2020/03/10/us/coronavirus-testing-delays.html