斯克里普研究所(Scripps Research Institute)的进化生物学家克里斯蒂安·安德森(Kristian Andersen)1月25日在一个病毒研究网站上刊登了他对27个现有2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组分析报告。研究显示，它们有一个“共同的最近祖先”，也就是共同的来源，最早可以追溯到2019年10月1日。
目前主流的观点比较倾向于认为新型冠状病毒是来自于蝙蝠。美国分子生物学家、罗格斯大学(Rutgers University)瓦克斯曼微生物研究所(Waksman Institute of Microbiology)化学生物学教授理查德·埃布莱特(Richard Ebright)对美国之音表示，SARS-CoV-2的基因组排序显示，它是来自于一种蝙蝠冠状病毒。
2020年2月16日，身穿防护服的武汉红十字会医院的医护人员在照看一位被隔离的新冠病毒感染病人。
虽然已有越来越多的专家认为，2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)由人工改造合成的可能性极低，但一种新的说法是，病毒有可能是由于实验室事故从动物传给了人。
自新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情在武汉暴发以来，有关这种新型致命病毒的来源、它是如何从自然界的宿主传染到人的身上，以及谁是所谓的“零号病人”一直是各界关注的焦点。截至2月20日，新型冠状病毒肺炎已经造成7万4千多人感染，2000多人死亡。
爆发新型冠状病毒肺炎的武汉华南海鲜批发市场已经暂停营业。
在疫情暴发初期，武汉卫健委的疫情通报似乎试图把海内外舆论的注意力吸引到华南海鲜市场。这个位于武汉汉口火车站附近的海鲜批发市场不仅出售鲜活水产品，也有大量野味和野生动物交易。一些中国官媒的报道说，在这个市场上出售的野生动物有可能是病毒的源头。武汉市在1月1日关闭了这个市场并进行了消毒清理。
但国际权威医学期刊《柳叶刀》1月24日发表的由武汉金银潭医院副院长黄朝林等近30名中国医务和科研人员撰写的论文显示，已知的最初41个住院病例当中只有27个有华南海鲜市场接触史，而且最早于12月1日发病的病人没有接触史。
这篇论文的作者之一、武汉金银潭医院重症监护病房(ICU)主任吴文娟医生对BBC表示，这名12月1日发病的患者是一位70多岁老年男子。老人患有脑梗和老年痴呆，长期卧病在家，没有前往过华南海鲜市场。而他的家人在其发病后，均未出现发烧或呼吸系统症状，他与后来的病人间也没有发现流行病学联系。BBC的报道说，吴文娟在被问到老人是否有亲属与武汉病毒研究所或者华南海鲜市场有关时表示，“不能下结论”。
与此同时， 中国华南理工大学生物科学与工程学院教授肖波涛和肖磊（音）在科学论文分享网站Research Gate上发表的论文说，距离华南海鲜市场不到300米的武汉疾控中心的实验室可能是病毒的源头。
武汉一名受新型病毒感染病人星期六(1月18日）被送入金银潭医院。
这篇论文说，武汉疾控中心的实验室有一批供试验用的动物，其中包括155只在湖北捕获的蝙蝠和450只在浙江捕获的蝙蝠。蝙蝠曾攻击一名研究人员，其间蝙蝠的血液接触到这名研究人员的皮肤上。他因此自我隔离了14天。在另外一次事故中，蝙蝠的尿液接触到他的身上，他因此又进行了自我隔离。
这篇论文写道，“患者的基因组序列与蝙蝠冠状病毒ZC45的同源性为96%或89%。这种冠状病毒最初是在中菊头蝠中发现的，而该种蝙蝠并不是武汉本地的，而是生活在约1000公里以外的地方。但这种蝙蝠正是本次疫情暴发前武汉疾控中心所使用的。
论文还说，武汉疾控中心还临近武汉协和医院。本次疫情的第一批被感染医护人员就是在这家医院。这有可能说明蝙蝠的组织炎本或受午饭的垃圾可能被泄露到周边地区，导致第一批患者被感染。
但这篇论文在发表后不久就被删除，目前只能在网上找到论文的摘要。
罗格斯大学的分子生物学家、埃布莱特教授对美国之音表示，病毒通过实验室事故从动物传染给人的可能性完全存在。他说：“中国多个地区的实验室都有收集和研究蝙蝠冠状病毒，包括武汉市疾控中心和武汉病毒研究所。”
埃布莱特进一步解释说：“在疫情爆发之前，除SARS-CoV和MERS-CoV之外的所有冠状病毒都被归类为生物安全等级2。因此，武汉疾控中心和武汉病毒研究所的蝙蝠冠状病毒通常按照生物安全2级的标准处理，这只是对实验室工作人员提供了最低限度的保护，而不是按照高致病和高传染性的2019新型冠状病毒的特点，以所需的高得多的生物安全等级对其进行安全培养、分离和动物感染工作。”
斯克里普研究所(Scripps Research Institute)的进化生物学家克里斯蒂安·安德森(Kristian Andersen)1月25日在一个病毒研究网站上刊登了他对27个现有2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组分析报告。研究显示，它们有一个“共同的最近祖先”，也就是共同的来源，最早可以追溯到2019年10月1日。
中共总书记习近平2月14日主持召开中央全面深化改革委员会第十二次会议时提出，要把生物安全纳入国家安全体系，尽快推动出台生物安全法。这引发了外界对新型冠状病毒是否是来自于中国实验室安全事故的种种揣测。
中国国家主席习近平戴着口罩视察北京安华里小区时一名防疫人员检测他的体温。（2020年2月10日）
习近平说，“要从保护人民健康、保障国家安全、维护国家长治久安的高度，把生物安全纳入国家安全体系，系统规划国家生物安全风险防控和治理体系建设，全面提高国家生物安全治理能力。要尽快出台生物安全法，加快构建国家生物安全法律法规体系、制度保障体系。”舆论认为，习近平提生物安全不会是空穴来风。
目前主流的观点比较倾向于认为新型冠状病毒是来自于蝙蝠。美国分子生物学家、罗格斯大学(Rutgers University)瓦克斯曼微生物研究所(Waksman Institute of Microbiology)化学生物学教授理查德·埃布莱特(Richard Ebright)对美国之音表示，SARS-CoV-2的基因组排序显示，它是来自于一种蝙蝠冠状病毒。
埃布莱特说：“存在于自然界的蝙蝠冠状病毒在中国多个地方都有，包括湖北省。因此，首个人感染病例有可能是自然发生的。”
最早提出2019新型冠状病毒可能来自于蝙蝠的研究机构之一恰恰是正处于争议中心的中科院武汉病毒研究所。著名学术期刊《自然》杂志2月3日刊登了该所和武汉金银潭医院以及湖北省疾控中心等机构的论文，指新型冠状病毒的自然宿主是蝙蝠，病毒可以利用SARS冠状病毒的受体ACE2（血管紧张素转换酶2）入侵人体细胞。论文的第一作者是武汉病毒所研究员石正丽。
财新网2月3日一篇关于病毒起源的报道说，石正丽的科研团队1月23日在bioRxiv预印版平台上发表文章，题目是“一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源”。文章说，新型冠状病毒与云南菊头蝠身上的RaTG13冠状病毒一致性高达96%。石正丽团队在疫情早期从5名患者身上获得病毒的全长基因组序列，发现SARS-CoV-2与SARS冠状病毒(SARS-CoV)的基因序列一致性达79.5%，与一种蝙蝠中的冠状病毒一致性达96%。
杜克大学全球卫生学院(Duke University Global Health Institute)传染病学教授格雷格·格雷医生 (Gregory Gray, MD)对美国之音表示，蝙蝠是如何把病毒传染给人的，这是值得研究的方向。
他说：“有可能是直接传染，病毒可以通过多种途径直接由蝙蝠传给人，比如直接接触、蝙蝠粪便、通过食物等。更普遍的传染途径是通过一种家畜。我们过去有很多这样的人类传染病暴发的案例，比如SARS（严重急性呼吸综合症，“非典”）和MERS（中东呼吸综合征）。”在SARS和MERS这两种严重呼吸道传染病的案例中，病毒的中间宿主分别被认为是果子狸和骆驼。
新华社2月11日曾报道说，岭南现代农业科学与技术广东省实验室与华南农业大学合作的团队通过分析1000多份宏基因组数据得出结论，穿山甲是新型冠状病毒的潜在中间宿主。但参与研究的人员表示，研究的穿山甲是从“某些特定机构获取的，不代表自然界中绝大多数的穿山甲携带冠状病毒。”
在另一方面，学术界目前基本排除了新型冠状病毒是来自于人工合成的说法。斯克里普研究所免疫学和微生物学副教授Mansun Law通过电子邮件给美国之音提供的一份非正式中文说明，标题是“SARS-CoV-2的近源研究”(The Proximal Origin of SARS-CoV-2)。这份说明是根据世界顶尖流行病学家哥伦比亚大学(Columbia University)的伊恩·利普金(W. Ian Liplin)、悉尼大学的爱德华·霍姆斯 (Edward Holmes)和斯克利普研究所的克里斯蒂安·安德森等人对SARS-CoV-2基因组中两个疑似人为干预的特征进行功能性和结构性的比较分析所得的结论。
声明说，“这些分析提供了大量的证据推论出SARS-CoV-2不会是实验室工程制造而泄露的病毒，而应该是病毒自然进化的产物。”
处于争议焦点的武汉病毒研究所2月19日给全所职工和研究生致信，称近期一系列针对该所的谣言“引发了各界的持续关注，对坚守科研一线的我所科研人员造成极大的伤害，也严重干扰了我所承担的战‘疫’应急科研攻关任任务。”