2018年9月28日上午11時，一架美國F-35B於南卡羅來納州進行飛行訓練時，因不明原因墜毀，該機型也成為F35系列戰機研發到量產飛行以來首架墜毀事故（Class A mishap）。美国政府问责署近日提交正式的調查報告，顯示該次事故之因，源自於機身內的燃油管線因製造瑕疵而破裂，導致加油量不足而讓發動機失去動力，進而引發後來的悲劇。經調查後約有117架F-35B使用了同型燃油管線，目前已進行全面更換作業[145]
2019年4月9日，一架日本航空自衛隊F-35A於三澤基地起飛，進行夜間訓練，後從雷達上消失，於青森縣外海墜毀，已發現部分尾翼殘骸。41歲飛行員細見彰里（三等空佐，等同少校）失蹤，這一次則是F-35A首度失事。[146]5月3日，協助航空自衛隊搜尋的日本海洋研究開發機構（JAMSTEC）解明號海洋調查船的探測、定位技術支援下，美國第7艦隊租用的商業深海潛水支援船梵谷號（DSCV Van Gogh）已於東北青森三澤基地以東約135公里、水深約1500公尺深海中，尋獲失事F-35A戰機的部分殘骸，包括座艙罩碎片及飛航記錄器的一部分等部分零件，不過由於損壞過於嚴重，飛航記錄器的資料儲存裝置仍下落不明，無法進一步分析事故發生原因[147][148]。5月7日已在海底深處尋獲戰機的飛行記錄器（黑盒子）等部分零件。[149]6月7日失事海域尋獲飛行員部分遺骸，確定死亡; 航空自衛隊官方估計這場事故的原因很可能是該戰機在低空飛行時，不慎高速撞擊海面導致事故。 [150]
2019年5月12日，美國海軍陸戰隊第一航空飞机联队发言人埃里克弗拉纳根少校证实，2019年5月7日星期二部署在日本岩国基地的一架美国海军陆战队第一航空飞机联队12号F-35B战斗机，因鸟类撞击被迫中止起飞。造成发动机严重损坏，部分机体隐形涂层出现问题。初步估计，这起鸟撞事故可能造成200万美元或以上的损失，並將此事件列為「甲級事故」，事件無任何人員受傷，戰機順利返回跑道，待修復。[151]。
2020年5月19日晚上9點30分，一架隸屬於美國空軍第58戰機中隊的F-35A戰機在埃格林空军基地降落時不慎墜毁，飛行員成功彈射逃生，已被救起送醫。[152]
2020年9月29日下午4時，一架隸屬美軍陸戰隊F-35B與空中加油機KC-130J碰撞。五角大廈官員證實，在加州埃爾森特羅海軍航空站（Naval Air Facility El Centro）附近墜毀，飛行員跳傘逃生成功。遭撞擊的KC-130J在一處農田成功迫降，全體機組員無事。[153]
2021年11月17日，英國皇家海軍航空母艦伊利沙伯女王號一架F35B隱形戰機在地中海失事，機師彈射逃生並返回艦上。[154]因海軍人員看到一塊「紅布」飄在母艦附近，推測是地勤人員未拆除遮雨罩，布條被捲入引擎內，造成墜機。[155]
2022年1月4日韓國標準時間下午12:51(格林威治標準時間 03:51)發生在首爾以南的瑞山空軍基地，一架屬於韓國大韓民國空軍的F-35A，在不明原因造成除了飛行控制系統與發動機可正常運作外，機上其他電子系統竟然全數失靈，而無法放下起落架，為保全天價戰機，最終決定放棄彈射逃生，冒險以機腹迫降被迫進行腹部著陸成功
一名韩国空军发言人表示，一架 F-35A 喷气式战斗机的韩国飞行员 4 日在著陆时，因电子问题出现故障后导致紧急「腹部著陆」。这对由十多个国家使用及订购，每台造价 1 亿美元的美国设计隐形战斗机来说，「腹部著陆」在起落架无法放下的情况下著陆，是史无前例的事件。
据美国有线电视新闻网《CNN》报导，美国空军、海军和海军陆战队以及包括日本、英国、澳大利亚、义大利、挪威、荷兰和以色列在内的美国盟国和合作伙伴也都在驾驶 F-35 战斗机。越来越多的国家订购这款美国最先进的飞机。
据飞机製造商洛克希德·马丁公司（Lockheed Martin）表示，「 F-35 是世界上最具杀伤力、生存能力和连通性的战斗机，使飞行员在对抗任何对手时都具有优势，让他们能够执行任务并安全返航。」洛克希德·马丁称 :「韩国在 2019 年收到了第一架美国製造的 F-35，作为 40 架这款单引擎喷射机初始订单的一部分。」
记录显示，週二的「腹部著陆」事故是韩国 F-35 的首次事故，但这些飞机在其他国家至少还捲入了 8 起事故。最近的一次是一架英国 F-35 战机失事，该战机于去年 11 月在英国皇家航空母舰伊莉莎白女王号附近坠入地中海。飞行员安全地从那架飞机上弹射了出来。
前义大利空军军官，戴维·森乔蒂（David Cenciotti）指出 :「由于飞机接近著陆时的迎角，在 F-35 挂上起落架可能非常困难和危险。」
现任格里菲斯亚洲研究所（Griffith Asia Institute）的前澳大利亚空军军官彼得·莱顿（Peter Layton）指出 :「比起F-16、F-18 或 F-111 这些更老，更不先进的军用飞机，F-35 落地速度非常快。」
莱顿表示 :「我很惊讶紧急减速系统不能运作，或者没有被使用。」他并且对韩国飞行员没有弹射表示惊讶 :「但显然他们做了正确的事情，」
据《军事医学》杂志报导，2019 年 4 月，一架 F-35 在日本北部海域坠入太平洋，导致飞行员死亡。日本军方将此次坠机归咎于空间定向障碍，「飞行员无法正确感知飞机的位置、姿态、高度或运动。」
2020 年 5 月，美国空军 F-35 在佛罗里达州埃格林空军基地著陆时坠毁，飞行员安全弹射。美国空军将此次坠机归因于多种因素，包括飞行员和飞机系统。
针对韩国此次事件的来龙去脉，韩国官员表示，目前对该事件的调查正在进行中。