Nature
6月18日意大利的国家高等卫生研究院在官网发布报告指出，在去年12月米兰和都灵以及今年1月博洛尼亚的废水样本中检测出了新冠病毒的遗传物质。
随后，西班牙也从废水中检测出新冠病毒，时间居然可追溯到去年3月。据新华社6月28日报道，巴塞罗那大学肠道病毒小组的研究人员对当地2018和2019年的废水样本做了检测，结果发现在去年3月12日采集的废水中已有新冠病毒的踪迹，但病毒水平非常低，其他所有样本的检测结果均为阴性。
巴塞罗那在2019年3月12日采集的废水中检测出新冠病毒
Sentinel surveillance of SARS-CoV-2 in wastewater anticipates the occurrence of COVID-19 cases
.doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.13.20129627
领导该研究小组的生物学教授阿尔韦特·博什认为，虽然样本已用尽，不可重复实验，但他们在操作过程中避免了交叉感染的可能性，因此这一研究结果表明世界其他地区很可能也发生了类似情况，即许多新冠病例或因被误诊为流感病例而被掩盖。目前美国、荷兰等国也在开展这类研究，以期追溯病毒可能的流行时间，并探索废水定点监测在应对流行病中的价值。
而近期一项针对新冠病毒的系统发育分析在S蛋白进化角度提示我们，新冠病毒可能已经在人群中发展进化了至少7年。
作为百年一遇的大流行病，新冠以高传染性“突然”出现。以前的系统发育分析显示，其已知的最接近的进化亲属是一种从蝙蝠中分离出来的病毒(RaTG13)，因此人们普遍认为新冠病毒也是从人畜共患病的祖先病毒进化而来，并通过基因突变[可能是在Spike蛋白受体结合域（RBD）中]后具备感染人类的能力。
那么新型病毒究竟具体是在何时获得识别、结合并首次进入人体细胞的能力的？
加拿大卡尔加里大学（University of Calgary）的研究人员在2020年6月22日发表在预印本服务器bioRxiv*上的一项新研究中讨论了这个问题。
doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.22.165787
研究人员使用详细的系统发育分析、祖先序列重建和分子动力学模型来研究新冠病毒Spike-RBD尖峰蛋白的功能进化，以确认Spike-RBD尖峰蛋白变体与ACE2受体亲和力的起源。
结果显示，初步的系统发育分析与之前的研究保持了一致——该病毒与蝙蝠冠状病毒（RaTG13）基因组相似度为96%，与穿山甲-CoV基因组相似度为90%。
新冠病毒与RaTG13基因组（96.0%序列同一性）和穿山甲-CoV基因组（90.0%序列同一性）水平相似
研究对2019年12月30日至2020年3月20日收集的479个新冠病毒序列进行更详细的分析，结果发现16个变体。其中，有11个是发生在5%或更多病例中的错义突变，而且每个变体都有自己的系统发育路线。
新冠病毒基因组变异频率
然后，研究人员试图重建Spike-RBD区域的祖先序列，这样他们就可以确定具体驱动其最近适应人类宿主的重要突变。他们 重建了 所有感染人类的病毒株的共同祖先Spike-RBD序列，称为N1，将与其最接近的动物病毒RaTG13的共同祖先标记为N0。N1与新冠参考序列中的Spike-RBD相同，而N0的Spike-RBD序列是唯一的，反映了新冠病毒来源的独特性。
Spike-RBD氨基酸序列的祖先序列重建
两者在4个位点上有所不同，分别是t346R、t372A、h/y498Q和n519H，这四个变化将进化的新冠病毒Spike蛋白与和RaTG13的共同祖先区分开来，而这个祖先病毒至少在2013年就已经存在了（其后代RaTG13在那一年被分离出来），这意味着N0和N1之间至少涵盖了7年的分子进化。
N0和当前Spike-RBD序列的功能差异是什么？研究人员从X射线晶体结构入手，对Spike-RBD-hACE2复合物进行了模拟实验，显示当N0变为N1时，该复合物的自由结合能下降。因此，N0变为N1实际上降低了Spike-RBD结合ACE2受体的亲和力。
SARS-CoV-2 Spike-RBD功能进化的特征
这表明，N0株出乎意料地比N1株具有更大的结合亲和力。那么为什么直到最近才作为一个公共卫生问题出现？一种可能是，Spike-RBD虽能与ACE2受体 结合，但可能需要其他分子成分帮助获得新的功能后，才能 感染人类。第二种可能是，这种病毒可能在过去较长的时间内都能感染人体细胞，但其祖先形式要么导致的临床症状不那么明显，要么其传染性要小得多（只影响少数人），无论哪种情况，都逃脱了公共卫生系统的监测，而西班牙、意大利的污水检测的结果似乎支持这种说法。
这是第一个表明新冠病毒和RaTG13的共同祖先都具有与人类ACE2受体结合能力的研究。这提示新冠Spike-RBD似乎并不是最近才进化出与人类受体蛋白结合的亲和力，这种功能似乎一直是潜伏的，这就表明这种疾病的进化比预期的要复杂。未来在理想情况下，可以构建组合库，并对其进行功能筛选，以便更详细地了解这种病毒最近演变的分子机制。
目前的新冠大流行显示了病毒学的巨大未知性，它继续挑战着人类面对新冠病原体时保持健康的能力。病毒溯源可以让我们认清一种病毒如何在进化过程中逐渐感染人类，为人类预防、对抗病毒感染提供证据，虽然困难重重，但这对人类健康至关重要。
专家称新冠病毒传播方式邪恶 网友评论：难怪会出现多例无症状感染者
据6月27日美媒报道，加州大学旧金山分校研究人员首次用显微镜拍摄到新冠病毒感染健康细胞的过程。图像显示，受感染细胞长出名为“丝状伪足”的触手状刺突，在这种刺突中长满了新冠病毒颗粒。新冠病毒正是利用这些丝状伪足进入健康细胞，并注入病毒毒液以改变细胞内部机制。受感染细胞则变为“病毒复制机器”，继续生产新病毒的组成部分。
研究人员表示，新冠病毒通过使被感染细胞“僵尸化”来提高感染新细胞的效率。研究人员还发现，新冠病毒能避开人体免疫系统的反击，具有超强传染性。专家称新冠病毒传播方式“十分邪恶”，利用丝状伪足提高感染效率。
网友表示：这个病毒的可怕超出大家的想象 难怪会出现无症状感染者。
Nature
6月18日意大利的国家高等卫生研究院在官网发布报告指出，在去年12月米兰和都灵以及今年1月博洛尼亚的废水样本中检测出了新冠病毒的遗传物质。
随后，西班牙也从废水中检测出新冠病毒，时间居然可追溯到去年3月。据新华社6月28日报道，巴塞罗那大学肠道病毒小组的研究人员对当地2018和2019年的废水样本做了检测，结果发现在去年3月12日采集的废水中已有新冠病毒的踪迹，但病毒水平非常低，其他所有样本的检测结果均为阴性。
巴塞罗那在2019年3月12日采集的废水中检测出新冠病毒
Sentinel surveillance of SARS-CoV-2 in wastewater anticipates the occurrence of COVID-19 cases
.doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.13.20129627
领导该研究小组的生物学教授阿尔韦特·博什认为，虽然样本已用尽，不可重复实验，但他们在操作过程中避免了交叉感染的可能性，因此这一研究结果表明世界其他地区很可能也发生了类似情况，即许多新冠病例或因被误诊为流感病例而被掩盖。目前美国、荷兰等国也在开展这类研究，以期追溯病毒可能的流行时间，并探索废水定点监测在应对流行病中的价值。
而近期一项针对新冠病毒的系统发育分析在S蛋白进化角度提示我们，新冠病毒可能已经在人群中发展进化了至少7年。
作为百年一遇的大流行病，新冠以高传染性“突然”出现。以前的系统发育分析显示，其已知的最接近的进化亲属是一种从蝙蝠中分离出来的病毒(RaTG13)，因此人们普遍认为新冠病毒也是从人畜共患病的祖先病毒进化而来，并通过基因突变[可能是在Spike蛋白受体结合域（RBD）中]后具备感染人类的能力。
那么新型病毒究竟具体是在何时获得识别、结合并首次进入人体细胞的能力的？
加拿大卡尔加里大学（University of Calgary）的研究人员在2020年6月22日发表在预印本服务器bioRxiv*上的一项新研究中讨论了这个问题。
doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.22.165787
研究人员使用详细的系统发育分析、祖先序列重建和分子动力学模型来研究新冠病毒Spike-RBD尖峰蛋白的功能进化，以确认Spike-RBD尖峰蛋白变体与ACE2受体亲和力的起源。
结果显示，初步的系统发育分析与之前的研究保持了一致——该病毒与蝙蝠冠状病毒（RaTG13）基因组相似度为96%，与穿山甲-CoV基因组相似度为90%。
新冠病毒与RaTG13基因组（96.0%序列同一性）和穿山甲-CoV基因组（90.0%序列同一性）水平相似
研究对2019年12月30日至2020年3月20日收集的479个新冠病毒序列进行更详细的分析，结果发现16个变体。其中，有11个是发生在5%或更多病例中的错义突变，而且每个变体都有自己的系统发育路线。
新冠病毒基因组变异频率
然后，研究人员试图重建Spike-RBD区域的祖先序列，这样他们就可以确定具体驱动其最近适应人类宿主的重要突变。他们 重建了 所有感染人类的病毒株的共同祖先Spike-RBD序列，称为N1，将与其最接近的动物病毒RaTG13的共同祖先标记为N0。N1与新冠参考序列中的Spike-RBD相同，而N0的Spike-RBD序列是唯一的，反映了新冠病毒来源的独特性。
Spike-RBD氨基酸序列的祖先序列重建
两者在4个位点上有所不同，分别是t346R、t372A、h/y498Q和n519H，这四个变化将进化的新冠病毒Spike蛋白与和RaTG13的共同祖先区分开来，而这个祖先病毒至少在2013年就已经存在了（其后代RaTG13在那一年被分离出来），这意味着N0和N1之间至少涵盖了7年的分子进化。
N0和当前Spike-RBD序列的功能差异是什么？研究人员从X射线晶体结构入手，对Spike-RBD-hACE2复合物进行了模拟实验，显示当N0变为N1时，该复合物的自由结合能下降。因此，N0变为N1实际上降低了Spike-RBD结合ACE2受体的亲和力。
SARS-CoV-2 Spike-RBD功能进化的特征
这表明，N0株出乎意料地比N1株具有更大的结合亲和力。那么为什么直到最近才作为一个公共卫生问题出现？一种可能是，Spike-RBD虽能与ACE2受体 结合，但可能需要其他分子成分帮助获得新的功能后，才能 感染人类。第二种可能是，这种病毒可能在过去较长的时间内都能感染人体细胞，但其祖先形式要么导致的临床症状不那么明显，要么其传染性要小得多（只影响少数人），无论哪种情况，都逃脱了公共卫生系统的监测，而西班牙、意大利的污水检测的结果似乎支持这种说法。
这是第一个表明新冠病毒和RaTG13的共同祖先都具有与人类ACE2受体结合能力的研究。这提示新冠Spike-RBD似乎并不是最近才进化出与人类受体蛋白结合的亲和力，这种功能似乎一直是潜伏的，这就表明这种疾病的进化比预期的要复杂。未来在理想情况下，可以构建组合库，并对其进行功能筛选，以便更详细地了解这种病毒最近演变的分子机制。
目前的新冠大流行显示了病毒学的巨大未知性，它继续挑战着人类面对新冠病原体时保持健康的能力。病毒溯源可以让我们认清一种病毒如何在进化过程中逐渐感染人类，为人类预防、对抗病毒感染提供证据，虽然困难重重，但这对人类健康至关重要。
专家称新冠病毒传播方式邪恶 网友评论：难怪会出现多例无症状感染者
据6月27日美媒报道，加州大学旧金山分校研究人员首次用显微镜拍摄到新冠病毒感染健康细胞的过程。图像显示，受感染细胞长出名为“丝状伪足”的触手状刺突，在这种刺突中长满了新冠病毒颗粒。新冠病毒正是利用这些丝状伪足进入健康细胞，并注入病毒毒液以改变细胞内部机制。受感染细胞则变为“病毒复制机器”，继续生产新病毒的组成部分。
研究人员表示，新冠病毒通过使被感染细胞“僵尸化”来提高感染新细胞的效率。研究人员还发现，新冠病毒能避开人体免疫系统的反击，具有超强传染性。专家称新冠病毒传播方式“十分邪恶”，利用丝状伪足提高感染效率。
网友表示：这个病毒的可怕超出大家的想象 难怪会出现无症状感染者。