第二则 - 发布方：James Gagnon - 发布时间：2016年7月8日至2016年7月29日 - 发布平台：google groups, twitter - 发布方国家：美国 - 发布方城市：Cambridge, MA - 发布方研究机构：Harvard University - 实验室PI：Dr. Alex Schier - NgAgo的来源：Addgene o cloned into pCS2 vector for mRNA transcription, for use in zebrafish - 应用验证实验结果: o MiSeq PCR Amplicon高通量测序作为检测手段 o Twitter post “And no indels after amplicon MiSeq of NgAgo injected embryos. Cas9 showed 100% phenotype, near 100% indels. 2/2” - 应用验证实验详细信息：实验流程，实验结果，测序总结 - 实验数据发表状态：twitter，google groups - 实验数据发表的科研杂志：无
Note-1 Addgene Han Lab added tips 2016年8月8日https://www.addgene.org/78253/ under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”： “A general protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing”
- 应用验证实验详细信息： −参考2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的流程 −HEK293FT cells, Lipofectamine 2000, 5’P gDNA from a vendor, single time point transfection −1 locus tested， side-by-side comparison of NgAgo to Cas9 and Cpf1 −ddPCR-based assay to simultaneously detect both HDR (point mutagenesis) and NHEJ. Assay Reference： http://www.nature.com/articles/srep23549 −First Try: Could not detect genome editing by NgAgo Cas9,Cpf1 both worked well the first try
信息简述： - 发布方：Thomas DANIELE - 发布时间：2016年8月16日 - 发布平台：wormbase forum - 发布方国家：Austria 奥地利 - 发布方城市：Vienna 维也纳 - 发布方研究机构：Research Institute of Molecular Pathology (IMP)学総合研究所 - 实验室PI：Dr. Cochella - NgAgo的来源：Synthetic codon optimized NgAgo “NgAgo DNA sequence has been taken directly from Entrez NCBI, then codon optimized using this software (http://worm-srv3.mpi-cbg.de/codons/cgi-bin/optimize.py - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21278743).” Synthesis has been performed by Genscript
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果 - 应用验证实验详细信息： - "We ordered a codon optimized version of the NgAgo enzyme." - "We then have made a eft-3p::ngAgo(opt)::tbb-2 3'UTR construct (taking as a template plasmid developed by the Calarco lab (https://www.addgene.org/ 46168/))." (special note: encountered some unexpected issues during vector construction) - "We then tried to mutate the dpy-10 or unc-119 coding sequence using 5'P- ssDNA which were targeting the same place as previously published for the CRISPR approach (so these sites should be accessible for editing and should work pretty fine)." -C elegans, injected many P0, got sufficient # of F1 for mutant detection, 5'P ss gDNA from vendor -Detecion method: “The mutants have a pretty obvious phenotype, easy to find them directly on a worm plate” - no mutant obtained by NgAgo approach
文章引用了Addgene、Pooran’s Google Survey提供的数据 - “more than 400 requests for the NgAgo plasmids have been made since publication” - For replicating NgAgo genome editing （observation of indel） “5.1% said yes （note-1） while 51.5% said no” - “most (64.5%) are now holding off on experiments”
这篇综述没有其他“重复实验证实韩春雨组NgAgo基因编辑功能”的实例信息
Note-1：Pooran’s Google Survey的“NgAgo Yes”投票，已被本记录更正为无效 详见： 总结2016.08.08【记录历史】谁重复验证了NgAgo？ 于2016年8月18日的更正版http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32035565.html
截止到2016年8月22日，本记录收集到以下3则“重复实验证实韩春雨组NgAgo基因编辑 功能”的信息： - 1则出自h301304 - 1则出自“火锅哥” o 发布人许诺2016年7月22日前发布重复结果到BioRxiv o 截止到2016年8月22日，仍无发布消息 - 1则出自“无实验室PI、无学校、无城市”
【 在 coinbycoin (eagles) 的大作中提到: 】 2016年8月22日 BioTechniques杂志发表了关于NgAgo近况的综述： To Edit or Not: The NgAgo Story 08/22/2016 Nathan Blow, PhD http://www.biotechniques.com/news/To-Edit-or-Not-The-NgAgo-Story/biotechniques-364980.html#.V7vBq5grK00 文章引用了Addgene、Pooran’s Google Survey提供的数据 - “more than 400 requests for the NgAgo plasmids have been made since publication” - For replicating NgAgo genome editing （observation of indel） “5.1% said yes （note-1） while 51.5% said no” ...................
“To make replication studies more useful, researchers must make more of them, funders must encourage them and journals must publish them.”
“To foster better behaviour, replication attempts must become more common. We urge researchers to open their file drawers. We urge authors to cooperate with reasonable requests for primary data, to assume good intent and to write papers — and keep records — assuming that others will want to replicate their work. We urge funders and publishers to support tools that help researchers to thread the literature together. We welcome, and will be glad to help disseminate, results that explore the validity of key publications, including our own.”
“Strictly none of the pups we have genotyped from these 4 genes we have microinjected were edited whereas the editing frequency with CRISPR/Cas9 was in average 90–100% for Ank-1, Tet-1, Tet-2 and Tet-3.”
“The distillation of few tips through the media outlets is irritating at least. It has started with the mycoplasma infection, via the multiple transfections of the 5'P oligo towards the addition of Mg or an increase of the pH in the culture media. I would suggest to the authors to write a very detailed protocol and to take part of a group discussion on line to help us to troubleshoot this.”
作者也非常困惑NgAgo大规模重复验证实验而不得其果的经历
“I am still really puzzled how NgAgo works and why so many of us have failed to replicate those results.”
Note-1 Addgene Han Lab added tips 2016年8月8日https://www.addgene.org/78253/ under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”： “A general protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing”
自然 http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-1.20473 To foster better behaviour, replication attempts must become more common. We urge researchers to open their file drawers. We urge authors to cooperate with reasonable requests for primary data, to assume good intent and to write papers — and keep records — assuming that others will want to replicate their work. We urge funders and publishers to support tools that help researchers to thread the literature together. We welcome, and will be glad to help disseminate, results that explore the validity of key publications, including our own.
Once again, if the authors of this paper wish to restore any form of credibility over their technique, they must share their raw data and full and detailed protocols for us to understand why we are unable to replicate this. The distillation of few tips through the media outlets is irritating at least.
QRP，Questionable research practice Questionable research practices are actions that violate traditional values of the research enterprise and that may be detrimental to the research process. Refusing to give peers reasonable access to unique research materials or data that support published papers. Misrepresenting speculations as fact or releasing preliminary research results, especially in the public media, without providing sufficient data to allow peers to judge the validity of the results or to reproduce the experiments.
（原文引用） "As the research community embraces data sharing, academic journals can do their bit to help. Starting this month, all research papers accepted for publication in Nature and an initial 12 other Nature titles will be required to include information on whether and how others can access the underlying data."
（原文引用） "These statements will report the availability of the ‘minimal data set’ necessary to interpret, replicate and build on the findings reported in the paper. Where applicable, they will include details about publicly archived data sets that have been analysed or generated during the study. Where restrictions on access are in place — for example, in the case of privacy limitations or third-party control — authors will be expected to make this clear."
信息简述： - 发布方：Dr Joseph Miano - 发布时间：2016年9月27日 - 发布平台：google groups - 发布方国家：美国 - 发布方城市：Rochester NY - 发布方研究机构：U Rochester - 实验室PI：Dr Joseph Miano - NgAgo的来源：original NgAgo sequence or codon optimized NgAgo, with elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验详细信息：原文引用 "Whether we used original plasmid or a custom NgAgo that was codon-optimized for mouse with untranslated sequences, a Kozak Methionine, and polyA tail the results were uniformly negative. We used a 5' phosphorylated ssDNA ( both IDT bought or in vitro phosphorylated) along with the mRNA to codon- optimized NgAgo and an HDR template we used successfully to edit a regulatory element (published in late 2014). Genotyping of more than 50 pups failed to show a single correctly edited genome (note we did not sequence or test for indels because of time/cost and because we were only interested to know whether it could edit as CRISPR did in a 3 component experiment). Thus, in all, we tried three experiments (one in vitro and two in vivo) and none worked."
1 Dr Miano和韩春雨有沟通，他从韩春雨处得到的“帮助”和已知的韩春雨公布的信息较吻合 “The corresponding author of the NgAGo paper communicated with me throughout and emphasized some dubious claims (e.g., higher magnesium concentration).”
2 Dr Miano 提了几个建议
“{Dr Han} should reimburse those of us who spent the time and $$ to try and extend his findings with the millions he has been awarded.”
“{Dr Han} should be held accountable for any scientific impropriety and apologize to the genome editing community.”
“The fact that he{Dr Han} does not appear at international meetings or even release a public statement underscores the dubious nature of the work in Nature Biotechnology.”
“The latter journal should also come clean and at least publish a letter of concern.”
The engineered NLS-NgAgo was transfected to Hela cells and it shows that the expressed NLS-NgAgo was compartmented in the nucleus (DAPI+) and the cells maintained normal morphology. Scale bar = 100 μm. Representative figure of 20 independent experiments.”
“In August, Han had told the Global Times that foreign scientists' accusations reveal their motive of ganging up against NgAgo. He had also expressed his willingness to share his raw data and testing conditions.
Facing the doubts, the HUST told Xinhua in August that Han would "publicly verify" his findings under the supervision of an "authoritative third party" in a month, but no follow-up has been announced yet.
Han and the university could not be reached for comment as of press time.”
注： 高峰是NBT论文第一作者 - 是做出从E coli 提取纯化出来的 GST-NgAgo蛋白 in vitro DNA DSB 数据的实验人员 - 是做出从HEK293T 提取纯化出来的 FLAG-NgAgo-HA 蛋白 in vitro DNA DSB 数据的 实验人员 - NgAgo 的in vitro DNA DSB功能 是NgAgo是否有 in vivo 基因编辑功能的必要、先 决条件 - 高峰到现在为止，从未发表任何证明他自己可以重复出 NgAgo in vitro DNA DSB功 能的数据；至今为止，也没有其他科研人员正式公开声明可以重复高峰负责的NgAgo in vitro DNA DSB功能 - 韩春雨的“重复实验”是对于NBT论文中，韩春雨负责的 NgAgo in vivo 基因编辑功能的 实验数据，至今世界各地科研人员，无人可以重复韩春雨负责的 NgAgo in vivo 基因 编辑 功能
信息简述： - 发布方：Jialing Qi et al - 发布时间：2016年11月11日 - 发布平台：Cell Research - 发布方国家：中国 - 发布方城市：江苏南通 - 发布方研究机构：Co-innovation Center of Neuroregeneration, Jiangsu Key Laboratory of Neuroregeneration, Nantong University - 实验室PI：Dong Liu - NgAgo的来源：Synthetic codon optimized NgAgo “constructed a codon-optimized NgAgo for zebrafish with nuclear localization signal (NLS) peptides at both N-terminus and C-terminus"
- 应用验证实验结果: 1. 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果 (ie NBT paper Fig 4/5) 2. 观察到gene expression knockdown at transcript level (Real time RT-PCR) 以及phenotype (similar to NBT paper Fig 3d/d; NBT paper - protein expression level detected by GFP WB)
编者注： 1. Argonaute （Ago）protein family plays a central role in RNA silencing processes （RNAi） 2. Function of TtAgo was described as “DNA-guided DNA interference” in 2014 3. The TtAgo paper has “inspired” the creation of the 2016 NgAgo NBT article
信息简述： - 发布方：Burgess， Cheng， et al - 发布时间：2016年11月15日 - 发布平台：Protein & Cell - 发布方国家：二十家中外实验室， 18所科研院校 - 发布方城市：美国及中国 - 发布方研究机构： 1.National Human Genome Research Institute, NIHBethesdaUSA 2.Division of Hematology in Department of MedicineJohns Hopkins University School of MedicineBaltimoreUSA 3.Stem Cell Program in the Institute for Cell EngineeringJohns Hopkins University School of MedicineBaltimoreUSA 4.Center for Vision Research, Eye HospitalWenzhou Medical UniversityWenzhouChina 5.Stem Cell and Functional Genomics Laboratory, School of Life SciencesSun Yat-sen UniversityGuangzhouChina 6.HIT Center of Life SciencesHarbin Institute of TechnologyHarbinChina 7.Department of Molecular, Cell and Developmental BiologyUniversity of California Los AngelesLos AngelesUSA 8.Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for Biological SciencesChinese Academy of SciencesShanghaiChina 9.State Key Laboratory of Stem cell and Reproductive Biology, Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesBeijingChina 10.College of Chemical Biology and BiotechnologyPeking University Shenzhen Graduate SchoolShenzhenChina 11.PKU BIOPICBeijingChina 12.BIOPIC, ICG, CLS, and School of Life SciencesPeking UniversityBeijingChina 13.Center for Comparative Biomedicine, Institute of Systems BiomedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghaiChina 14.Institute of BiophysicsChinese Academy of SciencesBeijingChina 15.Institute of Molecular MedicinePeking UniversityBeijingChina 16.College of EngineeringPeking UniversityBeijingChina 17.Laboratory of Disease Models in Non-Human Primates, Institute of NeuroscienceShanghai Chinese Academy of SciencesShanghaiChina 18.College of Life SciencesPeking UniversityBeijingChina
2. Argonaute （Ago）protein family plays a central role in RNA silencing processes （RNAi） 3. Function of TtAgo was described as “DNA-guided DNA interference” in 2014；（这篇PC文章成功验证了TtAgo in vitro的功能） 4. The TtAgo paper has “inspired” the creation of the 2016 NgAgo NBT article
- Review of 2 recent peer-reviewed publications on NgAgo
其中，The claim of gene "knockdown" as described in NgAgo Cell Research paper was questioned, the author of this paper "Liu says his data convince him that NgAgo can reliably block genes, but acknowledges that he needs more evidence to show this conclusively. He says he is working on assembling that now."
- 韩春雨继续坚持他的NgAgo实验可以重复， 他已找到问题
- 文章中对第一篇Nature editorial 中支持NgAgo的匿名中国科研人员做了回访，描述了其中两人的回复，其中一人的数据已经发现“confusing”，另一人“is using NgAgo for experiments related to his research, and that he hopes to publish soon”
- Nature Biotech 对于韩春雨NgAgo文章在持续调查中
编者注：
1. David Cyranoski是Nature第一篇editorial的作者，采访过三位匿名中国科研人员 ，其中一位声称NgAgo有基因编辑功能 “But, in short, it worked,” 此人是否是 这篇news 中的“he is using NgAgo for experiments related to his research, and that he hopes to publish soon”？
2. 在 NgAgo Cell Research 文章中，作者们在没有任何确认 NgAgo-gDNA binding target DNA 数据的情况下， 仅仅用 RT-PCR 观察到的mRNA level的降低来推断 “ Since the catalytically inactive (dead) Cas9 (dCas9):sgRNA complex could efficiently inhibit gene expression through binding to the coding sequence, we hypothesize that gDNA/NgAgo may bind to a target gene to block its transcription.”
这个结论是very overreached and not scientifically sound。 特别是在韩春雨NgAgo NBT 文章中NgAgo-gDNA DNA binding 结果也被Protein&Cell NgAgo文章的数据显示有可疑性的情况下
如果Cell Research NgAgo 文章的作者们有后续关于NgAgo的文章送审或发表，其中的 结果及结论建议读者用更加严格的眼光来审视.
信息简述： - 发布方：SH Lee et al - 发布时间：2016年11月28日 - 发布平台：Nature Biotechnology - 发布方国家：韩国，德国，美国 - 发布方城市：见文章 - 发布方研究机构： -Center for Genome Engineering, Institute for Basic Science (IBS), Seoul, South Korea. -Institute for Cell and Gene Therapy, Medical Center—University of Freiburg, Freiburg, Germany. -Center for Chronic Immunodeficiency, Medical Center—University of Freiburg, Freiburg, Germany. -Mayo Graduate School, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota, USA. -Graduate School, Faculty of Biology, University of Freiburg, Freiburg, Germany. -Division of Oncology Research, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota, USA. -Department of Chemistry, Seoul National University, Seoul, South Korea. -Department of Biochemistry and Molecular Biology, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota, USA. -Faculty of Medicine, University of Freiburg, Freiburg, Germany.
While the investigations are ongoing, Chunyu Han and Xiao Z. Shen agree with this editorial expression of concern. Feng Gao, Feng Jiang and Yongqiang Wu do not feel that it is appropriate at this time.
编者注：
按原始NBT文章贡献来看
- 韩春雨是fig 4，fig5， 以及整体实验设计、文章编写的责任人；
- 沈啸是fig 2d，以及整体实验设计、文章编写的责任人
- 高峰是fig 1, fig3a/b，suppl fig 1， suppl fig 2 的责任人 数据相关 NgAgo in vitro DNA cleavage； PC 质疑paper 的数据显示，NgAgo in vitro DNA cleavage的结果很可疑
韩春雨继续坚持他们组的NgAgo实验结果及结论可以重复， 他已找到问题， 而Nature Biotech的最新文章“provides us some clues as to why others are having problems”.
韩春雨准备于2016年底submit关于他人无法重复NgAgo基因编辑问题的新的文章
原文引用 “He says that he hopes to submit a scientific paper explaining why others are having difficulty by the end of the year.”
- Nature Biotech 将于2017年1月公布update
原文引用 “Nature Biotechnology says that it will give Han’s team the opportunity to investigate and respond to the criticisms in the latest report by January 2017. “An update will be provided to the community at that time,” said a spokesperson.”
信息简述： - 发布方：Nay Chi Khin, Jenna Louise Lowe, Jensen M Lora, Gaetan Burgio - 发布时间：2016年12月6日 - 发布平台：bioRxiv - 发布方国家：澳大利亚 - 发布方城市：见文章 - 发布方研究机构： John Curtin School of Medical Research, the Australian National University
引子
我们生活在一个幸运的时代，我们生活在一个变化的时代。
历史就在我们每一天不经意的时候悄悄地留了下来。
世界各地的2016年都不同寻常，记录一下有些瞬间即逝的印记。
Ago 和CRISPR/Cas 是两个世代相传的家族，各自有各自的功能，各自在各自
的地盘上行使着自己的职责。
CRISPR/Cas率先冲出功能区禁锢，领跑出了基因组编辑的新天地。
Ago家族呢？有没有也隐藏着可以编辑基因组的黑马？
2014年2月，荷兰John van der Oost组在Nature杂志上发表了关于Ago家族
成员TtAgo的研究，为Ago功能区域拓展，照进了一线光亮。
2016年5月，中国的韩春雨组在Nature Biotechnology 杂志上，发表了关于
这个家族成员NgAgo的科研论文，用实验数据论证，NgAgo就是Ago家族基因组
编辑的一匹黑马，而且是一匹可以与CRISPR/Cas9 齐头并进的黑马。
俗话说，是骡子是马，拉出来溜溜才能分得清。
任何此类“发现”，特别是带有工具性质的技术，一旦以科研论文形式发表，
就会被世界各地的业界同仁们重复实验认证，并验证其于相关方面应用的可行
性。 通过了业界的重复及验证，这项技术就会被认可与广泛应用，就像
CRISPR/Cas9，PCR，以及所有的具有实用性的生物研究技术一样。
那么在NgAgo文章发表近3个月以后，谁重复及验证了NgAgo的新功能呢？
以下是一个记录，截止到 2016年8月4日星期四。
- 暂不包含各个网络论坛上，整体上无法重复及验证实验结果的信息
- 不包含一两句话的总结
第一类“重复”实验信息：匿名，网络、论坛发布
目前统计：2则信息
第一则
- 发布方：微博号h301304
- 发布时间：2016年6月25日至2016年7月7日
- 发布平台：微博
- 发布方国家：中国
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：直接从菌株克隆
- 重复验证实验结果: 成功重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：不完全；笼统表述，eg “ 按Nature
Biotechnology发表的protocol”
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：
- 基于mitbbs的maxdna (sunset heaven) 整理的原始资料http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32032485.html
第一则信息的发布人h301304，微博信息目前无法查询
第二则
- 发布方：mitbbs 的nwys (nini)
- 发布时间：2016年7月15日
- 发布平台：mitbbs 生物版
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：包子顿
- 发布方研究机构：H家
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：未知
- 重复验证实验结果: 成功重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：无
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
o 许诺2016年7月22日前发布重复结果到BioRxiv
o 截止到2016年8月4日，仍无发布消息
注：第二则发布人，网络昵称“火锅哥”
原文link：http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
第二类“重复”实验信息：实名网络、论坛发布
暂不包含无具体实验流程或具体实验结果的发布报告
目前状态：3则信息
第三则
- 发布方：Dr. Debojyoti Chakraborty
- 发布时间：2016年6月29日至2016年8月2日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：印度
- 发布方城市：New Delhi
- 发布方研究机构：CSIR-Institute of Genomics and
Integrative Biology
- 实验室PI：Dr. Debojyoti Chakraborty
- NgAgo的来源：中国武汉淼灵生物科技公司
- 重复验证实验结果:
o 观察到NgAgo/5’P guide DNA 特异的GFP蛋白表达降低
o 未检测出NgAgo基因组编辑 （Indel）
- 重复验证实验详细信息：实验流程，guide DNA 磷酸化，细胞转染
等实验步骤
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：第三则发布人，网络昵称“印度哥”
第四则
- 发布方：Jan Winter
- 发布时间：2016年6月28日至2016年7月22日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：德国
- 发布方城市：Heidelberg
- 发布方研究机构：German Cancer Research Center dkfz
- 实验中心head：Prof. Dr. Michael Boutros
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果:
o 观察到NgAgo/5’P guide DNA特异的报告蛋白表达降低
NgAgo无guideDNA也有3-5%的降低效果
o 未检测出NgAgo基因组编辑 （Indel）
- 应用验证实验详细信息：实验流程，guide DNA 磷酸化，细胞转染
等实验步骤
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
第五则
- 发布方：Dr Gaetan Burgio
- 发布时间：2016年7月15日至2016年7月29日
- 发布平台：twitter，medium.com，ipscell.com
- 发布方国家：澳洲
- 发布方城市：Canberra
- 发布方研究机构：JCSMR，ANU College of Medicine, Biology
and Environment
- 实验室PI：Dr Gaetan Burgio
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果:
o 观察到有可能和基因编辑相关的PCR 条带
o 经深入分析以及测序PCR条带，未检测出NgAgo基因组编辑
- 应用验证实验详细信息：实验流程，实验结果，图片，测序结果，
分析
- 实验数据发表状态：twitter，blog 等公众平台https:[email protected]/* <![CDATA[ */!function(t,e,r,n,c,a,p){try{t=document.currentScript||function(){for(t=document.getElementsByTagName('script'),e=t.length;e--;)if(t[e].getAttribute('data-cfhash'))return t[e]}();if(t&&(c=t.previousSibling)){p=t.parentNode;if(a=c.getAttribute('data-cfemail')){for(e='',r='0x'+a.substr(0,2)|0,n=2;a.length-n;n+=2)e+='%'+('0'+('0x'+a.substr(n,2)^r).toString(16)).slice(-2);p.replaceChild(document.createTextNode(decodeURIComponent(e)),c)}p.removeChild(t)}}catch(u){}}()/* ]]> *//my-experience-with-
natronobacterium-gregoryi-argonaute-ngago-
3ed8909b410c#.hl7vlhia6http://www.ipscell.com/2016/07/gaetan-burgio-new-data-theory-
on-ngago-versus-crispr/
- 实验数据发表的科研杂志：无
o 作者准备发布结果到BioRxiv
注：第四则发布人，网络昵称“澳洲哥”
第三类“重复”实验信息：实名，科研杂志发布
目前状态：暂无
记录历史的瞬间。
CoinByCoin
-2016年8月4日
盼这个事情能早日澄清。
算不算
- 发布方：知乎账号 王超
- 发布时间：2016年6月23日
- 发布平台：知乎
- 发布方国家：中国
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：未知
- 重复验证实验结果: 成功重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：“切质粒和基因组都没问题，效率略低。T7E1要银染。
需要点儿技术，不是想象中那么好出结果的。”
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：
- 此账号仅发表一次言论，从不回应别人咨询，深度怀疑是某某小号。https://www.zhihu.com/people/wang-chao-35-44
三无人员。
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）的发布报告
第一则
- 发布方：Dr. Davide Seruggia
- 发布时间：2016年6月23日 至2016年7月20日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Boston
- 发布方研究机构：Boston Children's Hospital
- 实验室PI：Dr. Davide Seruggia
- NgAgo的来源：Addgene
- 重复及验证实验结果:
o 重复文章中的NgAgo/gDNA - GFP实验不成功 （对比实验Cas9 –“dramatic
reduction”）
o 拓展实验inject embryos - ”pups with no phenotype, no indels”
- 重复及验证详细信息: oligo来源及用量，实验简介，实验结果简汇
- 实验数据发表状态：google groups
- 实验数据发表的科研杂志：无
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息（eg. 实验材料，步骤，etc）的发布报告
第二则
- 发布方：James Gagnon
- 发布时间：2016年7月8日至2016年7月29日
- 发布平台：google groups, twitter
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Cambridge, MA
- 发布方研究机构：Harvard University
- 实验室PI：Dr. Alex Schier
- NgAgo的来源：Addgene
o cloned into pCS2 vector for mRNA transcription, for use in zebrafish
- 应用验证实验结果:
o MiSeq PCR Amplicon高通量测序作为检测手段
o Twitter post “And no indels after amplicon MiSeq of NgAgo injected
embryos. Cas9 showed 100% phenotype, near 100% indels. 2/2”
- 应用验证实验详细信息：实验流程，实验结果，测序总结
- 实验数据发表状态：twitter，google groups
- 实验数据发表的科研杂志：无
现在杰青拿到手，也不管了。
- 发布时间：2016年8月7日
- 发布平台：科学网
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：购买了格氏嗜盐碱杆菌构建和论文一模一样的载体。另外构建了密码子优化的NgAgo
- 重复验证实验结果: 无法重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：不论商业化合成的磷酸化gDNA，还是用PNK自己加磷
酸化的gDNA，无一work，包括尝试了两条gDNA共转（因为其Fig1的体外结果暗示NgAgo
只能切一条链），转染NgAgo的mRNA而非质粒等（担心NgAgo质粒在体内会被加工成gDNA）。用的target基因是NBT中报道的target基因。
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
Version CBC20160807.1
用“重复验证NgAgo”的实例跟帖时，请用以下跟帖格式
− 实例类别
− 实例介绍
实例类别
- 现版本包括以下6种实例类别
第一类“重复” 验证实验信息：匿名或无记名，网络、论坛发布
- 成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
- 包含无任何实验细节描述，无发布方城市，国家等细节的信息发布
- 不包含以韩春雨名义单方发布的信息
第二类“重复” 验证实验信息：实名，网络、论坛发布
- 曾发布NgAgo “Maybe working”的结果，后经深入实验数据采集分析研究，重新发布结论-现有数据不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 暂不包含无具体实验流程或具体实验结果的发布报告
- 需包含发布方城市，国家
第三类“重复” 验证实验信息：实名，科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文章
− 需有具体实验设计流程描述，实验材料来源信息，实验数据及分析
− 需有citation link
第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信息的发布报告
第五类“重复” 验证实验信息：无记名， 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 暂只收录包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，总结etc）的发布报告
- 以无记名或发布方具体信息不全的形式发表
- 建议包含发布方城市、国家信息
第六类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信息的发布报告
Example：
第一类“重复” 验证实验信息：匿名或无记名，网络、论坛发布
-成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
-包含无任何实验细节描述，无发布方城市，国家等细节的信息发布
-不包含以韩春雨名义单方发布的信息
- 发布方：微博号h301304
- 发布时间：2016年6月25日至2016年7月7日
- 发布平台：微博
- 发布方国家：中国
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：直接从菌株克隆
- 重复验证实验结果: 成功重复韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：不完全；笼统表述，eg “ 按Nature Biotechnology发
表的protocol”
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
CoinByCoin
-2016Aug7
-成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
-包含无任何实验细节描述，无发布方城市，国家等细节的信息发布
-不包含以韩春雨名义单方发布的信息
- 发布方：未知
- 发布时间：2016年8月6日
- 发布平台：google groups - Pooran's NgAgo Survey
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：未知
- 重复验证实验结果: 成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：未知 - Survey 选项：NgAgo works，observed indel
and epitope tag knock-in
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：
- 2016年8月6日，在15分钟内，有5人、次在survey输入同类选项
- twitter linkhttps://twitter.com/genes_edinburgh/status/762252963553415172
-成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
-包含无任何实验细节描述，无发布方城市，国家等细节的信息发布
-不包含以韩春雨名义单方发布的信息
- 发布方：未知
- 发布时间：2016年8月4日
- 发布平台：google Pooran's NgAgo Survey
- 发布方国家：未知
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：未知
- 重复验证实验结果: 成功重复、拓展验证韩春雨NgAgo实验
- 重复验证实验详细信息：未知 - Survey 选项：NgAgo works，observed indel
and epitope tag knock-in
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：
- 2016年8月4日，Addgene blog发布的数据显示， 在blog发布前
-- 165 researchers 参与了google Pooran's NgAgo Survey
-- 88 researchers 完成了重复、验证试验
---- 87 researchers could not observe NgAgo/gDNA genome editing: indel/knock-in
-----1 researcher could observe NgAgo/gDNA genome editing: indel/knock-in
Addgene blog linkhttp://blog.addgene.org/google-forums-round-up-first-impressions-of-ngago
已有具有可靠科研训练基础及科研诚信度的研究人员们，在2016年8月8日之前重复验证NgAgo基因组编辑功能失败之后，宣布基于韩春雨实验室更新发布的试验流程，开始重
新实施重复验证实验。
“【记录历史】谁重复验证了NgAgo？”将持续跟进。
特例留档：
由于以下关于NgAgo重复验证实验的发布情况比较特殊，发布人背景未知，特于其发布
人实验结果完全公布之前，留档记录
- 2016年8月8日，joshhaha@mitbbs在mitbbs biology 版发布了“如何验证韩春雨
老师的NgAgo编辑基因作用？虚心学习”的文章 （Note-2）。发布人宣称正在使用“韩老师送来的NgAgo DNA (N)”进行重复验证实验。
- 按其发布的实验设计相关细节，并未遵循韩春雨实验室于2016年8月8日在Addgene更新的实验流程。
- 于2016年8月13日，[email protected]/* <![CDATA[ */!function(t,e,r,n,c,a,p){try{t=document.currentScript||function(){for(t=document.getElementsByTagName('script'),e=t.length;e--;)if(t[e].getAttribute('data-cfhash'))return t[e]}();if(t&&(c=t.previousSibling)){p=t.parentNode;if(a=c.getAttribute('data-cfemail')){for(e='',r='0x'+a.substr(0,2)|0,n=2;a.length-n;n+=2)e+='%'+('0'+('0x'+a.substr(n,2)^r).toString(16)).slice(-2);p.replaceChild(document.createTextNode(decodeURIComponent(e)),c)}p.removeChild(t)}}catch(u){}}()/* ]]> */更改了原始发布信息，删除了NgAgo DNA来源以及删除并更改了一些实验设计、实验系统相关信息。
本记录已将此篇文章原文及修改版存档，并将持续追踪其验证实验结果信息。
Note-1
Addgene Han Lab added tips 2016年8月8日https://www.addgene.org/78253/
under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”：
“A general protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing”
Note-2
joshhaha@mitbbs文章链接 “如何验证韩春雨老师的NgAgo编辑基因作用？虚心学习”http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32035367.html
注：本记录第一期总结信息链接：
- 总结2016.08.08【记录历史】谁重复验证了NgAgo？http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32035565.html
- 【记录历史】Where is NgAgo? 2016.08.08http://www.mitbbs.com/pc/pccon_14459_496427.html
Updated by CoinByCoin
-2016年8月14日
以及删除并更改了一些实验设计、实验系统相关信息。
=============================================================
这个人就是韩春雨，删除这些东西证明其挑灯夜战发现又不work了。
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- 发布时间：2016年8月16日
- 发布平台：twitter
- 发布方国家：日本
- 发布方城市：东京
- 发布方研究机构：Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science東京都医学総合研究所
- 实验室PI：Dr Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
- 应用验证实验详细信息：
−参考2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的流程
−HEK293FT cells, Lipofectamine 2000, 5’P gDNA from a vendor,
single time point transfection
−1 locus tested， side-by-side comparison of NgAgo to Cas9 and
Cpf1
−ddPCR-based assay to simultaneously detect both HDR (point
mutagenesis) and NHEJ.
Assay Reference： http://www.nature.com/articles/srep23549
−First Try:
Could not detect genome editing by NgAgo
Cas9,Cpf1 both worked well the first try
- 实验数据发表状态：twitterhttps://twitter.com/YuichiroMiyaoka/status/765736519562702848
- 实验数据发表的科研杂志：暂无
注：暂无计划继续尝试NgAgo
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具
体信
息的发布报告
信息简述：
- 发布方：蔡宇伽 博士
- 发布时间：2016-8-17
- 发布平台：科学网
- 发布方国家：丹麦
- 发布方城市：Aarhus
- 发布方研究机构：Aarhus University
- 实验室PI：JACOB GIEHM MIKKELSEN
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
- 应用验证实验详细信息： −参考2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的流程
用了公司合成的和自己T4 PNK (biolab)磷酸化的gDNA；两种不同的转染方法，
Lipofectamine 2000和钙磷法；看了两个不同的基因位点，CCR5和AAVS1。没有看到
NgAgo基因组水平的敲除。
- 实验数据发表状态：个人博客http://blog.sciencenet.cn/blog-851798-997067.html
- 实验数据发表的科研杂志：暂无
2家实验室使用了韩春雨/沈啸提供的更新的Protocol，没有成功的迹象。
http://blog.sciencenet.cn/blog-851798-997067.html
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Thomas DANIELE
- 发布时间：2016年8月16日
- 发布平台：wormbase forum
- 发布方国家：Austria 奥地利
- 发布方城市：Vienna 维也纳
- 发布方研究机构：Research Institute of Molecular Pathology (IMP)学総合研究所
- 实验室PI：Dr. Cochella
- NgAgo的来源：Synthetic codon optimized NgAgo
“NgAgo DNA sequence has been taken directly from Entrez NCBI, then codon
optimized using this software (http://worm-srv3.mpi-cbg.de/codons/cgi-bin/optimize.py - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21278743).”
Synthesis has been performed by Genscript
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
- 应用验证实验详细信息：
- "We ordered a codon optimized version of the NgAgo enzyme."
- "We then have made a eft-3p::ngAgo(opt)::tbb-2 3'UTR construct (taking as a template plasmid developed by the Calarco lab (https://www.addgene.org/
46168/))."
(special note: encountered some unexpected issues during vector construction)
- "We then tried to mutate the dpy-10 or unc-119 coding sequence using 5'P-
ssDNA which were targeting the same place as previously published for the
CRISPR approach (so these sites should be accessible for editing and should work pretty fine)."
-C elegans, injected many P0, got sufficient # of F1 for mutant detection, 5'P ss gDNA from vendor
-Detecion method: “The mutants have a pretty obvious phenotype, easy to
find them directly on a worm plate”
- no mutant obtained by NgAgo approach
- 实验数据发表状态：wormbasehttp://forums.wormbase.org/index.php?topic=2798.0
- 实验数据发表的科研杂志：暂无
BioTechniques杂志发表了关于NgAgo近况的综述：
To Edit or Not: The NgAgo Story
08/22/2016 Nathan Blow, PhD
http://www.biotechniques.com/news/To-Edit-or-Not-The-NgAgo-Story/biotechniques-364980.html#.V7vBq5grK00
文章引用了Addgene、Pooran’s Google Survey提供的数据
- “more than 400 requests for the NgAgo plasmids have been made since
publication”
- For replicating NgAgo genome editing （observation of indel）
“5.1% said yes （note-1） while 51.5% said no”
- “most (64.5%) are now holding off on experiments”
这篇综述没有其他“重复实验证实韩春雨组NgAgo基因编辑功能”的实例信息
Note-1：Pooran’s Google Survey的“NgAgo Yes”投票，已被本记录更正为无效
详见： 总结2016.08.08【记录历史】谁重复验证了NgAgo？ 于2016年8月18日的更正版http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32035565.html
截止到2016年8月22日，本记录收集到以下3则“重复实验证实韩春雨组NgAgo基因编辑
功能”的信息：
- 1则出自h301304
- 1则出自“火锅哥”
o 发布人许诺2016年7月22日前发布重复结果到BioRxiv
o 截止到2016年8月22日，仍无发布消息
- 1则出自“无实验室PI、无学校、无城市”
实例详细信息请参见本记录
业界大规模重复验证NgAgo基因编辑功能，而不得其果的经历，
可能会带来对于“重复” （replication）实验数据发表方式的革新：
《自然》杂志 2016年8月24日 Editorial
http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-1.20473
Go forth and replicate!
“To make replication studies more useful, researchers must make more of
them, funders must encourage them and journals must publish them.”
“To foster better behaviour, replication attempts must become more common. We urge researchers to open their file drawers. We urge authors to cooperate with reasonable requests for primary data, to assume good intent and to
write papers — and keep records — assuming that others will want to
replicate their work. We urge funders and publishers to support tools that
help researchers to thread the literature together. We welcome, and will be glad to help disseminate, results that explore the validity of key
publications, including our own.”
-CoinByCoin
-2016年8月24日
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Dr Gaetan Burgio*
- 发布时间：2016年8月26日
- 发布平台：twitter，medium.com
- 发布方国家：澳洲 Australia
- 发布方城市：Canberra
- 发布方研究机构：JCSMR，ANU College of Medicine, Biology and Environment
- 实验室PI：Dr Gaetan Burgio
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
作者特别声明
1.是在“mouse zygote”系统应用的NgAgo，是作者实验室非常熟悉的系统，无兴趣完
全按Addgene 韩春雨组update的protocol（note-1）在human cell line里来重复韩春
雨组NBT的work
2.作者只对这项技术的应用以及troubleshooting这项技术的应用感兴趣。
- 应用验证实验详细信息: 请看链接（under实验数据发表状态）
作者在前一次无法重复验证NgAgo之后（note-2），又在3 other genes重复了试验，
再次无法观察到NgAgo基因编辑功能 （总共测试了4 genes）
作者回答了对于他前一篇分析文章的疑问，特别是反驳了一个claim说“他之前的结果
其实是验证了NgAgo基因编辑功能”（note-3）
“Strictly none of the pups we have genotyped from these 4 genes we have microinjected were edited whereas the editing frequency with CRISPR/Cas9
was in average 90–100% for Ank-1, Tet-1, Tet-2 and Tet-3.”
作者对于NgAgo的功能再次表示困惑
作者对于韩春雨组在Addgene上更新的protocol表示了困惑，希望文章原作者写一个详
细的protocol并参与group discussion来帮助大家troubleshoot
“The distillation of few tips through the media outlets is irritating at
least. It has started with the mycoplasma infection, via the multiple
transfections of the 5'P oligo towards the addition of Mg or an increase of the pH in the culture media. I would suggest to the authors to write a very detailed protocol and to take part of a group discussion on line to help us to troubleshoot this.”
作者也非常困惑NgAgo大规模重复验证实验而不得其果的经历
“I am still really puzzled how NgAgo works and why so many of us have
failed to replicate those results.”
作者再次呼吁“open science”
- 实验数据发表状态：twitter，medium.com
https://twitter.com/GaetanBurgio/status/769120770219843585
https:[email protected]/* <![CDATA[ */!function(t,e,r,n,c,a,p){try{t=document.currentScript||function(){for(t=document.getElementsByTagName('script'),e=t.length;e--;)if(t[e].getAttribute('data-cfhash'))return t[e]}();if(t&&(c=t.previousSibling)){p=t.parentNode;if(a=c.getAttribute('data-cfemail')){for(e='',r='0x'+a.substr(0,2)|0,n=2;a.length-n;n+=2)e+='%'+('0'+('0x'+a.substr(n,2)^r).toString(16)).slice(-2);p.replaceChild(document.createTextNode(decodeURIComponent(e)),c)}p.removeChild(t)}}catch(u){}}()/* ]]> *//an-update-on-my-ngago-experiments-
759200b5a4d1#.lgcjqjevo
- 实验数据发表的科研杂志：暂无
*网络昵称“澳洲哥”
Note-1
Addgene Han Lab added tips 2016年8月8日https://www.addgene.org/78253/
under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”：
“A general protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing”
Note-2
“澳洲哥”第一次重复验证经历：
https:[email protected]/* <![CDATA[ */!function(t,e,r,n,c,a,p){try{t=document.currentScript||function(){for(t=document.getElementsByTagName('script'),e=t.length;e--;)if(t[e].getAttribute('data-cfhash'))return t[e]}();if(t&&(c=t.previousSibling)){p=t.parentNode;if(a=c.getAttribute('data-cfemail')){for(e='',r='0x'+a.substr(0,2)|0,n=2;a.length-n;n+=2)e+='%'+('0'+('0x'+a.substr(n,2)^r).toString(16)).slice(-2);p.replaceChild(document.createTextNode(decodeURIComponent(e)),c)}p.removeChild(t)}}catch(u){}}()/* ]]> *//my-experience-with-natronobacterium-
gregoryi-argonaute-ngago-3ed8909b410c#.hl7vlhia6
http://www.ipscell.com/2016/07/gaetan-burgio-new-data-theory-on-ngago-versus-crispr/
原纪录请见
【记录历史】谁重复验证了NgAgo？ http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
Note-3
科学网精选博文，发布于2016年8月2日
“澳大利亚国立大学Burgio博士的实验事实上证实了NgAgo是有效的”http://blog.sciencenet.cn/blog-533418-994090.html
小保方开始也是怎样说她能够重复出来。
教育部就《高等学校预防与处理学术不端行为办法》答记者问http://www.gov.cn/xinwen/2016-07/19/content_5092684.htm
《高等学校预防与处理学术不端行为办法》2016年9月1日起实施
第三章 受理与调查
第十三条 以匿名方式举报，但事实清楚、证据充分或者线索明确的，高等学校应当视
情况予以受理。
第十四条 高等学校对媒体公开报道、其他学术机构或者社会组织主动披露的涉及本校人员的学术不端行为，应当依据职权，主动进行调查处理。
现在就好奇他的稿子什么时候被动撤销（我觉得他是不会主动撤稿的）、还有最后会怎么处理这个人……
操作做的，是按照原始论文的流程做的。
日本哥https://twitter.com/YuichiroMiyaoka/status/770397786709692417
澳洲哥https://twitter.com/echowangzju/status/770228084867895296
Date： 2016年07月20日
Title：仇子龙的声明
link：http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32030017.html
编者注：
由于按此例发布内容，暂无法归类
特此按特例留档
实例类别请见：http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32035279.html
在已经知道存在大量的无法重复验证韩春雨NgAgo基因编辑功能的信息的情况下
河北科大于2016年8月31日，利用其用韩春雨有可能造假的技术而得到的政府扶持其建
立“基因编辑中心”的资金，开始公开招标购买仪器
http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1522259
鉴于“火锅哥”未在截止日之前及时更新信息
此例信息status更正为“无效”
原通知：
: 鉴于“火锅哥”是目前收集到的NgAgo信息中，唯一经过韩春雨老师点播，在调整实
: 验步骤后，成功重复NgAgo基因编辑功能的实例
: 再次请“火锅哥”及时更新发布实验细节及结果信息，并帮助业界同仁troubleshoot: 注：如果在2016年9月2日之前，未收到更新信息
: 将会把此例信息status更正为“无效”
: -CoinByCoin
: 2016年8月28日
参考[赛先生]于2016年9月4日发布的文章里的信息：
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3OTgzMzUzOA==&mid=2651225333&idx=1&sn=d07b9ffa3db6ee93df7fce0124b6be87&scene=0#rd
来自中国的“NgAgo Yes”的2则匿名、无记名实例，status更新为“无效”
-CoinByCoin
2016年9月5日
2016年09月06日 (中国时间）
以下报导引用韩春雨老师的回复：
http://www.chinanews.com/sh/2016/09-06/7995020.shtml
“韩春雨介绍，《自然》是第三方，调查是公正、正式的，结果是公开的，《自然》的结果就是，这个实验是可以重复的，但有的能够做出来，有的做不出来。”
“韩春雨：《自然》的调查访谈结果，相当于公开回应”
这篇报导，引用Nature 2016年8月8日editorial中的3个匿名中国科学家，成功的NgAgo基因编辑功能的实例
Links: Nature第一篇editorial
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27510204
http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387
Date：2016年9月4日
Title：河北科技大学承诺公布验证时间已到，韩春雨事件未了——韩春雨事件时间表
Link：http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3OTgzMzUzOA==&mid=2651225333&idx=1&sn=d07b9ffa3db6ee93df7fce0124b6be87&scene=0#rd
Key points：
1. 发表在“赛先生”的文章
2. 记录了2014年2月到2015年8月31日的【韩春雨事件】的各个时间点
Date：2016年9月6日
Title：《自然》子刊回复澎湃：报道不应作为韩春雨实验可重复的证据
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1525020
Key points：
1. 澎湃新闻文章
2. 回应另一篇新闻报道：
韩春雨回应成果被质疑：《自然》已证实实验可重复http://www.chinanews.com/sh/2016/09-06/7995020.shtml
Date：2016年9月6日
Title：自然集团回应韩春雨事件：论文调查尚无最终结果
Link：http://www.chinanews.com/sh/2016/09-07/7996244.shtml
Key points：
1. 中国新闻网 科技日报 文章
2. 回应另一篇新闻报道：
韩春雨回应成果被质疑：《自然》已证实实验可重复http://www.chinanews.com/sh/2016/09-06/7995020.shtml
3. 采访了以下相关人员
- 施普林格·自然集团大中华区总裁刘珺
- 施普林格·自然集团董事长斯蒂芬·冯·霍尔茨布林克
韩春雨现在是块臭肉，大家避之不及。
Date：2016年9月6日
Title："《自然》证实实验可重复"？ 韩春雨：此说法不妥
Link：http://www.guokr.com/article/441710/
Key points：
1. 果壳网 文章
2. 回应另一篇新闻报道：
韩春雨回应成果被质疑：《自然》已证实实验可重复http://www.chinanews.com/sh/2016/09-06/7995020.shtml
3. 联系了以下相关人员
- 韩春雨
- “《自然》调查员戴卫
4. 从”韩春雨的回复”来看，借鉴了以下文章中的讨论要点：
“纯从science角度分析一下韩春雨的文章”http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
“《自然》子刊回复澎湃：报道不应作为韩春雨实验可重复的证据”http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1525020
“自然集团回应韩春雨事件：论文调查尚无最终结果”http://www.chinanews.com/sh/2016/09-07/7996244.shtml
To foster better behaviour, replication attempts must become more common. We urge researchers to open their file drawers. We urge authors to cooperate
with reasonable requests for primary data, to assume good intent and to
write papers — and keep records — assuming that others will want to
replicate their work. We urge funders and publishers to support tools that
help researchers to thread the literature together. We welcome, and will be glad to help disseminate, results that explore the validity of key
publications, including our own.
盖坦·布尔焦 https:[email protected]/* <![CDATA[ */!function(t,e,r,n,c,a,p){try{t=document.currentScript||function(){for(t=document.getElementsByTagName('script'),e=t.length;e--;)if(t[e].getAttribute('data-cfhash'))return t[e]}();if(t&&(c=t.previousSibling)){p=t.parentNode;if(a=c.getAttribute('data-cfemail')){for(e='',r='0x'+a.substr(0,2)|0,n=2;a.length-n;n+=2)e+='%'+('0'+('0x'+a.substr(n,2)^r).toString(16)).slice(-2);p.replaceChild(document.createTextNode(decodeURIComponent(e)),c)}p.removeChild(t)}}catch(u){}}()/* ]]> *//an-update-on-my-ngago-
experiments-759200b5a4d1#.yhgixc9rl
Once again, if the authors of this paper wish to restore any form of
credibility over their technique, they must share their raw data and full
and detailed protocols for us to understand why we are unable to replicate
this. The distillation of few tips through the media outlets is irritating
at least.
韩春雨 http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1511909
实验室外对话韩春雨：公布所有数据不就等于韩寒公布手稿吗？
当记者询问公开更多数据是否有利于重复实验的开展时，韩春雨的回答是否定的：“公布也没用，那不等于韩寒公布手稿吗？”
8月10日下午，《自然》杂志工作人员回复媒体称，韩春雨未将该版本实验细节提交给
《自然》，暂无可以对外公开的调查进展。
QRP，Questionable research practice
Questionable research practices are actions that violate traditional values of the research enterprise and that may be detrimental to the research
process.
Refusing to give peers reasonable access to unique research materials or
data that support published papers.
Misrepresenting speculations as fact or releasing preliminary research
results, especially in the public media, without providing sufficient data
to allow peers to judge the validity of the results or to reproduce the
experiments.
Date：2016年9月8日
Title：重复实验亲历者：对韩春雨新基因编辑技术的几点疑惑
Link：http://m.thepaper.cn/newsDetail_forward_1525570
Key points：
1. 澎湃新闻 文章
2. 丹麦奥胡斯大学的蔡宇伽博士分享了他重复验证NgAgo基因编辑功能的经历
- 两次尝试重复实验失败
- 第二次用了韩春雨组2016年8月8日Addgene更新的实验流程
- 对于韩春雨NBT原文数据的一些疑惑
3. 蔡宇伽博士已经把他对于韩春雨NBT文章中fig4的困惑，发了邮件给《自然-生物技
术》的编辑， 并收到了回复
编者注：
- 韩春雨组2016年8月8日Addgene更新的protocol
- Links: https://twitter.com/Addgene/status/762641610073051137https://www.addgene.org/78253/
under “RESOURCE INFORMATION” section “Supplemental Documents”：
“A general protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing”
- 【记录历史】NgAgo实验流程Addgene更新前后的比对
- Links：http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32041171.html
Date：2016年9月8日
Title：河北科大开学典礼校长点赞韩春雨，基因编辑要冲世界一流学科
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1525785
Key points：
1. 澎湃新闻 文章
（原文引用）
河北科技大学举行2016年新生开学典礼，校长孙鹤旭发表演讲，提到：“（学校）拥有一批在教学上认真负责、在科研上勇于创新的教师队伍，特别是一批像韩春雨一样的年轻老师。
（原文引用）
河北科技大学的生物工程（基因编辑）被纳入“世界一流学科建设项目”，是河北省高校17个获批的学科之一。
编者注：
河北科大在“一个月内”，做了不少事情，除了没有时间对于韩春雨NBT文章NgAgo基因编辑功能“采取适当形式公开验证结果，届时将有权威第三方作证”
Date：2016年9月9日
Title：韩春雨基因编辑项目获国家自然科学基金资助：两年100万元
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1526501
Key points：
1. 澎湃新闻 文章
（原文引用）
从国家自然科学基金委员会官网查询发现，韩春雨作为项目负责人的《NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善及应用探究》项目已经获批100万元，项目起止年月为2017年1月至2018年12月
编者注：
韩春雨（河北科大）凭借韩春雨NBT文章NgAgo基因编辑功能，获得的中国政府资金款项：
1. 河北省发改委， 2.24亿RMB
其中，隶属于财政部的中国政府采购网发布的信息
- 采购进口仪器设备招标预算 1958万RMB
- 已于2016年8月31日获取招标文件
- 2016年9月21日开标
2. 中国国家自然科学基金， 100 万元RMB
- 项目起止年月为2017年1月至2018年12月
在中国造假真是一本万利啊，比沈万山还强。
在权力的倾轧下，皇帝的新装可以代代传承。
Date：2016年9月7日
Title：Announcement: Where are the data?
Link：http://www.nature.com/news/announcement-where-are-the-data-1.20541
Key points：
1. Nature Editorial
（原文引用）
"As the research community embraces data sharing, academic journals can do
their bit to help. Starting this month, all research papers accepted for
publication in Nature and an initial 12 other Nature titles will be required to include information on whether and how others can access the underlying data."
（原文引用）
"These statements will report the availability of the ‘minimal data set’
necessary to interpret, replicate and build on the findings reported in the paper. Where applicable, they will include details about publicly archived
data sets that have been analysed or generated during the study. Where
restrictions on access are in place — for example, in the case of privacy
limitations or third-party control — authors will be expected to make this clear."
2. Guidance for authors
http://www.nature.com/authors/policies/data/data-availability-statements-data-citations.pdf
Date：2016年9月9日
Title：方舟子“向国家自然科学基金委员会举报河北科技大学韩春雨”
Link：http://fangzhouzi.baijia.baidu.com/article/619996
Key points：
1. 韩春雨凭借NBT论文NgAgo基因编辑功能而获得来中国国家自然科学基金资助，项目
批准号31650002，项目名称为《NgAgo-gDNA基因编辑技术的完善及应用研究》，批准金额100万元，项目起止年月2017-01至2018-12
2. 由于韩春雨NBT论文NgAgo基因编辑功能至今为止，世界各地没有科学家能够重复，
以及综合分析其他一些原因，此项技术是不真实不可靠的，可以判断是有意造假嫌疑。
3. 方舟子实名向国家自然科学基金委员会举报河北科技大学韩春雨，并提出了建议，
由国家自然科学基金委员会监督委员会组成独立调查组进行调查。
Date：2016年9月11日
Title：河北科大应启动对韩春雨的学术诚信调查：这是对他的最好保护
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1527195
Key points：
文章列出了15条导读，其中：
1. 第一条导读 - "韩春雨遭遇学术诚信和社会诚信双重危机。"
2. 第二条导读 - "双重危机的关键是学术诚信危机。"
2. 第十四条导读 - “诚信是社会主义核心价值观重要组成部分，学术诚信是科学繁荣的底线，必须加以捍卫。”
文章结尾语 - “学术诚信调查是对韩春雨的最好保护，也是河北科大的应尽职责。必
须捍卫学术诚信."
Date：2016年9月22日
Title：河北科大基因编辑中心近两千万采购项目已开标，近日公示
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1532935
Key points：
1. 澎湃新闻 文章
2. 文章原文 “9月21日上午9时，河北科技大学基因编辑技术研究中心采购进口仪器设备项目在石家庄开标，预算金额为1958万。”
编者注： 河北科大在遵守时间节点方面是很准时的，办事效率是很高的
此前的相关信息： 隶属于财政部的中国政府采购网发布的信息
- 采购进口仪器设备招标预算 1958万RMB
- 已于2016年8月31日获取招标文件
- 2016年9月21日开标
3. 文章原文 “韩春雨在9月11日对澎湃新闻（www.thepaper.cn）表示，自己“正在找不可控的因素”，他认为“现在很多人做不出来，是因为一些未知的因素影响”。面对外界质疑，韩春雨告诉澎湃新闻，“我们回应是用实验结果去回应”。”
编者注：
如按新闻原文推测
【韩春雨组在NBT杂志发表的”NgAgo基因编辑功能”的结果，有可能是由于韩春雨组由于“不可控” 以及“未知的”因素而得到的，因而其可重复性是“不可控” 以及“未知的”】
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Dr Joseph Miano
- 发布时间：2016年9月27日
- 发布平台：google groups
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Rochester NY
- 发布方研究机构：U Rochester
- 实验室PI：Dr Joseph Miano
- NgAgo的来源：original NgAgo sequence or codon optimized NgAgo, with
elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果， 实验室在
Addgene protocol update 之前以及之后，尝试了多次试验
- 应用验证实验详细信息：原文引用
"Whether we used original plasmid or a custom NgAgo that was codon-optimized for mouse with untranslated sequences, a Kozak Methionine, and polyA tail
the results were uniformly negative. We used a 5' phosphorylated ssDNA (
both IDT bought or in vitro phosphorylated) along with the mRNA to codon-
optimized NgAgo and an HDR template we used successfully to edit a
regulatory element (published in late 2014). Genotyping of more than 50
pups failed to show a single correctly edited genome (note we did not
sequence or test for indels because of time/cost and because we were only
interested to know whether it could edit as CRISPR did in a 3 component
experiment). Thus, in all, we tried three experiments (one in vitro and two in vivo) and none worked."
- 实验数据发表状态：google groupshttps://groups.google.com/forum/#!topic/crispr/V1FALNbspCo%5B101-125%5D
- 实验数据发表的科研杂志：暂无
编者注：
1 Dr Miano和韩春雨有沟通，他从韩春雨处得到的“帮助”和已知的韩春雨公布的信息较吻合
“The corresponding author of the NgAGo paper communicated with me
throughout and emphasized some dubious claims (e.g., higher magnesium
concentration).”
2 Dr Miano 提了几个建议
“{Dr Han} should reimburse those of us who spent the time and $$ to try and extend his findings with the millions he has been awarded.”
“{Dr Han} should be held accountable for any scientific impropriety and
apologize to the genome editing community.”
“The fact that he{Dr Han} does not appear at international meetings or even release a public statement underscores the dubious nature of the work in
Nature Biotechnology.”
“The latter journal should also come clean and at least publish a letter of concern.”
3 关于韩春雨NgAgo基因编辑功能重复性的“科学的问题”， 科学研究人员们一直在尝试用科学的方法来解决， 结果就是“无法重复”
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 暂只收录包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，总结etc）的发
布报告
- 以无记名或发布方具体信息不全的形式发表
- 需包含发布时间 （或注明2018年8月8日之前或之后）
- 建议包含发布方城市、国家信息
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
共计三则
- 发布方：未知
- 发布时间：2016年10月6日
- 发布平台：澎湃新闻
- 发布方国家：中国
- 发布方城市：未知
- 发布方研究机构：未知
- 实验室PI：未知
- NgAgo的来源：韩春雨实验室或其他渠道，比如，通过基因合成
- 重复验证实验结果:重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 重复验证实验详细信息：
根据新闻报导，三个实验室都进行了多次重复实验 （见原文报道）
- 实验数据发表状态：无
- 实验数据发表的科研杂志：无
注：
报道中提到的每个中国实验室，在NgAgo重复实验上的花费（人力，物力 等）至少在十几到二十几万人民币
Date：2016年10月10日
Title：12学者实名发声：没能“重复”韩春雨实验，呼吁第三方调查
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1541160
【已经下线】
Link:http://news.qq.com/a/20161010/044487.htm
Key points：
原文引用
12位（中国）学者站了出来，决定实名公开他们“重复”韩春雨实验方法的结果：“阴性的”、“不工作”等等。这样结论的通俗表达即是，他们没能“重复”出韩春雨的实验，其实验方法“让人怀疑”。
Date：2016年10月10日
Title：13位科学家实名呼吁对韩春雨启动调查：为了中国学界的名声
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1541143_1
Key points：
原文引用
”北京大学生命科学学院教授魏文胜，北京大学分子医学研究所教授熊敬维，北京大学生命科学学院研究员孙育杰，中科院动物研究所研究员王皓毅、李伟，中科院生物物理研究所研究员王晓群，中科院生物化学与细胞生物学研究所研究员李劲松，中科院上海生科院神经科学研究所研究员杨辉，浙江大学生命科学研究院教授王立铭，上海交通大学教授吴强，华东师范大学生命科学学院研究员李大力，哈尔滨工业大学教授黄志伟，温州医科大学教授谷峰。
他们来自不同的研究细分领域，都在NgAgo诞生伊始跟进重复和验证，大多耗时两个月
，数次重复和验证无一例外的全军覆没。”
编者注
实名公布重复试验的中国科研人员人数在增加
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
共计13则
细节请参见
Date：2016年10月10日
Title：13位科学家实名呼吁对韩春雨启动调查：为了中国学界的名声
Link：http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1541143_1
增加实验细节请参见：
Date：2016年10月11日
Title：【赛先生】13个课题组实名声明：无法重复韩春雨实验
Link:http://chuansong.me/n/943170546756
其中， 根据一些实验室数据推论，“NgAgo或许不具备双链DNA切割活性”
“北京大学生物动态光学成像中心研究员孙育杰的实验室专长荧光成像。。。。孙育杰进一步解释：端粒有一个特点，它有数千个重复片段，如果用CRISPR或者TALEN这样的
技术去target（靶向）端粒的重复片段的话，由于它有上千次重复，数百、上千个
CRISPR或TALE会富集在那些位点，所以在荧光显微镜下一眼就看见了，并且这一结果在世界上多个实验室都已重复出来并发表在多篇文章中。现在对端粒设计NgAgo，我们看
不到它上去。“我们这个实验，基本上可以推测出NgAgo没有结合双链DNA的能力。”孙育杰说。”
【编者注】
韩春雨NBT文章中的前后矛盾之处
- Figure 1b：
E coli expressed NgAgo with either FW or RV guide DNA： nicked target
plasmid （Lanes 5,6）
E coli expressed NgAgo with both FW and RV guide DNA： linearized target
plasmid （Lane 7）
注： E coli 表达纯化的是 GST-NgAgo， NBT正文以及supplementary中，有关于蛋白
表达的数据吗？ - 编者没有找到
- Figure 3a：
HEK293T expressed NgAgo preloaded with FW guide alone： linearized plasmid （Lanes 1,2,3）
注： HEK293T 表达纯化的是 FLAG-NgAgo-HA， NBT正文以及supplementary中，有关于蛋白表达的数据吗？ - 编者没有找到
- Supplementary Figure 4
Hela cell 表达的NLS-NgAgo蛋白localized to nucleus
这个NLS-NgAgo 蛋白是如何被检测到的？
“NgAgo is directed into nucleus by NLS.
The engineered NLS-NgAgo was transfected to Hela cells and it shows that the expressed NLS-NgAgo was compartmented in the
nucleus (DAPI+) and the cells maintained normal morphology. Scale bar = 100 μm. Representative figure of 20 independent
experiments.”
Date：2016年10月12日
Title：Scholars call for probe into NgAgo claims
Link：http://www.globaltimes.cn/content/1010811.shtml
Key points：
1. Global Times article
2. twitter link:https://twitter.com/globaltimesnews/status/786179634400468992
原文引用
“In August, Han had told the Global Times that foreign scientists'
accusations reveal their motive of ganging up against NgAgo. He had also
expressed his willingness to share his raw data and testing conditions.
Facing the doubts, the HUST told Xinhua in August that Han would "publicly
verify" his findings under the supervision of an "authoritative third party" in a month, but no follow-up has been announced yet.
Han and the university could not be reached for comment as of press time.”
信息来源：
- 凤凰资讯
- 百度贴吧 河北吧http://news.ifeng.com/a/20161015/50105264_0.shtmlhttp://tieba.baidu.com/p/4822837762
Key points
- 据报道，韩春雨NBT论文合作者第二作者，也是Ago专利的两个拥有者中的第一拥有者， 浙江大学沈啸老师，首次公开回应：若有问题不会逃避责任
- 据报道，沈啸老师并未参与韩春雨NBT论文发表时的实验
- 据报道，沈啸老师向韩春雨多次问过数据的真实性，并得到韩春雨很自信的确认
- 据报道，沈啸老师承认Ago专利上没有河北科大，是自己“由于对职务发明认识不足
遗漏了河北科技大学”， “现在浙江大学也正在办理把河北科技大学变更为共申请人
的手续
。”
- 据报道，沈啸老师实验室也在自己的系统中重复验证NgAgo实验
-- “现在我已经发现了比较有趣的现象，有些是论文里没有讲到的，我会继续投入做
下去。我希望通过后续发表论文以及出一个专利这样的方式公开它。”
- 据报道， 沈啸老师声明，“我只知道韩春雨仍在持续地研究和改良这个技术。从开
始到现在一口气没有歇过。”
据此报道推理：
-- 沈啸老师自己没有与韩春雨合作的NBT文章实验的原始数据，也没有亲自看到过实验的原始数据
-- 沈啸老师承认，在自己没有亲自做出原始数据，以及没有看到合作者韩春雨的原始
数据的情况下，沈啸老师自己成为了Ago专利的第一拥有人
-- 沈啸老师承认，Ago专利上没有河北科大，是个疏忽
-- 沈啸老师实验室没有重复验证出自己和韩春雨合作的NBT文章中的结果
-- 沈啸老师实验室发现了NBT文章中的没有的结果，准备发文章以及申请专利
-- 韩春雨实验室还没有重复验证出自己NBT文章中的结果
根据【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
的记录
目前存在以下几个版本的NgAgo
1. 韩春雨的NgAgo (note)
- 韩春雨NBT论文中描述的NgAgo
- 沈啸韩春雨共有专利中描述的NgAgo
- 有发表在韩春雨NBT文章里的具体实验数据支持
- 无法被世界各地科研人员们重复验证，有具体实验数据支持
2. 仇子龙的NgAgo
- “仇子龙的声明” （见本记录）
- 没有具体实验数据支持
3. 沈啸的NgAgo
- 据报道（见本记录）
- 没有具体实验数据支持
Note: 韩春雨的NgAgo，据记录，仇子龙，沈啸，也无法重复
信息来源：
- 凤凰视频
- 许戈辉 【名人面对面】漩涡中的韩春雨
link：http://v.ifeng.com/documentary/figure/201610/0360dd02-ef09-4439-b146-1152ebe30c57.shtml
2016年6月24日录制完成
2016年10月16日播出
录制方的声明：
- “两度安排播出，都推迟了”
- “截止节目播出前，发给韩春雨本人的再次电话采访的邀约，并没有得到回应“
韩春雨在采访中表达的一些看法：
- 多次提到，“科学最终要成为产品，最终要造福于人类”
- 当初选择（落脚河北科大）的时候，是因为知道，这个地方，适合他创业
- “这里（河北科大）就是我的麻省理工学院”
- “不同科学家对待科学的态度，是可以不同的。。。科学对于我来说，是个很好
的生活方式”
- “人有两个方面， 一个是品德，一个是品质。 这两个特别重要，品德就是到社会上是不是个好人。。。只有好人才能走得远；。。。 品质是所谓成功不成功。。。品质
不好，半途而废了，怕吃苦。。等等，坚持不下去了，就成不了事”
韩春雨关于NgAgo的实验:
- 刚开始并不缺钱
- “要时刻判断国际上什么是最有意义的。。。”
- “第一批开始做这个 （注：跟风 2012-13年的CRISPR）”
- 经过两次重大失败的跟风 （注：2012-13年的CRISPR），负债30多万RMB
- 发现自己实验室的研究速度（注：跟风2012-13年的CRISPR），难以赶超别人
- 决定不再跟风，要做原创
（注：选择了跟2014年发表在Nature《自然》杂志上的TtAgo的文章）
韩春雨在采访中对于专利保护，成果转化的看法：
- “我清楚它（NgAgo）有多大意义”
- “我其实也是很关心的。。。我知道它（NgAgo）能够转化成Money， 我也知道它（
NgAgo）肯定能推进产业。。。”
- “我不认为我有这样的（专利、成果转化、产业）能力，我认为我的师弟沈啸有这样的（专利、成果转化、产业）能力，很多事情交给他做了。。。”
- “我觉得他（沈啸）做的事情（专利、成果转化、产业）也非常有意义，因为科学要最终要成为产品， 最终要造福于人类”
信息来源：
- 知识分子 （饶毅，鲁白，谢宇 主编）
link：http://wemedia.ifeng.com/282574491824201/wemedia.shtml
原文编者 内文提要
- 面对质疑的韩春雨
- 韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
Key points
1. 韩春雨的采访记录
- 自称两次重复，“我的实验没问题”
- 声明自己的重复试验只用一周就完成了
- 拒绝自己的实验室公开做重复实验
- 由于实验室穷，所以实验记录不完全
- 拒绝公布他知道的重复成功实验室的信息
- 认为其他实验室重复失败是由于他们的细胞都被污染了
- 认为只是“重复率低” 而不是不可重复
- 认为 第三方立即介入调查，将是“最大危机”
- 声明，大约20天左右，会有重要进展
2. 知识分子在和许多科研人员联系过之后，公布了一些失败的实例信息
其中一则实例，在此特别记录
据报导
Dr John van der Oost {注 2014自然杂志TgAgo文章通讯作者} 实验室
在体外尝试用NgAgo切割（DNA）片段和质粒，无法重复韩春雨发表的数据
原文引用
- 10月6日，荷兰瓦赫宁恩大学的微生物学家约翰·范德欧斯特（John van der Oost
）称，到目前为止没能再现韩春雨论文结果。
-10月6日，当《知识分子》进一步询问范德欧斯特关于NgAgo的实验进展时，他说：到
目前为止，我们无法再现NgAgo蛋白的活性。在第二天的回复中，他补充说，他的实验
室还没有放弃NgAgo，仍然在试图利用NgAgo在体外切割（DNA）片段和质粒，但是，“
到目前为止，我们无法重复刊发的数据”。
注：
1. 在 “13中国科学人”实名公布失败的NgAgo重复验证结果之后， 【知识分子】对韩春雨的电话以及面对面采访
- 电话采访 原文引用
“当天晚上10时47分，中青在线率先报道了北京大学教授魏文胜等12名学者实名公开他们没能“重复”出韩春雨的实验，其实验方法“让人怀疑”的消息。
15分钟后，在与《知识分子》的电话连线中，韩春雨表示不希望公布重复出他NgAgo实
验结果的实验室。他表示，“学校（指河北科技大学，编者注）跟我一样，是明确知道哪几家（实验室）做出来了，和实验室都有接触”，“我不会说出他们的名字，但过一阵你会知道”。他补充说，“担心他们受到媒体骚扰”，“我不能让人家当挡箭牌”。”
- 面对面采访 原文引用
“自称两次重复，“我的实验没问题””
“。。。转而继续强调：第一，实验是可重复的，只是重复率低；第二要通过实验去找到重复率低的原因；第三，NgAgo目前遇到的困境与相关背景研究少，与Cas9作为基因
编辑工具前已有较为充分的研究不同。”
“。。。他拒绝自己的实验室公开做重复实验，对于这种“自证清白”的做法，韩春雨认为“这个事如果去做的话就是一个有罪推论的事情”。他说，“我实验室本来很小，推进就很慢，这样就会干扰我实验室的正常运作。（这件事）有更好的办法可以解决。我希望找出确凿的（细胞）污染源，这样的话别人也能做出来。””
2. 原文引用
"《知识分子》了解到，包括北京大学教授魏文胜在内的多个科学家已经在汇总各自实
验室测试NgAgo的实验数据，将在近期向《自然·生物技术》（Nature Biotechnology
）提交联名文章，反映无法重复或再现韩春雨实验结果的情况。此举或将推动学术期刊方面启动相关调查。"
3. 原文引用
"韩春雨多次强调“大约20天左右”会有重要进展，我们拭目以待。"
4. 原文引用
“如果是假阳性，连编辑基因组这件事都不能做，我肯定撤稿，如果有部分假阳性，我申请更正。这都是正常的，我发现实验中有问题，我就去更正，这在科学中也经常发生。”韩春雨说。
信息来源：
- 新京时报
- 2016.10.26
Title:
多名学者提交重复实验结果
学者称结果有所不同；《自然·生物技术》回应调查需要一段时间
link：http://www.chinanews.com/sh/2016/10-26/8043400.shtmlhttp://epaper.bjnews.com.cn/html/2016-10/26/content_656996.htm?div=-1
Key points
原文引用
- "近日，多名科学家向《自然·生物技术》期刊提交其实验结果。昨日，该杂志新闻
发言人回应称，已收到关于韩春雨论文的多个意见，批评意见经同行评议后，有可能会被刊登。"
- “提交者之一北京大学生命科学学院研究员魏文胜介绍，实验结果主要以论文的形式提交，内容主要为多位学者重复韩春雨实验过程后的结果，“与韩春雨的论文结果有所不同”。
- "另一位提交者哈尔滨工业大学生命科学与技术学院教授黄志伟介绍，内容主要整合
了多个学者此前的实验结果，“比如实验后，发现样本没有活性”。"
信息来源：
- 成都商报电子版
- 2016.10.31
Title:
基因编辑被指造假 接受专访回应质疑
韩春雨：近期将有消息公布
link：http://e.chengdu.cn/html/2016-10/31/content_578701.htm
一些相关转发报道http://china.huanqiu.com/article/2016-10/9613762.html?from=bdwzhttp://politics.gmw.cn/2016-10/31/content_22732131.htmhttp://www.cnbeta.com/articles/553379.htmhttp://news.sina.com.cn/c/nd/2016-10-31/doc-ifxxfysn8162532.shtml
Key points
- 韩春雨在其实验室接受了成都商报记者2个多小时的独家专访
- 据报道，韩春雨提到，到10月份他已经成功重复NgAgo基因编辑实验四五次， 在十月初才重复出来，每次重复用不了两个星期
注： 2016年10月份一共31天， 按7天一个星期，是4个星期+3天
- 据报道，韩春雨的实验材料在论文发表后，由于实验室断电，全部坏掉过
- 据报道，韩春雨在实验材料全坏掉过后，新的实验材料是在ATCC购买的
注： ATCC提供的应当是细胞，报道中没有具体说明； ATCC应当有韩春雨实验室的购买材料的时间，批次，等记录
- 据报道，韩春雨从ATCC买来的实验材料有问题， 韩春雨把问题和三鹿奶粉做了比较
- 据报道，韩春雨自称，之前他提到的3位重复成功人员的实验材料不是韩春雨提供的
- 据报道，韩春雨把自己的重复性问题和DNA结构的“沃森和克里克”提到了一起
- 据报道，韩春雨把自己的重复性问题和“治疗肺肿瘤的特罗凯的黑市价格, 正规途径价格和成本”问题做了比较
- 报道中最后引用了无法重复韩春雨NgAgo基因编辑功能的研究人员们实名发表的看法
信息来源：
- 时代周报 time-weekly
- 2016.11.01
Title:
韩春雨透露：八月一场停电损坏了实验材料，让我很被动
link：http://www.time-weekly.com/html/20161101/35033_1.html
一些相关转发报道http://news.sina.com.cn/c/nd/2016-11-01/doc-ifxxfysn8320319.shtmlhttp://www.focusnews.top/news-12484570.html
Key points
- 时代周报记者走访了河北科大，以及一些学生，包括韩春雨的学生，其中一个“外形与高峰相似”
- 据报道，韩春雨实验室在NBT论文发表之前，只有高峰和韩春雨两个人，现在"新增了不少人"
- 据报道，韩春雨在八月份质疑出来后，到实验室的次数变少了
- 据报道，韩春雨实验室“外形与高峰相似”的学生见到记者“有些迟疑与警惕”
“这名不愿意透露姓名的学生表示，自己“也好些天没见到韩春雨老师了”。“现在都忙着做实验，推进韩老师的研究成果。尽管现在外界有很多质疑，可韩老师都替我们顶着，我们（学生）也没讨论这个事情。””
注：
高峰是NBT论文第一作者
- 是做出从E coli 提取纯化出来的 GST-NgAgo蛋白 in vitro DNA DSB 数据的实验人员
- 是做出从HEK293T 提取纯化出来的 FLAG-NgAgo-HA 蛋白 in vitro DNA DSB 数据的
实验人员
- NgAgo 的in vitro DNA DSB功能 是NgAgo是否有 in vivo 基因编辑功能的必要、先
决条件
- 高峰到现在为止，从未发表任何证明他自己可以重复出 NgAgo in vitro DNA DSB功
能的数据；至今为止，也没有其他科研人员正式公开声明可以重复高峰负责的NgAgo in vitro DNA DSB功能
- 韩春雨的“重复实验”是对于NBT论文中，韩春雨负责的 NgAgo in vivo 基因编辑功能的
实验数据，至今世界各地科研人员，无人可以重复韩春雨负责的 NgAgo in vivo 基因
编辑
功能
第三类“重复” 验证实验信息：实名，科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述，实验材料来源信息，实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Jialing Qi et al
- 发布时间：2016年11月11日
- 发布平台：Cell Research
- 发布方国家：中国
- 发布方城市：江苏南通
- 发布方研究机构：Co-innovation Center of Neuroregeneration, Jiangsu Key Laboratory of Neuroregeneration, Nantong University
- 实验室PI：Dong Liu
- NgAgo的来源：Synthetic codon optimized NgAgo
“constructed a codon-optimized NgAgo for zebrafish with nuclear
localization signal (NLS) peptides at both N-terminus and C-terminus"
- 应用验证实验结果:
1. 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果 (ie NBT paper Fig 4/5)
2. 观察到gene expression knockdown at transcript level (Real time RT-PCR) 以及phenotype (similar to NBT paper Fig 3d/d; NBT paper - protein expression
level detected by GFP WB)
- 应用验证实验详细信息：见文章
- 实验数据发表状态：Peer reviewed publication
Linkhttp://www.nature.com/cr/journal/vaop/ncurrent/full/cr2016134a.html
- 实验数据发表的科研杂志：Cell Research
编者注：
1. Argonaute （Ago）protein family plays a central role in RNA silencing
processes （RNAi）
2. Function of TtAgo was described as “DNA-guided DNA interference” in
2014
3. The TtAgo paper has “inspired” the creation of the 2016 NgAgo
NBT article
第三类“重复” 验证实验信息：实名，科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述，实验材料来源信息，实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Burgess， Cheng， et al
- 发布时间：2016年11月15日
- 发布平台：Protein & Cell
- 发布方国家：二十家中外实验室， 18所科研院校
- 发布方城市：美国及中国
- 发布方研究机构：
1.National Human Genome Research Institute, NIHBethesdaUSA
2.Division of Hematology in Department of MedicineJohns Hopkins University
School of MedicineBaltimoreUSA
3.Stem Cell Program in the Institute for Cell EngineeringJohns Hopkins
University School of MedicineBaltimoreUSA
4.Center for Vision Research, Eye HospitalWenzhou Medical
UniversityWenzhouChina
5.Stem Cell and Functional Genomics Laboratory, School of Life SciencesSun
Yat-sen UniversityGuangzhouChina
6.HIT Center of Life SciencesHarbin Institute of TechnologyHarbinChina
7.Department of Molecular, Cell and Developmental BiologyUniversity of
California Los AngelesLos AngelesUSA
8.Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for
Biological SciencesChinese Academy of SciencesShanghaiChina
9.State Key Laboratory of Stem cell and Reproductive Biology, Institute of
ZoologyChinese Academy of SciencesBeijingChina
10.College of Chemical Biology and BiotechnologyPeking University Shenzhen
Graduate SchoolShenzhenChina
11.PKU BIOPICBeijingChina
12.BIOPIC, ICG, CLS, and School of Life SciencesPeking
UniversityBeijingChina
13.Center for Comparative Biomedicine, Institute of Systems
BiomedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghaiChina
14.Institute of BiophysicsChinese Academy of SciencesBeijingChina
15.Institute of Molecular MedicinePeking UniversityBeijingChina
16.College of EngineeringPeking UniversityBeijingChina
17.Laboratory of Disease Models in Non-Human Primates, Institute of
NeuroscienceShanghai Chinese Academy of SciencesShanghaiChina
18.College of Life SciencesPeking UniversityBeijingChina
- 实验室PI：多家，见文章
- NgAgo的来源：见文章
- 应用验证实验结果: 见文章
- 应用验证实验详细信息：见文章
- 实验数据发表状态：Peer reviewed publication
Linkhttps://link.springer.com/article/10.1007/s13238-016-0343-9
- 实验数据发表的科研杂志：Protein & Cell
编者注：
1. 这篇PC文章包含大量实验数据，对于NgAgo NBT文章的重复性，有较全面的覆盖：
NBT NgAgo 文章中的数据：
- Fig 1,2,3a/b, 4, 5, supplementary fig4 以及其他相关supplementary fig 中的
相关结果， failed to replicate
- Fig 3c, 是否和NgAgo的自身功能相关，存有较大疑问
至此，NgAgo NBT文章中所有数据及结论，都存在可疑性
2. Argonaute （Ago）protein family plays a central role in RNA silencing
processes （RNAi）
3. Function of TtAgo was described as “DNA-guided DNA interference” in
2014；（这篇PC文章成功验证了TtAgo in vitro的功能）
4. The TtAgo paper has “inspired” the creation of the 2016 NgAgo
NBT article
信息来源：
- Nature News
- 2016.11.23
Title:
NgAgo gene-editing controversy escalates in peer-reviewed papers
Subtitle:
One paper describes surprising results in zebrafish embryos, another lists
failed replication efforts.
By: David Cyranoski
link：http://www.nature.com/news/ngago-gene-editing-controversy-escalates-in-peer-reviewed-papers-1.21023
Key points
- 作者采访了最新两篇NgAgo peer reviewed article的相关人员 （包括Dr Wensheng Wei 和 Dr Zhang Xiaoxue）， 回访了韩春雨以及第一篇Nature editorial里采访过的一些实名及匿名科研人员， 也回访了方舟子
- Review of 2 recent peer-reviewed publications on NgAgo
其中，The claim of gene "knockdown" as described in NgAgo Cell Research
paper was questioned, the author of this paper "Liu says his data convince
him that NgAgo can reliably block genes, but acknowledges that he needs more evidence to show this conclusively. He says he is working on assembling
that now."
- 韩春雨继续坚持他的NgAgo实验可以重复， 他已找到问题
- 文章中对第一篇Nature editorial 中支持NgAgo的匿名中国科研人员做了回访，描述了其中两人的回复，其中一人的数据已经发现“confusing”，另一人“is using
NgAgo for experiments related to his research, and that he hopes to publish soon”
- Nature Biotech 对于韩春雨NgAgo文章在持续调查中
编者注：
1. David Cyranoski是Nature第一篇editorial的作者，采访过三位匿名中国科研人员
，其中一位声称NgAgo有基因编辑功能 “But, in short, it worked,” 此人是否是
这篇news 中的“he is using NgAgo for experiments related to his research,
and that he hopes to publish soon”？
这个科研人员的研究结果如果送审或发表， 其中的结果及结论建议读者用更加严格的
眼光来审视.
link：http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387
2. 在 NgAgo Cell Research 文章中，作者们在没有任何确认 NgAgo-gDNA binding
target DNA 数据的情况下， 仅仅用 RT-PCR 观察到的mRNA level的降低来推断 “
Since the catalytically inactive (dead) Cas9 (dCas9):sgRNA complex could
efficiently inhibit gene expression through binding to the coding sequence, we hypothesize that gDNA/NgAgo may bind to a target gene to block its
transcription.”
这个结论是very overreached and not scientifically sound。
特别是在韩春雨NgAgo NBT 文章中NgAgo-gDNA DNA binding 结果也被Protein&Cell
NgAgo文章的数据显示有可疑性的情况下
如果Cell Research NgAgo 文章的作者们有后续关于NgAgo的文章送审或发表，其中的
结果及结论建议读者用更加严格的眼光来审视.
link http://www.nature.com/cr/journal/vaop/ncurrent/full/cr2016134a.html
第三类“重复” 验证实验信息：实名，科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述，实验材料来源信息，实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：SH Lee et al
- 发布时间：2016年11月28日
- 发布平台：Nature Biotechnology
- 发布方国家：韩国，德国，美国
- 发布方城市：见文章
- 发布方研究机构：
-Center for Genome Engineering, Institute for Basic Science (IBS), Seoul,
South Korea.
-Institute for Cell and Gene Therapy, Medical Center—University of Freiburg, Freiburg, Germany.
-Center for Chronic Immunodeficiency, Medical Center—University of Freiburg, Freiburg, Germany.
-Mayo Graduate School, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota, USA.
-Graduate School, Faculty of Biology, University of Freiburg, Freiburg,
Germany.
-Division of Oncology Research, Mayo Clinic, Rochester, Minnesota, USA.
-Department of Chemistry, Seoul National University, Seoul, South Korea.
-Department of Biochemistry and Molecular Biology, Mayo Clinic, Rochester,
Minnesota, USA.
-Faculty of Medicine, University of Freiburg, Freiburg, Germany.
- 实验室PI：三家实验室 Stephen C Ekker,Toni Cathomen & Jin-Soo Kim
- NgAgo的来源：见文章
- 应用验证实验结果: 见文章
- 应用验证实验详细信息：见文章
- 实验数据发表状态：Peer reviewed publication
Linkhttp://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3753.html
- 实验数据发表的科研杂志：Nature Biotechnology
编者注：
1. 这篇NBT文章包含详细的实验数据，对于NgAgo NBT文章重点结论 Fig 4 的原始实验设计及结果的重复性有较全面的覆盖， 也包含了NBT文章fig 3c的重复试验结果；
结论是无法重复 - 韩春雨等人NBT文章里描述的NgAgo-gDNA， 没有基因编辑功能。
注：Fig 3c 类似数据 18家实验室Protein&Cell文章中也无法重复，但是Cell
Research文章的中国南通刘东实验室等人，在zebrafish里面用不完整的数据claim -
他们“观察”到了“knockdown”
2. 这篇NBT文章三家实验室，各自独立实验；实验设计，细节描述，实验数据，实验结果描述，很完整； supplementary materials 数据完整，图片整洁，清晰。可以作为
实验人员们的实验设计及数据样板来参考。
3. Argonaute （Ago）protein family plays a central role in RNA silencing
processes （RNAi）
4. The TtAgo paper has “inspired” the creation of the 2016 NgAgo
NBT article
信息来源：
- Nature Biotech
- editorial expression of concern
- 2016.11.28
link：http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction1
Key points
- 引用了Nature Biotech 和 Protein&Cell 两篇 NgAgo 基因编辑无法重复的质疑文章， 特别是关键的 Fig4 按原文实验设计也无法重复
- 已通知原文作者，原文作者正在找无法重复原因， Nature Biotech在调查中，调查
结束后会给community update
- 原文作者对于 editorial expression of concern 的态度：
While the investigations are ongoing, Chunyu Han and Xiao Z. Shen agree with this editorial expression of concern. Feng Gao, Feng Jiang and Yongqiang Wu do not feel that it is appropriate at this time.
编者注：
按原始NBT文章贡献来看
- 韩春雨是fig 4，fig5， 以及整体实验设计、文章编写的责任人；
- 沈啸是fig 2d，以及整体实验设计、文章编写的责任人
- 高峰是fig 1, fig3a/b，suppl fig 1， suppl fig 2 的责任人
数据相关 NgAgo in vitro DNA cleavage；
PC 质疑paper 的数据显示，NgAgo in vitro DNA cleavage的结果很可疑
- Feng Jiang and Yongqiang Wu 是 fig 3c/d 的责任人
NBT 最新质疑文章数据显示，fig 3c/d 的结果很可疑
信息来源：
- Nature News
- Original publication date: 2016.11.23 (详见本记录）
- updated 2016.11.29
Title:
Updated: NgAgo gene-editing controversy escalates in peer-reviewed papers
Subtitle:
String of publications describes attempts — mostly unsuccessful — to use
proposed CRISPR rival.
By: David Cyranoski
link：http://www.nature.com/news/updated-ngago-gene-editing-controversy-escalates-in-peer-reviewed-papers-1.21023
Added Key points
- 增加了Nature Biotech 发表的NgAgo 基因编辑实验无法重复的文章， 以及
editorial expression of concern EOC（详见本记录）
- 增加了韩春雨对于Nature Biotech 最新质疑文章的回访结果：
韩春雨继续坚持他们组的NgAgo实验结果及结论可以重复， 他已找到问题， 而Nature Biotech的最新文章“provides us some clues as to why others are having
problems”.
韩春雨准备于2016年底submit关于他人无法重复NgAgo基因编辑问题的新的文章
原文引用 “He says that he hopes to submit a scientific paper explaining why others are having difficulty by the end of the year.”
- Nature Biotech 将于2017年1月公布update
原文引用 “Nature Biotechnology says that it will give Han’s team the
opportunity to investigate and respond to the criticisms in the latest
report by January 2017. “An update will be provided to the community at
that time,” said a spokesperson.”
第三类“重复” 验证实验信息：实名，科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述，实验材料来源信息，实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Nay Chi Khin, Jenna Louise Lowe, Jensen M Lora, Gaetan Burgio
- 发布时间：2016年12月6日
- 发布平台：bioRxiv
- 发布方国家：澳大利亚
- 发布方城市：见文章
- 发布方研究机构：
John Curtin School of Medical Research, the Australian National University
- 实验室PI：Dr Gaetan Burgio
- NgAgo的来源：见文章
- 应用验证实验结果: 见文章
- 应用验证实验详细信息：见文章
- 实验数据发表状态：preprint publication
Linkhttp://biorxiv.org/content/early/2016/12/06/091678
- 实验数据发表的科研杂志：bioRxiv
编者注：
1. “澳洲哥”实验室 在他的blog发布无法重复验证NgAgo基因编辑试验之后，继续完
善实验， 包括mouse zygotes 以及 HEK293T中对于NgAgo的尝试，并增加了NgAgo蛋白
表达的数据
2. 结论依然是无法重复 - 韩春雨等人NBT文章里描述的NgAgo-gDNA， 没有基因编辑功能。
而CRISPR Cas9 对照组基因编辑实验是成功的