新冠病毒与云南山洞的关联：
2012年4月，云南昆明医科大学第一附属医院收住了六位男性急性肺炎病人：45岁的郭某，42岁的吕某，63岁的周某，46岁的刘某，32岁的李某与30岁的吴某。这六位患者都曾经被派往墨江县通关镇南面山里面去清理一所废弃的铜矿井里面的动物粪堆。病人们都有肺炎，发烧，咳嗽与肢体疼痛。其中五例患者有严重的呼吸困难。最先死亡了两例，医生们开始对存活的四位患者进行一系列的检查，但是出血热，登革热，日本脑炎，SARS与流感的检查结果都是阴性。医生们怀疑这些病人可能感染了一种类似SARS的冠状病毒，因而做了病毒抗体检测。四位患者血液里面都没有针对SARS病毒的抗体，但是都有针对另外一个未知的但与SARS类似的冠状病毒的抗体。剩下的四名患者中，其中一位后来也死掉了。在该院急诊室工作的钱传云教授指导了一位名叫李旭的硕士研究生写了有关论文(论文题目是【未知病毒引起重症性肺炎六例分析】)，详细描述了这些病例的存在。李旭的论文里指出了很有可能是来自蝙蝠的类似SARS的冠状病毒引发的疾病。
2012年8月，武汉病毒所石正丽团队开始对上述铜矿事件进行病毒学调查。在接下来的一年里，团队共从该山洞276个蝙蝠身上收集到了粪便样本。这些样本被送回了武汉病毒研究所做分子生物学分析。有关结果后来在2016年发表。
2016年2月，石团队在《VIROLOGICA SINICA》（英文版《中国病毒学》）杂志发表了以下题目的科学文章：“Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft”中文是【在一个废弃矿井中发现了蝙蝠身上多种冠状病毒的共存】。该篇文章描述了该团队上述在2012年对云南墨江铜矿的调查，但是文章并没有提及六位矿工患病，肺炎以及三个死亡病例。该篇文章标明了发现的六种蝙蝠的152个冠状病毒的基因顺序，其中的两种可以导致SARS。其中的一种从马蹄蝠身上发现的导致SARS的新发现病毒株，被命名为RaBtCoV/4991（Ra是马蹄蝠的缩写，Bt 是蝙蝠的缩写，CoV是冠状病毒的缩写）。该文的主要观点是多种冠状病毒的共存可以加速病毒的变异。
2020年1月23日，武汉病毒所石正丽团队发表论文指出新冠病毒，与他们手中的蝙蝠冠状病毒样本RaTG13全基因组相同度高达96.2%，二者的亲缘关系最近（有两位科学家预测从RaTG13自然进化成今天的新冠病毒大约需要20-50年时间，但是有其他学者持不同意见指出这只是依据自然环境下进化速度做出的估计，病毒在实验室或更换宿主时进化速度会加快）。石正丽团队指出RaTG13病毒是他们从2013年在云南大山收集的蝙蝠粪便中发现 （Ra是马蹄蝠的缩写，TG是通关镇，13代表2013年）。但是根据发表出来的病毒基因顺序做对比可以肯定，RaTG13病毒其实就是最初在2013年从那所废弃的铜矿里面发现的，后来又被石团队在2016年公开命名为RaBtCoV/4991的病毒。出于不明原因，石团队重新给该病毒命了名。美国的Peter Daszak教授是武汉病毒研究所的紧密合作伙伴。他也公开证实RaTG13病毒就是从当初那所铜矿里面分离出的一株病毒, 但他不能解释为什么重新命名。Peter Daszak的说法是来自铜矿井的标本在武汉被冷藏了六年多。武汉的科研人员在2019年末开始重新对它研究, 在拿到了该病毒的全部基因顺序后，病毒样本自动降解了。武汉病毒所所长王延轶在2020年5月份接受采访时曾说到，病毒所想方设法拿到了RaTG13病毒的全部基因顺序，但是无法让病毒复活。现今中国国家生物信息中心网站标明RaTG13病毒是从蝙蝠粪便中分离出来的（https://bigd.big.ac.cn/gsa/browse/CRA002424/CRX097481），但是来该网站最初的标本说明是该病毒来自患者的肺部灌洗液。
12月1日，一个美联社记者小组试图前往中国南方一座“蝙蝠洞”查看时，被便衣警察跟踪，警察驾驶多辆汽车封锁了通往蝙蝠洞---一座矿井的道路。调查发现，北京当局正严控有关病毒起源的调查，同时积极宣传病毒可能来自中国境外的理论。
美联社获得的内部文件显示，中共高层下令秘密寻找新冠病毒起源，严厉控制所有与新冠病毒相关的研究，而且，寻找蝙蝠栖息地病毒的科学家手中的样本已经被警方没收。
BBC稍早前报道，他们的记者前往云南通关镇一座废弃的铜矿调查时，被穿着普通民众衣装的人封死了道路。法国『世界报』报道，那座矿洞就是中国科学院武汉病毒研究所P4研究室石正丽小组从蝙蝠身上取样的那座矿洞。2012年，在那座矿井工作的6名矿工在布满蝙蝠粪的矿井里工作两个星期，感染了一种肺炎病毒，其中四人不治死去，2019新冠疫情爆发后，科学家们惊异地发现，7年多前通关镇发生的病毒与2019新冠病毒有惊人的相似之处。
美联社周三的长篇报道则指出，在中国云南的一座矿井内，曾经有携带与新冠病毒最接近的冠状病毒的蝙蝠。这一地区因此引发科学家们的高度兴趣，因为它可能为导致180万人死亡的新冠病毒的来源提供线索，但是美联社的报道写道：“然而，对于科学家和记者来说，由于其政治敏感性和保密性，它已成为一个没有信息的黑洞” 。
美联社引述两名知情人士表示，一个访问了该地区的蝙蝠研究小组最近设法采集了样本，但是样本被没收了。
但是，中国政府向国家扶持的科学家提供了数十万美元资金寻找病毒起源，这些中国南方的科学家据信与军方有关联。美联社获得的内部文件显示，中国政府强制要求，任何数据或研究的公布，都必须经由一个内阁层级的新工作小组的批准，这项行动正是由中国最高领导人习近平直接负责。这份数十页内部文件的罕见泄密证实了许多人长期以来的怀疑：对信息的钳制来自中国最高层。
美联社的调查是根据对中外科学家和官员的数十次访谈、公开通知、泄露的电子邮件、内部数据，以及来自中国国务院和中国疾病控制与预防中心的文件。调查揭示，在整个新冠病毒疫情大流行病中，政府保密体系和自上而下的控制模式已经清晰可见。
美国杜克大学流行病学家格雷戈里·格雷（Gregory Gray）自问自答地说：“他们到底找到了什么？也许他们的数据不是结论性的，或者他们因为某种政治原因压制了数据。我不知道......我希望我知道。”
一名经常与中国疾控中心共事，因害怕遭报复而拒绝透露姓名的公共卫生专家表示：“他们只选择自己信任、能加以掌控的人。军方小组和其他人都在努力研究，但能不能对外公布，都要看具体的研究结果如何而定”。
世界卫生组织的一个国际专家调查团将于本月前往中国调查新冠病毒始源，他们能否得到中方的配合，提供信息，开放资料，允许前往蝙蝠洞勘察？外界并不看好。