根据总部位于纽约的非营利组织“全国学者协会”(National Association of Scholars)2022年6月发表的一份题为《孔子学院之后：中国在美国高校持久的影响力》的报告，有28家机构已经取代了孔子学院；12家机构正在以类似的组织取代孔子学院；58家机构继续和孔子学院保持密切的联系；至少5家机构把孔子学院转移到了新的合作机构。
2019年，参议院下属“美国常设调查小组委员会”(Permanent Subcommittee on Investigations)称，经调查发现，中国政府自2006年来在美国孔院支出1.58亿美元，全球范围则至少达20亿美元。该委员会称孔院是中国输出软实力和审查制度的长期战略工具，如果没有完全透明的监督以及美国在中国开展对等项目，孔子学院应该在美国停止运作。
过去四年中，曾经在美国遍地开花的孔子学院因为遭到各州政府和国会等机构的反对而大规模关闭。但是，美国一些民间组织指出，孔子学院名亡实存，不但在一些高校改头换面后继续运作，在中小学校的孔子课堂也依然存在。民间组织呼吁为防止中共意识形态渗透和国家安全，要求学校与孔院彻底切割。
过去四年中，孔子学院在美国大规模关闭。面对来自美国联邦调查局、国务院、国会和各州的法律，很多大学中止了他们和孔子学院的合作。美国曾经有过多达118所孔子学院，如今104所已经关闭，剩下的也面临同样的命运。
但是孔子学院并没有从此销声匿迹，而是以其他形式继续存在。
根据总部位于纽约的非营利组织“全国学者协会”(National Association of Scholars)2022年6月发表的一份题为《孔子学院之后：中国在美国高校持久的影响力》的报告，有28家机构已经取代了孔子学院；12家机构正在以类似的组织取代孔子学院；58家机构继续和孔子学院保持密切的联系；至少5家机构把孔子学院转移到了新的合作机构。
报告说，很多机构虽然关闭了孔子学院，但是之后和新的中国大学建立联系，双方合作的模式和孔子学院高度相似，而且新的资金来源就来自之前资助孔院的中国政府机构。
报告总结如下：美国大学乐于在关闭孔子学院之后重新开展类似的课程；中国政府在孔子学院被关闭后，一开始的反应是惊愕和愤怒，但后来只是表示遗憾并且愿意支持其他合作；很多孔子小学在对应的孔子学院关闭后得以幸存；很多孔子学院的教职人员在关闭后换到了同一所大学新的项目中去；一些孔院的教材在关闭后依然留在原校；很多学校在关闭孔院之后被要求向中国政府退款，有时数额高达100万美元。
报告还特别指出，某些大学并不严格遵守《高等教育法》的规定详细披露接受外国资金赠与等细节，比如密执安州立大学和亚利桑那州立大学就曾经隐匿来自中国的资金来源。
全国学者协会关于孔子学院报告的撰写人之一伊恩·欧克斯内瓦德(Ian Oxnevad)于今年8月在哈德逊研究所(Hudson Institute)的一场研讨会上，再次提到孔院名亡实存的现状。他在接受美国之音采访的时候评价说：“从言论自由角度来说，孔院的作为是令人不齿的，因为他们歪曲和美化了中国共产党统治下的近代史。这个问题的严重性在于，他们通过教育影响着美国未来的政策制定者。”
欧克斯内瓦德对孔院提出批评的另一个理由，是孔院为中国接触美国基础学术研究提供了方便之门。“和经济间谍行为相比，基础学术研究并不受到诸如知识产权法和国家安全法的保护，但是为经济间谍行为提供了便利，比如在西肯塔基大学就发生了这种事情。这种事情的风险性比得上高科技或者网络安全问题吗？可能比不上，但也绝对不是个善茬。”
欧克斯内瓦德所提到的西肯塔基大学之事，指的是其报告中关于美国南部名校西肯塔基大学(Western Kentucky University)和孔院的长期合作往来。
2010年，西肯塔基大学开始其与孔子学院的合作，而且合作项目迅速在该州的中小学里展开。该项目聘用了23名来自中国的中文教师，学生数达到4800人，遍及肯塔基州六个县。到2015年，孔院的规模扩大到该州15个中小学的“孔子课堂”。报告称，到2017年，肯塔基州孔院来自中国的拨款每年达到300至500万美元。
2015年8月，西肯塔基州大学科学教育副教授玛莎·戴(Martha Day)在去中国协助培训中文教师期间，发现自己的一个U盘被人拿走，归还的时候U盘被装上恶意插件。经校方和联邦调查局鉴定，这个恶意插件可能会给整个大学的网络系统造成破坏。
2019年，因为和来自国防部的联邦语言教育资金的冲突，西肯塔基大学关闭孔院项目，但是将其转移到附近的辛普森县级校区。
孔子学院在美遭受冷遇的前世今生
2004年，孔子学院初登舞台，由中国教育部下属“国家汉语国际推广领导小组办公室”（简称“汉办”）的非营利性基金会所管理，旨在“增进世界人民对中国语言和文化的了解”、“促进世界多元化发展”、“发展中国和外国的友好关系”。
2004年11月，第一所海外孔子学院在韩国首都首尔挂牌。2005年2月, 斯德哥尔摩孔子学院在瑞典斯德哥尔摩大学正式成立，成为欧洲首家孔子学院。 2005年3月, 由南开大学承办的马里兰大学孔子学院开班招生，这是中国在美国创立的第一所孔子学院。
截至2020年5月，中国在全球162个国家（地区）建立561所孔子学院和1,170个孔子课堂。
然而，孔院在美国的命运可谓坎坷。很多包括美国联邦调查局、国务院、教育部在内的美国政府机构以及包括美国大学教授协会、全国学者协会在内的民间组织都对孔子学院的运作方式提出了严厉批评。
2013年，芝加哥大学教授马歇尔·萨林斯(Marshall Sahlins)发文批评孔子学院在合作方的庇护下为中国政府进行美化宣传。萨林斯在他所著《孔子学院：学术恶意插件？一书中，详细列举了孔院对合作方施加压力阻挠达赖喇嘛访问和在六四屠杀问题上误导学生等行为。芝加哥大学后来于2014年正式关闭孔院，之后其他学校也纷纷效仿。
美国大学教授协会于2014年发出倡议，呼吁美国院校除非能完全保证学术自由，否则应取缔和孔院的合作。
2017年，加拿大纪录片记者陶丽莎·刘（Doris Liu）也在纪录片《以孔子之名》中，揭露了孔院在六四事件、台湾和西藏问题上歪曲事实的行为。
2018年，美国联邦调查局局长克里斯托弗·雷（Christopher Wray）在国会作证，指责美国院校纵容中国通过孔院“进行外宣”、“鼓励审查”、“限制学术自由”等行为。
2018年，美国前总统川普签署《国防授权法》，其中规定国防部终止资助设有孔子学院的美国大学中文旗舰项目(Chinese Flagship Program)。自那之后，美国大学校园出现孔子学院的退场潮。
2019年，参议院下属“美国常设调查小组委员会”(Permanent Subcommittee on Investigations)称，经调查发现，中国政府自2006年来在美国孔院支出1.58亿美元，全球范围则至少达20亿美元。该委员会称孔院是中国输出软实力和审查制度的长期战略工具，如果没有完全透明的监督以及美国在中国开展对等项目，孔子学院应该在美国停止运作。
负责调查联邦政府各项计划及政策的“美国政府责任署”(Government Accountability Office)也指出，美国高校领导对孔院干预学术自由的行为“不知情或者不关心”。
2020年，时任国务卿迈克尔·蓬佩奥(Michael Pompeo)称孔子学院是“中国共产党全球影响力和宣传工具之一”，正式把孔院定义为“外国使团”，并得到副国务卿基思·克拉奇(Keith Krach)和教育部长贝琪”·德沃斯(Betsy DeVos)的响应。
2020年7月，“汉办”更名为“中外语言交流合作中心”，不再负责孔子学院品牌和机构运行。
孔院并未消失 – 美民间组织对“小红教室”继续“追杀”
2023年7月，美国非营利组织“家长捍卫教育”(Parents Defending Education，下称PDE)发布长篇报告，题为《小红教室：中国对美国中小学教育的渗透》。
“家长捍卫教育”组织日前致函全美34名州长、国会议员及相关委员会主席，称各方面证据显示，中国共产党资助计划已经渗透美国中小学教育体系。“家长捍卫教育”组织的报告称，自2009年以来，中国通过资助、姐妹学校等方式和美国34个州的143所中小学校建立关系，其中至少有7所学校仍在继续这种合作。资助金额从上千到上百万美元不等。
报告警告说，虽然美国并未参加中国推行的“一带一路”项目，但是中国媒体俨然已在庆祝中国通过孔子学院和孔子课堂，达到了增进中国在全球影响力的目的。
欧克斯内瓦德认为，中共的意识形态渗透，其实在中小学课堂更为隐蔽：“因为在中小学，这实际上是个塑造世界观的过程。这不是以赤裸裸的权力压迫来呈现的，它是潜移默化的。”
他说：“现在孔子小学课堂那些教材，仍然是中国政府的那一套。就好像学俄语，你为什么想要用苏联编制的教材，学德语，你为什么想要用1930年纳粹党编制的教材呢？”
位于纽约的非营利组织“中国妇权”的创始人张菁也曾将自己的孩子送到中文学校学习中文。虽然当时的中文学校和孔院并无联系。张菁告诉美国之音，她担心如今的中小学孔子课堂承担了潜移默化推行共产党价值观的任务：“从娃娃开始做起的话，花的钱并不多，而效果非常好。所以他们只要达到一个目的，就是对他们有好感。唱好中国，说好中国故事，让这些孩子对中共，对中国的体制没有反感。因为你要给钱嘛，还有免费的福利，当然孩子们就很开心嘛。这种渗透反而比在大学里面，孔院或者研究机构这种渗透，来得更简单更深入。”
她说：“这只是一个大外宣，他要做的是唱好中国就行了。就是说中国没有错，中共也并不坏，对美国人并不坏，就是给你一个好印象。让你这些孩子从小就觉得，中国人很好，或者中国共产党很好。因为没有近距离相处过，也没有受过迫害，反而觉得比较之下，哎呀，你看美国政府是多么的糟糕，做事又拖拖拉拉的。”
一位不愿意透露身份信息的前孔子学院中文教师对美国之音表示，他感到很委屈。他表示，自己一向都是勤勤恳恳在海外的孔院教中文，对于被人扣上“大外宣”和“间谍”的罪名，感到不可理解。该前教师表示，他和其他教师沦为中美意识形态之战的替罪羊，而自己无非是想向海外热爱学习中文的学生传播语言，教学过程中也从来都是避免提到敏感性的政治话题。