现在关于punctuated equilibrium,学界还没有定论。有一种新观点是:所谓大爆发其实是伪命题,因为如果在时间轴上zoom in, 所谓的寒武纪物种大爆发其实是发生在 2000到2300万年这个时间范围内,这个时间段并没有那么短,比物种的存在的平均寿命高出一个数量级。所以问题也可以反过来问,为嘛我们没有看到持续的寒武纪大爆发。我个人很认同这种观点。
第二篇文章还属于想象阶段,先不管;第一篇文章里面有五个作者跟我是同行,两个我直接打过交道。我自己现在的工作大概就是他们说的这个方向:extended evolutionary theory。具体而言,传统的进化论框架没有生物功能机制(这一点我一 经强调过至少三遍)。现在我和这些同行们的工作就是把生物机制加进去。比如,这文章里有人专攻生物的社会合作(Joan E. Strassmann),有人专攻发育(Hopi E. Hoekstra),有人专攻表观遗传(Eva Jablonka),我本人研究细胞生理的物化极限,所有这些不同的角度都是在看生物功能机制如何影响演化过程。总的theme就是这些机 制能够提高适应的效率。
最后以文章里的原话总结一些: “A more succinct hypothesis is that developmental bias and natural selection work together4, 5. Rather than selection being free to traverse across any physical possibility, it is guided along specific routes opened up by the processes of development5, 6.”
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看了老马、老芦、老非等专家、半专家和半吊子爱好者们关于进化论的讨论,我发现没有一个人弄明白进化论说的是什么。
进化论是什么?是“物竞天择,适者生存”吗?是环境作用于基因型导致新物种的产生吗?是自私的基因在竞争中的结果吗?这些答案全都是错误的。
进化论有广义和狭义的区分。从狭义上说,进化论认为现存物种由古代物中变化而来,现代物中都来源于同一古代祖先。从广义上说,除了上述观点,进化论还认为生物来自于非生物。
不论是广义还是狭义的进化论都只有极少的直接证据。人们观察到的新物种的形成除了野生生物的驯化,还有少数自然中不多的例子。但是,这些新物种是基于生殖隔离的物种概念而被确立的。此概念还有许多不完善的地方。另外,这些新种介于种和亚种之间,更高一级的分类阶员上的变化则从来没有直接证据。
进化论的间接证据则很多。古生物学提供了许多灭绝的物种。许多物种在解剖上在一定意义上构成了现代物中的过渡类型。从非生物到生物有穆勒实验。该实验虽然遭到严重的挑战,但它展示了一定自然条件下合成生物大分子的可能性。相反,神创论基本上是没有证据的无稽之谈。
那么,“物竞天择,适者生存”是否是进化论的一部份呢?这些确实是现代进化论的一部份。进化论显然不能只提出一个假设,而不提出一个合理的机制。在达尔文和华莱士之前,自然主义者们早就提出了进化论。达尔文的祖父还有拉马克就是很好的例子。达尔文用自然选择这个可以观察到的现像解释了物种进化的机制问题,并为现代生物学所接受,因而现代进化论也被成为达尔文主义。
在二十世纪初,随着遗传定律的发现,达尔文主义面临严重挑战。许多科学家甚至放弃了达尔文主义。遗传规律表明,可以遗传的生物性状变化是不连续的,达尔文的渐变的积累造成物种形成就成了大问题。后来,一些种群遗传学家和统计学家们运用种群遗传的模型从暂时地、表面地解决了这个矛盾。由于他们的模型综合了达尔文的自然选择学说和种群遗传理论,他们的理论也被称为综合主义,或者新达尔文主义。
问题并没有离达尔文主义而去。随着分子生物学研究的深入,人们发现新基因型的形成、确立并不那么容易。生物有许多机制在阻止新基因的形成,剔除新基因,淘汰新基因。在自然界,如果生物不适应环境,更大的可能性不是突变,而是迁移和灭绝。大的进化变化,比如适应陆生的器官,则很难相信能够在基因的渐变过程中产生。自然选择起的不是促进变化的作用,而是防止变化的作用。自然不鼓励创新。
古生物学中也没有提供符合渐变模式的证据。相反,倒是提供了许多突变的证据。大批新物种往往在一次大灭绝之后爆发出来,之后又是漫长而保守的适应性变化阶段。另外,缺环还是一个大问题。古代加现代物种少说也以数千万记了,如果新物种通过渐变的积累而成,那么会存在无数(以百亿记)中间类型,形成无数精致的变化序列。即使古代化石再难保存,我们也至少能发现几个,如果不是几千个很好的渐变序列。我们发现了几个?一个也没有。
这就是神创论者攻击进化论的依据。很抱歉,他们攻击的是达尔文主义。他们的神创论并不比达尔文主义更有说服力。科学界面临的尴尬是,他们在捍卫进化论的同时,不得不为千窗百孔的达尔文主义大打补丁。
显然,达尔文主义被抛弃是迟早的事情。我们需要一个能合理解释生物进化的新机制。这个机制正由于现代实证主义在科学中的影响而被人们所忽略。在当代,阻碍进化论发展的第一大因素不是宗教,而是达尔文主义。
相信进化论能解释物种的起源。有个生物的PhD不能说明这个人知道真相,只能说明被
洗脑的时间更长更彻底而已。
partially right,比10%要高,这个主要看你怎么理解“神”这个定义。对于进化来说,几十万乃至上百万年相当于一眨眼的时间,所以绝大部分物种不是进化而来。人类以及地球物种的起源大部分来自于…这个先保密,建议你们研究一下苏美尔人文化(
Sumerian)和古巴比伦(Babylonia)文化,要think outside the box,do not trust
textbooks。
寒武纪几千万年内的生命大爆发的剧变难理解,因为不大可能重复出来。谁也不知道那时发生了什么。还有之前的生命大灭绝也是。
相比之下,脊椎动物由鱼到两牺到爬行的进化逻辑很清楚。
比如说一个流行的理论,一个物种因“地理间隔”会造成新的物种。但也可不要,叫同域成种(sympatric speciation), 也可以在边上(旁域成种),就是说不论发现新物
种在任何地理位置,它都对。
伪科学不是科学问题,是个信仰,是无法用科学的方法解决。因伪科学形成一个强大利益集团,他们的名誉,地位,funding 都维系在一起。
【 在 buce (buce) 的大作中提到: 】
: 渐变很容易理解。狗在这个世界上出现也就是一万年的事情,各个品种的狗狗形态差异
: 巨大,这基本上是在人类眼皮底下发生的事情。
: 寒武纪几千万年内的生命大爆发的剧变难理解,因为不大可能重复出来。谁也不知道那
: 时发生了什么。还有之前的生命大灭绝也是。
: 相比之下,脊椎动物由鱼到两牺到爬行的进化逻辑很清楚。
【 在 jzhang611 (jzhang611) 的大作中提到: 】
: 现代进化理论有很多问题,其中一点不易为人发现的是:它没有错误的可能,是个伪科
: 学。
: 比如说一个流行的理论,一个物种因“地理间隔”会造成新的物种。但也可不要,叫同
: 域成种(sympatric speciation), 也可以在边上(旁域成种),就是说不论发现新物
: 种在任何地理位置,它都对。
: 伪科学不是科学问题,是个信仰,是无法用科学的方法解决。因伪科学形成一个强大利
: 益集团,他们的名誉,地位,funding 都维系在一起。
发paper,他们只是来这里灌水的
【 在 jzhang611(jzhang611) 的大作中提到: 】
: 你没有活100万年吧?没有人活100万年吧?所以你所说的只是你的猜想或叫假设,不是
: 事实,假设需要事实证明,你需要找出事实来证明。
“进化论现在不管微观还是宏观都有翔实论据”,不知你这里的进化论是知什么?
有大量是证据证明进化是一代而成,最明显的是“多倍体”为代表的同域成种(
sympatric speciation) 是无可争议的一代成种,它已证伪了达尔文理论和一切缓慢
成种的理论,说名其它的理论都错了。
为了对付这一明显的事实,主流进化学家提出了一个新的说法:大多数新物种是缓慢生成,少数是一代而成。同样,大点数新物种是需要地理隔离,少数不需要。这样一来,他们就没有错误的可能。因为,不管人们发现多少新物种是一代生成,还可能是少数,没有人知道一共有过多数物种。
一个没有错误可能的理论就是伪科学理论,如果科学刊物被伪科学理论家把持着,与他们不同的声音还能发表吗?很不容易吧?
对当代进化生物学来说,综合进化论早就是一种过去的范式了。
在宏观层面,有Stephen J Gold的间断平衡理论,用以解释像寒武纪大爆发或第三季物种爆发这种快速大规模进化现象
在微观层面,有分子中性进化理论,近中性进化理论等。在进化动力上,各种尺度的序列复制、突变、重组事件,都可以带来具有新功能的基因,或新的调控机制。这些都构成了特定地质年代物种快速进化的动力和原因。
真正懂进化论的人太少了。
微观的分子进化方面也同样是因为老一代的基于种群遗传学的综合理论不能给出合理解释了,所以才诞生了一堆缝缝补补的理论。
我没有反对过进化论。我反对的是达尔文的进化论。达尔文主义已经千疮百孔,我们需要发现新的理论。
进化论<10 br="">神创论 > 10%
你们可真会给自己脸上贴金啊
我也不信达尔文的evolution,因为千疮百孔,但更不会信什么耶稣基督,因为那只是
fabricating story
胡说八道是没用的,拿出证据。
拿出证据证明人类祖先是亚当夏娃,以及他们的子女乱伦后产生了我们今天的人类
拿出证据证明什么大天使,小天使
从现象学水平的物种的形成、演化和灭绝 到 机制水平的 新生理/分子功能的产生,目前都是有一定合理的解释的。
简单来说就是两条平行、共存的机制:自然选择和遗传漂变。大部分人只知道达尔文提出的前者,而60年前日本人木村资生提出的后者却没有多少人知道。遗传漂变解释进化过程的随机性,就是很多突变没有被选择就因为sampling effect, 被选择了,成了生
命的一部分。选择和漂变是相辅相成,严格的数学推导也是有的。这个数学框架叫做
modern synthesis。
而目前进化生物学的瓶颈是,上面的数学框架是在现象学层次描述突变在种群里的频率随时间如何变化;而这些突变的生物学意义(生化、分子、生理)完全没有涉及(达尔文连基因都不知道,而后来研究进化的也主要是统计学家,其实不懂生物),可以说是那套 进化里面没有生物。
而一部分进化生物学家(比如本千少)已经开始注意到这个问题,开始和分子、生花学家,甚至物理学家合作,把“生物”引入种群遗传的框架。
在更大的层次,目前的进化论的框架能不能解释自然界的进化过程?
目前只能说,可以在概念上给出合理的马后炮解释,你要像牛顿物理那样精确的刻画天体的运行一样来解释进化,还做不到。一是因为进化和生物的整合才刚刚开始,概念框架还不成熟;二是尼玛生物进化这种比天体运行复杂N个数量级的过程,要像物理理论
精确解释世界那样来解释进化,有些苛求。即便是物理,比质子复杂的粒子,也无法精确刻画。
当然,进化论以外还有很多alternatives. 包括神创论,都有一定解释力。但是没有一个像进化论这样有一个不断在基于新的实验/观察证据而完善的体系。其他的基本上是
想象加原地跳大神。
关于生命起源,传统的modern synthesis肯定是不能handle的。这其实属于物理学家,化学家的研究范畴。更精确一点,主要的是凝聚态物理学家和有机化学家的问题。目前已经有了一些进展,请放狗搜jeremy england.
好了,码累了,就这么多了。
你提到了基因漂移、现代综合学说。为啥不提hopeful monster?因为后者在分子遗传
上很不可信?对吧?那么问题来了,一个有名望的生物进化论专家为啥要提出一个看似挺荒谬的理论?答案就是这位专家对基因漂移就能导致全新性状的出现很没有信心,不得已提出这个假说。达尔文主义显然不是不能精确预见的问题,而是在事实面前经不起推敲。你这么胡乱粉饰达尔文主义,才是对事实视而不见,科学无法进步就是你这样的学阀太多,把不同意见都打成民科。或者干脆把专业人士打成民科。达尔文主义者都这么狂吗?
我上面的帖子完全没有维护那个主义的意思,只是以简短的方式总结了一下目前进化生物学发展的状况。
我上面也承认了目前的进化论框架只是提供了一种合理的马后炮解释,我甚至连传统进
化生物学框架里面没有生物都尖锐的指出来。然后你说我是达尔文主义?体育老师教的语文?
hopeful monster这种假设和自然选择不矛盾啊。你有没有听过全基因组复制、重新排
列等大规模的突变?这种剧烈的突变为evolutionary major transition 提供了分子/
物质机制。但是要验证确实很难,因为物理学家还没发生时间机,而实验室重现难度不小(我们正在做)
再比如,线粒体、叶绿体的起源,前者是真核细胞进化的关键步骤,现在通过进化发育树的构建,基本上已经把它们的历史梳理清楚了;在35亿年漫长的生命历程里,就起源过那么几次。这就是所谓的hopeful monster的一个例子,但是和目前的进化论框架毫
无冲突。
在强调一次:目前以modern synthesis为理论核心的进化论,能够很好的解释一旦突变起源以后,它在种群里随时间流变的过程;但是由于缺乏生物机制,以及无法刻画最开始那个突变是怎么来的,它确实不能解释很多现象,比如major transitions。
就好比搞金融工程的,可以用SDE的数学框架很好的描述股市总体变化,却面对金融危
机束手无策,无法预测,因为就是分布里面的那些无法考虑进建模的outliers,在有的时候能够发挥决定性的作用。
类似的类比,在量子物理里就多的去了。
不服再辩!
我们讨论的当代进化论就是达尔文主义。我们的分歧在于我说达尔文主义不符合生物进化模式,其机理中的突变产生适应性的新物种和性状不能被分子遗传学证明,而且与分子遗传学相矛盾;而你认为当代遗传学至少有希望证明突变可以造就新的可适应的性状,甚至能造就生物的革命性改变。我们拭目以待。
在古生物学证据方面,达尔文主义是潜在的渐变论,和突变论不相容的。这点并不明确。但达尔文本人说过,其理论可以被证伪,如果古生物学在未来不能填充生物进化的缺环。这说明他意识中的进化是倾向于渐近的,否则突变出现的物种出现表面的缺环不是大问题,不致于证伪达尔文主义。现实很无情,进化的缺环不仅没补上,新发现的物种大爆发让达尔文主义更加尴尬,这才有了各种突变和间断平衡理论。如果进化学家不在乎渐变还是突变,不认为突变和达尔文主义相矛盾,他们就不会如此重视这个问题了。就是Gould和Eldridge这两个人提出一个改进模式,就已经被许多同行看作是离经叛道
了。
在达尔文之前还有个拉马克主义。这是另一个进化理论,虽然现在已被抛弃。既然拉马克的进化学说可以被抛弃,达尔文的学说为什么不能呢?这并不表明进化论被抛弃。跳出达尔文主义的框架去寻找新的理论进化论才可能真正进步。
生物是个协调工作的系统,考虑到这点,突变出一个新功能,等于和整个系统不兼容。为了和系统兼容,其他部分要同时突变,新功能才能整合到生物系统里工作。
所以长颈鹿光突变个脖子,心脏供血不到头上,等于是严重脑缺血,等不到下次突变,就被天敌消灭了。只有脖子和心脏同时突变,这样才行。而且系统里还需要很多其他细微改变,以适应长脖子,否则还是有缺陷,很容易被淘汰。
只下面一个简单介绍,就能看出长颈鹿为了个长脖子,身体有很多地方要同时改变
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长颈鹿血压高,为什麽却不患高血压病?
成年长颈鹿在心髒高度附近的收缩压(心髒为了将血液送往全身各处强而有力地收缩,此时的血压就是收缩压)大约是200毫米汞柱,基本上是一个成年人正常收缩压的两倍
大小。
由于重力的影响,长颈鹿在运动时其腿部高度附近的血压大约是心髒高度上的两倍,此时长颈鹿头部的血压差不多与人类相当。
大多数的哺乳动物都可能患上中风和动脉硬化,但是对于长颈鹿来说,这些问题不值得人们去太过关注。长颈鹿的循环系统已经进化出一种特殊的适应性,不论血压高低,它都能够很好地适应。
比如说,由于长颈鹿下肢的血压相当的高,因此为了预防下肢水肿或是血液渗出血管,其腿部的动脉壁也相应地非常厚,要远比脖子上的动脉血管壁来得厚。为了防止血液渗出体外,长颈鹿四肢的皮肤和皮下组织也变得十分紧密。
在长颈鹿颈部的大静脉中,有许多的瓣膜,其目的就是为了限制血液的流动。当长颈鹿低下头进食与喝水时,瓣膜能有效防止静脉中的血液逆流,倒灌回脑部。
生物是统一协调的系统,身体各个部分,都是协调工作,为了系统服务。
突变说,根本不考虑系统概念,弄出个全新东西和系统不兼容,要兼容,只有被迫同时精确突变很多其他相关部分。
这么简单的概念,假装不知道这个漏洞,实在没意思。
那是你的定义,当代的进化论的理论核心是种群遗传学,它目前的框架是1930s融合达
尔文自然选择理论和孟德尔基因理论(由摩根补充)形成的neo-synthesis,并且在
1960s木村资生提出的中性理论也融合其中,使非选择(达尔文)的随机机制变成进化
不可或缺的一部分。目前进化到底是选择主导还是漂变主导这种问题都成为学界大争议,然后你说当代进化论是达尔文主义?如果是这样,还争什么?
你对当代进化生物学的理解基本是大众科普读物的水平,读读道金斯的selfish gene基本上可以得出你的结论,但那不是当代进化论。
Paper: http://www.nature.com/nrg/journal/v9/n12/full/nrg2473.html
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“其机理中的突变产生适应性的新物种和性状不能被分子遗传学证明,而且与分子遗传学相矛盾”
不码字了,上paperhttp://science.sciencemag.org/content/sci/323/5915/779.full.pdfhttp://www.nature.com/nature/journal/v504/n7478/pdf/nature12678.pdf
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“而你认为当代遗传学至少有希望证明突变可以造就新的可适应的性状,甚至能造就生物的革命性改变。我们拭目以待。”
不用拭目以待了,已经有在实验室进化条件下观察到新的、提高适应性的实验证明。当然目前证据还不多,但是会越来越多:
paper: https://elifesciences.org/content/5/e19307
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"在古生物学证据方面,达尔文主义是潜在的渐变论,和突变论不相容的。这点并不明
确。"
古生物学长于发现有意思的自然历史,basically is crapshoot,拿一点有限的化石来
微言大义;完全不是要贬低这个学科,但是每个学科有它的专注和局限。拿古生物学来研究进化的机制,不是说完全没用,但是太弱。尼玛一个新的化石发现(比如大家拿的burgess shale)可以改写历史!
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“但达尔文本人说过,其理论可以被证伪,如果古生物学在未来不能填充生物进化的缺环。这说明他意识中的进化是倾向于渐近的,否则突变出现的物种出现表面的缺环不是大问题,不致于证伪达尔文主义。现实很无情,进化的缺环不仅没补上,新发现的物种大爆发让达尔文主义更加尴尬,这才有了各种突变和间断平衡理论。如果进化学家不在乎渐变还是突变,不认为突变和达尔文主义相矛盾,他们就不会如此重视这个问题了。就是Gould和Eldridge这两个人提出一个改进模式,就已经被许多同行看作是离经叛道
了。”
现在关于punctuated equilibrium,学界还没有定论。有一种新观点是:所谓大爆发其实是伪命题,因为如果在时间轴上zoom in, 所谓的寒武纪物种大爆发其实是发生在
2000到2300万年这个时间范围内,这个时间段并没有那么短,比物种的存在的平均寿命高出一个数量级。所以问题也可以反过来问,为嘛我们没有看到持续的寒武纪大爆发。我个人很认同这种观点。
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“在达尔文之前还有个拉马克主义。这是另一个进化理论,虽然现在已被抛弃。既然拉马克的进化学说可以被抛弃,达尔文的学说为什么不能呢?这并不表明进化论被抛弃。跳出达尔文主义的框架去寻找新的理论进化论才可能真正进步。”
请你提出一个比当代进化论(达尔文+非达尔文)更有解释力、更consistent的理论。
我洗耳恭听。现在表观遗传学有把拉马克主义融合如进化论的倾向。
“生物是个协调工作的系统,考虑到这点,突变出一个新功能,等于和整个系统不兼容。”
你这里好几一个无法验证的假设:协调工作的系统没有robustness;对体统进行突变,系统就宕机。
三点来反驳你的观点:
1. 生命系统有高度的繁冗性,就是可以操作相同功能的基因/功能模块在同一个基因组里存在好多个homologues。就是说突变掉一个,还有候补。这已经在生物信息学和遗传学上得到了N多验证
2. 给定蛋白质序列空间的无限尺寸(一个61个氨基酸的小多肽的可能序列和全宇宙的
原子数大体相同),进化注定是一个local optimization的过程,也就是说生命系统和人类设计的系统有本质区别,生命系统可以说是一直在自然界多变的环境里修修补补演化出来,选择压力随环境一直在变;而人类设计系统是由一个明确定义的目标功能的,所以非常的specific。
3. 上面提到自然界变化环境,有理论和实验已经发现其实生命不仅对每一次环境变化
适应,而能够对环境变化本身去适应:给定环境变得太多过着很难预测,那么做好的策略是什么?对冲!买股票的都知道,不能把钱放一只股票上。对环境变化本省也要求既有生物系统具有灵活性。
你说的这些,不能解决我说的问题。系统协调工作,是清楚的概念,不需要动很多脑筋都能看到。人类设计的系统,和生物系统都是一样的,是按照一个完整系统工作的,各个部分不是孤立的。所以协调工作这个概念并不复杂,因为天天都看到。
宇宙里凡是系统,都有协调工作的必要,你说生物不符合这个规则,你得说出理由
突变出来新功能,如果不能和旧系统部件系统协调工作,就是有缺陷的,不适合生存了。这种能生存,就变成不适者生存,不是适者生存了,和进化论思想完全相反了。
繁冗性和协调工作不是一回事,这种算是备份,和系统协调工作不是一回事。
你说的这些,没有一个能从细节上解释全新新功能,如何能够和旧模块一起协调工作的问题。
起码你得有个能说的通的系统协调工作框架,能解释上面的问题,不能抛出一堆虚无缥缈的概念,没有任何具体化,可以串在一起,讲的通东西。
https://www.nature.com/nrg/journal/v3/n11/full/nrg928.html
前面我举了长颈鹿的例子,清楚的说明,为了一个长脖子,旧系统有大量东西需要改变,有的改变多,比如心脏,有的少,比如血管厚度,和瓣膜。
但是这些,只要少了一个,长颈鹿就是有病的,病歪歪的长颈鹿,除了多能吃点叶子,有大量健康问题。几万年能挺得过去吗?
脸痛不?
就算突变脖子只比以前长一些,为了供血到头部也会引起高血压。而且原有的心脏,也不见得能提供足够压力,供血到头部,一系列改变无可避免要很快发生,否则就是不健康的长颈鹿。
近代关于狗的筛选已经表明极多的表型可以在短时间出现。几百年在进化尺度连一瞬间都不到。那么几十万年会怎么样?
indeterminacy来闪烁其词。
的量子论只能说明你在和稀泥。
你不能只喊口号,不讲细节,不敢讲具体细节是假大空。一追究细节,新功能基本都没法和旧系统兼容。除非旧系统对应部分也跟着一起改,人类系统工程无数实践的经验都是这样的。
觉得新功能直接就能进到旧系统,是空想,除非和旧的,两者接口和尺寸完全一样,实际这种情况极少。你没法把装甲车的轮子,不改装直接装到小汽车上,或多或少,好多地方都得改,否则就是不安全的车,生物新功能也是同样道理。
生物系统明明白白在我们身边,全是具体化的东西,不是什么看不见摸不着的量子论,虽然和人类技术不同,但和人类系统一样,生物也是按照整体系统工作的,也没法跳出系统这个套路。
你所谓的“系统”和“细节”过于peculiar。基本上是按照人类工程设计的原则来套大自然,殊不知自然的系统要比人类设计的更加松散、更具鲁棒性、更具多功能以及更难明确定义边界。
上面有人已经指出你的逻辑漏洞:时间尺度错乱。你拿大尺度来说事(长颈鹿和短颈鹿祖先)说系统变化太大,突变不过来;殊不知这两动物之间差了几百万年,至少是几万代。这么长的代数,已经足够渐变突变造成最后的质的改变。
建议读读这篇文章Evolution of Gene Regulation in Humans,了解一下前沿分子进化领域的证据和论点。http://annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-genom-090314-045935
科学还是要讲究证据的,不要主观臆测。‘物竞天择,适者生存’从宏观角度还是正确的。而且分子遗传学也提供了各种证据。分子进化的发生,也就是DNA角度的突变是没
有方向性,大多数后天突变是中性的,很少有有益的。但是一旦出现大的自然变化,只有少数带有有益基因的个体才能生存,其他的个体会迅速灭绝。
例如非洲人肤色偏深,得皮肤癌几率略低,控制皮肤颜色的基因虽然现在没有太大用处,保留下来其实也是基因漂移(genetic drift)为主。但是一但地球紫外线强度升高10
倍或者100倍,那其他人种可能都得皮肤癌慢慢灭绝了,只有少数非洲人活下来了。从
历史角度来看,你可以说是非洲人进化了。而从分子进化的角度来看,这个进化最初可能只是中性的,只是在环境突变后产生了极大的生存优势。
所以所谓的进化并不是说我想抵抗紫外线,所以去进化出某些基因。而是你随机出现的某些突变,赋予了极大的生存优势,所以在种群中得以保留固定。很多时候这些优势并不明显,只是地球环境出现极大变化才产生优势,例如恐龙灭绝时的地球环境剧烈变化,才给了哺乳动物生存和进化的机会。
没有看过达尔文的物种起源,所以没法说他最初的学说有几分正确。但是这个划时代的学说对增强人对生命科学的了解意义非凡。同样,你也可以说牛顿力学在量子力学的角度来说绝大多数都是错误的,但是你无法否定牛顿力学的非凡意义。
进化论提出一个从1到2的解释, 反对的人就问那1.5的证据在哪? 进而再问1.25的证
据在哪? 找不到化石就是你瞎说。当然要是你问他/她有什么更好的解释,就别指望了。
生物是文科,不讲细节和逻辑无所谓。
被大众曲解很正常。
反对的人大部分是从某种意识形态立场(如宗教)来坚决反对,为了反对而反对。这种基本无解。
大部分sensible的吃瓜群众,你给他们提供足够的证据和分析,还是不难接受的。
性状的形成,每一个突变都被找到,总共有好几部突变,包括基因复制和好几个点突变,每一步的性状改变和适应性变化都记录下来。
读懂了,哥来跟你讨论;不读懂哥给你解释。
http://science.sciencemag.org/content/338/6105/384
觉得这看法非常可能是对的。
展的最大障碍” 是指进化论理论(学说)的发展障碍, 还是指生物物种进化的障碍。
我正在写一篇我实验结果的文章,结论之一便是有关阻碍病毒进化的因素之一,是
在 其蛋白水平。 如果论坛里哪位高人有兴趣,我可以送上初稿,请给予评论。
展的最大障碍” 是指进化论理论(学说)的发展障碍, 还是指生物物种进化的障碍。
我正在写一篇我实验结果的文章,结论之一便是有关阻碍病毒进化的因素之一,是
在 其蛋白水平。 如果论坛里哪位高人有兴趣,我可以送上初稿,请给予评论。
展的最大障碍” 是指进化论理论(学说)的发展障碍, 还是指生物物种进化的障碍。
我正在写一篇我实验结果的文章,结论之一便是有关阻碍病毒进化的因素之一,是
在 其蛋白水平。 如果论坛里哪位高人有兴趣,我可以送上初稿,请给予评论。
展的最大障碍” 是指进化论理论(学说)的发展障碍, 还是指生物物种进化的障碍。
我正在写一篇我实验结果的文章,结论之一便是有关阻碍病毒进化的因素之一,是
在 其蛋白水平。 如果论坛里哪位高人有兴趣,我可以送上初稿,请给予评论。
你贴的三篇文章和我说的遗传学证据没有直接关系。我说的是基因突变形成可适应性状和物种的直接证据。观察到的不兼容基因相互作用可以推测出物种形成生殖隔离的一种方式。这是两个层次的问题。生殖隔离会导致新物种的产生。但进化更重要的问题是生物多样性,为什么以及怎么样产生了许许多多生活在不同环境的形体功能各异的生物。造成这种多样性的遗传学机理并没有解决。在未来能否解决?不知道。你认为会被解决,这是一种思路。我的思路与你不同,不强求。
你对古生物的观点很有代表性。因为这是让Gould和Eldridge比较愤怒的一种观点。进
化学集中在分子遗传种群遗传这些微观层次上,认为化石证据毕竟不算生物学的核心证据。我的观点是过度集中在微观的研究可能把生物学引入了歧途。但目前来看中心法则的影响巨大,基因决定论的思维方式会统治生物学很长一个时期。你可能听不进去,认为我说的很荒谬。除了基因还有啥更重要的?对我的思路就是要找到比基因更重要的东西。
另外Eldrige说过,大爆发还不算难解释,更难解释的是Stasis。上亿年物种历经沧桑
而没有大的变化,这才叫奇怪呢。当然你可以解释成亿万年物种都在漂移来漂移去,就偶尔一小段时间忽然变得面目全非。要么说新达尔文主义解释能力很强呢。
你让我提一个理论,我提不出来。但我能看出来目前的理论问题很大。科学进步都是首先因为旧的理论不好用了,人们才开始探索。人们不会因为提不出新理论而停止探索。当然探索方向可以不同。你可以继续补充证实新达尔文主义的正确性,但也不妨碍他人探讨其他可能性。目前已经有少数科学家在做这方面的探索。看看下面两篇文章。
http://www.nature.com/news/does-evolutionary-theory-need-a-rethink-1.16080
https://www.nature.com/articles/srep00302
词汇,或者错误地应用了达尔文主义这个词。这些定义都能在一般百科常识中找到。所不同的是这些术语运用的场合。达尔文主义在今天用于区分神创论,很少人会把达尔文主义理解成达尔文最早提出的进化论。如果要严谨一些,我可以说新达尔文主义是当代主流进化论。这些区分不应该造成你的误解。"
达尔文主义是具有导向的;在大众语境下指的主要是自然选择。在领域内,会有达尔文和非达尔文进化的区分。这个语义问题先放一边。
“我说的是基因突变形成可适应性状和物种的直接证据。观察到的不兼容基因相互作用可以推测出物种形成生殖隔离的一种方式。这是两个层次的问题。”
首先纠正以你错位,在研究中,观察到不兼容基因并不仅仅是“推测”出生殖隔离,而是做实验验证看公的和母的果蝇之类的能不能正常交配产生后代。
“生殖隔离会导致新物种的产生。但进化更重要的问题是生物多样性,为什么以及怎么样产生了许许多多生活在不同环境的形体功能各异的生物。”
生殖隔离是物种(至少在动植物界,微生物比较tricky)产生新物种的必要条件。是物种多样性的生物基础。至于为什么会进化出功能多样性,这个是适应的结果。这两个过程是同时发生的。
“造成这种多样性的遗传学机理并没有解决。在未来能否解决?不知道。你认为会被解决,这是一种思路。我的思路与你不同,不强求。”
如果你说“造成 所有 这种多样性的遗传学机理并没有解决”,我会同意你,因为尼玛生物在功能上的多样性如此巨大,就算把美帝和中帝全年所有GDP拿来研究,都研究不
完。但是目前我们已经有一些证实的思路和很合理的猜想。就拿你引的第一篇文章里面的人的工作来说,Evo-devo领域里最著名的工作是Hox基因在进化的过程中对动物的
body plan的决定作用。
Hox gene在进化的过程中通过复制拷贝后形成一个簇(13个主要成员),它们之间在进化中改变位置/排列组合(遗传改变)导致动物发散出不同的body plan,差异大如果蝇
和人(如图)!当然还有许多其他基因也参与其中,但是Hox是一个必要因素。充分因
素确实很难研究,对进化历史要求高分辨率的数据,可惜做不到。
https://4.bp.blogspot.com/-ffwGf-BW0JY/VesOgAUbapI/AAAAAAAABVo/UschhJJToCM/
s1600/Hox_Evolution_central_old.png
“你对古生物的观点很有代表性。因为这是让Gould和Eldridge比较愤怒的一种观点。
进化学集中在分子遗传种群遗传这些微观层次上,认为化石证据毕竟不算生物学的核心证据。我的观点是过度集中在微观的研究可能把生物学引入了歧途。但目前来看中心法则的影响巨大,基因决定论的思维方式会统治生物学很长一个时期。你可能听不进去,认为我说的很荒谬。除了基因还有啥更重要的?对我的思路就是要找到比基因更重要的东西。”
我帖子里面明确说了,我不是要贬低古生物学,而是基于功能和遗传的进化生物学更加tractable,也更加容易证伪。尼玛古生物学里要证伪一个观点,得找到相应的化石吧
,如果目前还没发现的话,这特么要等到猴年马月。特别是当我们比较深入的研究进化的机理,系统性、细致的证据必不可少,古生物学要做到不容易。
“另外Eldrige说过,大爆发还不算难解释,更难解释的是Stasis。上亿年物种历经沧
桑而没有大的变化,这才叫奇怪呢。当然你可以解释成亿万年物种都在漂移来漂移去,就偶尔一小段时间忽然变得面目全非。要么说新达尔文主义解释能力很强呢。”
遗传漂变确实能够很好的解释stasis, 我上面帖子讲了:包含了遗传漂变的种群遗传学理论框架能够很高的解释给定基因型在群里的演化流变,但是它不能对新现象(如功能起源)提供任何信息。我还更进一步支出其实这个框架里并不包含生物,因为没有功能机制,全部是基因型的频率。大爆炸目前的主流解释是环境大变化创造出很多新的生境(如蓝细菌的出现试大气层有足够氧气为复杂生物起源提供了基础)或者腾出了
available的生境(比如小星星撞地球导致恐龙灭绝为其他生命预留了空间,这个当然
还有争议,但是plausible,我就是举个例子)。
“你让我提一个理论,我提不出来。但我能看出来目前的理论问题很大。科学进步都是首先因为旧的理论不好用了,人们才开始探索。人们不会因为提不出新理论而停止探索。当然探索方向可以不同。你可以继续补充证实新达尔文主义的正确性,但也不妨碍他人探讨其他可能性。目前已经有少数科学家在做这方面的探索。看看下面两篇文章。
http://www.nature.com/news/does-evolutionary-theory-need-a-rethink-1.16080
https://www.nature.com/articles/srep00302”
第二篇文章还属于想象阶段,先不管;第一篇文章里面有五个作者跟我是同行,两个我直接打过交道。我自己现在的工作大概就是他们说的这个方向:extended
evolutionary theory。具体而言,传统的进化论框架没有生物功能机制(这一点我一
经强调过至少三遍)。现在我和这些同行们的工作就是把生物机制加进去。比如,这文章里有人专攻生物的社会合作(Joan E. Strassmann),有人专攻发育(Hopi E.
Hoekstra),有人专攻表观遗传(Eva Jablonka),我本人研究细胞生理的物化极限,所有这些不同的角度都是在看生物功能机制如何影响演化过程。总的theme就是这些机
制能够提高适应的效率。
说的更精确一些,传统理论里适应性s是怕脑袋想出来的,并且一般是一个固定值,或
者当作一个自变量处理;而现在我们做的工作是对这个s赋予生物功能含义,那么它就
变成了一些其他因素(环境条件,发育条件,表观遗传条件,生理条件)的应变量。
所以,这些工作都不是要抛弃原有种群遗传的框架,而是去丰富它。
最后以文章里的原话总结一些:
“A more succinct hypothesis is that developmental bias and natural
selection work together4, 5. Rather than selection being free to traverse
across any physical possibility, it is guided along specific routes opened
up by the processes of development5, 6.”
就想知道过去学的达尔文演化论的大框架,物竞天择适者生存,导致生物演化,这个思路是不是还对头,还是智能设计之类新思路的更对头。
我看了Neitzsche (周虽旧邦,其命维新),xiao86 (xiao86),rockylake (起个好听的名字还真不容易),yinjun111 (Jun)的帖子,达尔文演化论的大框架还是对的。
你质疑了一堆细节,然后被xiao86 (xiao86)上了几课, 可是达尔文演化论的大框架
到底是对还是错,你还是说不出来。
、确立并不那么容易。生物有许多机制在阻止新基因的形成,剔除新基因,淘汰新基因。在自然界,如果生物不适应环境,更大的可能性不是突变,而是迁移和灭绝。大的进化变化,比如适应陆生的器官,则很难相信能够在基因的渐变过程中产生。自然选择起的不是促进变化的作用,而是防止变化的作用。自然不鼓励创新。
你解释解释SNP吧
你自己不会判断,没有足够逻辑思维能力,等于鸡同鸭讲。进化论里面的逻辑漏洞一堆,我只是问了其中一个。你看不出他们的回答和我质疑的东西无关,一个逻辑漏洞的东西,居然还想搞出量子力学,难道还想让我给你补逻辑课。
这些说来说去没意思,都是文不对题的回答。我说的是系统框架里的新功能如何和旧系统兼容的漏洞,回答都是牛头不对马嘴。这样只能给人一个印象,连系统是怎么回事都搞不懂,回答都不能切题。这样再说有啥意思,反正该说的我都说了。
你不满意而已。 你的逻辑是别管发在哪, 是谁说的, 不合你的思路就是漏洞。
至于你说的那些系统, 那些假设,是否也需要证明, 是否适用在这里,就不管了。
不过有一点我同意,再说也没啥意思。 因为你我关心的不是一码事。我关心的是达尔
文演化论的自然选择这个框架是否还对头,你也回答不了。至于具体怎么演化的,随着学科进步,解释会有什么具体变化, 我这个外行也不关心。