说说我对阎颜文章之争的一点看法

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trendspike
楼主 (文学城)

看见网上对润涛那篇科普文章吵的热闹,虽然润涛尽量做了科普,但假如不是生物这行,真正明白其中关键的恐怕不多。有的人认为假如这个载体蛋白可得诺贝尔奖,润涛应该是首位获奖者,因为他提出模型,颜只是证实润涛的模型而已。正好本人以前也是做蛋白结构有关的,不过不是用晶体衍射测量蛋白质结构,而且本人离开这行已经10余年了。看见有网友文中提到GLUT蛋白,脑海中模糊记得以前好像还玩过。我没花很多时间去读他们的原著,只是凭自己的记忆谈一下,很多不准确部分难免。

阎颜之争的关键是Credit划分。首先膜蛋白结构是非常难以结晶的,记得90年代第一个解析膜蛋白的是瑞典(或者瑞士)科学家,他花了15年时间,解出那个膜蛋白结构,他因而获得诺贝尔奖。当年他来我们学校做Seminar,系主任还打趣的说,他要感谢他没来美国当教授,否则这15年,不发表其他文章,专门解这个膜蛋白,早没Funding了。他解出第一个膜蛋白结构后,后面的当然要容易一些,但也不是那么容易,膜蛋白的结晶就比较困难。不知道这么多年技术有没有大的进步。一般一个Ivy League的搞结构的博士生,5-6年时间,能解出一个非同源结构,往往就是一篇Science文章,光荣毕业。膜蛋白,困难加倍。

一个重要的蛋白结构解出来之前,有非常多的文章用各种方法尝试去提出各种模型理论。其中润涛用的突变,是比较常用的,并不是润涛说的野路子。但在没有三维结构出来之前,模型还只是模型。一锤定音的,还需要三维结构,也就是颜他们做的工作。

关于颜跟润涛的Credit关系,用下面的大家比较熟悉的瞎子摸象的例子对非生物专业的比如容易理解。

一帮瞎子摸象,每个人都摸到一部分,都提出自己对大象的理解。一个瞎子摸到大象的耳朵,他把象耳朵绑起来,好像大象吃草速度慢下来了,他因而提出耳朵对大象吃草有重要作用;还有一个瞎子,发觉把大象的两个腿捆在一起,也影响大象吃草,他因此发表文章,说大象两个腿也跟吃草有关;最后来了一个瞎子,摸到象鼻子还有嘴,他把象鼻子捆起来,发觉大象就不吃下面的青草了,他因而提出大象吃草理论,是象用鼻子卷起草送到嘴里。这时一个人在远处咔嚓照了一个大象的照片,她研究了大象的静态照片,发觉大象确实跟最后一个瞎子说的那样,用鼻子送草进嘴的。

润涛就是最后一个瞎子,那个照相的就是颜。没有最后一个瞎子,是不是那个照相的就照不出照片?当然不是的。三个瞎子,三个理论,都有道理。而那张照片才是一锤定音的。

我不是颜的粉丝,一般多少有点同行冤家,但颜学术成就也明摆在那,没必要去嫉妒或者诋毁她。Princeton, Science Editor,美国科学院也不都是因为她是女生才照顾她。同时润涛的贡献也是明显的,在三个瞎子中,他提出了最正确的大象吃草理论。我觉得颜那篇文章确实应该引用润涛的文章。没有引用的原因,是没看见阎的文章,还是其他原因,没必要太小人的去猜测。 润涛的文章引用率确实不是很高也是事实。这个事情,润涛首先应该去写信跟Nature反应。把科学的争执写到网上,让自己的粉丝自以为获得事实真相,部分粉丝甚至由此诋毁颜,我想也不是润涛的本意。就是生物专业,也是隔行如隔山,更不用说这么多非生物专业了。 

 

 

 

 

雨女
把你们都炸出来了。
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SwiperTheFox
我在CNG的博克的回帖里看,似乎颜宁引用的综述里有引阎的文章。

我还没来得及仔细看,到底这个综述对颜宁论文的影响, 如果颜没有直接用到阎的成果,有综述代表原文来代表背景就足够了。 (毕竟是19年前的文章) 

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trendspike
但颜最后的模型结论跟润涛一样,我觉得还是要引用说明的。除非类似阎的模型很多。
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5678910
看了一下老阎的资历挺老,跟施一公同一时期在Johns Hopkins,可惜没做大

可能是跟了个牛老板结果自己没有牛起来

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LeeMoChou
昨晚一个曾经的professional biologist跟我争论transporter and Ion channel,我对他

昨晚一个曾经的professional biologist跟我争论transporter and Ion channel,我对他说,transport by carriers can be either active or passive, solute flow through channel proteins is always passive. Ion channels are said to be "passive" because no energy (ATP) is required to activate the protein, only a ligand or change in voltage.

就这么简单的生物学概念,他还跟我争论。哈哈,原来他把Ion channel 和 Ion pump弄混了。所以,currently不在这个领域做,就算简单的道理都会被曲解。

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5678910
没有看到阎的结构图,但在阎之前是否有人早就提到也未必,科学都有连贯性
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SwiperTheFox
这一点要仔细看文章才能辨别。 但是要确切的说:颜的不是模型,而是“真相”

我说要仔细看,比如说颜宁是否是说“我们的结构符合这个综述的结论” 

外乡人
老阎在国内就得过科学技术进步奖
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trendspike
对。在颜之前都是猜测
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trendspike
跟非生物专业的争论有点对牛弹琴。生物专业跟那些数学理论物理不太一样,这是一个实验科学。
L
LeeMoChou
算hypothesis而已,
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5678910
他那个年代能发cell的中国人不多,现在是长江后浪推前浪
外乡人
发cell是到美国的事,得奖是之前的事。
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trendspike
没错
三过家门
昨天和一搞结构的人聊这个,他和你的观点一致。用的也是瞎子摸象比喻。
t
trendspike
懂结构的都知道咋回事,但跟非生物的,就不能沟通。
三过家门
刚刚电话问这个是不是他写的东西 ? 说不是。哈哈。
t
trendspike
我这个是老ID.
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SwiperTheFox
他们俩做的不是同一类蛋白?

至少不是同一个蛋白,那就更没什么好说的了。  

雨女
你都10年不做了。需要赶紧回去看看是否有类似的问题发生。

颜宁如果不是被推倒舆论中心,老阎也不会发现自己的研究被进一步证实。2012到现在已经7年了。

t
trendspike
老阎一直在一线,他应该最先知道他的Credit是否受损。
雨女
他第一篇博文本意不是计较是否受损。就是想给自己心和去世导师一个交代。因为,有人把他的博文寄给颜宁

颜宁威信发文说老阎“碰瓷“。老阎一直说颜宁没看到。

t
trendspike
颜确实应该引用润涛文章,当然是不是很多类似润涛模型,她引用了其他人的,而没引用润涛的?

要是这样,也可以理解,比较太多,不可能都引用。所以这个润涛知道,我不清楚。

L
LeeMoChou
在这点上,我很尊敬阎老的。
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SwiperTheFox
想问清楚: 老阎做的UhpT和颜宁做的GLUT1-4(用XylE代表)到底是什么关系?

两者都是糖转运蛋白。  但毕竟不是同一个蛋白。 

雨女
李莫愁不是说了嘛。carrier 和 pump 的区别。

颜宁说润涛阎这个网络科普作家来碰瓷。说润涛阎欺负那个已经在1966年就在《Nature》上发表文章,并且在三年前去世的Jardetzky。这是我们读出来的意思。也许彦宁要表达别的意思。就是说:这个机理你润涛阎不是第一人。Jardetzky才是第一人。

润涛阎的回答是:Jardetzky的机理是讲 membrane Pump. 而你讲的和我讲的都是 membrane carrier.

(Nature. 1966 Aug 27;211(5052):969-70.     Simple allosteric model for membrane pumps.)

润涛颜继续问颜宁:就算的你的想法是从Jardetzky老头的膜泵来的。那么,你为什么在电视上视频上说是50年都没搞明白的机理,被你们一举攻破呢?那么又说1966年的是怎么回事呢?1966年到2012年是46年。

所以,老阎说:小姑娘,你太疲劳了。先休息。等你休息好了。我们再来辩论。这意思就是帮她熄火。让事情慢慢冷却下来。

 

雨女
我一直坚持颜宁看到了。她果然没说:自己没看到。而是说:润涛阎说自己是第一个,那么他那是欺负另外一个老头。

然后,我们就看到了那老头的文章。题目就是pump。

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5678910
他那文章25年只被引了80多次真是被他的领域呼略了
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5678910
也就是说没有被同领域的大多数人认为具有重要性
法眼
颜宁最好是把这些交给"自然"期刊去仲裁,自己专注与该做的事。一当卷入非正式媒体的纷争,会很无聊。
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5678910
小颜的文章晚十年,已经被引了300次了
法眼
颜宁最好是把这些交给"自然"期刊去仲裁,自己专注与该做的事。一旦卷入非正式媒体的纷争,会很无聊。
雨女
被引用的少,就不重要,别人可以讨论。颜宁为什么不引用老阎,颜宁应该知道。她怎么回复的,我们都看到了。
雨女
昨晚老阎在这里有回答。好像在第一篇博文也有回答。
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alwaysluck
不对吧,阎博士用他的方式证明了这个理论。怎么能说只是假设呢?

Cell是不会只给一篇假设的理论发文章的。颜是用现代的方法又证明了一次阎二十年前提出的理论,但这个理论是阎第一个提出,并第一个论证的。我理解错了吗?

t
trendspike
应该是同源蛋白。
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5678910
对于搞专业的真可以ignore这些杂音,对于娱乐大众我们就看热闹吧
t
trendspike
润涛的氨基酸突变,只能从突变效果上猜测蛋白的工作机理,这个不是证明。
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trendspike
润涛的氨基酸突变,只能从突变效果上猜测蛋白的工作机理。毕竟没看到照片,无法真正证明。
a
alwaysluck
你的意思是所有的理论都必须要有照片证实才是证据?
t
trendspike
其他学科我不清楚。在生物蛋白质结构功能这块,结构才是权威。
t
trendspike
润涛他们的实验得到的是功能,他们的实验得不到结构信息。结构决定功能。
a
alwaysluck
我对这个专业是门外汉,你是专业的,你说了算。
a
alwaysluck
是不是可以这么理解,蛋白质解释所有历史上的理论,都需要由现代化的电镜

重新照个片,然后拍照的人就是所有理论的发明人了?我是外行,说得不对你别生气啦……

S
SwiperTheFox
这么比喻吧,看穆勒报告被涂黑的部分,

写的什么,起什么作用, 对谁有影响都不知道。

你可以猜到底写的啥,厉害的有手段有料的人猜得准确点。  这是阎的工作。

颜宁是把涂黑的部分unredacted, 白纸黑字摆在那,写的到底是什么,清清楚楚。没有猜得余地。 

a
alwaysluck
是说阎在cell上发表的是一个猜的手段和猜的理论?我的问题挺直接的

是不是历史上有关蛋白质结构的理论,由于现代电镜手段的进步,用电镜照出来了,拍照的人就可以变成以前所有理论的发明人了呢?

t
trendspike
假如以前人家用精度不高的相机拍了,你再重拍一次高精度的,又得到一样的结果

这个当然也有意义,是锦上添花,有Credit。润涛那个是理论猜测,人家最后拍出照片,这个就不是锦上添花,是突破。当然润涛也有第一个提出模型的功劳。在照片出来之前,生物学家并不能确认真实的蛋白质工作机理。没照片,谁知道哪个瞎子说的更准?可能还有第4,5,6个瞎子模型。

S
SwiperTheFox
有关每个蛋白功能的性质很多,阎的蛋白研究了某些性质,

这个发现属于他。

颜宁把整个蛋白展现出来(注:他们两个研究的蛋白类似,但不一样),对其结构与功能的理解不可同日而语,,贡献完全不一是一个数量级的。

S
SwiperTheFox
看那篇综述,截至98年,阎很可能是第八九十个瞎子, 截至2012年

那瞎子数量就多了去了。

奔流12959
这个是做科学的态度。用搞政治宣传那一套去做学问,那哪儿成。
D
Darrol
老阎第二篇-发在美国科学院院报-讲的就是结构

他在博客里讲了为了防止今天的事情发生,他们才进一步做了结构。

阿乐泰
关键是照相以后的大量分析,如果没有老阎提出的模型,小颜团队还能够有的放矢,那么快出结果吗?

好比没有老阎指出大象在这儿,满世界一顿乱拍,正好对准大象的概率太小了吧?