Title: Enzyme firm invests in NgAgo protein at centre of gene-editing row Subtitle: Danish company Novozymes enters agreement with Chinese genome-editing centre.
原文引用 “It is not clear whether the company — Novozymes of Bagsværd, Denmark — plans to use NgAgo for gene-editing. “We have tested the technology and seen indications that it might be useful, but it is very early in its development and still needs a lot of work before we can determine if it is relevant for us,” said company spokesperson Dongyi Chen.”
2. Novozymes已经给河北科大打了预付款项 原文引用 “The company said that it had made an undisclosed upfront payment to the Hebei University of Science and Technology in Shijiazhuang to use NgAgo. It also says that the university will receive royalties if Novozymes uses the technology in developing a commercial product.”
3. 韩国 Jin Soo Kim's group发表了新的report， 数据表明NgAgo 是Gene Silencer ，并已经申请了专利
注：Jin Soo Kim 是Nature Biotech发表NgAgo基因编辑功能无法重复文章的作者之一
编者注 2016年12月15日
- 如果 love2000 (爱情) @mitbbs 符合以下指南描述的条件
跟帖格式指南:【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
第一类实例记录http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32035279.html
- 此贴
“新手问一个问题：如果NgAgo是真的，它对比cripr强在什么地方？”http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32055697.html
暂作为第一类实例收录于
【记录历史】谁重复验证了NgAgo？http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
- 此前第一类实例发布人有： “火锅哥”， “晚饭哥”
第一类“重复” 验证实验信息：匿名或无记名，网络、论坛发布
- 成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
- 包含无任何实验细节描述，无发布方城市，国家等细节的信息发布
- 不包含以韩春雨名义单方发布的信息
信息简述：
- 发布方： love2000 (爱情) @mitbbs
- 发布时间：2016年12月15日
- 发布平台：mitbbs biology
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：未知
- 应用验证实验结果:
"虽然说韩春雨很假，可NgAgo早就是被证明的切割基因的功能，只不过是高温下工作而已"
- 应用验证实验详细信息：未知
- 实验数据发表状态：未知
- 实验数据发表的科研杂志：未知
编者注：
1. 据目前已发布的重复数据，以及从可查到发布人真实身份的声明及发表的文献来看：
NgAgo NBT文章中所有数据及结论，包括 NgAgo 的 in vitro DNA cleavage 功能，以
及 NgAgo 的 in vivo genome editing 功能， 都存在很大的可疑性
2. 至今为止，韩春雨以及他的论文合作者们，没有为他们的NgAgo NBT 论文中发表的
任何一个数据及结论提供原始数据， 也没有提供任何实验细节及数据来证明他们自己
可以重复其中任何一个实验
详见http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
3. 关于NgAgo 的 in vitro DNA cleavage 功能 特别记录
信息来源：知识分子 （饶毅，鲁白，谢宇 主编）
link：http://wemedia.ifeng.com/282574491824201/wemedia.shtml
“知识分子在和许多科研人员联系过之后，公布了一些失败的实例信息；其中一则实例，在此特别记录： 据报导 Dr John van der Oost {注 2014自然杂志TtAgo文章通讯作者} 实验室
在体外尝试用NgAgo切割（DNA）片段和质粒，无法重复韩春雨发表的数据”
4. 关于NgAgo in vitro DNA cleavage 功能 实例记录- 第三类信息，第二例
- 实验数据发表的科研杂志：Protein & Cell
Linkhttps://link.springer.com/article/10.1007/s13238-016-0343-9
- 这篇PC文章包含大量实验数据，对于NgAgo NBT文章的重复性，有较全面的覆盖：
NBT NgAgo 文章中所有的数据及结论，都存在可疑性
- Fig 1,2,3a/b, 4, 5, supplementary fig4 以及其他相关supplementary fig 中的
相关结果， failed to replicate
- Fig 3c, 是否和NgAgo的自身功能相关，存有较大疑问
- Argonaute （Ago）protein family plays a central role in RNA silencing
processes （RNAi）
- Function of TtAgo was described as “DNA-guided DNA interference” in
a 2014 Nature paper， by lab of Dr John van der Oost
- 这篇PC文章成功验证了TtAgo 的in vitro DNA cleavage功能，
而NgAgo 却无法 cleave DNA in vitro
- The TtAgo paper has “inspired” the creation of the 2016 NgAgo NBT
article
NgAgo 专利update
- 沈啸、韩春雨基因编辑中国专利申请被视为撤回
- 韩春雨、沈啸：申请国际专利谋求国际布局
特别注明：
- 原始专利申请人，沈啸，韩春雨，浙江大学
- 河北科技大学现已加入“被视为撤回”的专利申请
- 据报道，韩春雨，沈啸2016年已递交“国际专利”申请
信息来源 - 1
- 方舟子 twitter
- 2017.01.11
- link：https://twitter.com/fangshimin/status/819110876309397504
- 原文引用
“韩春雨、沈啸的专利申请被撤销了，原因是不答复专利局提的问题。他们是不是觉得对专利局也无需自证清白？还是觉得已经被揭露是假的了，有专利也没用了？”
信息来源 - 2
- 财新网
- 2017.01.11
- Title： 韩春雨基因编辑专利申请被视为撤回
- link：http://china.caixin.com/2017-01-11/101042854.html
- 原文引用
“因申请人未在国家知识产权局发出第一次审查意见通知书规定的期限内答复，根据专利法规定，该申请被视为撤回；该专利代理人称，据其与专利发明人的交流，这一决定是作为申请人的浙江大学和河北科技大学，还有主要发明人韩春雨和沈啸共同做出的”
“财新记者向该专利代理人、杭州求是专利事务所有限公司郑海峰核实，他表示的确收到了此份通知书。他还表示，据他与专利发明人的交流，这一决定是作为申请人的浙江大学和河北科技大学，还有主要发明人韩春雨和沈啸共同做出的。”
““他们不答复原因是后续有一些专利的申请，会覆盖这个专利。”郑海峰说，由于后续的专利申请代理已由其他公司进行，他并不了解新专利的申请进展。”
- 财新采访了专利第一申请人 沈啸，原文引用
““河北科技大学有他们自己的知识产权保护的策略，”沈啸告诉财新记者，他也不清楚具体的撤回原因，但他认为应该是正常的过程。”
信息来源 - 3
- 澎湃新闻
- 2017.01.11
- Title： 未在规定期限内答复，韩春雨基因编辑专利“被视为撤回”
- Link:http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1598410
- 原文引用
“澎湃新闻联系上该专利的第一代理人——杭州求是专利事务所有限公司郑海峰，郑海峰表示是韩春雨和沈啸告诉他让专利自动撤回：“这是申请人的决策，他们是知道撤回这件事情的，他们愿意让这个专利自动期限到了撤回。他们没有选择去答复。””
信息来源 - 4
- 看看新闻
- 2017.01.12
- Title： 独家回应“专利申请逾期” 韩春雨：申请国际专利谋求国际布局
- Link:http://www.kankanews.com/a/2017-01-12/0037843509.shtml
- 原文引用
“1月12日，河北科技大学宣传部向看看新闻Knews提供了韩春雨团队关于“逾期未答复专利审查意见通知书”的独家书面声明”
- 文章引用的独家声明的署名人： 韩春雨，沈啸
- 原文引用：
“在发给看看新闻Knews记者的独家申明中，韩春雨和沈啸称“我们选择采取国际专利
向中国递交的方式来保护中国国内专利。”校方负责人称，一切以声明文中为准。”
NgAgo 专利update
- 韩春雨正在准备一个“加强版”的专利申请
信息来源 - 5
- 成都商报
- 2017.01.12
- Title： 韩春雨首度回应专利被撤回：将有加强版
- Link:https://view.inews.qq.com/a/20170112A07ZO700
- 原文引用
“在接受成都商报记者独家采访时，韩春雨称，“有的人整个胡说八道”。
韩春雨说，之前一版的专利保护不够全面，写的不够好，现在有一版加强版，会把之前的撤掉，替换成现有的，会覆盖被撤回的这一个专利，“具体的情况我不方便细说，由专业人士在做，我不能透露太多”。”
Nature Biotech journal要求韩春雨提供NgAgo基因编辑原始实验数据的截止日期将至
截止日期：2017年1月31日
中文报导
1 2017年1月底截止日期将至，韩春雨2017年1月19日回复 自然杂志
- 信息来源 1： 澎湃新闻
- Link：http://paper.sciencenet.cn/htmlnews/2017/1/366422.shtm
原文引用
“澎湃新闻（www.thepaper.cn）拨通了韩春雨的电话，他对澎湃新闻表示，“（数据
）是我们给他们提交的”。被问到提交的是不是原始数据时，韩春雨说：“不是。是……这样，按照我们学校规定，我不能回答记者问题。”问及新数据是否支持实验结果，韩春雨表示：“按照我们学校规定，我不能回答你的问题。””
- 信息来源 2： 科技日报
- Link：http://www.stdaily.com/index/yaowen/2017-01/20/content_506289.shtml
原文引用
“《自然—生物技术》发言人19日发表关于“利用NgAgo进行DNA引导的基因组编辑”论文的最新声明。声明称，针对韩春雨等人论文的担忧，《自然—生物技术》将尽可能仔细和负责任地调查。自2016年11月28日发布德国弗莱堡大学细胞和基因治疗研究所教授Toni Cathomen等人的通讯文章和编辑部关注以来，期刊获得了与NgAgo系统可重复性相关的新数据，在决定是否采取进一步行动之前，需要调查研究这些数据。”
原文引用
“同一天，河北科技大学官网刊发消息称，该校基因编辑技术研究中心与丹麦诺维信公司（Novozymes A/S）就NgAgo技术的应用与开发达成合作，并签署协议。"
2 同日，2017年1月19日 河北科技大学发布与丹麦Novozymes公司关于NgAgo合作的公告
- 信息来源 1： 河北科技大学基因编辑技术研究中心
- Link：http://news.hebust.edu.cn/zhxw/81152.htm
原文引用
“河北科技大学基因编辑技术研究中心与丹麦诺维信公司（Novozymes A/S）就NgAgo技术的应用与开发达成合作，并签署协议“
“NgAgo-gDNA基因编辑技术工具在诺维信公司的真菌表达系统中已经展现出潜力。诺维信公司对进一步开发NgAgo基因编辑技术并将其应用于新产品的开发有浓厚兴趣。”
- 信息来源 2： 澎湃新闻
- 标题： 河北科技大学称正与外企就NgAgo合作，只字不提可重复性
- Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1604939
原文引用
“澎湃新闻（www.thepaper.cn）联系上诺维信公司在中国的媒体联络人Dongyi Chen，他告诉澎湃新闻，“这个消息是今天下午（1月19日）在河北科技大学官方网站上发布
的，确实是有这样一个合作。”但具体的协议签署时间，Chen表示不清楚。”
“诺维信重复了NgAgo实验吗？Chen表示：“这个问题比较专业，你给我发个邮件，我
去请教一下我们公司负责搞研发的老师，可能他们来做一个回复比较准确。”截至发稿前，澎湃新闻还未收到来自诺维信的回复。”
Nature Biotech journal要求韩春雨提供NgAgo基因编辑原始实验数据的截止日期将至
截止日期：2017年1月31日
Nature Editorial
2017.01.20
Title: Enzyme firm invests in NgAgo protein at centre of gene-editing row
Subtitle:
Danish company Novozymes enters agreement with Chinese genome-editing centre.
by： David Cyranoski
Link:http://www.nature.com/news/enzyme-firm-invests-in-ngago-protein-at-centre-of-gene-editing-row-1.21343?WT.mc_id=TWT_NatureNews
编者注：
1. 作者联系了 Novozymes，确认Novozymes与河北科技大学有合作协议，开发NgAgo 在fungal system的“potential”， 但是Novozymes没有说明是关于基因编辑还是其他功能，也未证实Novozymes是否在fungal system中观察到NgAgo的基因编辑功能
原文引用
“It is not clear whether the company — Novozymes of Bagsværd, Denmark — plans to use NgAgo for gene-editing. “We have tested the technology and seen indications that it might be useful, but it is very early in its
development and still needs a lot of work before we can determine if it is
relevant for us,” said company spokesperson Dongyi Chen.”
2. Novozymes已经给河北科大打了预付款项
原文引用
“The company said that it had made an undisclosed upfront payment to the
Hebei University of Science and Technology in Shijiazhuang to use NgAgo. It also says that the university will receive royalties if Novozymes uses the
technology in developing a commercial product.”
3. 韩国 Jin Soo Kim's group发表了新的report， 数据表明NgAgo 是Gene Silencer
，并已经申请了专利
注：Jin Soo Kim 是Nature Biotech发表NgAgo基因编辑功能无法重复文章的作者之一
4. 韩春雨于2017年1月19日，向nature biotech 杂志递交了“new data”，杂志正在
evaluate
Function of NgAgo uncovered by Dr Jin-Soo Kim's group
- NgAgo is a DNA-guided endoribonuclease, cleaving RNA, rather than DNA, in
a
targeted manner
信息来源： BioRxiv
Date： 2017年1月20日
Title：DNA-dependent RNA cleavage by the Natronobacterium gregoryi Argonaute
Link to article:http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/01/20/101923.full.pdf
Link to supplementary information:http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2017/01/20/101923.DC1/101923-1.pdf
编者注
1. NgAgo 无法切割 DNA，因此， NgAgo不具有成为基因编辑工具的能力
这篇文章的数据以及综合此前科研人员们发表的三篇科研文章数据表明：
- 韩春雨NBT文章 Fig 1 以及相关“NgAgo” in vitro DNA guided DNA cleavage的数据，与NgAgo的实际功能没有相关性，因此韩春雨NBT文章中的此类数据，没有可能“被重复”
- 韩春雨NBT 文章中 “NgAgo” mammalian gene editing 的数据，与NgAgo的实际功
能没有相关性，因此韩春雨NBT文章中的此类数据，没有可能“被重复”。
另外三篇文章总结请见本记录：http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
以及文章的links：http://www.nature.com/cr/journal/v26/n12/full/cr2016134a.htmlhttps://link.springer.com/article/10.1007/s13238-016-0343-9http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3753.html
2. 此篇文章实验设计思路清晰，数据完整详尽，是 NgAgo 功能的奠基文章
- NgAgo 对于guide的各种要求条件，有详细数据
NgAgo guide： antisense， 5’-hydroxylated or 5’-phosphorylated
oligodeoxyribonucleotides (ODNs)
- NgAgo DNP RNA cleavage activity 要求的条件， 有详细数据
- 文章包含 Qi et al 2016 Cell Research 文章中描述的NgAgo mutants，有详细数据
Qi et al 2016 Cell Researchhttp://www.nature.com/cr/journal/v26/n12/full/cr2016134a.html
3. Dr Jin-Soo Kim's group 是 NgAgo 功能的发现人， 专利申请人及future拥有者
4. 此篇文章中 NgAgo expression plasmids，将会通过Addgene分享
编者特注：
- 建议对于RNAi、Gene Silencing (特别是 lncRNA,circRNA) 新的实验方法感兴趣的
科研人员们，细读此篇文章，并关注Addgene 上 Kim group NgAgo expression
plasmids的status
编者注：
记录一些中国各界对于韩国学者发现了NgAgo实际功能以后的反应
信息来源 1： 澎湃新闻
Title： 韩国学者再质疑韩春雨：该技术不能编辑基因只能“沉默”基因
Date： 2017-1-21
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1605620
信息来源 2： 赛先生 （转载BioArt）
Title： NgAgo或只能切割RNA，韩春雨论文不可重复性原因渐出水面
Date： 2017-1-22
Link：http://chuansong.me/n/1505645946730
信息来源 3： 知识分子
Title： NgAgo到底能干什么？韩国科学家最新进展或推进真相？
Date： 2017-1-22
Link：http://chuansong.me/n/1504909151927
信息来源 4： 知社学者圈
Title： 峰回路转? NgAgo四大新发展显示信心增强, 国际争夺加剧 | 深度分析
Date： 2017-1-22
Link：http://chuansong.me/n/1504909951237
编者注：
增加记录一些中外对于韩国学者发现了NgAgo实际功能，以及河北科大与Novozymes合作关系曝光以后的反应
信息来源 1： Gaetan Burgio (澳洲哥）的 blog
Title： Is NgAgo a genome editing tool after all?
Date： 2017-1-21
Link：https:[email protected]/* <![CDATA[ */!function(t,e,r,n,c,a,p){try{t=document.currentScript||function(){for(t=document.getElementsByTagName('script'),e=t.length;e--;)if(t[e].getAttribute('data-cfhash'))return t[e]}();if(t&&(c=t.previousSibling)){p=t.parentNode;if(a=c.getAttribute('data-cfemail')){for(e='',r='0x'+a.substr(0,2)|0,n=2;a.length-n;n+=2)e+='%'+('0'+('0x'+a.substr(n,2)^r).toString(16)).slice(-2);p.replaceChild(document.createTextNode(decodeURIComponent(e)),c)}p.removeChild(t)}}catch(u){}}()/* ]]> *//is-ngago-a-genome-editing-tool-after-all-
3cb668ec46a#.6t2dc1g1e
信息来源 2： 澎湃新闻
Title： 讨论韩春雨基因编辑技术争议是否逆转，你得先弄清这四个问题
Date： 2017-1-24
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1607042