The methods are not well described, there are many flaws here and there, i.e. 1) no genbank references for the HIV sequences they used, 2) the insertions regions are short and hypervariables region, 3) the tree is not rooted by the outgroup.
This is the most controversial part IMHO. Using BLASTp with such short motifs could not work as it was intended. You will find a lot of noise! (so the need of the e-value). pic.twitter.com/iF5NPK1IcD
And for Insertion3 "RSYLTPGDSSSG": 1st best hit: Human 2019-nCov (e-value 4e-4), 2nd best hit: Bat 2019-nCov (e-value 4e-4), 3rd best hit: Grotenhout virus (89%, e-value 28 => non-significant). HIV1 is 66% and e-value=114 => non-significant.
Yes. I don't know it they did on purpose or if they just rushed to make the buzz, but the study is definitively wrong and doesn't fit scientific standard.
（Adenoviral expression of a truncated S1 subunit of SARS-CoV spike protein results in specific humoral immune responses against SARS-CoV in rats JOURNAL Virus Res. 112 (1-2), 24-31 (2005)
武汉新冠病毒传染性极强，危害极大，关于这种病毒的来源有各种猜测和谣言，包括正面的和反面的，满天飞。我们唯有自己进行严格的逻辑推理分析，自己得出自己的结论。我仔细研究各种可以公开获得的信息，得出结论，武汉病毒乃是人工制造的高传染性新病毒。
但是我不希望你简单地接受或者拒绝我的结论，我把我的论证过程列出来，希望大家跟着我的论证过程挑剔数据和推理，自己思考，自己得出结论。
首先是网络工具，大家可以用 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 来查询各种病毒的蛋白质和核酸序列数据，只要把斜杠后面换成病毒或蛋白质的编号就行了。
搜寻比对不同蛋白质和核算的序列数据，可以用BLAST：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 可以在蛋白质或核酸的页面右侧点击Run Blast。运行BLAST的时候，可以在空框输入具体搜寻的部位，如果不输入搜寻部位，就搜寻整个蛋白质或核酸。
下面是一些基本数据：
武汉新病毒：MN908947，其E蛋白（Envelope Protein）是QHD43418，突触S蛋白（Spike Protein）是QHD43416。数据为2020年1月5日，14日，17日递交（三版本）
舟山蝙蝠冠状病毒bat-SL-CoVZC45：MG772933，其E蛋白为AVP78033，S蛋白为AVP78031。数据为2018年1月5日由南京军事医学院提交。
云南蝙蝠冠状病毒 Bat coronavirus isolate RaTG13：MN996532，E蛋白为QHR63302，S蛋白为QHR63300。由武汉病毒研究所于2020年1月27日递交，注意递交时间和递交机构！！！
武汉病毒整体和舟山病毒算最接近，大约89.12%相似度，和2003年萨斯病毒仅82.34%的近似度。可是最令人惊异的是，两者E蛋白绝对完全相符，共有75个氨基酸：
mysfvseetg tlivnsvllf lafvvfllvt lailtalrlc ayccnivnvs lvkpsfyvys rvknlnssrv pdllv
可是单独拿出S蛋白比较，武汉病毒和舟山病毒仅81%的相似度。更重要的是，中间有四小段插入片段是武汉病毒的S蛋白有而舟山病毒S蛋白没有的。
更加令人惊奇的是，比较武汉病毒和舟山病毒的核酸，发现有一大段是舟山病毒没有而武汉病毒被插进去的（21697-23074，长度1378）：
最令人吃惊的是，用BLAST搜索这段1378长度的插入核酸，一无所获，找不到天然类似的来源。可是它有一个来源，就是中国科学家在1980年代做的pShuttle-SN，核酸编号为AY862402。这强烈暗示这个核酸是舟山病毒人工插入一段1378长度的核酸制造的，插入片段包含了pShuttle-SN的部分结构。参见下图：
最后再来说说云南蝙蝠病毒是怎么回事，这个云南蝙蝠病毒据称是2013年被采集的，编号MN996532，它和武汉病毒相似度达到96%，和舟山病毒的相似度仅89%，尤其是它的S蛋白，可以解释武汉病毒S蛋白的四个插入物。可是最大的问题是，它是印度科学家即将发表论文声称武汉病毒S蛋白含有艾滋病毒插入物之前，由武汉病毒研究所在1月27日火速匆匆递交的数据，大概是为了拿来驳斥印度学者的论文。这时间点非常可疑。
最后，从微生物演化树的角度来说，武汉病毒也非常可疑：
注意亮点，所有分叉都可以几乎100%溯源，知道蛋白或核酸的序列来自哪个祖先，可是武汉病毒分叉的溯源率仅76%，有24%的东西讲不清楚来自哪里，这是来自人工拼接的重大嫌疑。
以上种种证据，强烈证明武汉病毒是刻意人工制造的高传染性的大规模毁灭性生化武器。
更多我的博客文章>>> 就武汉麒魅骡病毒驳斥冯映红 武汉新冠病毒人工制造铁证如山！ 武汉肺炎大流行是一场空前的生死灾难 错批马寅初，多生几亿人；错批马可安，多死几亿人！ 南水北调工程确凿已经失败！
以这个系列，
献给世界上所有的人，无论国籍，无论种族，无论贫富，无论信仰，无论职业，无论政治立场
祝福
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1 发生了什么？
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2 灭霸的响指？
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4 财迷心窍 - 为GDP制造增长点？
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5 什么是真相？
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我们所有人，放下我们的争论，要万众一心，在灾难到来之时，保卫我们的父老乡亲
驳他，要先指出他错误的地方，对吧？
如果楼上是自己理解力不行，那情有可原，如果是有意往这个方向带，那就是故意洗地了。
我不懂这帖的东东，希望懂的人评论一下
你前面提供的分析软件是对的，但关于1378碱基对长度的核酸分析是错的。
为什么是错的呢？
1.你说“中国科学家在1980年代做的pShuttle-SN，核酸编号为AY862402。这强烈暗示这个核酸是舟山病毒人工插入一段1378长度的核酸制造的”
实际上pShuttle-SN这个质粒载体就是把2003年中国的萨斯病毒的S蛋白放进一个载体表达以研究这个S蛋白能否在大鼠例引起类是抗萨斯病毒的反应。这个载体全长5607碱基对，其中插入片段1524碱基对与萨斯病毒里S蛋白1526碱基对的符合率是99%（1517/1526(99%)，足以说明这个载体里插入片段来自他们所说的萨斯病毒S蛋白。这是论文。
（Adenoviral expression of a truncated S1 subunit of SARS-CoV spike protein results in specific humoral immune responses against SARS-CoV in rats JOURNAL Virus Res. 112 (1-2), 24-31 (2005)
2. 比较武汉病毒和舟山病毒的核酸所多出的1378长度片段是武汉病毒特有序列蛋白，它与萨斯病毒有68%的同源，不算高。
3. 武汉病毒全长30002碱基对与全长29855碱基对云南蝙蝠冠状病毒有96% 的同源性，已经说明两者亲缘关系最为接近。
我的结论是：武汉病毒比舟山病毒所多出的1378长度片段与萨斯病毒有68%的同源性，与云南蝙蝠冠状病毒高同源，没有证据表明这是人工合成的片段。